BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259D14
Chromosome10 (Build37)
Map Location 26,788,987 - 26,877,279
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLama2
Upstream geneC030003D03Rik, LOC100040851, LOC15352, Samd3, L3mbtl3, LOC435208, LOC667572, LOC100040349, Arhgap18
Downstream geneLOC100040385, LOC100040961, LOC100040401, Ptprk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259D14.bB6Ng01-259D14.g
ACCGA064460GA064461
length1,1501,180
definitionB6Ng01-259D14.b B6Ng01-259D14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,876,145 - 26,877,279)(26,788,987 - 26,790,173)
sequence
gaattccaataaaatgtgttttataagatacattttcaaagacctgtata
tgataactaaacattatacccagcactttctttttttttccccattttta
ttaggtatttagctcatttacatttccaatgctataccaaaagtccccca
tacccacccacccccactcccgtacccacccactccccctatttggccct
ggcgttcccctgtactggggcatataaagtttgcgtgtccaatgggcctc
tctttccagtgatggccgactaggccatcttttgatatatatgcagctag
agtcaagagctccggggtactggttagttcataatgttgttccaccgata
gggttgcagatccctttagctccttgggtactttctctagctcctccatt
gggagccctgtgatccatccattagctgactgtgagaatccacttctgtg
tttgctaggccccggcatagtctcacaagagacagctacatctgggtcct
ttcgataaaatcttgctagtgtatgcaatggtgtcagcgtttggatgctg
attatggggtggatccctggatatggcagtctctacatggtccatccttt
catctcagctccaaactttgtctttgtaactccttccatgggtgttttgt
tcccaattctaaggatacccagcactttcatacgggtacagaatggtgtg
cttgtactgcccatagcgctgggaactatcagaaattcaacagtgtataa
tataaatacccaaaaccactttcagttatttggaagatgcatacatcact
tggaggtagattacagatgataagggtaggtcttcactatgcctgtcatg
tcctttgtgattatgttggaaatgaatattcatttaatgcccttgtaaac
accagtagcatcataactgaaagcaacctggggtaacaatgagatcatct
gtagcagcttattaaccacaaattattaatatgccacagataatttttta
aattgacattatcactatctactaaagcagctgtgtagaaaagactagag
gatgtataattaagaatcaacaggttgctgtcttggaagcagagtgatcc
acagaaattccatcattttaatatggcatttaatgtagaaagcagctagg


gaattcaatgtcaaaaaagaccgtatgtctttcctgaagagtataaagcc
cataacagatgtaatttgacaggactgtggaaaaaattgcacagacaggt
tgagtgtgaatcaaatattctgttgtttgttagagaagatatctcagcaa
agattgcctcacagtcatttaactattgagtgaatgagtgagtgagtgag
caagtgagcgagtgaagctctaggatggagcctaggatcttgtgtgcagt
aggtgagtcctctaccagagactcttgtcccagcacaagggctggtctaa
ccttgaacttgctcttctcttgcccattccacctccagcatccacaatgc
tatttacctataatgggatgctctgtgagaagatgtgtagatgaagaaag
tttaggagaatgagcaaattaaggagacagaattcaactatgaacatatg
gcaccttggaatgacagcatgtgtgtgggtccatgtgtagcaacaattgg
gaggaagatccaagccagactaacactaaggcatgagaccagagaaactg
gacaaagtaataagaaacaggtgacacttgaattaaatggcaatagttta
tatggacagccaccatgtttagaaacatcaataatatatcagagtagaaa
ttactttatgcacttttatgttttaaattaggaagataatacaagactat
tatgtaaatatttatagactttagaacctatttgtaaaagtgaagatttc
aggaacacttttctgccacatcttcctacctcactttttaatctgaagtt
tatttctaaaaccatatcaaatggagtttggcagtgtaatgatttattac
actaaaaatttctgttttaaatagatggaacaatgctgtagaaacaagat
taaaattataaaatgttgtctggtgaaatttgaaagattaagtgttatga
ggcttgtgagaaaagtcacttgtattctatatatgtcatgggttcacaat
ttcatttcttttatggtggtggcataagtaccctcccatataatgctatg
accttatcattatagaaacatcagcgtactatcttccacatcgttgctag
cttccttgctccatgaaggattctgaagctttctgaagaagccttgacat
cttctttataaggccctgagagacttgttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_26876145_26877279
seq2: B6Ng01-259D14.b_43_1192 (reverse)

seq1  CCTA-CTGC-TTCTACATT-AATG-CATATTAAAATGATGG-ATTTCTGT  45
      |||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCTAGCTGCTTTCTACATTAAATGCCATATTAAAATGATGGAATTTCTGT  50

seq1  -GATCACTCTGCTTTC-AGACAGCAA-CTG-TGA-TCTT-ATTATACATT  89
       ||||||||||||| | ||||||||| ||| ||| |||| |||||||| |
seq2  GGATCACTCTGCTTCCAAGACAGCAACCTGTTGATTCTTAATTATACA-T  99

