BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272O06
Chromosome10 (Build37)
Map Location 86,196,603 - 86,386,090
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNt5dc3, C630002B14Rik, Stab2
Upstream geneLOC669723, LOC626940, Pwp1, Prdm4, Ascl4, D10Wsu52e, Bpil2, Fbxo7, Syn3, Timp3, EG627035, LOC672902, LOC100041419, EG382395, Hsp90b1, Fabp3-ps1
Downstream gene1700113H08Rik, Ascl1, Pah, LOC100041517, ENSMUSG00000058934, Igf1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272O06.bB6Ng01-272O06.g
ACCGA074603GA074604
length1,2141,091
definitionB6Ng01-272O06.b B6Ng01-272O06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,384,890 - 86,386,090)(86,196,603 - 86,197,692)
sequence
gaattcatagtcctttgtgtgcatgtatgcataacacacatacacacaca
gcaagattattcatctggcttttcattcagacttacaatgacaaagtatg
acccaatcgggataatctgcattgttataaagatccacacattaaagaga
aaaaagattgagtctcaaaagagaatgtaagacatcagccagtggctggg
tggacttggggagggcaagcctagtgccttcccagcattcctggaattgc
atcccatgtgaagccatcatctctgacagcatataagtcagcccactcgt
ccctaatggtcctccagccactttcttttctctgtgattcagaatgcttc
tctgcagtccatgctgtctgccacctcgaatctcactgtcctcgtgccat
ccctgcaagccatcaaggacatggaccagaatgaaaaaagcttctggttg
tcacggaacaacattccagccctgataaagtgggtgtcatttaccttatt
ttccatgctatgtgactggcatccagggtgatcattccttagttcaatat
aaagaagccacatgatccttcacttcctaggatgttcctagcaaccctcc
cctgggtcaggaaaagttatctgttaacagctgactctaagccagtggtc
ctcaacctccctaatgctgtgaccctttaatacagtgcctcaggtttctg
ctacatgtggtgacccccaatcataaaattatttttgtaataatttgcta
tttcatgactgtagttgtgctactgttatgaatagtagtataaatatctg
atatgtaggatatctgatgttacccccccccccctgctaaaggagttgtg
gcgcacaagttgagaaccactgctaaaccaagcaatgtgctttgaattat
cattcagttaacactcccaacaaccttttgagatggggtgttacaattat
ttcccattttgacagatggtgagaagtgaggcagagtggttaatggccta
atttccagcctagggctgaccttccgccaaggcaaattgtaaaggtttaa
gttatgggagaatgtgaagttgatatgtcatcaggccccaaagctatcct
ctgttaagtgatacctatcctgtggatggctaatttgtgaatcctaatga
ttcggttttagaacgaccacgtactaggcaatacgagtggctgatctgca
gactacttctgcca
gaattctctagcagagatgagcaaacatgcaggacagctgttgcccaagt
taaaggagacctgacttcagtggctgagcaccccaggggttattccttta
tggagtggacttgagttttccttccagaaagttaccatggcggcagcagc
tgctgctgctgcttctgctcttcctcctcctcctctttttttttttttcc
cacaagatctggaacttgctctataaaccaggctggcctcaaactcagag
atctgcctgcctctgcctcccaagggctggaatcagagggcgtgatcaac
tgttgctgccactaccaccaccacctagctcaccatagcatcttctaaaa
aaaacgatctcgttttaattacaagcaattagtttgggatctcacagaac
tggtaagatcatatgcagagtgtttaactcttttcagaactccatttctc
actttcaaaataagactaatgatgatatttaccctgagagtaatgggcgc
tcctgcaaatgcagaatctcctgggttatcccgatgatcgccatggcagc
catttgaatgacagttctctaatacctggttgggaccgtatgattgaatg
gccatgcaacattcaagatgattttcctctggcagttcctgacctggact
agcgtttcaggcccccagtccacagacaggcataatgaacccttgttttc
ttaagccactgaggatttgcagctgccagtagaatgtattctaacctccc
atgagtcagagtagtgcaccaacgttgaaggctacgtctgtcgaggccaa
gtctgtgctgcactttgtttgcacagatgatgctggggccagacctcttc
tctgcatctcaaacgtagctgggaggagagcagttacccagtctgtctgg
gtttagtagcttcacttgtcatatgaggattcatcgtcctgtcttcctca
tgaagttactctgtaaaatgacaaatggaatgtacacattcctgcagccc
cttcctcttcatgagtgctggctgggcattgacttcaggaccgtgtgttg
ctcagtacccacatgcttctatcagtgagatacccgcagcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_86384890_86386090
seq2: B6Ng01-272O06.b_47_1260 (reverse)

