BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263N13
Chromosome10 (Build37)
Map Location 117,446,204 - 117,585,759
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMdm1
Upstream geneBest3, Lrrc10, Cct2, Frs2, Yeats4, 9530003J23Rik, Lyzs, Lyz, Cpsf6, LOC668146, LOC668149, Kifc5c, Cpm, Mdm2, Slc35e3, Nup107, Rap1b
Downstream geneIl22, LOC672934, LOC668180, LOC668186, LOC668187, LOC668191, EG668193, Iltifb, LOC668198, EG668203, EG668205, EG668209, EG668213, LOC668216, Ifng, LOC100043478, LOC100042850, Dyrk2, LOC668223, LOC100042861, LOC674417
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263N13.bB6Ng01-263N13.g
ACCGA067909GA067910
length1,1421,132
definitionB6Ng01-263N13.b B6Ng01-263N13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,584,607 - 117,585,759)(117,446,204 - 117,447,340)
sequence
gaattcagtctaagaacaccccagaggacagcagcaattaacagaatatt
tattagcaagataataaaatactaaaattgcacaaaatataatgaaattt
gtctcacaaattagtccattatgccttttaaaattttgcaaataaaaact
caattcctgccatcatttaactgactcaaggggacaattatatgcagtgc
tgctttcaatatataaatgtccaaagcagttagtcttccttaaaaaatag
acatcatgcaaaaacgttaataacaatttagaacataaccaattggatga
ttaagaagatagtgacataaaaccatcctctggcctgtgaacttgccact
ccccctcgctgtcactgccccgcctcccacttagagggcctggcaatgcc
gatcaccaatagcacaggactgtgtagtatcgccactgtagatcagaagg
gagagcaagagcctagcaaacctctcactgtcttccagaactcagagcca
ggcccaggtcagaaccgactctttccatgtagcctgtactcacacacgag
tcaggtgagaacactcagaaacgcatctcttgagctacctgattggatgc
aaacactggagcgctttctttagaagtcttccaaacaaactgcctttggt
attcagaatttctcaaggcattattcgtgggaacaacggccaatccagct
ttcttacgaagatgcctatccaactgttgggggaaaaaacccacttaaag
ctattaaaatttgctacacaaattccttttaagtctaaattgcgctgtaa
agcatgcaacaggaactttatccctttaagttttaagtgtaccttacagt
tttgctaactacattcagacagtagtatggcaaacttttaaatcatcact
tttaaactgtctaaatatttaagcctgctattatgctatgcatctcaaaa
aaatagagtagagccatgctcagttcctttctgccaatcattcacaagta
aatctactatcaaatataaataaataaatcatagcacctcacctgtccac
aacactctgtggcccctccctctgccacaatctcacaacatcactcatgg
acctgtatgccctggctttctcacaggtcacagaatctcctc
gaattccaacaggcttagcacagctcatatttcaagattgagtccagagt
agctgatgatcatactgttggtatcaattgttccagtgaggggctggagt
gatgactcagtggtcaggagcactggctgctcttccagaggaccagagtt
caattcccagtactcccaactggccattaatctagttctggggatccaat
gccctcttctggcctccacaggcactgcatgcacgtggtacacagataca
cacgcaggcaaaacaccagtccaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaa
caaaacaaaacaaaacaaaacaaaacgttttttaaaaagacaccagtaaa
acctttcacagagtggaagaatcgctgctacacaacagttccatagatga
gaaccaagtttccactccacagagatcggacactaaaaaaaaacattcct
cccaccatgctagagacacgaatgcagagggatggaagtcagccatgctt
gcaacagttgactccatgttttaggcaccctcttctctatcgctgacccc
ttgaatatttgctcagggactctctcaactggtctgaccctctacccact
tttgtgacaatgctttacattttatgtgctgtgtccatcagtgggaccca
caggagtgacccagagaggctcagggaaatggcgtgctatcagtaagatg
ggttagatggcagtgtgggggcagaaatgtggtgtgagaagccgccagaa
caccaccagaagttctttggtgagtttctctctatggcatcaccacagca
aagctcagcaatgcaatgtaaggcgaaccaatacacacatgctgttagca
aagaatggcgaggtggagcaaagcaaaccaatgctctatctctgtctgtg
ggtcatatccatattccttctgaacatcatgtgtcctttcacatgtttgc
tatagtaaaacatcctctcacctgtgtctgctttcagcaaaacatttgac
atactggcttctcaaagggaaccaggagtttcactcagtagatatttgat
gtttgatatttgatctgtagagcactggttatacgatgagccaggcttac
catcagatggagtctggcttggcccagtacta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_117584607_117585759
seq2: B6Ng01-263N13.b_47_1188 (reverse)

seq1  GAGGAGAATCTGTGACTTGTTGAGAAAGCCAGGGCATACAGGGGTCCATG  50
      ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  GAGGAGATTCTGTGACCTG-TGAGAAAGCCAGGGCATACA--GGTCCATG  47

seq1  GAAGGTGATG-TGTGAGATTGGTGGGCAGAGGGAAGGGGGCCACAGAGGT  99
          |||||| ||||||||||   ||||||||||  ||||||||||||  
seq2  ---AGTGATGTTGTGAGATTG--TGGCAGAGGGA--GGGGCCACAGAGTG  90

seq1  GTGTGGACAGGGTGAGGTGCTATGATTTATTTATTTATATTTGATAGTAG  149
       |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGACA-GGTGAGGTGCTATGATTTATTTATTTATATTTGATAGTAG  139

seq1  ATTTACTTGTGAATGATTGGCAGAAAGGAACTGAGCATGGCTCTACTCTA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTTGTGAATGATTGGCAGAAAGGAACTGAGCATGGCTCTACTCTA  189

seq1  TTTTTTTGAGATGCATTAGCATAATAGCAGGCTTAAATATTTAGACAGTT  249
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGAGATGCA-TAGCATAATAGCAGGCTTAAATATTTAGACAGTT  238

seq1  TAAAAGTGATGATTTAAAAGTTTGCCATACTACTGTCTGAATGTAGTTAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTGATGATTTAAAAGTTTGCCATACTACTGTCTGAATGTAGTTAG  288

seq1  CAAAACTGTAAGGTACACTTAAAACTTAAAGGGATAAAGTTCCTGTTGCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTGTAAGGTACACTTAAAACTTAAAGGGATAAAGTTCCTGTTGCA  338

seq1  TGCTTTACAGCGCAATTTAGACTTAAAAGGAATTTGTGTAGCAAATTTTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTACAGCGCAATTTAGACTTAAAAGGAATTTGTGTAGCAAATTTTA  388

seq1  ATAGCTTTAAGTGGGTTTTTTCCCCCAACAGTTGGATAGGCATCTTCGTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTTTAAGTGGGTTTTTTCCCCCAACAGTTGGATAGGCATCTTCGTA  438

seq1  AGAAAGCTGGATTGGCCGTTGTTCCCACGAATAATGCCTTGAGAAATTCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCTGGATTGGCCGTTGTTCCCACGAATAATGCCTTGAGAAATTCT  488

seq1  GAATACCAAAGGCAGTTTGTTTGGAAGACTTCTAAAGAAAGCGCTCCAGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACCAAAGGCAGTTTGTTTGGAAGACTTCTAAAGAAAGCGCTCCAGT  538

seq1  GTTTGCATCCAATCAGGTAGCTCAAGAGATGCGTTTCTGAGTGTTCTCAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCATCCAATCAGGTAGCTCAAGAGATGCGTTTCTGAGTGTTCTCAC  588

seq1  CTGACTCGTGTGTGAGTACAGGCTACATGGAAAGAGTCGGTTCTGACCTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCGTGTGTGAGTACAGGCTACATGGAAAGAGTCGGTTCTGACCTG  638

seq1  GGCCTGGCTCTGAGTTCTGGAAGACAGTGAGAGGTTTGCTAGGCTCTTGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGGCTCTGAGTTCTGGAAGACAGTGAGAGGTTTGCTAGGCTCTTGC  688

seq1  TCTCCCTTCTGATCTACAGTGGCGATACTACACAGTCCTGTGCTATTGGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTTCTGATCTACAGTGGCGATACTACACAGTCCTGTGCTATTGGT  738

seq1  GATCGGCATTGCCAGGCCCTCTAAGTGGGAGGCGGGGCAGTGACAGCGAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGGCATTGCCAGGCCCTCTAAGTGGGAGGCGGGGCAGTGACAGCGAG  788

seq1  GGGGAGTGGCAAGTTCACAGGCCAGAGGATGGTTTTATGTCACTATCTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGTGGCAAGTTCACAGGCCAGAGGATGGTTTTATGTCACTATCTTC  838

seq1  TTAATCATCCAATTGGTTATGTTCTAAATTGTTATTAACGTTTTTGCATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCATCCAATTGGTTATGTTCTAAATTGTTATTAACGTTTTTGCATG  888

seq1  ATGTCTATTTTTTAAGGAAGACTAACTGCTTTGGACATTTATATATTGAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTATTTTTTAAGGAAGACTAACTGCTTTGGACATTTATATATTGAA  938

seq1  AGCAGCACTGCATATAATTGTCCCCTTGAGTCAGTTAAATGATGGCAGGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCACTGCATATAATTGTCCCCTTGAGTCAGTTAAATGATGGCAGGA  988

seq1  ATTGAGTTTTTATTTGCAAAATTTTAAAAGGCATAATGGACTAATTTGTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGTTTTTATTTGCAAAATTTTAAAAGGCATAATGGACTAATTTGTG  1038

seq1  AGACAAATTTCATTATATTTTGTGCAATTTTAGTATTTTATTATCTTGCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAATTTCATTATATTTTGTGCAATTTTAGTATTTTATTATCTTGCT  1088

seq1  AATAAATATTCTGTTAATTGCTGCTGTCCTCTGGGGTGTTCTTAGACTGA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATATTCTGTTAATTGCTGCTGTCCTCTGGGGTGTTCTTAGACTGA  1138

seq1  ATTC  1153
      ||||
seq2  ATTC  1142

seq1: chr10_117446204_117447340
seq2: B6Ng01-263N13.g_68_1199

seq1  GAATTCCAACAGGCTTAGCACAGCTCATATTTCAAGATTGAGTCCAGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACAGGCTTAGCACAGCTCATATTTCAAGATTGAGTCCAGAGT  50

seq1  AGCTGATGATCATACTGTTGGTATCAATTGTTCCAGTGAGGGGCTGGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGATGATCATACTGTTGGTATCAATTGTTCCAGTGAGGGGCTGGAGT  100

seq1  GATGACTCAGTGGTCAGGAGCACTGGCTGCTCTTCCAGAGGACCAGAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTCAGTGGTCAGGAGCACTGGCTGCTCTTCCAGAGGACCAGAGTT  150

seq1  CAATTCCCAGTACTCCCAACTGGCCATTAATCTAGTTCTGGGGATCCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCCCAGTACTCCCAACTGGCCATTAATCTAGTTCTGGGGATCCAAT  200

seq1  GCCCTCTTCTGGCCTCCACAGGCACTGCATGCACGTGGTACACAGATACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCTTCTGGCCTCCACAGGCACTGCATGCACGTGGTACACAGATACA  250

seq1  CACGCAGGCAAAACACCAGTCCAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCAGGCAAAACACCAGTCCAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAA  300

seq1  CAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACGTTTTTTAAAAAGACACCAGTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACGTTTTTTAAAAAGACACCAGTAAA  350

seq1  ACCTTTCACAGAGTGGAAGAATCGCTGCTACACAACAGTTCCATAGATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTCACAGAGTGGAAGAATCGCTGCTACACAACAGTTCCATAGATGA  400

seq1  GAACCAAGTTTCCACTCCACAGAGATCGGACACTAAAAAAAAACATTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAAGTTTCCACTCCACAGAGATCGGACACTAAAAAAAAACATTCCT  450

seq1  CCCACCATGCTAGAGACACGAATGCAGAGGGATGGAAGTCAGCCATGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCATGCTAGAGACACGAATGCAGAGGGATGGAAGTCAGCCATGCTT  500

seq1  GCAACAGTTGACTCCATGTTTTAGGCACCCTCTTCTCTATCGCTGACCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAGTTGACTCCATGTTTTAGGCACCCTCTTCTCTATCGCTGACCCC  550

seq1  TTGAATATTTGCTCAGGGACTCTCTCAACTGGTCTGACCCTCTACCCACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATATTTGCTCAGGGACTCTCTCAACTGGTCTGACCCTCTACCCACT  600

seq1  TTTGTGACAATGCTTTACATTTTATGTGCTGTGTCCATCAGTGGGACCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGACAATGCTTTACATTTTATGTGCTGTGTCCATCAGTGGGACCCA  650

seq1  CAGGAGTGACCCAGAGAGGCTCAGGGAAATGGCGTGCTATCAGTAAGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGTGACCCAGAGAGGCTCAGGGAAATGGCGTGCTATCAGTAAGATG  700

seq1  GGTTAGATGGCAGTGTGGGGGCAGAAATGTGGTGTGAGAAGCCGCCAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGATGGCAGTGTGGGGGCAGAAATGTGGTGTGAGAAGCCGCCAGAA  750

seq1  CACCACCAGAAGTTCTTTGGTGAGTTTCTCTCTATGGCATCACCACAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACCAGAAGTTCTTTGGTGAGTTTCTCTCTATGGCATCACCACAGCA  800

seq1  AAGCTCAGCAATGCAATGTAAGGCGAACCAATACACACATGCTGTTAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCAGCAATGCAATGTAAGGCGAACCAATACACACATGCTGTTAGCA  850

seq1  AAGAATGGCGAGGTGGAGCAAAGCAAACCAATGCTCTATCTCTGTCTGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGGCGAGGTGGAGCAAAGCAAACCAATGCTCTATCTCTGTCTGTG  900

seq1  GGTCATATCCATATTCCTTCTGAACATCATGTGTCCTTTCACATGTTTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATATCCATATTCCTTCTGAACATCATGTGTCCTTTCACATGTTTGC  950

seq1  TATAGTAAAACATCCTCTCACCTGTGTCTGC-TTCAGCAAAACATTTGAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TATAGTAAAACATCCTCTCACCTGTGTCTGCTTTCAGCAAAACATTTGAC  1000

seq1  ATACTGGCTTCTCAAA-GGAACCAGAAGTTTCCACTTCAGTAGGATATTT  1048
      |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||| |||||||
seq2  ATACTGGCTTCTCAAAGGGAACCAGGAGTTT-CAC-TCAGTA-GATATTT  1047

seq1  GATGTTTGATATTTGATCTG-AGAGCCACTGGTATAACGGAATGAGCAAG  1097
      |||||||||||||||||||| |||| |||||||   |||  |||||| | 
seq2  GATGTTTGATATTTGATCTGTAGAG-CACTGGTTATACG--ATGAGCCA-  1093

seq1  GGTTTACCATCAGATGGAGTCCTGGCTCTGCCCAGTACTA  1137
      || ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||
seq2  GGCTTACCATCAGATGGAGT-CTGGCTTGGCCCAGTACTA  1132