BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260M15
Chromosome10 (Build37)
Map Location 98,516,423 - 98,676,637
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWdr51b, Galnt4
Upstream geneEG667438, EG432494, Atp2b1
Downstream geneDusp6, LOC100042222, Gad1-ps, LOC100042232, LOC667502, Csl, LOC100042246, Kitl, LOC100043208
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260M15.bB6Ng01-260M15.g
ACCGA065625GA065626
length1,038949
definitionB6Ng01-260M15.b B6Ng01-260M15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,675,595 - 98,676,637)(98,516,423 - 98,517,365)
sequence
gaattctggagctgcctaaagcctaaagcctctctcgtgcttcttttgag
cttccttaaggtcaaagcagtctattaatgccatggcgttaacagctgca
caagtatcactaagtccatgctggcaaaagaaataatatgcaatatatat
atgaatatatatatatatatatatatatgtatgatatatgtcatagaata
tatatcacccttatgattccagccctttgaagctgaagcaggaggattac
tatgagtctgaagccagcctgggctgaaaagggagactctgcctcaagaa
gccaaaagtcgccctttctcacccaccttgttaaggtatttttcctacac
taaaagtatctagtagaccgagaaagccaagattttgcaaatagaagtga
aatatattggtattataaagaactcttagaaaccatccctggatttagag
aaataattcatatcatcagtattgttaactttctgcctgtaatactaaat
tattaattggaatgagtaagtgggcatatgtgtatatatgtatgtatgtg
tgtgcccacatgtgtgcatgcatgtgtgtaaaattctatattttagcttg
tacattcaagaaggtagactgaacagagtggtggcacacacctttaatac
cagcattcaggaggcagaggcaggtggatctctgtgagtttgaggccagc
ctacatagagagttccaggacattcagggctacatagagagatcctgtct
gaaacaaccaaaaccaaacccaaataaaggaaactgaagtgctagctcag
ccttccaggctacaagctttttatttttcattttgtgaaatcaaatcaaa
tatcccatgtctccctcctgtgtttcggccctcagtctaatatcaactca
aggggggagtcattaatgtataaggtgaccagctcaaccaacttttgcgg
agatgaattttagcatatggtacgacctatgtagactactcctgaaggta
gctatgatacagaaccgttagaaatggttgctttggca
gaattctcatctcagtctgttagacgtttctaagttttatcagctcccct
ttaagctggtacctgaatctagccttcaaaagcataggaatactgattcc
tgcctaccccccaccttgagacacttcaatttaccttgatctacagattg
aggtggtttgttgagaaactagatgtcaatcaccagacaccctgatgggt
gctaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatcaaagcacaggacaagagtggat
ttcaaagaccagatttaaaatctaaaaggagagtaggtaaaggcaaggtt
ccagaggaaatagatttaaaaaaaaaaaaaagtagatctaaaagcagaat
ggtaggatacagctcgtatgcttgagacatttagaagaattctccatacg
tctttatatctacataataagatcagtgatcaagggatggaatgaggaac
catgccttcatccacagaataaacaaggtggctaacagaaatccaagaaa
aatcccctcacaggaagtgtacagatccctgggagcacacagaaggtaat
acaggacaggattttgactggctcatgtgtgtgatctacctgttttttgt
ttcatccattcttgatgtaggattcttccctgtcctagatctagtgtcaa
ctcctggggggctaggggggtggagttgagctgtcagtcatcctgggggg
tggagttgagctgtcagtcatcctgaaaccatgcgcactaagccatgtgt
ccacgggataacgaaatgggatgatgatatccacaaagcattcaaacctg
acattttctaccagggagaaccaaccaacagcatgcctgggatattacac
ccatacacaaatcatgctgtatagtagagttgggatgaactatctgctta
tctctgtggtcatcctatccagctcttatcatgatactacatggtaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_98675595_98676637
seq2: B6Ng01-260M15.b_42_1079 (reverse)

seq1  TGCCAAAGC-ACCATCTCTAACGGTTTCTGTATTACTACTACCTTCAGGA  49
      ||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |   ||||||||||||
seq2  TGCCAAAGCAACCATTTCTAACGG-TTCTGTATCATAGCTACCTTCAGGA  49

seq1  GTTGTCTACAATAAGTCCGTTCCATATGCTAAAAATCATCTACCGCAAAA  99
      || |||||| ||| || ||| ||||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  GTAGTCTAC-ATAGGT-CGTACCATATGCTAAAATTCATCT-CCGCAAAA  96

seq1  GTTGGTTTTGAGCTGGTCACCTTATACATTAATGACTCCCCCCTTGAGTT  149
      |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGG--TTGAGCTGGTCACCTTATACATTAATGACTCCCCCCTTGAGTT  144

seq1  GATATTAGACTGAGGGCCGAAACACAGGAGGGAGACATGGGATATTTGAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTAGACTGAGGGCCGAAACACAGGAGGGAGACATGGGATATTTGAT  194

seq1  TTGATTTCAC-AAATGAAAAATAAAAAGCTTGTAGCCTGGAAGGCTGAGC  248
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTCACAAAATGAAAAATAAAAAGCTTGTAGCCTGGAAGGCTGAGC  244

seq1  TAGCACTTCAGTTTCCTTTATTTGGGTTTGGTTTTTGGTTGTTTCAGACA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTTCAGTTTCCTTTATTTGGGTTTGG-TTTTGGTTGTTTCAGACA  293

seq1  GGATCTCTCTATGTAGCCCTGAATGTCCTGGAACTCTCTATGTAGGCTGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTCTCTATGTAGCCCTGAATGTCCTGGAACTCTCTATGTAGGCTGG  343

seq1  CCTCAAACTCACAGAGATCCACCTGCCTCTGCCTCCTGAATGCTGGTATT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAACTCACAGAGATCCACCTGCCTCTGCCTCCTGAATGCTGGTATT  393

seq1  AAAGGTGTGTGCCACCACTCTGTTCAGTCTACCTTCTTGAATGTACAAGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTGTGTGCCACCACTCTGTTCAGTCTACCTTCTTGAATGTACAAGC  443

seq1  TAAAATATAGAATTTTACACACATGCATGCACACATGTGGGCACACACAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATAGAATTTTACACACATGCATGCACACATGTGGGCACACACAT  493

seq1  ACATACATATATACACATATGCCCACTTACTCATTCCAATTAATAATTTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATATATACACATATGCCCACTTACTCATTCCAATTAATAATTTA  543

seq1  GTATTACAGGCAGAAAGTTAACAATACTGATGATATGAATTATTTCTCTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTACAGGCAGAAAGTTAACAATACTGATGATATGAATTATTTCTCTA  593

seq1  AATCCAGGGATGGTTTCTAAGAGTTCTTTATAATACCAATATATTTCACT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAGGGATGGTTTCTAAGAGTTCTTTATAATACCAATATATTTCACT  643

seq1  TCTATTTGCAAAATCTTGGCTTTCTCGGTCTACTAGATACTTTTAGTGTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTGCAAAATCTTGGCTTTCTCGGTCTACTAGATACTTTTAGTGTA  693

seq1  GGAAAAATACCTTAACAAGGTGGGTGAGAAAGGGCGACTTTTGGCTTCTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAATACCTTAACAAGGTGGGTGAGAAAGGGCGACTTTTGGCTTCTT  743

seq1  GAGGCAGAGTCTCCCTTTTCAGCCCAGGCTGGCTTCAGACTCATAGTAAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGAGTCTCCCTTTTCAGCCCAGGCTGGCTTCAGACTCATAGTAAT  793

seq1  CCTCCTGCTTCAGCTTCAAAGGGCTGGAATCATAAGGGTGATATATATTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGCTTCAGCTTCAAAGGGCTGGAATCATAAGGGTGATATATATTC  843

seq1  TATGACATATATCATACATATATATATATATATATATATATTCATATATA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACATATATCATACATATATATATATATATATATATATTCATATATA  893

seq1  TATTGCATATTATTTCTTTTGCCAGCATGGACTTAGTGATACTTGTGCAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCATATTATTTCTTTTGCCAGCATGGACTTAGTGATACTTGTGCAG  943

seq1  CTGTTAACGCCATGGCATTAATAGACTGCTTTGACCTTAAGGAAGCTCAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAACGCCATGGCATTAATAGACTGCTTTGACCTTAAGGAAGCTCAA  993

seq1  AAGAAGCACGAGAGAGGCTTTAGGCTTTAGGCAGCTCCAGAATTC  1043
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCACGAGAGAGGCTTTAGGCTTTAGGCAGCTCCAGAATTC  1038

seq1: chr10_98516423_98517365
seq2: B6Ng01-260M15.g_65_1013

seq1  GAATTCTCATCTCAGTCTGTTAGACGTTTCTAAGTTTTATCAGCTCCCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATCTCAGTCTGTTAGACGTTTCTAAGTTTTATCAGCTCCCCT  50

seq1  TTAAGCTGGTACCTGAATCTAGCCTTCAAAAGCATAGGAATACTGATTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCTGGTACCTGAATCTAGCCTTCAAAAGCATAGGAATACTGATTCC  100

seq1  TGCCTACCCCCCACCTTGAGACACTTCAATTTACCTTGATCTACAGATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTACCCCCCACCTTGAGACACTTCAATTTACCTTGATCTACAGATTG  150

seq1  AGGTGGTTTGTTGAGAAACTAGATGTCAATCACCAGACACCCTGATGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGTTTGTTGAGAAACTAGATGTCAATCACCAGACACCCTGATGGGT  200

seq1  GCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAAAGCACAGGACAAGAGTGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAAAGCACAGGACAAGAGTGGAT  250

seq1  TTCAAAGACCAGATTTAAAATCTAAAAGGAGAGTAGGTAAAGGCAAGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGACCAGATTTAAAATCTAAAAGGAGAGTAGGTAAAGGCAAGGTT  300

seq1  CCAGAGGAAATAGATTTAAAAAAAAAAAAAAGTAGATCTAAAAGCAGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGAAATAGATTTAAAAAAAAAAAAAAGTAGATCTAAAAGCAGAAT  350

seq1  GGTAGGATACAGCTCGTATGCTTGAGACATTTAGAAGAATTCTCCATACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGATACAGCTCGTATGCTTGAGACATTTAGAAGAATTCTCCATACG  400

seq1  TCTTTATATCTACATAATAAGATCAGTGATCAAGGGATGGAATGAGGAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATATCTACATAATAAGATCAGTGATCAAGGGATGGAATGAGGAAC  450

seq1  CATGCCTTCATCCACAGAATAAACAAGGTGGCTAACAGAAATCCAAGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTTCATCCACAGAATAAACAAGGTGGCTAACAGAAATCCAAGAAA  500

seq1  AATCCCCTCACAGGAAGTGTACAGATCCCTGGGAGCACACAGAAGGTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCCTCACAGGAAGTGTACAGATCCCTGGGAGCACACAGAAGGTAAT  550

seq1  ACAGGACAGGATTTTGACTGGCTCATGTGTGTGATCTACCTGTTTTTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGACAGGATTTTGACTGGCTCATGTGTGTGATCTACCTGTTTTTTGT  600

seq1  TTCATCCATTCTTGATGTAGGATTCTTCCCTGTCCTAGATCTAGTGTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCCATTCTTGATGTAGGATTCTTCCCTGTCCTAGATCTAGTGTCAA  650

seq1  CTCCTGGGGGGCTAGGGGGGTGGAGTTGAGCTGTCAGTCATCCTGGGGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGGGGGCTAGGGGGGTGGAGTTGAGCTGTCAGTCATCCTGGGGGG  700

seq1  TGGAGTTGAGCTGTCAGTCATCCTG-AACCATGCGCACTAAGCCATGTGT  749
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTTGAGCTGTCAGTCATCCTGAAACCATGCGCACTAAGCCATGTGT  750

seq1  CCACGGGATAACG-AATGGGATGATGAGATCCACAAAGCA-TCAAACCTG  797
      ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  CCACGGGATAACGAAATGGGATGATGATATCCACAAAGCATTCAAACCTG  800

seq1  ACA-TTTCTACCAGGCAGAACCAACC-ACAGCATGCCTGGGATAATTACA  845
      ||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  ACATTTTCTACCAGGGAGAACCAACCAACAGCATGCCTGGGAT-ATTACA  849

seq1  -CCATACACAAATTAGGCTTTATAATAGAGTTGGGATGAAATATCTG-TT  893
       |||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||| |||||| ||
seq2  CCCATACACAAATCATGCTGTATAGTAGAGTTGGGATGAACTATCTGCTT  899

seq1  ATCTCTGTGGT-AACCTTTCCAGCTCTTATCATAAATACTAGATGGGAAG  942
      ||||||||||| | ||| |||||||||||||||  |||||| |||| |||
seq2  ATCTCTGTGGTCATCCTATCCAGCTCTTATCAT-GATACTACATGGTAAG  948

seq1  A  943
      |
seq2  A  949