seq1  TGGCAG----AGTCTGCAGATCAGCCACTCTGTATGTGCCTAGTA-GTGT  45
      ||||||    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| 
seq2  TGGCAGAAGTAGTCTGCAGATCAGCCACTC-GTAT-TGCCTAGTACGTG-  47

seq1  GTGGTATCTAAAAAACAGATAATAAGGA-TCACAAA-TAGCCATCCACAA  93
      || || ||| |||| |  || || |||| ||||||| |||||||||||| 
seq2  GTCGT-TCT-AAAACCGAATCATTAGGATTCACAAATTAGCCATCCACAG  95

seq1  GATA-GTATCACTAAACAGGAGAATAAGCTCTGGGGCCTGATGACCATAT  142
      |||| |||||||| |||| ||| || |||| ||||||||||||| |||||
seq2  GATAGGTATCACTTAACA-GAGGAT-AGCTTTGGGGCCTGATGA-CATAT  142

seq1  TCAAACTTCACATTCTCCCAT-ACTTAAA-CTTTAC-ATTTGCCTTTGCG  189
         |||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| |||
seq2  --CAACTTCACATTCTCCCATAACTTAAACCTTTACAATTTGCCTTGGCG  190

seq1  G-AGGTCAGCCCTA-GCTGG-AATTA-GCCATTAACCACTCTGCCTCACT  235
      | |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTCAGCCCTAGGCTGGAAATTAGGCCATTAACCACTCTGCCTCACT  240

seq1  TCTCA-CATCTGTC-AAATGGG-AATAATTGTAACA-CCCATCTCAAA--  279
      ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||  
seq2  TCTCACCATCTGTCAAAATGGGAAATAATTGTAACACCCCATCTCAAAAG  290

seq1  GGTGTTGGGAGTGTTAACTGAATGAT-ATTCAAAGCACATTGCTTGGTTT  328
      | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGGGAGTGTTAACTGAATGATAATTCAAAGCACATTGCTTGGTTT  340

seq1  AGCAGTGGTTCTCAACTTGTGCGCCACAACTCCTTTAGCA-GGGGGGGGG  377
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGCAGTGGTTCTCAACTTGTGCGCCACAACTCCTTTAGCAGGGGGGGGGG  390

seq1  GGTAACATCAGATATCCTACATATCAGATATTTATACTACTATTCATAAC  427
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAACATCAGATATCCTACATATCAGATATTTATACTACTATTCATAAC  440

seq1  AGTAGCACAACTACAGTCATGAAATAGCAAATTATTACAAAAATAATTTT  477
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCACAACTACAGTCATGAAATAGCAAATTATTACAAAAATAATTTT  490

seq1  ATGATTGGGGGTCACCACATGTAGCAGAAACCTGAGGCACTGTATTAAAG  527
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTGGGGGTCACCACATGTAGCAGAAACCTGAGGCACTGTATTAAAG  540

seq1  GGTCACAGCATTAGGGAGGTTGAGGACCACTGGCTTAGAGTCAGCTGTTA  577
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACAGCATTAGGGAGGTTGAGGACCACTGGCTTAGAGTCAGCTGTTA  590