seq1  CTTCTAGTCTTTTCTACACAGCTGCTTTAGTAGATAGTGATAATGTCAAT  139
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAGTCTTTTCTACACAGCTGCTTTAGTAGATAGTGATAATGTCAAT  149

seq1  TTAAAAAGTTATCTGTGGCATA-TAAT-ATTTGTG--TTATAAGCTGCTA  185
      ||||||| |||||||||||||| |||| |||||||  | |||||||||||
seq2  TTAAAAAATTATCTGTGGCATATTAATAATTTGTGGTTAATAAGCTGCTA  199

seq1  CAGATGATCTCATTGTTACCCCAGGTTGCTTTCAGTTATGATGCTACTGG  235
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGATCTCATTGTTACCCCAGGTTGCTTTCAGTTATGATGCTACTGG  249

seq1  TGTTTACAAGGGCATTAAATGAATATTCATTT-CAACATAATCACAAAGG  284
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGTTTACAAGGGCATTAAATGAATATTCATTTCCAACATAATCACAAAGG  299

seq1  ACATGACAGGCATAGTGAAGACCTACCCTTATCATCTGTAATCTACCTCC  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGACAGGCATAGTGAAGACCTACCCTTATCATCTGTAATCTACCTCC  349

seq1  AAGTGATGTATGCATCTTCCAAATAACTGAAAGTGGTTTTGGGTATTTAT  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGATGTATGCATCTTCCAAATAACTGAAAGTGGTTTTGGGTATTTAT  399

seq1  ATTATACACTGTTGAATTTCTGATAGTTCCCAGCGCTATGGGCAGTACAA  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATACACTGTTGAATTTCTGATAGTTCCCAGCGCTATGGGCAGTACAA  449

seq1  GCACACCATTCTGTACCCGTATGAAAGTGCTGGGTATCCTTAGAATTGGG  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACCATTCTGTACCCGTATGAAAGTGCTGGGTATCCTTAGAATTGGG  499

seq1  AACAAAACACCCATGGAAGGAGTTACAAAGACAAAGTTTGGAGCTGAGAT  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACACCCATGGAAGGAGTTACAAAGACAAAGTTTGGAGCTGAGAT  549

seq1  GAAAGGATGGACCATGTAGAGACTGCCATATCCAGGGATCCACCCCATAA  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGATGGACCATGTAGAGACTGCCATATCCAGGGATCCACCCCATAA  599

seq1  TCAGCATCCAAACGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTATCGA  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATCCAAACGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTATCGA  649

seq1  AAGGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCGGGGCCTAGCAA  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCGGGGCCTAGCAA  699

seq1  ACACAGAAGTGGATTCTCACAGTCAGCTAATGGATGGATCACAGGGCTCC  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAAGTGGATTCTCACAGTCAGCTAATGGATGGATCACAGGGCTCC  749

seq1  CAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACC  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACC  799

seq1  CTATCGGTGGAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGAC  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCGGTGGAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGAC  849

seq1  TCTAGCTGCATATATATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAG  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTGCATATATATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAG  899

seq1  AGAGGCCCATTGGACACGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACGC  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCCATTGGACACGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACGC  949

seq1  CAGGGCCAAATAGGGGGAGTGGGTGGGTACGGGAGTGGGGGTGGGTGGGT  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCCAAATAGGGGGAGTGGGTGGGTACGGGAGTGGGGGTGGGTGGGT  999

seq1  ATGGGGGACTTTTGGTATAGCATTGGAAATGTAAATGAGCTAAATACCTA  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGGACTTTTGGTATAGCATTGGAAATGTAAATGAGCTAAATACCTA  1049

seq1  ATAAAAATGGGGAAAAAAAAAGAAAGTGCTGGGTATAATGTTTAGTTATC  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATGGGGAAAAAAAAAGAAAGTGCTGGGTATAATGTTTAGTTATC  1099

seq1  ATATACAGGTCTTTGAAAATGTATCTTATAAAACACATTTTATTGGAATT  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACAGGTCTTTGAAAATGTATCTTATAAAACACATTTTATTGGAATT  1149

seq1  C  1135
      |
seq2  C  1150


seq1: chr10_26788987_26790173
seq2: B6Ng01-259D14.g_67_1246

seq1  GAATTCAATGTCAAAAAAGACCGTATGTCTTTCCTGAAGAGTATAAAGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGTCAAAAAAGACCGTATGTCTTTCCTGAAGAGTATAAAGCC  50

seq1  CATAACAGATGTAATTTGACAGGACTGTGGAAAAAATTGCACAGACAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACAGATGTAATTTGACAGGACTGTGGAAAAAATTGCACAGACAGGT  100

seq1  TGAGTGTGAATCAAATATTCTGTTGTTTGTTAGAGAAGATATCTCAGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGTGAATCAAATATTCTGTTGTTTGTTAGAGAAGATATCTCAGCAA  150

