BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-273F19
Chromosome10 (Build37)
Map Location 103,064,221 - 103,178,539
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC382413, Cart1, Lrriq1, LOC100043277, 6430590A10Rik, Slc6a15, EG667697, LOC667701
Downstream geneEG627488, EG667692, EG667695, LOC100043292
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-273F19.bB6Ng01-273F19.g
ACCGA074955GA074956
length1,1801,137
definitionB6Ng01-273F19.b B6Ng01-273F19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,177,376 - 103,178,539)(103,064,221 - 103,065,357)
sequence
gaattcttggtgtcagccttttaactggactgaaaagtcctaaggaaaca
gcaaacacttaaccaagagtgaaaaataaatagacttgcaagttcccaaa
ttcgccatcctttgttaaactgaacttgacaatgaattcattctataatg
aatgaaccaaatgattaaggagagtttaaaatgtcatctattgtaaaagg
tatgaactattctgtcatagaaatatatttatgtcctgtaagacccacta
gtctgagtagtgatcctaacactagaaacaaaatactaccatctgctctg
ttgcttacatcatgattcttttatccttagccataacacccatttaatca
ccaaaacccagctgattcacccccataaaacgttctcacatccacccact
gctttctttccttagtagttcacccttgcctggcatttaaaatgctacaa
tgggatttctctattcactttacaagcctataagttcaagtttattaaga
gagtcaagctggttttcaaaagttatgtcttcttctgatacttcttttta
tgattttatagactaatgttccaatcgtaaatcgagtactcctgttgtaa
acactgctcccagtttcctatggtactgcccacagtgcttgaatatactg
gcattttgtttgcagttctacaaatgagtcatactttatttctaggaata
gttattcccatgtggagtatcctttcttccatgtttgttccaaatactca
atcttttttgattaaccattcatgatctggccttttctagttcattgatg
tactatctctcatacatggcctcatttttctttaattattaatgttacac
aaatgaatcttaataagaaattaaaaatttggcatctctattttcccttc
attttgtgtctgtctcctatccatggctgccatatgtgtatccctcatat
aatcatgcaactatctaactctgtctaaactctgaaagtattaggtattc
tttgtgcttgactcaagtttatcttggtgccaagaaaaaaatatctttta
aaatcctagtgataatttctgttattttagaagttaccattctttgtagt
taacttaatgatttcctggagaagatgtttcagaaattaagaactttcct
ttaataaacacacattggtagaaccatctc
gaattctttgttcagttctgagccccattttttaatggggttatttgatt
ttctgaagtccaccttcttgagttctttatatatgttggatattagtccc
ccatctgatttaggataggtaaagatcctttcccaatctgttggtggtct
ttttgtcttattgtcggtgtcttttgccttgcagatactttggagtttca
ttaggtcccatttgtcaattcttgatcttacagcacaagccattgctgtt
ctgttcaggaatttcccccctgtgcccatatcttcaaggctttccccact
ttctcctctataagtttcagtgtctctggttttatgtgaagttccttgat
ccacttagatttgaccttagtacaaggagataagtatggatcgatttgca
ttcttctacatgataacaaccagttgtgccagcagtatttggtttctaag
taactattttaaattcctcttcttctatatttatcatactcacagggact
gaagtctctatcatagagcttatatgcatctgtactagattctctgaaaa
taccttgtggttttggaagtttttttttcatttgacaatattatttaaat
gacttaaatttgtaatctctccatctaagcttgtgtcttacttcatgttc
catgttgatagaatttggggaagtagatttttttttccttcatttttcac
tcttgaaattagagtgtcaatggctaattttaacttctccagggtattcc
agttaacatattcaagttaaaattatatttatgatataagtacatatgaa
attaaaacaaatccaaatggatatgactaaaataaaaagtagtttattaa
tacaactgaaaatgtttatataagagatagcattcacatatgcttattaa
aattgatgcacagtttctatgtgtatgcttgattttgttctttgttgttt
actgtccaaaaaataaatatttttattatatttatgacaatatggtgatt
cgaatgagaatgcttctcatagactcatgtgttttaatatttgtttcact
ctgtagaacttatttgggagcattagagctggtgctttggttagtggggt
gtctaggtatacaagggaactcttggcacatccttag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_103177376_103178539
seq2: B6Ng01-273F19.b_47_1226 (reverse)

seq1  GAGATGGTTCTA-CAATGTG-GTTTAT--AAGGAA--GTCTT-ATTTCTG  43
      |||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||   |||| |||||||
seq2  GAGATGGTTCTACCAATGTGTGTTTATTAAAGGAAAGTTCTTAATTTCTG  50

seq1  --ACATC-TCTTCAGGAAACCATTAAGTT-ACTACAA--GATGGTAACTT  87
        ||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||   ||||||||||
seq2  AAACATCTTCTCCAGGAAATCATTAAGTTAACTACAAAGAATGGTAACTT  100