seq1  ACAGATAACTTTTCCTGACCCAGGGGAGGGTTGCTAGGAACATCCTAGGA  627
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATAACTTTTCCTGACCCAGGGGAGGGTTGCTAGGAACATCCTAGGA  640

seq1  AGTGAAGGATCATGTGGCTTCTTTATATTGAACTAAGGAATGATCACCCT  677
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGGATCATGTGGCTTCTTTATATTGAACTAAGGAATGATCACCCT  690

seq1  GGATGCCAGTCACATAGCATGGAAAATAAGGTAAATGACACCCACTTTAT  727
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCCAGTCACATAGCATGGAAAATAAGGTAAATGACACCCACTTTAT  740

seq1  CAGGGCTGGAATGTTGTTCCGTGACAACCAGAAGCTTTTTTCATTCTGGT  777
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCTGGAATGTTGTTCCGTGACAACCAGAAGCTTTTTTCATTCTGGT  790

seq1  CCATGTCCTTGATGGCTTGCAGGGATGGCACGAGGACAGTGAGATTCGAG  827
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTCCTTGATGGCTTGCAGGGATGGCACGAGGACAGTGAGATTCGAG  840

seq1  GTGGCAGACAGCATGGACTGCAGAGAAGCATTCTGAATCACAGAGAAAAG  877
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAGACAGCATGGACTGCAGAGAAGCATTCTGAATCACAGAGAAAAG  890

seq1  AAAGTGGCTGGAGGACCATTAGGGACGAGTGGGCTGACTTATATGCTGTC  927
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGCTGGAGGACCATTAGGGACGAGTGGGCTGACTTATATGCTGTC  940

seq1  AGAGATGATGGCTTCACATGGGATGCAATTCCAGGAATGCTGGGAAGGCA  977
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGATGGCTTCACATGGGATGCAATTCCAGGAATGCTGGGAAGGCA  990

seq1  CTAGGCTTGCCCTCCCCAAGTCCACCCAGCCACTGGCTGATGTCTTACAT  1027
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTTGCCCTCCCCAAGTCCACCCAGCCACTGGCTGATGTCTTACAT  1040

seq1  TCTCTTTTGAGACTCAATCTTTTTTCTCTTTAATGTGTGGATCTTTATAA  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTTGAGACTCAATCTTTTTTCTCTTTAATGTGTGGATCTTTATAA  1090

seq1  CAATGCAGATTATCCCGATTGGGTCATACTTTGTCATTGTAAGTCTGAAT  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCAGATTATCCCGATTGGGTCATACTTTGTCATTGTAAGTCTGAAT  1140

seq1  GAAAAGCCAGATGAATAATCTTGCTGTGTGTGTATGTGTGTTATGCATAC  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGCCAGATGAATAATCTTGCTGTGTGTGTATGTGTGTTATGCATAC  1190

seq1  ATGCACACAAAGGACTATGAATTC  1201
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACACAAAGGACTATGAATTC  1214

seq1: chr10_86196603_86197692
seq2: B6Ng01-272O06.g_70_1160

seq1  GAATTCTCTAGCAGAGATGAGCAAACATGCAGGACAGCTGTTGCCCAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAGCAGAGATGAGCAAACATGCAGGACAGCTGTTGCCCAAGT  50

seq1  TAAAGGAGACCTGACTTCAGTGGCTGAGCACCCCAGGGGTTATTCCTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGAGACCTGACTTCAGTGGCTGAGCACCCCAGGGGTTATTCCTTTA  100

seq1  TGGAGTGGACTTGAGTTTTCCTTCCAGAAAGTTACCATGGCGGCAGCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTGGACTTGAGTTTTCCTTCCAGAAAGTTACCATGGCGGCAGCAGC  150

seq1  TGCTGCTGCTGCTTCTGCTCTTCCTCCTCCTCCTCTTTTTTTTTTTTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTGCTGCTTCTGCTCTTCCTCCTCCTCCTCTTTTTTTTTTTTTCC  200

