BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271D16
Chromosome10 (Build37)
Map Location 71,627,586 - 71,757,131
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneC730027H18Rik, Tfam, Ube2d1, LOC665472, Zcd1, Ipmk, LOC100039860, LOC216081, EG216082, LOC622812, EG327767, 1700049L16Rik
Downstream geneLOC100040505, Zwint, LOC432471, LOC544705
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271D16.bB6Ng01-271D16.g
ACCGA073371GA073372
length1,128905
definitionB6Ng01-271D16.b B6Ng01-271D16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,755,992 - 71,757,131)(71,627,586 - 71,628,483)
sequence
gaattctaatcctggcattctataacccttaattttgtgtgggagacttc
agttctaagtgtacaaaaaaaatcattttctttacaaactgttcatccta
aggtctctagattaattcaatatctttggcagatatcaaatttctaaatt
caatgttttatctaacactcttcttgcttatttttacccattttaatctc
tgacattagtcccatttcaacttgatatgttgactcaaatgaattccttc
actgcggttttctgtcaattgcaagcaacttttcccaattctgaattccc
catataggtagacatatcctgtgagagggttaccctctaaatgtattgta
gtcaattttgagcaaatgtgctcagtgctttcattgttgaactatgattt
ttaaaattctctgacattcttcaatcaacattttgcacatagtagatttt
cagaacttaatttttgaatcaagaaaataattgactttaagaagttacca
gtacaaggcagttatgagctcacactgctttaacagagaatccaaatttg
gtcctgagcatgcaggaggcagcttgcacacacttataattccagtgcag
aggagacaggcagcctcttctggcctccagcgctactgcatgtgcacagt
gcacatgaacttttttacaaatggagctatatcccgagtagtaagtatct
tacctccctattctttttcccttaaatggagtaaacattgaaagttggtg
attgctctggtgctttgaagtttcccttcttccaagcttgtgcttctgac
catggcacttgcttccctgtcgttgttaaaaatggaagacatgaatttac
tcctggaagatagcagaggttacaaacaggaaatccatgaagtttctcat
ggtaagatcatacttcctttggtctatagacagatatcaaacttgaatat
acaatgctattactaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccct
aaccctaaccctaacctaatctatccctaacgtaccctatcctaacctaa
ggtagattacatgagaaagcacattaaagacttgaacaccagaagcaaag
tgcctcctgtggatatacttaacagatt

gaattctttaatgggaagaaggccattttgactacttggaaattcttata
aacattaaatgggagggaggactgttataaaatgtccttgggattggggt
ggagctgggaggaaatgctcagtaaaaatagattaagtagggatagcatg
agggtcaacaattgcccaacatagggtactgaatattttgcatatatgtt
tcgaaactggcccagagagacttggagaactggccatgtcactaaccagc
tgcaacacttgagagagcatccctgggaagcagggtagagctgcttctgg
taggcagcttgctggcgagccagcccaatggcatgagagtcagagggctg
ggggactgaccaactcagatacctcccagacccagatacaagactttgaa
ttgacttaccccagcatctatcctattgatagcctgctggtgcatgtagg
agcccaacctacagatcccaaactacatgatctctatgacacaggacaac
aaggtatccaagaggactcctaatgatgttctagtgttgatatagttgta
gaaaatagagacctcattacagaccaacaagtcatttcaatgaacattta
caaacaaagaagtgtggatgaaagagtacactgtgggacatagtatgcca
cactccagcttccacaatgacattttctttgtaggggaggaagttggaag
gctggaaggcaggtacaaggggaggggtgagatgcgtgggattagcataa
atgatgtgaaattcacatagaactgataaaatgttttcttaaaaaatggg
aggctatcctgaaccacacttgaagagcttatgtggaataattttggtgt
aataaaatttccaataatttgtgtgtgagtggtacatatatgtatgtgct
ttgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_71755992_71757131
seq2: B6Ng01-271D16.b_43_1170 (reverse)

seq1  AATCTG-TAAGTAATATCCACAGAAGCAACCTTTTGCTTCTTTGGTG-TC  48
      |||||| ||||| |||||||||| ||  ||  ||||||||  ||||| ||
seq2  AATCTGTTAAGT-ATATCCACAGGAGGCAC--TTTGCTTC--TGGTGTTC  45

seq1  AAGTCTTTTAATGTGCTTTCTCATTGTAATCTAACCCTAGGGTTAGGGAT  98
      ||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||  ||||| ||||
seq2  AAGTC-TTTAATGTGCTTTCTCA-TGTAATCTA--CCTTAGGTTA-GGAT  90

seq1  AGGGTTACGGTTAGGGATAGGATTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAG  148
      |||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGG-TAC-GTTAGGGATA-GATTA-GGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAG  136

seq1  GGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGTAATAGCATTGTATATTCAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGTAATAGCATTGTATATTCAA  186

seq1  GTTTGATATCTGTCTATAGACCAAAGGAAGTATGATCTTACCATGAGAAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATATCTGTCTATAGACCAAAGGAAGTATGATCTTACCATGAGAAA  236

seq1  CTTCATGGATTTCCTGTTTGTAACCTCTGCTATCTTCCAGGAGTAAATTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGGATTTCCTGTTTGTAACCTCTGCTATCTTCCAGGAGTAAATTC  286

seq1  ATGTCTTCCATTTTTAACAACGACAGGGAAGCAAGTGCCATGGTCAGAAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTCCATTTTTAACAACGACAGGGAAGCAAGTGCCATGGTCAGAAG  336

seq1  CACAAGCTTGGAAGAAGGGAAACTTCAAAGCACCAGAGCAATCACCAACT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGCTTGGAAGAAGGGAAACTTCAAAGCACCAGAGCAATCACCAACT  386

seq1  TTCAATGTTTACTCCATTTAAGGGAAAAAGAATAGGGAGGTAAGATACTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGTTTACTCCATTTAAGGGAAAAAGAATAGGGAGGTAAGATACTT  436

seq1  ACTACTCGGGATATAGCTCCATTTGTAAAAAAGTTCATGTGCACTGTGCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTCGGGATATAGCTCCATTTGTAAAAAAGTTCATGTGCACTGTGCA  486

seq1  CATGCAGTAGCGCTGGAGGCCAGAAGAGGCTGCCTGTCTCCTCTGCACTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAGTAGCGCTGGAGGCCAGAAGAGGCTGCCTGTCTCCTCTGCACTG  536

seq1  GAATTATAAGTGTGTGCAAGCTGCCTCCTGCATGCTCAGGACCAAATTTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATAAGTGTGTGCAAGCTGCCTCCTGCATGCTCAGGACCAAATTTG  586

seq1  GATTCTCTGTTAAAGCAGTGTGAGCTCATAACTGCCTTGTACTGGTAACT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTCTGTTAAAGCAGTGTGAGCTCATAACTGCCTTGTACTGGTAACT  636

seq1  TCTTAAAGTCAATTATTTTCTTGATTCAAAAATTAAGTTCTGAAAATCTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAGTCAATTATTTTCTTGATTCAAAAATTAAGTTCTGAAAATCTA  686

seq1  CTATGTGCAAAATGTTGATTGAAGAATGTCAGAGAATTTTAAAAATCATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTGCAAAATGTTGATTGAAGAATGTCAGAGAATTTTAAAAATCATA  736

seq1  GTTCAACAATGAAAGCACTGAGCACATTTGCTCAAAATTGACTACAATAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAACAATGAAAGCACTGAGCACATTTGCTCAAAATTGACTACAATAC  786

seq1  ATTTAGAGGGTAACCCTCTCACAGGATATGTCTACCTATATGGGGAATTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGAGGGTAACCCTCTCACAGGATATGTCTACCTATATGGGGAATTC  836

seq1  AGAATTGGGAAAAGTTGCTTGCAATTGACAGAAAACCGCAGTGAAGGAAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTGGGAAAAGTTGCTTGCAATTGACAGAAAACCGCAGTGAAGGAAT  886

seq1  TCATTTGAGTCAACATATCAAGTTGAAATGGGACTAATGTCAGAGATTAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGAGTCAACATATCAAGTTGAAATGGGACTAATGTCAGAGATTAA  936

seq1  AATGGGTAAAAATAAGCAAGAAGAGTGTTAGATAAAACATTGAATTTAGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGTAAAAATAAGCAAGAAGAGTGTTAGATAAAACATTGAATTTAGA  986

seq1  AATTTGATATCTGCCAAAGATATTGAATTAATCTAGAGACCTTAGGATGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGATATCTGCCAAAGATATTGAATTAATCTAGAGACCTTAGGATGA  1036

seq1  ACAGTTTGTAAAGAAAATGATTTTTTTTGTACACTTAGAACTGAAGTCTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTTGTAAAGAAAATGATTTTTTTTGTACACTTAGAACTGAAGTCTC  1086

seq1  CCACACAAAATTAAGGGTTATAGAATGCCAGGATTAGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACAAAATTAAGGGTTATAGAATGCCAGGATTAGAATTC  1128


seq1: chr10_71627586_71628483
seq2: B6Ng01-271D16.g_63_967

seq1  GAATTCTTTAATGGGAAGAAGGCCATTTTGACTACTTGGAAATTCTTATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAATGGGAAGAAGGCCATTTTGACTACTTGGAAATTCTTATA  50

seq1  AACATTAAATGGGAGGGAGGACTGTTATAAAATGTCCTTGGGATTGGGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTAAATGGGAGGGAGGACTGTTATAAAATGTCCTTGGGATTGGGGT  100

seq1  GGAGCTGGGAGGAAATGCTCAGTAAAAATAGATTAAGTAGGGATAGCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTGGGAGGAAATGCTCAGTAAAAATAGATTAAGTAGGGATAGCATG  150

seq1  AGGGTCAACAATTGCCCAACATAGGGTACTGAATATTTTGCATATATGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCAACAATTGCCCAACATAGGGTACTGAATATTTTGCATATATGTT  200

seq1  TCGAAACTGGCCCAGAGAGACTTGGAGAACTGGCCATGTCACTAACCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAAACTGGCCCAGAGAGACTTGGAGAACTGGCCATGTCACTAACCAGC  250

seq1  TGCAACACTTGAGAGAGCATCCCTGGGAAGCAGGGTAGAGCTGCTTCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACACTTGAGAGAGCATCCCTGGGAAGCAGGGTAGAGCTGCTTCTGG  300

seq1  TAGGCAGCTTGCTGGCGAGCCAGCCCAATGGCATGAGAGTCAGAGGGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAGCTTGCTGGCGAGCCAGCCCAATGGCATGAGAGTCAGAGGGCTG  350

seq1  GGGGACTGACCAACTCAGATACCTCCCAGACCCAGATACAAGACTTTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACTGACCAACTCAGATACCTCCCAGACCCAGATACAAGACTTTGAA  400

seq1  TTGACTTACCCCAGCATCTATCCTATTGATAGCCTGCTGGTGCATGTAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTACCCCAGCATCTATCCTATTGATAGCCTGCTGGTGCATGTAGG  450

seq1  AGCCCAACCTACAGATCCCAAACTACATGATCTCTATGACACAGGACAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAACCTACAGATCCCAAACTACATGATCTCTATGACACAGGACAAC  500

seq1  AAGGTATCCAAGAGGACTCCTAATGATGTTCTAGTGTTGATATAGTTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTATCCAAGAGGACTCCTAATGATGTTCTAGTGTTGATATAGTTGTA  550

seq1  GAAAATAGAGACCTCATTACAGACCAACAAGTCATTTCAATGAACATTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATAGAGACCTCATTACAGACCAACAAGTCATTTCAATGAACATTTA  600

seq1  CAAACAAAGAAGTGTGGATGAAAGAGTACACTGTGGGACATAGTATGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAAGAAGTGTGGATGAAAGAGTACACTGTGGGACATAGTATGCCA  650

seq1  CACTCCAGCTTCCACAATGACATTTTCTTTGTAGGGGAGGAAGTTGGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCAGCTTCCACAATGACATTTTCTTTGTAGGGGAGGAAGTTGGAAG  700

seq1  GCTGGAAGGCAGGTACAAGGGGAGGGGTGAGATGCGTGGGATTAGCATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAAGGCAGGTACAAGGGGAGGGGTGAGATGCGTGGGATTAGCATAA  750

seq1  ATGATGTGAAATTCACATAGAACTGATAAAATGTTTTCTTAAAAAAT-GG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATGATGTGAAATTCACATAGAACTGATAAAATGTTTTCTTAAAAAATGGG  800

seq1  AGGCTAT-CTGAACCACAC-TGAAGAGCTTATGTGGAATAA-TTTGGTGT  846
      ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGGCTATCCTGAACCACACTTGAAGAGCTTATGTGGAATAATTTTGGTGT  850

seq1  AATAAAATTT-CGATATTTTGTGTGTGAGT-GTACATATATGTATGTG-T  893
      |||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  AATAAAATTTCCAATAATTTGTGTGTGAGTGGTACATATATGTATGTGCT  900

seq1  TTGTG  898
      |||||
seq2  TTGTG  905


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |