BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268B11
Chromosome10 (Build37)
Map Location 123,338,801 - 123,478,055
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePpm1h, D630033A02Rik, Mon2, Usp15, LOC100042958, AI851790
Downstream gene4930503E24Rik, LOC671416
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268B11.bB6Ng01-268B11.g
ACCGA071045GA071046
length732765
definitionB6Ng01-268B11.b B6Ng01-268B11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,338,801 - 123,339,530)(123,477,292 - 123,478,055)
sequence
gaattctaaaactactttgcccttttttaatggttctaggacagttaaaa
aaccacaaaagaataaaaggggtactctagagacaatatgatacataaag
ctagactacagagataatttttgtaccatatgggagagtgtatatagtct
aaaaacaggggcaaaaaacaacattgccacacttctgtcatataagaaaa
agacatttccttagcttgatccatatagccctctctgaagataagcaatc
ctgttcactgtcatgatcagatttttagcatgctaaaagcaacttgaagt
tcaatgttggatttagggtctggagattttgcgagacaccagagactgac
agaatcatttgtccatgtgcaagctagacctaggttcagaagaatactcc
tgaattctgtgcttgcccgctccttagtgctggcctttttgttcttctgt
ggtttcctgttagacaattttgaggtttaatgtggtattaaagacagata
tttatgaaaccctgccttagatttgactataagtcctcaaattcttgatt
cattcatactgatagcactgatatatcagaccatggtgttgctatgtaaa
aatcttgatagagagtagaaagacatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtatacactaaaaatcatttatgtgtggtaagtatatata
tataatatatatcttttatatacatatatata

gaattcaccttgttaagtccttgggattttctatgtgtattgtttgtaga
attcgtttcactttctttaaagttttatgtgcatatatgtctggctctgt
gtgcaaatgcacacacacatacacctttctataatggcgaagcaaccagt
tcaacaaagaagtttgaaacttgcatccttgctataaaaagtgtgcttct
agaacaggaaaatatgcacccagcaaaagttaaacatctactgcccatgg
tcaggctttagagaagaaagacctgggaaagagaagatgagtactgacca
ccttggtgctggagatttcctgcagttggatgaaatgttctaaagcatat
ggtgggagtagtcacacagttctatattcatattagcttattattggatg
aaaccctttaaatgaatgaaccgatgtggtatgagttgtatttataatga
atcagtattttaaaagcattaattctttgctcagttcagaaaatactttt
aaaaagtgatcttcttgacaccagagctcactctaggaggatctgttgcc
tttgcattcgttgggtttttgtgggatgcttgcatgtactttcacaacaa
aacaatgtcacgtggttgttgggaactaaagggggccaggggaaggaagg
ggaggaaaaagagccggtgtctggacagagtttcacctgtgctctgggaa
ggctcgaccctgggtgggcatctaagccactgaccaacttgacagtgtgt
gtgtggggggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_123338801_123339530
seq2: B6Ng01-268B11.b_46_777

seq1  GAATTCTAAAACTACTTTGCCCTTTTTTAATGGTTCTAGGACAGTTAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAAACTACTTTGCCCTTTTTTAATGGTTCTAGGACAGTTAAAA  50

seq1  AACCACAAAAGAATAAAAGGGGTACTCTAGAGACAATATGATACATAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACAAAAGAATAAAAGGGGTACTCTAGAGACAATATGATACATAAAG  100

seq1  CTAGACTACAGAGATAATTTTTGTACCATATGGGAGAGTGTATATAGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACTACAGAGATAATTTTTGTACCATATGGGAGAGTGTATATAGTCT  150

seq1  AAAAACAGGGGCAAAAAACAACATTGCCACACTTCTGTCATATAAGAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAGGGGCAAAAAACAACATTGCCACACTTCTGTCATATAAGAAAA  200

seq1  AGACATTTCCTTAGCTTGATCCATATAGCCCTCTCTGAAGATAAGCAATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTTCCTTAGCTTGATCCATATAGCCCTCTCTGAAGATAAGCAATC  250

seq1  CTGTTCACTGTCATGATCAGATTTTTAGCATGCTAAAAGCAACTTGAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCACTGTCATGATCAGATTTTTAGCATGCTAAAAGCAACTTGAAGT  300

seq1  TCAATGTTGGATTTAGGGTCTGGAGATTTTGCGAGACACCAGAGACTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGTTGGATTTAGGGTCTGGAGATTTTGCGAGACACCAGAGACTGAC  350

seq1  AGAATCATTTGTCCATGTGCAAGCTAGACCTAGGTTCAGAAGAATACTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCATTTGTCCATGTGCAAGCTAGACCTAGGTTCAGAAGAATACTCC  400

seq1  TGAATTCTGTGCTTGCCCGCTCCTTAGTGCTGGCCTTTTTGTTCTTCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCTGTGCTTGCCCGCTCCTTAGTGCTGGCCTTTTTGTTCTTCTGT  450

seq1  GGTTTCCTGTTAGACAATTTTGAGGTTTAATGTGGTATTAAAGACAGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCCTGTTAGACAATTTTGAGGTTTAATGTGGTATTAAAGACAGATA  500

seq1  TTTATGAAACCCTGCCTTAGATTTGACTATAAGTCCTCAAATTCTTGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGAAACCCTGCCTTAGATTTGACTATAAGTCCTCAAATTCTTGATT  550

seq1  CATTCATACTGATAGCACTGATATATCAGACCATGGTGTTGCTATGTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATACTGATAGCACTGATATATCAGACCATGGTGTTGCTATGTAAA  600

seq1  AATCTTGATAGAGAGTAGAAAGACATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTGATAGAGAGTAGAAAGACATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  650

seq1  GTGTGTGTGTGTATACACTAAAAATCATTTATGTGTGGTAAGTATATATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTATACACTAAAAATCATTTATGTGTGGTAAGTATATATA  700

seq1  TAT-ATATATAT-ATATATATATATATATATA  730
      ||| ||||||||  | |||||| |||||||||
seq2  TATAATATATATCTTTTATATACATATATATA  732


seq1: chr10_123477292_123478055
seq2: B6Ng01-268B11.g_68_831 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCCACACACACACTGTCAAGTTGGTCAGTGGCTTAGATGCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCACACACACACTGTCAAGTTGGTCAGTGGCTTAGATGCCCA  50

seq1  CCCAGGGTCGAGCCTTCCCAGAGCACAGGTGAAACTCTGTCCAGACACCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGTCGAGCCTTCCCAGAGCACAGGTGAAACTCTGTCCAGACACCG  100

seq1  GCTCTTTTTCCTCCCCTTCCTTCCCCTGGCCCCCTTTAGTTCCCAACAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTTTTCCTCCCCTTCCTTCCCCTGGCCCCCTTTAGTTCCCAACAAC  150

seq1  CACGTGACATTGTTTTGTTGTGAAAGTACATGCAAGCATCCCACAAAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGACATTGTTTTGTTGTGAAAGTACATGCAAGCATCCCACAAAAAC  200

seq1  CCAACGAATGCAAAGGCAACAGATCCTCCTAGAGTGAGCTCTGGTGTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACGAATGCAAAGGCAACAGATCCTCCTAGAGTGAGCTCTGGTGTCAA  250

seq1  GAAGATCACTTTTTAAAAGTATTTTCTGAACTGAGCAAAGAATTAATGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATCACTTTTTAAAAGTATTTTCTGAACTGAGCAAAGAATTAATGCT  300

seq1  TTTAAAATACTGATTCATTATAAATACAACTCATACCACATCGGTTCATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATACTGATTCATTATAAATACAACTCATACCACATCGGTTCATT  350

seq1  CATTTAAAGGGTTTCATCCAATAATAAGCTAATATGAATATAGAACTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAAAGGGTTTCATCCAATAATAAGCTAATATGAATATAGAACTGTG  400

seq1  TGACTACTCCCACCATATGCTTTAGAACATTTCATCCAACTGCAGGAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTACTCCCACCATATGCTTTAGAACATTTCATCCAACTGCAGGAAAT  450

seq1  CTCCAGCACCAAGGTGGTCAGTACTCATCTTCTCTTTCCCAGGTCTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCACCAAGGTGGTCAGTACTCATCTTCTCTTTCCCAGGTCTTTCT  500

seq1  TCTCTAAAGCCTGACCATGGGCAGTAGATGTTTAACTTTTGCTGGGTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAAAGCCTGACCATGGGCAGTAGATGTTTAACTTTTGCTGGGTGCA  550

seq1  TATTTTCCTGTTCTAGAAGCACACTTTTTATAGCAAGGATGCAAGTTTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCCTGTTCTAGAAGCACACTTTTTATAGCAAGGATGCAAGTTTCA  600

seq1  AACTTCTTTGTTGAACTGGTTGCTTCGCCATTATAGAAAGGTGTATGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTTTGTTGAACTGGTTGCTTCGCCATTATAGAAAGGTGTATGTGT  650

seq1  GTGTGCATTTGCACACAGAGCCAGACATATATGCACATAAAACTTTAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCATTTGCACACAGAGCCAGACATATATGCACATAAAACTTTAAAG  700

seq1  AAAGTGAAACGAATTCTACAAACAATACACATAGAAAATCCCAAGGACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGAAACGAATTCTACAAACAATACACATAGAAAATCCCAAGGACTT  750

seq1  AACAAGGTGAATTC  764
      ||||||||||||||
seq2  AACAAGGTGAATTC  764


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |