BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260F09
Chromosome10 (Build37)
Map Location 37,796,688 - 37,930,354
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMarcks, LOC100040846
Downstream geneLOC100040915, Lama4, 1700025K23Rik, Tube1, EG624165
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260F09.bB6Ng01-260F09.g
ACCGA065284GA065285
length1,0241,141
definitionB6Ng01-260F09.b B6Ng01-260F09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,796,688 - 37,797,737)(37,929,206 - 37,930,354)
sequence
gaattcattatttcaccaacctaaatgctcttttccttaacttagctcct
tctactggagtctttctgttctcttatggtttgagaatattgtgcttacc
tcaaatctaatgctggagtttgtttaccaatgtggtatgtgggacatgag
acattatgggagggcttacgttgaagcagtttaacttatatgtttacttt
gtaagactctctttgaggatgagccattacataagcaggtggtttagatg
gtaaataggacctcttagatcttttcttcctcacaacacacacacttggc
ctcctgcttccaccatcactggaaacctattagtccaaatccacttctgg
aagacaaggtaatatcttcaacagatatctatgtctatgtctatgcctat
gcctatgcctatgcctatgcctatgcctatgcctatgcctatgcctatgc
ctatgcctatgcctatgcctatgcctatgtctatgtctatatctatatac
atatctttatgtataacccacccaagtactttgttttaacaactgatctg
taacaatgttcctttgattatctggtttgttgatagaataaattttgtta
ccaaagtcacaccttccctttcatgcacgtgatttatttgagtgcttcat
ttctttcgacattagcccattgtttgaactgtactctctatttgattgct
ttatctgccttagaatcatgaatctttgagagaatatgcctagtcttcat
ttttatttcccagagtgtatacagtgcttaaattcctccaagagttattg
taacaaatcctcactatgtacaatgactgaggtcttgagtcctttggcac
agtgccagcatatgaaagatcttatgaatattaatcagttacaagtaaac
cattattttttaataatactgtagtgatacaattaatatagatttttctt
ctcattacactgcatatttataaacatatcccaggcatctgaatttctct
atggcatcatactttgaacttaca
gaattcagattcattactagtaccttctagagaggtttttggagaaattg
gaaagactacatattttctaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaattaaagct
ttgtaactgtgaaaataagtctccagtgcacaggtagctcatataataaa
ttcaagaatacaatttgattaaatgacaaaactccccagagttgatgact
acctgattattttcattaaagggacagttgtaaaagaaaacccaggttat
cattgatacattttaatgtgaggttcagtgggtggatatagcatgggaag
ctggagttctctgcttaaaatctctaatggggcttgtcactgtgcaaact
tctcgaacaaaacttcaggcagctagtgcatcttctccatttctaaatca
ctaattctttaattaaagagaagtcctcttgattcgtagaatggaaaaca
actgttgttctgatgctataagtgagtagttacagaaataaaaaattata
atagaggagtagagagactcttgtaggtgtgaaagatagggacagaggaa
ggcagatatgaagagagtaaggtagaggaaaagtctgaggagaagctggg
aagaaggaagaggagggaaagtgaagaagagaaaaggtccataaaggaaa
gactatagagcattttctcatgctgattttagcacaagctgttgtagcta
tataaacagaacaatctttctaaccactgaaaagtaaagaaaagtacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacaccccacacttctcc
tctccttagatttcttcagagtggttaaatagaaagaatgcttaagtaca
ccaccattactgactggagtatgcctctttttccacagaaatggccaata
gataaaagtctgtatcacagatgaaaggcaaccacacacaggaagttctc
tggagtcaaagttcatggacttgacttttccttccctcactggatgactc
actagataagcagcaaatatcatggtcaggctataaacgaataatcaata
ctactaagtacataggaaggatctgctaagcagagctaagagtattattt
ttgattatgattctgttataccgataaacatctactctttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_37796688_37797737
seq2: B6Ng01-260F09.b_45_1068

seq1  GAATTCATTATTTCACCAACCTAAATGCTCTTTTCCTTAACTTAGCTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTATTTCACCAACCTAAATGCTCTTTTCCTTAACTTAGCTCCT  50

seq1  TCTACTGGAGTCTTTCTGTTCTCTTATGGTTTGAGAATATTGTGCTTACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTGGAGTCTTTCTGTTCTCTTATGGTTTGAGAATATTGTGCTTACC  100

seq1  TCAAATCTAATGCTGGAGTTTGTTTACCAATGTGGTATGTGGGACATGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATCTAATGCTGGAGTTTGTTTACCAATGTGGTATGTGGGACATGAG  150

seq1  ACATTATGGGAGGGCTTACGTTGAAGCAGTTTAACTTATATGTTTACTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATGGGAGGGCTTACGTTGAAGCAGTTTAACTTATATGTTTACTTT  200

seq1  GTAAGACTCTCTTTGAGGATGAGCCATTACATAAGCAGGTGGTTTAGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGACTCTCTTTGAGGATGAGCCATTACATAAGCAGGTGGTTTAGATG  250

seq1  GTAAATAGGACCTCTTAGATCTTTTCTTCCTCACAACACACACACTTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATAGGACCTCTTAGATCTTTTCTTCCTCACAACACACACACTTGGC  300

seq1  CTCCTGCTTCCACCATCACTGGAAACCTATTAGTCCAAATCCACTTCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCTTCCACCATCACTGGAAACCTATTAGTCCAAATCCACTTCTGG  350

seq1  AAGACAAGGTAATATCTTCAACAGATATCTATGTCTATGTCTATGCCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAGGTAATATCTTCAACAGATATCTATGTCTATGTCTATGCCTAT  400

seq1  GCCTATGCCTATGCCTATGCCTATGCCTATGCCTATGCCTATGCCTATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATGCCTATGCCTATGCCTATGCCTATGCCTATGCCTATGCCTATGC  450

seq1  CTATGCCTATGCCTATGCCTATGCCTATGTCTATGTCTATATCTATATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCCTATGCCTATGCCTATGCCTATGTCTATGTCTATATCTATATAC  500

seq1  ATATCTTTATGTATAACCCACCCAAGTACTTTGTTTTAACAACTGATCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTTTATGTATAACCCACCCAAGTACTTTGTTTTAACAACTGATCTG  550

seq1  TAACAATGTTCCTTTGATTATCTGGTTTGTTGATAGAATAAATTTTGTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAATGTTCCTTTGATTATCTGGTTTGTTGATAGAATAAATTTTGTTA  600

seq1  CCAAAGTCACACCTTCCCTTTCATGCACGTGATTTATTTGAGTGCTTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTCACACCTTCCCTTTCATGCACGTGATTTATTTGAGTGCTTCAT  650

seq1  TTCTTTCGACATTAGCCCATTGTTTGAACTGTACTCTCTATTTGATTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCGACATTAGCCCATTGTTTGAACTGTACTCTCTATTTGATTGCT  700

seq1  TTATCTGCCTTAGAATCATGAATCTTTGAGAGAATATGCCTAGTCTTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGCCTTAGAATCATGAATCTTTGAGAGAATATGCCTAGTCTTCAT  750

seq1  TTTTATTTCCCAGAGTGTATACAGTGCTTAAATTCCTCCAAGAGTTATTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTCCCAGAGTGTATACAGTGCTTAAATTCCTCCAAGAGTTATTG  800

seq1  TAACAAATCCTCACTATGTACAATGACTGAGGTCTTGAGTCCTTTGGCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAATCCTCACTATGTACAATGACTGAGGTCTTGAGTCCTTTGGCAC  850

seq1  AGTGCCAGCATATGAAAGAATCTTATGAAATATTTAATCAGTTACAAAGT  900
      |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||
seq2  AGTGCCAGCATATGAAAG-ATCTTATG-AATA-TTAATCAGTTAC-AAGT  896

seq1  AAAACCATTATTTTTTAAATTAAATACTTGTAGGTGATACAAATTTAATA  950
       |||||||||||||||||    ||||| |||| |||||||||  ||||||
seq2  -AAACCATTATTTTTTAA---TAATAC-TGTA-GTGATACAA--TTAATA  938

seq1  TTAGAATTTTTTCCTCCTCATAAACACTGCATATTTTATAAAAACATATT  1000
       ||||   |||| || |||||  ||||||||||||   || ||||||| |
seq2  -TAGA---TTTTTCTTCTCAT-TACACTGCATATT---TATAAACATA-T  979

seq1  CCCAGCCATCTGGATTTTCTCCTATGGCATTTAATAACTTTGAACTTACA  1050
      ||||| ||||| || ||||| ||||||||  | || ||||||||||||||
seq2  CCCAGGCATCT-GAATTTCT-CTATGGCA--TCAT-ACTTTGAACTTACA  1024

seq1: chr10_37929206_37930354
seq2: B6Ng01-260F09.g_66_1206 (reverse)

seq1  AAAAGAAGTTAGATGTTTATCTGGTATAACAGAATCATAATC-AAAATAA  49
      ||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAAAGA--GTAGATGTTTATC-GGTATAACAGAATCATAATCAAAAATAA  47

seq1  TACTCTTAAGCTCTGCTTAAGCAAGATTCTT-CTATGTACTTAGGTAGTA  98
      ||||||| |||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||| ||||||
seq2  TACTCTT-AGCTCTGCTT-AGC-AGATCCTTCCTATGTACTTA-GTAGTA  93