seq1  CACAAGATCTGGAACTTGCTCTATAAACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGATCTGGAACTTGCTCTATAAACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAG  250

seq1  ATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGGGCTGGAATCAGAGGGCGTGATCAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGGGCTGGAATCAGAGGGCGTGATCAAC  300

seq1  TGTTGCTGCCACTACCACCACCACCTAGCTCACCATAGCATCTTCTAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCTGCCACTACCACCACCACCTAGCTCACCATAGCATCTTCTAAAA  350

seq1  AAAACGATCTCGTTTTAATTACAAGCAATTAGTTTGGGATCTCACAGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACGATCTCGTTTTAATTACAAGCAATTAGTTTGGGATCTCACAGAAC  400

seq1  TGGTAAGATCATATGCAGAGTGTTTAACTCTTTTCAGAACTCCATTTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAGATCATATGCAGAGTGTTTAACTCTTTTCAGAACTCCATTTCTC  450

seq1  ACTTTCAAAATAAGACTAATGATGATATTTACCCTGAGAGTAATGGGCGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCAAAATAAGACTAATGATGATATTTACCCTGAGAGTAATGGGCGC  500

seq1  TCCTGCAAATGCAGAATCTCCTGGGTTATCCCGATGATCGCCATGGCAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCAAATGCAGAATCTCCTGGGTTATCCCGATGATCGCCATGGCAGC  550

seq1  CATTTGAATGACAGTTCTCTAATACCTGGTTGGGACCGTATGATTGAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAATGACAGTTCTCTAATACCTGGTTGGGACCGTATGATTGAATG  600

seq1  GCCATGCAACATTCAAGATGATTTTCCTCTGGCAGTTCCTGACCTGGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGCAACATTCAAGATGATTTTCCTCTGGCAGTTCCTGACCTGGACT  650

seq1  AGCGTTTCAGGCCCCCAGTCCACAGACAGGCATAATGAACCCTTGTTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTTTCAGGCCCCCAGTCCACAGACAGGCATAATGAACCCTTGTTTTC  700

seq1  TTAAGCCACTGA-GATTTGCAGCTGCCAGTAGAATGTATTCTAACCTCCC  749
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCCACTGAGGATTTGCAGCTGCCAGTAGAATGTATTCTAACCTCCC  750

seq1  ATGAGTCAGAGTAGTGCACCAACGTTGAAGGCTACGTCTGTCGAGGCCAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTCAGAGTAGTGCACCAACGTTGAAGGCTACGTCTGTCGAGGCCAA  800

seq1  GTCTGTGCTGCACTTTGTTTGCACAGATGATGCTGGGGCCAGACCTC-TC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTCTGTGCTGCACTTTGTTTGCACAGATGATGCTGGGGCCAGACCTCTTC  850

seq1  TCTGCATCTCAAACGTAGCT-GGAGGAGAGCAGTTACCCAGTCTGTCTGG  897
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATCTCAAACGTAGCTGGGAGGAGAGCAGTTACCCAGTCTGTCTGG  900

seq1  GTTTAAGTAGCTTCACTTGTCATATGAGGATTCATCGTCCTGTCTTCCTC  947
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTT-AGTAGCTTCACTTGTCATATGAGGATTCATCGTCCTGTCTTCCTC  949

seq1  ATGAAGTTACTCTGTAAAATGACAAAATGGAATGTACAACATCCTGCAGC  997
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||
seq2  ATGAAGTTACTCTGTAAAATGAC-AAATGGAATGTACACATTCCTGCAGC  998

seq1  CCCTTCCTCTTCCATGAGTGCTGGCTGGGCATTGACTTCAGGGCCGTGTG  1047
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCCTTCCTCTT-CATGAGTGCTGGCTGGGCATTGACTTCAGGACCGTGTG  1047

seq1  -TGCTCAGTACACACATGC-TCTATCAGTGAGATACCCGCCAGCC  1090
       |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTGCTCAGTACCCACATGCTTCTATCAGTGAGATACCCG-CAGCC  1091