seq1  CTAAAAT-ACAG-AATTATCACTA-GATTTT-AAAGATA-TTTTTTCTTG  132
      ||||||| |||| ||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||
seq2  CTAAAATAACAGAAATTATCACTAGGATTTTAAAAGATATTTTTTTCTTG  150

seq1  GCACCCAAGATAAACTTGAGTCAAGCACAAAGAATACCTAATACTTTCAG  182
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCA-CCAAGATAAACTTGAGTCAAGCACAAAGAATACCTAATACTTTCAG  199

seq1  AGTTTAGACAGAGTTTAGATAGTTGCATGATTATATGAGGGATACACATA  232
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGACAGAG-TTAGATAGTTGCATGATTATATGAGGGATACACATA  248

seq1  TGGCAGCCATGGATAGGAGACAGACACAAAATGAAGGGAAAATAGAGATG  282
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGCCATGGATAGGAGACAGACACAAAATGAAGGGAAAATAGAGATG  298

seq1  CCAAATTTTTAATTTCTTATTAAGATTCATTTGTGTAACATTAATAATTA  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATTTTTAATTTCTTATTAAGATTCATTTGTGTAACATTAATAATTA  348

seq1  AAGAAAAATGAGGCCATGTATGAGAGATAGTACATCAATGAACTAGAAAA  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAATGAGGCCATGTATGAGAGATAGTACATCAATGAACTAGAAAA  398

seq1  GGCCAGATCATGAATGGTTAATCAAAAAAGATTGAGTATTTGGAACAAAC  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGATCATGAATGGTTAATCAAAAAAGATTGAGTATTTGGAACAAAC  448

seq1  ATGGAAGAAAGGATACTCCACATGGGAATAACTATTCCTAGAAATAAAGT  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGAAAGGATACTCCACATGGGAATAACTATTCCTAGAAATAAAGT  498

seq1  ATGACTCATTTGTAGAACTGCAAACAAAATGCCAGTATATTCAAGCACTG  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTCATTTGTAGAACTGCAAACAAAATGCCAGTATATTCAAGCACTG  548

seq1  TGGGCAGTACCATAGGAAACTGGGAGCAGTGTTTACAACAGGAGTACTCG  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGTACCATAGGAAACTGGGAGCAGTGTTTACAACAGGAGTACTCG  598

seq1  ATTTACGATTGGAACATTAGTCTATAAAATCATAAAAAGAAGTATCAGAA  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACGATTGGAACATTAGTCTATAAAATCATAAAAAGAAGTATCAGAA  648

seq1  GAAGACATAACTTTTGAAAACCAGCTTGACTCTCTTAATAAACTTGAACT  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACATAACTTTTGAAAACCAGCTTGACTCTCTTAATAAACTTGAACT  698

seq1  TATAGGCTTGTAAAGTGAATAGAGAAATCCCATTGTAGCATTTTAAATGC  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGCTTGTAAAGTGAATAGAGAAATCCCATTGTAGCATTTTAAATGC  748

seq1  CAGGCAAGGGTGAACTACTAAGGAAAGAAAGCAGTGGGTGGATGTGAGAA  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAAGGGTGAACTACTAAGGAAAGAAAGCAGTGGGTGGATGTGAGAA  798

seq1  CGTTTTATGGGGGTGAATCAGCTGGGTTTTGGTGATTAAATGGGTGTTAT  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTTATGGGGGTGAATCAGCTGGGTTTTGGTGATTAAATGGGTGTTAT  848

seq1  GGCTAAGGATAAAAGAATCATGATGTAAGCAACAGAGCAGATGGTAGTAT  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAGGATAAAAGAATCATGATGTAAGCAACAGAGCAGATGGTAGTAT  898

seq1  TTTGTTTCTAGTGTTAGGATCACTACTCAGACTAGTGGGTCTTACAGGAC  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTCTAGTGTTAGGATCACTACTCAGACTAGTGGGTCTTACAGGAC  948

seq1  ATAAATATATTTCTATGACAGAATAGTTCATACCTTTTACAATAGATGAC  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATATATTTCTATGACAGAATAGTTCATACCTTTTACAATAGATGAC  998

seq1  ATTTTAAACTCTCCTTAATCATTTGGTTCATTCATTATAGAATGAATTCA  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAACTCTCCTTAATCATTTGGTTCATTCATTATAGAATGAATTCA  1048

seq1  TTGTCAAGTTCAGTTTAACAAAGGATGGCGAATTTGGGAACTTGCAAGTC  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAAGTTCAGTTTAACAAAGGATGGCGAATTTGGGAACTTGCAAGTC  1098

seq1  TATTTATTTTTCACTCTTGGTTAAGTGTTTGCTGTTTCCTTAGGACTTTT  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTTTTCACTCTTGGTTAAGTGTTTGCTGTTTCCTTAGGACTTTT  1148

seq1  CAGTCCAGTTAAAAGGCTGACACCAAGAATTC  1164
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCAGTTAAAAGGCTGACACCAAGAATTC  1180

seq1: chr10_103064221_103065357
seq2: B6Ng01-273F19.g_65_1201

seq1  GAATTCTTTGTTCAGTTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTCAGTTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGATT  50

seq1  TTCTGAAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATGTTGGATATTAGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATGTTGGATATTAGTCCC  100

seq1  CCATCTGATTTAGGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGATTTAGGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGTCT  150

seq1  TTTTGTCTTATTGTCGGTGTCTTTTGCCTTGCAGATACTTTGGAGTTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCTTATTGTCGGTGTCTTTTGCCTTGCAGATACTTTGGAGTTTCA  200

seq1  TTAGGTCCCATTTGTCAATTCTTGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTCCCATTTGTCAATTCTTGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGTT  250

seq1  CTGTTCAGGAATTTCCCCCCTGTGCCCATATCTTCAAGGCTTTCCCCACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCAGGAATTTCCCCCCTGTGCCCATATCTTCAAGGCTTTCCCCACT  300

seq1  TTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGAAGTTCCTTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGAAGTTCCTTGAT  350

seq1  CCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAAGTATGGATCGATTTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAAGTATGGATCGATTTGCA  400

seq1  TTCTTCTACATGATAACAACCAGTTGTGCCAGCAGTATTTGGTTTCTAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTACATGATAACAACCAGTTGTGCCAGCAGTATTTGGTTTCTAAG  450

seq1  TAACTATTTTAAATTCCTCTTCTTCTATATTTATCATACTCACAGGGACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTATTTTAAATTCCTCTTCTTCTATATTTATCATACTCACAGGGACT  500

seq1  GAAGTCTCTATCATAGAGCTTATATGCATCTGTACTAGATTCTCTGAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCTCTATCATAGAGCTTATATGCATCTGTACTAGATTCTCTGAAAA  550

seq1  TACCTTGTGGTTTTGGAAGTTTTTTTTTCATTTGACAATATTATTTAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTGTGGTTTTGGAAGTTTTTTTTTCATTTGACAATATTATTTAAAT  600

seq1  GACTTAAATTTGTAATCTCTCCATCTAAGCTTGTGTCTTACTTCATGTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAAATTTGTAATCTCTCCATCTAAGCTTGTGTCTTACTTCATGTTC  650

seq1  CATGTTGATAGAATTTGGGGAAGTAGATTTTTTTTTCCTTCATTTTTCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTGATAGAATTTGGGGAAGTAGATTTTTTTTTCCTTCATTTTTCAC  700

seq1  TCTTGAAATTAGAGTGTCAATGGCTAATTTTAACTTCTCCAGGGTATTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAATTAGAGTGTCAATGGCTAATTTTAACTTCTCCAGGGTATTCC  750

seq1  AGTTAACATATTCAAGTTAAAATTATATTTATGATATAAGTACATATGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAACATATTCAAGTTAAAATTATATTTATGATATAAGTACATATGAA  800

seq1  ATTAAAACAAATCCAAATGGATATGACTAAAAT-AAAAGTAGTTTATTAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATTAAAACAAATCCAAATGGATATGACTAAAATAAAAAGTAGTTTATTAA  850

seq1  TACAACTGAAAATGTTTATATAAGAGATAGCATTCACATATGCTTATTAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACTGAAAATGTTTATATAAGAGATAGCATTCACATATGCTTATTAA  900

seq1  AATTGATGCACAGTTTCTATGTGTATGCTTGATTTTGTTCTTTGTTGTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGATGCACAGTTTCTATGTGTATGCTTGATTTTGTTCTTTGTTGTTT  950

seq1  ACTGTCCAAAAAATAAAATAATTTTTATTATATTTATGACAATATGGTGA  999
      |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCCAAAAAATAAA--TATTTTTATTATATTTATGACAATATGGTGA  998

seq1  TTCGAATGAGAATGCTTCTCATAGACTCATGTGTTTAAATATTTGGTTTC  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  TTCGAATGAGAATGCTTCTCATAGACTCATGTGTTTTAATATTT-GTTTC  1047

seq1  AACTCTGTAGAAC-TATTTGGGAGGGAATAAGAGCTGTTGCTTT-GTTAG  1097
       |||||||||||| |||||||||  | || ||||||| |||||| |||||
seq2  -ACTCTGTAGAACTTATTTGGGA--GCATTAGAGCTGGTGCTTTGGTTAG  1094

seq1  TGGGTGTGTCTAGGTATCAAAGG--ACTCTTGG--CATCCTTAG  1137
      |||| ||||||||||||  ||||  ||||||||  |||||||||
seq2  TGGG-GTGTCTAGGTATACAAGGGAACTCTTGGCACATCCTTAG  1137