BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262F13
Chromosome10 (Build37)
Map Location 109,100,660 - 109,289,891
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNav3
Upstream geneSyt1, EG368203
Downstream geneLOC100042497, LOC100042502, LOC100042506, LOC100042510, LOC667855, 9230102K24Rik, LOC100042518, E2f7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262F13.bB6Ng01-262F13.g
ACCGA066789GA066790
length1,1151,156
definitionB6Ng01-262F13.b B6Ng01-262F13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,100,660 - 109,101,788)(109,288,736 - 109,289,891)
sequence
gaattcaattcagggcatctacaagaacagccagtgctcctaactgctga
gtcatctcaccagcccaaaaattctgttcttgaaccagaaggtatgtatg
gataatatatacatacatttacatatacacatacacatacatcatataca
tataaacattttatatatatatatatatgcatatatttttttttcctaac
aaatgcttccaaggcaaacactttactgagatctcaccaacccgaaattt
acttttaactgctgttttctcagccaatatatgtaacctcaggaagtttc
ccatgacccaaagactcaatagtctacagaagtataattgcattcattaa
cattttaaggatatgaaagacttgtagaaagcaaagcacgagacaactgt
gctgaccagaccactgacaccttatgttactatttacgaacatattttaa
cagacgtatttcctcatgtatcacatgctttaatctagcccattacattt
aggctgcttttatcaatgttgacacctatgcattaagtgtcatttaaaaa
aaattactgacacaagactgtctatataaaatggtgggtctcatttcttg
tgtgggtcccctcagcatctaagtctggcagaggtgagcattttacagca
aaggtcgtgcagatgttcttcatacagaacgcaatgtccacaaactgaaa
agctaccccccccccccgtcataaaacagtttcactggcaagtgcattct
gcttccaagtgctctcatttattctgcgagcttcagaaaacgactgagtg
aaagcagtcacgttctctccccccaacacaggaagatgtcaccctgtttt
gtttttgaaaaatatataacttgaagattgcaaccaagtcccaacatgct
tgagaagaaaaacctggagagacttctgaaaaggcgaaggctggaatagt
tataactaagtgtagtaaagaaagaaatccagcaaggtaggaaggaggga
tatattggggcagggtgtacagaagaagccagcagaagatgacgatgttt
gcaatggacaggaaacagtccaggagagagcaccttgacctcgactgacg
atcctaggagcattt

gaattccaaagccaggctcaaaggtgcccacgccaaagcaaactatttca
cctggcagcgcagcaagtaaagagtctgagaaattcaggactagcaaggg
aagctcttctcaggccttcccaaaggccatcacagcggagaaagcaagca
cgcccagcctctctacccctctggatgggcgggaagctgggcaagcgtct
ccctccagctcctgtgttatgcaggtcacacacagcagtggacagagccc
tggcaatggagctgtccagcttcctcagcagcagcagcatagccatccca
acacagccacggtggctccgttcatttataggtgaggtggcctctgtggg
cctgtgttcacagatctgcatatctagacaagtaacattaagttaaatgg
gcattggacaatgtttctctttgaagctacagactagagtttggcacaaa
agcttagtctgcagaaaccttaccatgtgtcaggccttattttgttggaa
gctgagggccttcaaaacttaacttccatcctgctgagggcaggatggaa
tccaggcggcatacatttctcatgattagttgttcatcatactactctgt
tatgactggcaactggggactgctattagtgcaaactgtctcctaaaata
atctcagacttaaggcagtgacaatttttttgttgtcatgtttgggataa
aatataatgattaaaatagttgtccccaagagcatacacatatacactga
attcccagctgtaccatttgacagctcctgactttaaacaagtcacttaa
aactttcctagtttcatttccttcagctgttagtagagtttaaaataata
acaaaggtaatggatatatttgctctactacagtacaatgtaagtcacta
aatgtttttataagtatagcattcacaaagtaaatgtatgttaaatttct
actactaaatataagtttgtagatgaaaacattctataagtagtacattc
atattttgcagttttgggggtatgcattctaaagtgtatacatcaaaccc
gattatgttatttatatattctaaatatgtacatatactacatagtaacg
aaagaagctgatttttcttgtgctgtgactgcctcatcaatccacattct
gtcagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_109100660_109101788
seq2: B6Ng01-262F13.b_48_1162

seq1  GAATTCAATTCAGGGCATCTACAAGAACAGCCAGTGCTCCTAACTGCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTCAGGGCATCTACAAGAACAGCCAGTGCTCCTAACTGCTGA  50

seq1  GTCATCTCACCAGCCCAAAAATTCTGTTCTTGAACCAGAAGGTATGTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCTCACCAGCCCAAAAATTCTGTTCTTGAACCAGAAGGTATGTATG  100

seq1  GATAATATATACATACATTTACATATACACATACACATACATCATATACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATATATACATACATTTACATATACACATACACATACATCATATACA  150

seq1  TATAAACATTTTATATATATATATATATGCATATATTTTTTTTTCCTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAACATTTTATATATATATATATATGCATATATTTTTTTTTCCTAAC  200

seq1  AAATGCTTCCAAGGCAAACACTTTACTGAGATCTCACCAACCCGAAATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTTCCAAGGCAAACACTTTACTGAGATCTCACCAACCCGAAATTT  250

seq1  ACTTTTAACTGCTGTTTTCTCAGCCAATATATGTAACCTCAGGAAGTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTAACTGCTGTTTTCTCAGCCAATATATGTAACCTCAGGAAGTTTC  300

seq1  CCATGACCCAAAGACTCAATAGTCTACAGAAGTATAATTGCATTCATTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGACCCAAAGACTCAATAGTCTACAGAAGTATAATTGCATTCATTAA  350

seq1  CATTTTAAGGATATGAAAGACTTGTAGAAAGCAAAGCACGAGACAACTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTAAGGATATGAAAGACTTGTAGAAAGCAAAGCACGAGACAACTGT  400

seq1  GCTGACCAGACCACTGACACCTTATGTTACTATTTACGAACATATTTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACCAGACCACTGACACCTTATGTTACTATTTACGAACATATTTTAA  450

seq1  CAGACGTATTTCCTCATGTATCACATGCTTTAATCTAGCCCATTACATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACGTATTTCCTCATGTATCACATGCTTTAATCTAGCCCATTACATTT  500

seq1  AGGCTGCTTTTATCAATGTTGACACCTATGCATTAAGTGTCATTTAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGCTTTTATCAATGTTGACACCTATGCATTAAGTGTCATTTAAAAA  550

seq1  AAATTACTGACACAAGACTGTCTATATAAAATGGTGGGTCTCATTTCTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACTGACACAAGACTGTCTATATAAAATGGTGGGTCTCATTTCTTG  600

seq1  TGTGGGTCCCCTCAGCATCTAAGTCTGGCAGAGGTGAGCATTTTACAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTCCCCTCAGCATCTAAGTCTGGCAGAGGTGAGCATTTTACAGCA  650

seq1  AAGGTCGTGCAGATGTTCTTCATACAGAACGCAATGTCCACAAACTGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCGTGCAGATGTTCTTCATACAGAACGCAATGTCCACAAACTGAAA  700

seq1  AGCTACCCCCCCCCCCCGTCATAAAACAGTTTCACTGGCAAGTGCATTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACCCCCCCCCCCCGTCATAAAACAGTTTCACTGGCAAGTGCATTCT  750

seq1  GCTTCCAAGTGCTCTCATTTATTCTGCGAGCTTCAGAAAACGACTGAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCAAGTGCTCTCATTTATTCTGCGAGCTTCAGAAAACGACTGAGTG  800

seq1  AAAGCAGTCACGTTCTCTCCCCCCAACACAGGAAGATGTCA-CCTGTTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAAGCAGTCACGTTCTCTCCCCCCAACACAGGAAGATGTCACCCTGTTTT  850

seq1  GTTTTTGAAAAATATATAACTTGAAGATTGCAACCAAGTCCCAACATGCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGAAAAATATATAACTTGAAGATTGCAACCAAGTCCCAACATGCT  900

seq1  TGAGAAGAAAAACCTGGAGAGACTTCTGAAAAGGCGAAGGCTGGAATAGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGAAAAACCTGGAGAGACTTCTGAAAAGGCGAAGGCTGGAATAGT  950

seq1  TATAACTAAGTGTAGTTAAAGAAAGAAAATCCAAGCAAGGTAAGGAAGGG  999
      ||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| ||||| ||
seq2  TATAACTAAGTGTAG-TAAAGAAAG-AAATCC-AGCAAGGT-AGGAA-GG  995

seq1  AGGGATATATTGGGGCAGGGGTGTACAAGAAAGAAGCCAGCAAGGAAAGA  1049
      ||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||    ||||
seq2  AGGGATATATTGGGGCA-GGGTGTACA--GAAGAAGCCAGCA---GAAGA  1039

seq1  TGACAGATGTTTGCAAATGGAACAGGAGACAGTCCAAGAGAGAGCA-CTT  1098
      |||| ||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||
seq2  TGAC-GATGTTTGC-AATGG-ACAGGAAACAGTCCAGGAGAGAGCACCTT  1086

seq1  GAGCTCAGACTGACGGATACTAAGAGCATTT  1129
      || ||| ||||||| ||| ||| ||||||||
seq2  GACCTC-GACTGAC-GATCCTAGGAGCATTT  1115


seq1: chr10_109288736_109289891
seq2: B6Ng01-262F13.g_64_1219 (reverse)

seq1  GCTGACAGAATGCTGATTGATGAGGCAAGTCACAGCACAAGAAAAATCAG  50
      ||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACAGAATGTGGATTGATGAGGC-AGTCACAGCACAAGAAAAATCAG  49

seq1  CTTCTTTGGTAACTATGTAGTAATATGTACATATTT----TAGATATAAT  96
      ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||    || ||| |  
seq2  CTTCTTTCGTTACTATGTAGT-ATATGTACATATTTAGAATATATAAATA  98

seq1  ACATAATCGTGTTTGATGTATACACTTTAGAATGCATA-CCCCAAAACTG  145
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACATAATCGGGTTTGATGTATACACTTTAGAATGCATACCCCCAAAACTG  148

seq1  CAAAATATGAATGTACTACTTATAGAATTGTTTTCATCTACAAACTTATA  195
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATATGAATGTACTACTTATAGAA-TGTTTTCATCTACAAACTTATA  197

seq1  TTTAGTAGTAGGAATTTAACATAACATTTACTTTGTGAATGCTATACCTT  245
      ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTTAGTAGTAGAAATTTAACAT-ACATTTACTTTGTGAATGCTATA-CTT  245

seq1  ATAAAAACATTTAGTGACTTACATTGTACTGTAGTAGAGCAAATATATCC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAACATTTAGTGACTTACATTGTACTGTAGTAGAGCAAATATATCC  295

seq1  ATTACCTTTGTTATTATTTTAAACTCTACTAACAGCTGAAGGAAATGAAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCTTTGTTATTATTTTAAACTCTACTAACAGCTGAAGGAAATGAAA  345

seq1  CTAGGAAAGTTTTAAGTGACTTGTTTAAAGTCAGGAGCTGTCAAATGGTA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAAAGTTTTAAGTGACTTGTTTAAAGTCAGGAGCTGTCAAATGGTA  395

seq1  CAGCTGGGAATTCAGTGTATATGTGTATGCTCTTGGGGACAACTATTTTA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGGAATTCAGTGTATATGTGTATGCTCTTGGGGACAACTATTTTA  445

seq1  ATCATTATATTTTATCCCAAACATGACAACAAAAAAATTGTCACTGCCTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTATATTTTATCCCAAACATGACAACAAAAAAATTGTCACTGCCTT  495

seq1  AAGTCTGAGATTATTTTAGGAGACAGTTTGCACTAATAGCAGTCCCCAGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGAGATTATTTTAGGAGACAGTTTGCACTAATAGCAGTCCCCAGT  545

seq1  TGCCAGTCATAACAGAGTAGTATGATGAACAACTAATCATGAGAAATGTA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGTCATAACAGAGTAGTATGATGAACAACTAATCATGAGAAATGTA  595

seq1  TGCCGCCTGGATTCCATCCTGCCCTCAGCAGGATGGAAGTTAAGTTTTGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGCCTGGATTCCATCCTGCCCTCAGCAGGATGGAAGTTAAGTTTTGA  645

seq1  AGGCCCTCAGCTTCCAACAAAATAAGGCCTGACACATGGTAAGGTTTCTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCTCAGCTTCCAACAAAATAAGGCCTGACACATGGTAAGGTTTCTG  695

seq1  CAGACTAAGCTTTTGTGCCAAACTCTAGTCTGTAGCTTCAAAGAGAAACA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTAAGCTTTTGTGCCAAACTCTAGTCTGTAGCTTCAAAGAGAAACA  745

seq1  TTGTCCAATGCCCATTTAACTTAATGTTACTTGTCTAGATATGCAGATCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCAATGCCCATTTAACTTAATGTTACTTGTCTAGATATGCAGATCT  795

seq1  GTGAACACAGGCCCACAGAGGCCACCTCACCTATAAATGAACGGAGCCAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACACAGGCCCACAGAGGCCACCTCACCTATAAATGAACGGAGCCAC  845

seq1  CGTGGCTGTGTTGGGATGGCTATGCTGCTGCTGCTGAGGAAGCTGGACAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGCTGTGTTGGGATGGCTATGCTGCTGCTGCTGAGGAAGCTGGACAG  895

seq1  CTCCATTGCCAGGGCTCTGTCCACTGCTGTGTGTGACCTGCATAACACAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTGCCAGGGCTCTGTCCACTGCTGTGTGTGACCTGCATAACACAG  945

seq1  GAGCTGGAGGGAGACGCTTGCCCAGCTTCCCGCCCATCCAGAGGGGTAGA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGGAGGGAGACGCTTGCCCAGCTTCCCGCCCATCCAGAGGGGTAGA  995

seq1  GAGGCTGGGCGTGCTTGCTTTCTCCGCTGTGATGGCCTTTGGGAAGGCCT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGGGCGTGCTTGCTTTCTCCGCTGTGATGGCCTTTGGGAAGGCCT  1045

seq1  GAGAAGAGCTTCCCTTGCTAGTCCTGAATTTCTCAGACTCTTTACTTGCT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAGCTTCCCTTGCTAGTCCTGAATTTCTCAGACTCTTTACTTGCT  1095

seq1  GCGCTGCCAGGTGAAATAGTTTGCTTTGGCGTGGGCACCTTTGAGCCTGG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTGCCAGGTGAAATAGTTTGCTTTGGCGTGGGCACCTTTGAGCCTGG  1145

seq1  CTTTGGAATTC  1156
      |||||||||||
seq2  CTTTGGAATTC  1156


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |