BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261I22
Chromosome10 (Build37)
Map Location 18,812,847 - 18,945,690
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTpi-rs5
Upstream geneReps1, LOC100039660, Ccdc28a, LOC627646, Nhsl1, Hebp2, EG627729, D10Bwg1379e, EG237300, Perp, Tnfaip3
Downstream geneEG637620, Olig3, Ifngr1, Il22ra2, Il20ra, Slc35d3, Pex7, Map3k5, Mtap7, EG621697
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261I22.bB6Ng01-261I22.g
ACCGA066197GA066198
length1,0211,147
definitionB6Ng01-261I22.b B6Ng01-261I22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,944,674 - 18,945,690)(18,812,847 - 18,813,966)
sequence
gaattctataatatatagactgtatctgtgagggttgatgaaaagctgac
ctatataagcatgtgcatatacagacagggatttagactaatcatacaat
aagtgtactaaaattattttgacagagtaggaaaatagacctactaatct
actccaaagcctcaaattacttacttatagaatgagataatgttattatc
ttttccatacggttggtgtggaaatccaataaaagaattgaataaaaagc
actctacttaaccccaggcttagcagttgcctagcacccagtgtctgctt
tatttgatactgctgctaatacaatcacagtcagtaaatagcacaaaata
tcacagcaaaaataaaacaaaacaagctcccaaaaccaaaaacctaaaac
caaaaacatgcggacaaatggactccatgtgtacagaatgaggactgtat
aacttgggggaagttgataggaagagtacgtagctgtcggtcgatcatga
agcacatatgagctcaggtgcatctgccattaaaattctgtgtctgtctt
cagttgctttggcagaattgtagtgtctagaacaagagatgatgtaactc
cccctgtctattgatagctgtctccacactgacggttctgagttcagagg
tagggagcacaccttcaggtcacgtggagagttcagataattgccagtgt
ttctagagccccatcccgaatactgacagcagaattatggccacttcttt
aaacaaaggctgacatgttggagctctttacagagatctatgtaattctg
tgatgatattaaacacaagacacttaagagattttaaaatttatttattt
tgtctgtatgtactgtttatgtctgtgtataagtgtttgtatttgtctat
atatgcatgtatgtatgcatgtatgtatgtatgcatgcagaatagataag
gtggtaacccaggaagcaaatgaattcaggagtccagggtcactattctt
ttgtaataactttactatcat
gaattcacacaaagcagcctccaaacattgactgggtcgaagtaaaaaaa
aaaaaatctacatcctctctgtcccagaagcttaaattgcttgaaatgcg
tataattattcattttggatttatccataatgagaggctttattggagga
ttctagaagactactggtgtgtccaggaacatggagactcaactcttaca
aggattttattcggtaggagcgtgttagaggtgtgcttaccactgcccag
cacacccagagattctgatggagaacgtgctcacaagtaaaacccaggag
tctgcatctttaacaagcagcagcgaggggtttgaaagcaatgacctgtg
ccctaagctgacaaacccaaggctttggggtgggggaggaagcatcacaa
agagtggactggtgactactcagaattccaggaagggtcccaaaaggaaa
caaactctaacttctttgactgaatcaagtaatttcagtgaagaaattta
agcgtgcaggcaagtataaaggatacaataagggttgttcacgtgctggg
tgagtggcaatggcagggagtcctcatatgcttgtgactgcaggggcaat
aggatcgtgaaagcatcctcaggcaatccctcggagccacagggtgatga
agacaggcctgagcagggaatatgggcaagaaggtattcaagatgcagca
tgttaaagagagtttgcacggtaaacacacatccaattagacccacacat
aagtgtttccacataaaaacacacagacacacacgtacacacacacagac
atacacacacgagacattgattggagcagggaaggtagagagtagaggtc
actttttcatatcagaacccagttggaggctgttcccacaagacccactg
attacatttatcccaaggggtgaacttccttcctcatgtgcaaagcaagg
cagcaaggggcagtaaaatatctcaagggacagaaaaataaccagccaca
tttaaaacattatttttaacatttattatttgtatatggagtgtcctctg
gaggccatggggtggtgtggtaaggagaggtcaggaggcctccttggtag
aaaggccgggatcctctccctttttccatggtgaagtccttactcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_18944674_18945690
seq2: B6Ng01-261I22.b_45_1065 (reverse)

seq1  ATGATAGT-AAGTTATTACAAA--GATAGTGA-CCTGGACT-CTGAATTC  45
      |||||||| |||||||||||||   ||||||| |||||||| ||||||||
seq2  ATGATAGTAAAGTTATTACAAAAGAATAGTGACCCTGGACTCCTGAATTC  50

seq1  ATTTTGCTTCCTGGGTTACCACCTTATCTATTCTGCATGCATACATACAT  95
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TTTGCTTCCTGGGTTACCACCTTATCTATTCTGCATGCATACATACAT  99

seq1  ACATGCATACATACATGCATATATAGACAAATACAAACACTTATACACAG  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCATACATACATGCATATATAGACAAATACAAACACTTATACACAG  149

seq1  ACATAAACAGTACATACAGACAAAATAAATAAATTTTAAAATCTCTTAAG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAACAGTACATACAGACAAAATAAATAAATTTTAAAATCTCTTAAG  199

seq1  TGTCTTGTGTTTAATATCATCACAGAATTACATAGATCTCTGTAAAGAGC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGTGTTTAATATCATCACAGAATTACATAGATCTCTGTAAAGAGC  249

seq1  TCCAACATGTCAGCCTTTGTTTAAAGAAGTGGCCATAATTCTGCTGTCAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACATGTCAGCCTTTGTTTAAAGAAGTGGCCATAATTCTGCTGTCAG  299

seq1  TATTCGGGATGGGGCTCTAGAAACACTGGCAATTATCTGAACTCTCCACG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCGGGATGGGGCTCTAGAAACACTGGCAATTATCTGAACTCTCCACG  349

seq1  TGACCTGAAGGTGTGCTCCCTACCTCTGAACTCAGAACCGTCAGTGTGGA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTGAAGGTGTGCTCCCTACCTCTGAACTCAGAACCGTCAGTGTGGA  399

seq1  GACAGCTATCAATAGACAGGGGGAGTTACATCATCTCTTGTTCTAGACAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCTATCAATAGACAGGGGGAGTTACATCATCTCTTGTTCTAGACAC  449

seq1  TACAATTCTGCCAAAGCAACTGAAGACAGACACAGAATTTTAATGGCAGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTCTGCCAAAGCAACTGAAGACAGACACAGAATTTTAATGGCAGA  499

seq1  TGCACCTGAGCTCATATGTGCTTCATGATCGACCGACAGCTACGTACTCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTGAGCTCATATGTGCTTCATGATCGACCGACAGCTACGTACTCT  549

seq1  TCCTATCAACTTCCCCCAAGTTATACAGTCCTCATTCTGTACACATGGAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATCAACTTCCCCCAAGTTATACAGTCCTCATTCTGTACACATGGAG  599

seq1  TCCATTTGTCCGCATGTTTTTGGTTTTAGGTTTTTGGTTTTGGGAGCTTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTGTCCGCATGTTTTTGGTTTTAGGTTTTTGGTTTTGGGAGCTTG  649

seq1  TTTTGTTTTATTTTTGCTGTGATATTTTGTGCTATTTACTGACTGTGATT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTATTTTTGCTGTGATATTTTGTGCTATTTACTGACTGTGATT  699

seq1  GTATTAGCAGCAGTATCAAATAAAGCAGACACTGGGTGCTAGGCAACTGC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAGCAGCAGTATCAAATAAAGCAGACACTGGGTGCTAGGCAACTGC  749

seq1  TAAGCCTGGGGTTAAGTAGAGTGCTTTTTATTCAATTCTTTTATTGGATT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCTGGGGTTAAGTAGAGTGCTTTTTATTCAATTCTTTTATTGGATT  799

seq1  TCCACACCAACCGTATGGAAAAGATAATAACATTATCTCATTCTATAAGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACACCAACCGTATGGAAAAGATAATAACATTATCTCATTCTATAAGT  849

seq1  AAGTAATTTGAGGCTTTGGAGTAGATTAGTAGGTCTATTTTCCTACTCTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATTTGAGGCTTTGGAGTAGATTAGTAGGTCTATTTTCCTACTCTG  899

seq1  TCAAAATAATTTTAGTACACTTATTGTATGATTAGTCTAAATCCCTGTCT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATAATTTTAGTACACTTATTGTATGATTAGTCTAAATCCCTGTCT  949

seq1  GTATATGCACATGCTTATATAGGTCAGCTTTTCATCAACCCTCACAGATA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGCACATGCTTATATAGGTCAGCTTTTCATCAACCCTCACAGATA  999

seq1  CAGTCTATATATTATAGAATTC  1017
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTATATATTATAGAATTC  1021

seq1: chr10_18812847_18813966
seq2: B6Ng01-261I22.g_64_1210

seq1  GAATTCACACAAAGCAGCCTCCAAACATTGACTGGGTCGAAGTAAAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACAAAGCAGCCTCCAAACATTGACTGGGTCGAAGTAAAAAAA  50

seq1  AAAAAATCTACATCCTCTCTGTCCCAGAAGCTTAAATTGCTTGAAATGCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATCTACATCCTCTCTGTCCCAGAAGCTTAAATTGCTTGAAATGCG  100

seq1  TATAATTATTCATTTTGGATTTATCCATAATGAGAGGCTTTATTGGAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTATTCATTTTGGATTTATCCATAATGAGAGGCTTTATTGGAGGA  150

