BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259N12
Chromosome10 (Build37)
Map Location 103,104,278 - 103,247,426
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC382413, Cart1, Lrriq1, LOC100043277, 6430590A10Rik, Slc6a15, EG667697, LOC667701
Downstream geneEG627488, EG667692, EG667695, LOC100043292
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259N12.bB6Ng01-259N12.g
ACCGA064922GA064923
length1,1101,102
definitionB6Ng01-259N12.b B6Ng01-259N12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,246,307 - 103,247,426)(103,104,278 - 103,105,385)
sequence
gaattcccatgattcctccaggttgaagtttaatttcatatacttatcac
tagagtttctctgtatcagcttctctcctccaacacattgatacatttga
tctgtagtagaataggagcctaaagccatctgtcattcttaaagagataa
tttctaaaatatggatgagatagtaaaagcaagtactaaaaataattttc
aaaagacaatctatggagattaaatacacaggattcaatcccacccacca
aaaaagttgaaatgaggtttgcaacatcattagagagggattttaaattt
atctttaaatccagtgataggaccaaaaatggcattgaaatcaactattc
ttatctagtaatggtcaatagtaatcaagagatgcacatcatgcagttaa
ggaatactgcatttctgcagtgaatctatggctcttaataagaatgtgtt
taatgtgagatcagggggcagatcttctggctgataagctatagaaacct
ctcagtgctgactgtatcactatctctaccagttatccgctgaaaagtga
ctgtgaattgaattgaatgattccacactagtttgtggtttttgatatca
taaacagttcactaaagatcaggaacaatttttaaatttccaagggcatc
ccaaactgcagaaataatattttacttggcaatgcttattcttggtgtgt
atagacaaggttgtctgttaaattcatacagaattattttgcctttgtgt
tttggcaagtctcctttgtgtttcctctaggtaaccatctaatcttggat
atgtggattatgagagaccacatccataaaatactttgagcataataata
cagagtgatccatattggtttagcatttactagaacaaggtatctcattg
catatctttgctgttttgatacattttactttttaacaaattgaaaagaa
cagcttcatttatccataagagtaaacaaaaagatgagaataaaattatc
caagataggcaccaagtagtagatttgtagagtgctcttttttctggcat
agcaatttactctggtgcaacagaaaggttacaggcttcagtttttgaag
aaaggcaact
gaattcatattctatgcacaagttcacatatgagcacacttgagtgtaca
cacacacacagatacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacatacacacacacacagagttgtggtatatgtttacaagggc
ttaatgatttattataatcgttctatgcccagttccagctaacagtataa
ttatgatcttaccattattaacacaccaacaagctgggacacatttgctg
caatgtgtaatgtatatgtaaattttatatgctgtttgagctcattgaaa
ttttgtttctagaagcaagtgttaatctaccaccacttcaggccaaacac
actatgtcaagtgtcctccaaaaccacttatcttgaaataatgctgttcc
acaaattctaggactggaagaaaagaaactgcatatattaagacttcttg
cttttgagacaagctagaaggtaaactgtctaaaatagatagaagtaata
ttaattaattaattaatagaaggtaaattgttttcaactgagattgttca
aattttgttttatagatagaaaataacctagagtgggaaggataatctgg
aggttcagccattggaaggttggatatggagtgaatctaaatttggaatt
catgtgacccccaatactttccaaatgagttcgtgctgtaagttgagcat
caaattctatgatgctaaatttatcttttactctttgatcttttacttgt
aagtcacatcaaatacgggactccttatgcatcttgggtactattgaaaa
caaggtaattgctttaatggggcttttcagttggtttctatgttagagaa
ttgacaaaatataaacaaaacagaaacagcaccaagagattgaattactg
aataagacattatcttgaaagcatgaggacaaaagttgggatgctagcat
gtcccataatgtcacatttgcccaaacacattagttgttttcagagacat
acacaggatccccatatcaaactggctagttgatcagtgagctttgggta
acagattgagctgcctcatatatgaagtaaggatgataaaagatgtctga
tt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_103246307_103247426
seq2: B6Ng01-259N12.b_48_1157 (reverse)

seq1  AGTTG-CTTTCTTCAAAAAACTTGAAAGCCTGTAAACTTTCTGTTGGCAC  49
      ||||| |||||||| |||||||   |||||||||| ||||||||| ||||
seq2  AGTTGCCTTTCTTC-AAAAACT--GAAGCCTGTAACCTTTCTGTT-GCAC  46

seq1  CAGGAGTAAAATGGCTATGCAAGAAAAAAAAAAAAAACACTCTTACAAAT  99
      || |||| |||| ||||||| ||     |||||| | ||||| |||||||
seq2  CA-GAGT-AAATTGCTATGCCAG-----AAAAAAGAGCACTC-TACAAAT  88

seq1  CTACTACTTGGTGCCTATCTTGGATAATTTTATTCTCATCTTTTTGTTTA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTACTTGGTGCCTATCTTGGATAATTTTATTCTCATCTTTTTGTTTA  138

seq1  CTCTTATGGATAAATGAAGCTGTTCTTTTCAATTTGTTAAAAAGTAAAAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTATGGATAAATGAAGCTGTTCTTTTCAATTTGTTAAAAAGTAAAAT  188

seq1  GTATCAAAACAGCAAAGATATGCAATGAGATACCTTGTTCTAGTAAATGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAAAACAGCAAAGATATGCAATGAGATACCTTGTTCTAGTAAATGC  238

seq1  TAAACCAATATGGATCACTCTGTATTATTATGCTCAAAGTA-TTTATGGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TAAACCAATATGGATCACTCTGTATTATTATGCTCAAAGTATTTTATGGA  288

seq1  TGTGGTCTCTCATAATCCACATATCCAAGATTAGATGGTTACCTAGAGGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCTCTCATAATCCACATATCCAAGATTAGATGGTTACCTAGAGGA  338

seq1  AACACAAAGGAGACTTGCCAAAACACAAAGGCAAAATAATTCTGTATGAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAAAGGAGACTTGCCAAAACACAAAGGCAAAATAATTCTGTATGAA  388

seq1  TTTAACAGACAACCTTGTCTATACACACCAAGAATAAGCATTGCCAAGTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACAGACAACCTTGTCTATACACACCAAGAATAAGCATTGCCAAGTA  438

seq1  AAATATTATTTCTGCAGTTTGGGATGCCCTTGGAAATTTAAAAATTGTTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTATTTCTGCAGTTTGGGATGCCCTTGGAAATTTAAAAATTGTTC  488

seq1  CTGATCTTTAGTGAACTGTTTATGATATCAAAAACCACAAACTAGTGTGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCTTTAGTGAACTGTTTATGATATCAAAAACCACAAACTAGTGTGG  538

seq1  AATCATTCAATTCAATTCACAGTCACTTTTCAGCGGATAACTGGTAGAGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATTCAATTCAATTCACAGTCACTTTTCAGCGGATAACTGGTAGAGA  588

seq1  TAGTGATACAGTCAGCACTGAGAGGTTTCTATAGCTTATCAGCCAGAAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGATACAGTCAGCACTGAGAGGTTTCTATAGCTTATCAGCCAGAAGA  638

seq1  TCTGCCCCCTGATCTCACATTAAACACATTCTTATTAAGAGCCATAGATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCCCCTGATCTCACATTAAACACATTCTTATTAAGAGCCATAGATT  688

seq1  CACTGCAGAAATGCAGTATTCCTTAACTGCATGATGTGCATCTCTTGATT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCAGAAATGCAGTATTCCTTAACTGCATGATGTGCATCTCTTGATT  738

seq1  ACTATTGACCATTACTAGATAAGAATAGTTGATTTCAATGCCATTTTTGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTGACCATTACTAGATAAGAATAGTTGATTTCAATGCCATTTTTGG  788

seq1  TCCTATCACTGGATTTAAAGATAAATTTAAAATCCCTCTCTAATGATGTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATCACTGGATTTAAAGATAAATTTAAAATCCCTCTCTAATGATGTT  838

seq1  GCAAACCTCATTTCAACTTTTTTGGTGGGTGGGATTGAATCCTGTGTATT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACCTCATTTCAACTTTTTTGGTGGGTGGGATTGAATCCTGTGTATT  888

seq1  TAATCTCCATAGATTGTCTTTTGAAAATTATTTTTAGTACTTGCTTTTAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTCCATAGATTGTCTTTTGAAAATTATTTTTAGTACTTGCTTTTAC  938

seq1  TATCTCATCCATATTTTAGAAATTATCTCTTTAAGAATGACAGATGGCTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCATCCATATTTTAGAAATTATCTCTTTAAGAATGACAGATGGCTT  988

seq1  TAGGCTCCTATTCTACTACAGATCAAATGTATCAATGTGTTGGAGGAGAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTCCTATTCTACTACAGATCAAATGTATCAATGTGTTGGAGGAGAG  1038

seq1  AAGCTGATACAGAGAAACTCTAGTGATAAGTATATGAAATTAAACTTCAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGATACAGAGAAACTCTAGTGATAAGTATATGAAATTAAACTTCAA  1088

seq1  CCTGGAGGAATCATGGGAATTC  1120
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGGAATCATGGGAATTC  1110

seq1: chr10_103104278_103105385
seq2: B6Ng01-259N12.g_68_1169

seq1  GAATTCATATTCTATGCACAAGTTCACATATGAGCACACTTGAGTGTACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATTCTATGCACAAGTTCACATATGAGCACACTTGAGTGTACA  50