seq1  TTTGATTTATTCGTTTATAGCCTGACCATGATATTTGCTGCTTATCTAGT  148
       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTGA-TTATTCGTTTATAGCCTGACCATGATATTTGCTGCTTATCTAGT  141

seq1  GAGTCATCCAGGTGAGGGAAGGAAAAGTCAAGTCCATGAACTTTGACTCC  198
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCATCCA-GTGAGGGAAGGAAAAGTCAAGTCCATGAACTTTGACTCC  190

seq1  AGAGAACTTCCTGTGTGTGGTTGCCTTTCATCTGTGATACAGACTTTTAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACTTCCTGTGTGTGGTTGCCTTTCATCTGTGATACAGACTTTTAT  240

seq1  CTATTGGCCATTTCTGTGGAAAAAGAGGCATACTCCAGTCAGTAATGGTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGGCCATTTCTGTGGAAAAAGAGGCATACTCCAGTCAGTAATGGTG  290

seq1  GTGTACTTAAGCATTCTTTCTATTTAACCACTCTGAAGAAATCTAAGGAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACTTAAGCATTCTTTCTATTTAACCACTCTGAAGAAATCTAAGGAG  340

seq1  AGGAGAAGTGTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAGTGTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  390

seq1  GTGTGTACTTTTCTTTACTTTTCAGTGGTTAGAAAGATTGTTCTGTTTAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTACTTTTCTTTACTTTTCAGTGGTTAGAAAGATTGTTCTGTTTAT  440

seq1  ATAGCTACAACAGCTTGTGCTAAAATCAGCATGAGAAAATGCTCTATAGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTACAACAGCTTGTGCTAAAATCAGCATGAGAAAATGCTCTATAGT  490

seq1  CTTTCCTTTATGGACCTTTTCTCTTCTTCACTTTCCCTCCTCTTCCTTCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTTTATGGACCTTTTCTCTTCTTCACTTTCCCTCCTCTTCCTTCT  540

seq1  TCCCAGCTTCTCCTCAGACTTTTCCTCTACCTTACTCTCTTCATATCTGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCTTCTCCTCAGACTTTTCCTCTACCTTACTCTCTTCATATCTGC  590

seq1  CTTCCTCTGTCCCTATCTTTCACACCTACAAGAGTCTCTCTACTCCTCTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCTGTCCCTATCTTTCACACCTACAAGAGTCTCTCTACTCCTCTA  640

seq1  TTATAATTTTTTATTTCTGTAACTACTCACTTATAGCATCAGAACAACAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATTTTTTATTTCTGTAACTACTCACTTATAGCATCAGAACAACAG  690

seq1  TTGTTTTCCATTCTACGAATCAAGAGGACTTCTCTTTAATTAAAGAATTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTCCATTCTACGAATCAAGAGGACTTCTCTTTAATTAAAGAATTA  740

seq1  GTGATTTAGAAATGGAGAAGATGCACTAGCTGCCTGAAGTTTTGTTCGAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTTAGAAATGGAGAAGATGCACTAGCTGCCTGAAGTTTTGTTCGAG  790

seq1  AAGTTTGCACAGTGACAAGCCCCATTAGAGATTTTAAGCAGAGAACTCCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTGCACAGTGACAAGCCCCATTAGAGATTTTAAGCAGAGAACTCCA  840

seq1  GCTTCCCATGCTATATCCACCCACTGAACCTCACATTAAAATGTATCAAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCATGCTATATCCACCCACTGAACCTCACATTAAAATGTATCAAT  890

seq1  GATAACCTGGGTTTTCTTTTACAACTGTCCCTTTAATGAAAATAATCAGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACCTGGGTTTTCTTTTACAACTGTCCCTTTAATGAAAATAATCAGG  940

seq1  TAGTCATCAACTCTGGGGAGTTTTGTCATTTAATCAAATTGTATTCTTGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATCAACTCTGGGGAGTTTTGTCATTTAATCAAATTGTATTCTTGA  990

seq1  ATTTATTATATGAGCTACCTGTGCACTGGAGACTTATTTTCACAGTTACA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTATATGAGCTACCTGTGCACTGGAGACTTATTTTCACAGTTACA  1040

seq1  AAGCTTTAATTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGAAAATATGTAGTCTTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTAATTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGAAAATATGTAGTCTTT  1090

seq1  CCAATTTCTCCAAAAACCTCTCTAGAAGGTACTAGTAATGAATCTGAATT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTTCTCCAAAAACCTCTCTAGAAGGTACTAGTAATGAATCTGAATT  1140

seq1  C  1149
      |
seq2  C  1141