seq1  TTCTAGAAGACTACTGGTGTGTCCAGGAACATGGAGACTCAACTCTTACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGAAGACTACTGGTGTGTCCAGGAACATGGAGACTCAACTCTTACA  200

seq1  AGGATTTTATTCGGTAGGAGCGTGTTAGAGGTGTGCTTACCACTGCCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTTTATTCGGTAGGAGCGTGTTAGAGGTGTGCTTACCACTGCCCAG  250

seq1  CACACCCAGAGATTCTGATGGAGAACGTGCTCACAAGTAAAACCCAGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCAGAGATTCTGATGGAGAACGTGCTCACAAGTAAAACCCAGGAG  300

seq1  TCTGCATCTTTAACAAGCAGCAGCGAGGGGTTTGAAAGCAATGACCTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATCTTTAACAAGCAGCAGCGAGGGGTTTGAAAGCAATGACCTGTG  350

seq1  CCCTAAGCTGACAAACCCAAGGCTTTGGGGTGGGGGAGGAAGCATCACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAGCTGACAAACCCAAGGCTTTGGGGTGGGGGAGGAAGCATCACAA  400

seq1  AGAGTGGACTGGTGACTACTCAGAATTCCAGGAAGGGTCCCAAAAGGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGGACTGGTGACTACTCAGAATTCCAGGAAGGGTCCCAAAAGGAAA  450

seq1  CAAACTCTAACTTCTTTGACTGAATCAAGTAATTTCAGTGAAGAAATTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTCTAACTTCTTTGACTGAATCAAGTAATTTCAGTGAAGAAATTTA  500

seq1  AGCGTGCAGGCAAGTATAAAGGATACAATAAGGGTTGTTCACGTGCTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTGCAGGCAAGTATAAAGGATACAATAAGGGTTGTTCACGTGCTGGG  550

seq1  TGAGTGGCAATGGCAGGGAGTCCTCATATGCTTGTGACTGCAGGGGCAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGGCAATGGCAGGGAGTCCTCATATGCTTGTGACTGCAGGGGCAAT  600

seq1  AGGATCGTGAAAGCATCCTCAGGCAATCCCTCGGAGCCACAGGGTGATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCGTGAAAGCATCCTCAGGCAATCCCTCGGAGCCACAGGGTGATGA  650

seq1  AGACAGGCCTGAGCAGGGAATATGGGCAAGAAGGTATTCAAGATGCAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGCCTGAGCAGGGAATATGGGCAAGAAGGTATTCAAGATGCAGCA  700

seq1  TGTTAAAGAGAGTTTGCACGGTAAACACACATCCAATTAGACCCACACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAAGAGAGTTTGCACGGTAAACACACATCCAATTAGACCCACACAT  750

seq1  AAGTGTTTCCACATAAAAACACACAGACACACACGTACACACACACAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTTCCACATAAAAACACACAGACACACACGTACACACACACAGAC  800

seq1  ATACACACACGAGACATTGATTGGAGCA-GGAAGGTAGAGAGTAGAGGTC  849
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACACGAGACATTGATTGGAGCAGGGAAGGTAGAGAGTAGAGGTC  850

seq1  AC-TTTTCATATCAGAACCCAGTTGGAGGCTG-TCCCACAAGACCCACTG  897
      || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTCATATCAGAACCCAGTTGGAGGCTGTTCCCACAAGACCCACTG  900

seq1  ATTACA-TTATCCCAA-GGGTGAACTTCCTTCCTCATGTGCAAAGCAAGG  945
      |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATTTATCCCAAGGGGTGAACTTCCTTCCTCATGTGCAAAGCAAGG  950

seq1  CAGCAAGGGGCAGT-AAATATCTCAGGGGACAG-AAAATAACCAG-CACA  992
      |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||
seq2  CAGCAAGGGGCAGTAAAATATCTCAAGGGACAGAAAAATAACCAGCCACA  1000

seq1  TTAAAAACATTATTTTTAACATTTATTTATTTGTATAT-GAGTGT-CTCT  1040
      || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||
seq2  TTTAAAACATTATTTTTAACATTTA-TTATTTGTATATGGAGTGTCCTCT  1049

seq1  G--AGCCATGGTGTG----TGTAAG--GAGGTCAGGAGG-CTCCTT-GTA  1080
      |   ||||||| |||     |||||  |||||||||||| |||||| |||
seq2  GGAGGCCATGGGGTGGTGTGGTAAGGAGAGGTCAGGAGGCCTCCTTGGTA  1099

seq1  GAA--GCCGG--TTCTCT-CCTTTTCCCAT-GTGAA-TCC-TACTCAT  1120
      |||  |||||  | |||| |||||| |||| ||||| ||| |||||||
seq2  GAAAGGCCGGGATCCTCTCCCTTTTTCCATGGTGAAGTCCTTACTCAT  1147