seq1  CACACACACAGATACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACAGATACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  100

seq1  CACACACACATACACACACACACAGAGTTGTGGTATATGTTTACAAGGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACATACACACACACACAGAGTTGTGGTATATGTTTACAAGGGC  150

seq1  TTAATGATTTATTATAATCGTTCTATGCCCAGTTCCAGCTAACAGTATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGATTTATTATAATCGTTCTATGCCCAGTTCCAGCTAACAGTATAA  200

seq1  TTATGATCTTACCATTATTAACACACCAACAAGCTGGGACACATTTGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATCTTACCATTATTAACACACCAACAAGCTGGGACACATTTGCTG  250

seq1  CAATGTGTAATGTATATGTAAATTTTATATGCTGTTTGAGCTCATTGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGTAATGTATATGTAAATTTTATATGCTGTTTGAGCTCATTGAAA  300

seq1  TTTTGTTTCTAGAAGCAAGTGTTAATCTACCACCACTTCAGGCCAAACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTCTAGAAGCAAGTGTTAATCTACCACCACTTCAGGCCAAACAC  350

seq1  ACTATGTCAAGTGTCCTCCAAAACCACTTATCTTGAAATAATGCTGTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTCAAGTGTCCTCCAAAACCACTTATCTTGAAATAATGCTGTTCC  400

seq1  ACAAATTCTAGGACTGGAAGAAAAGAAACTGCATATATTAAGACTTCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTCTAGGACTGGAAGAAAAGAAACTGCATATATTAAGACTTCTTG  450

seq1  CTTTTGAGACAAGCTAGAAGGTAAACTGTCTAAAATAGATAGAAGTAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAGACAAGCTAGAAGGTAAACTGTCTAAAATAGATAGAAGTAATA  500

seq1  TTAATTAATTAATTAATAGAAGGTAAATTGTTTTCAACTGAGATTGTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTAATTAATTAATAGAAGGTAAATTGTTTTCAACTGAGATTGTTCA  550

seq1  AATTTTGTTTTATAGATAGAAAATAACCTAGAGTGGGAAGGATAATCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGTTTTATAGATAGAAAATAACCTAGAGTGGGAAGGATAATCTGG  600

seq1  AGGTTCAGCCATTGGAAGGTTGGATATGGAGTGAATCTAAATTTGGAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCAGCCATTGGAAGGTTGGATATGGAGTGAATCTAAATTTGGAATT  650

seq1  CATGTGACCCCCAATACTTTCCAAATGAGTTCGTGCTGTAAGTTGAGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGACCCCCAATACTTTCCAAATGAGTTCGTGCTGTAAGTTGAGCAT  700

seq1  CAAATTCTATGATGCTAAATTTATCTTTTACTCTTTGATCTTTTACTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTCTATGATGCTAAATTTATCTTTTACTCTTTGATCTTTTACTTGT  750

seq1  AAGTCACATCAAATACGGGACTCCTTATGCATCTTGGGTACTATTGAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCACATCAAATACGGGACTCCTTATGCATCTTGGGTACTATTGAAAA  800

seq1  CAAGGTAATTGCTTTAATGGGGCTTTTCAGTTGGTTTCTATGTTAGAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTAATTGCTTTAATGGGGCTTTTCAGTTGGTTTCTATGTTAGAGAA  850

seq1  TTGACAAAATATAAACAAAACAGAAACAGCACCAAGAGATTGAATTACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAAAATATAAACAAAACAGAAACAGCACCAAGAGATTGAATTACTG  900

seq1  AATAAGACATTATCCTTGAAAGCATGAGGACAAAAGTTGGGATGCTAGCA  950
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGACATTAT-CTTGAAAGCATGAGGACAAAAGTTGGGATGCTAGCA  949

seq1  TGTCCCATAAATGTCACA-TTGCCCAAACACATTAGT--GTTTCAGAGAC  997
      |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  TGTCCCAT-AATGTCACATTTGCCCAAACACATTAGTTGTTTTCAGAGAC  998

seq1  ATACACAAGGGATCCCCATATCAAACTGGCTAGTTGAATCAGTGAGCTTT  1047
      |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATACACA--GGATCCCCATATCAAACTGGCTAGTTG-ATCAGTGAGCTTT  1045

seq1  GGGTAACAGATTGAGGCCTGGCCTCATTATATGAAGTAAGGATGATAAAA  1097
      |||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAACAGATTGAG--CT-GCCTCA-TATATGAAGTAAGGATGATAAAA  1091

seq1  GATGTCTGATT  1108
      |||||||||||
seq2  GATGTCTGATT  1102