seq1  AGATTGCCTCACAGTCATTTAACTATTGAGTGAATGAGTGAGTGAGTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGCCTCACAGTCATTTAACTATTGAGTGAATGAGTGAGTGAGTGAG  200

seq1  CAAGTGAGCGAGTGAAGCTCTAGGATGGAGCCTAGGATCTTGTGTGCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGAGCGAGTGAAGCTCTAGGATGGAGCCTAGGATCTTGTGTGCAGT  250

seq1  AGGTGAGTCCTCTACCAGAGACTCTTGTCCCAGCACAAGGGCTGGTCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGTCCTCTACCAGAGACTCTTGTCCCAGCACAAGGGCTGGTCTAA  300

seq1  CCTTGAACTTGCTCTTCTCTTGCCCATTCCACCTCCAGCATCCACAATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAACTTGCTCTTCTCTTGCCCATTCCACCTCCAGCATCCACAATGC  350

seq1  TATTTACCTATAATGGGATGCTCTGTGAGAAGATGTGTAGATGAAGAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTACCTATAATGGGATGCTCTGTGAGAAGATGTGTAGATGAAGAAAG  400

seq1  TTTAGGAGAATGAGCAAATTAAGGAGACAGAATTCAACTATGAACATATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAGAATGAGCAAATTAAGGAGACAGAATTCAACTATGAACATATG  450

seq1  GCACCTTGGAATGACAGCATGTGTGTGGGTCCATGTGTAGCAACAATTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTTGGAATGACAGCATGTGTGTGGGTCCATGTGTAGCAACAATTGG  500

seq1  GAGGAAGATCCAAGCCAGACTAACACTAAGGCATGAGACCAGAGAAACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGATCCAAGCCAGACTAACACTAAGGCATGAGACCAGAGAAACTG  550

seq1  GACAAAGTAATAAGAAACAGGTGACACTTGAATTAAATGGCAATAGTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAGTAATAAGAAACAGGTGACACTTGAATTAAATGGCAATAGTTTA  600

seq1  TATGGACAGCCACCATGTTTAGAAACATCAATAATATATCAGAGTAGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGACAGCCACCATGTTTAGAAACATCAATAATATATCAGAGTAGAAA  650

seq1  TTACTTTATGCACTTTTATGTTTTAAATTAGGAAGATAATACAAGACTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTATGCACTTTTATGTTTTAAATTAGGAAGATAATACAAGACTAT  700

seq1  TATGTAAATATTTATAGACTTTAGAACCTATTTGTAAAAGTGAAGATTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAAATATTTATAGACTTTAGAACCTATTTGTAAAAGTGAAGATTTC  750

seq1  AGGAACACTTTTCTGCCACATCTTCCTACCTCACTTTTTAATCTGAAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACACTTTTCTGCCACATCTTCCTACCTCACTTTTTAATCTGAAGTT  800

seq1  TATTTCTAAAACCATATCAAATGGAGTTTGGCAGTGTAATGATTTATTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTAAAACCATATCAAATGGAGTTTGGCAGTGTAATGATTTATTAC  850

seq1  ACTAAAAATTTCTGTTTTAAATAGATGGAACAATGCTGTAGAAACAAGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAAATTTCTGTTTTAAATAGATGGAACAATGCTGTAGAAACAAGAT  900

seq1  TAAAATTATAAAATGTTGTCTGGTGAAATTTGAAAAGATTAAGTGTTATG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TAAAATTATAAAATGTTGTCTGGTGAAATTTG-AAAGATTAAGTGTTATG  949

seq1  AGGCTTGTGAGAAAAGTCACTTGTATTCTATATATGTCAT-GGTTCACAA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGGCTTGTGAGAAAAGTCACTTGTATTCTATATATGTCATGGGTTCACAA  999

seq1  TTTCATTTCTTTTAATGGT-GTGGCAT-AGTACCCTCCCAATATAATGCT  1047
      ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTCATTTCTTTT-ATGGTGGTGGCATAAGTACCCTCCC-ATATAATGCT  1047

seq1  ATGAACCTTATCATTATAGAAACATCAGCCGTACTAACCTTTCACATCGT  1097
      ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||| 
seq2  ATG-ACCTTATCATTATAGAAACATCAG-CGTACT-ATCTTCCACATCG-  1093

seq1  TTGCTAGCTTCTTGGCTTCATTGAGGATCCTGAAGCTTTTCTGAAGGGAG  1147
      ||||||||||| | ||| |||  ||||| ||||||| |||||||| | ||
seq2  TTGCTAGCTTCCTTGCTCCATGAAGGATTCTGAAGC-TTTCTGAA-GAAG  1141

seq1  CCTTTGGCATCTTCTTTTAATAA-GCCCTGAG-GACTTGTTG  1187
      || ||| ||||||||||  |||| |||||||| |||||||||
seq2  CC-TTGACATCTTCTTT--ATAAGGCCCTGAGAGACTTGTTG  1180


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |