BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-274F03
Chromosome10 (Build37)
Map Location 31,491,782 - 31,678,170
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTcba1
Upstream geneNcoa7, LOC382354, Hey2, LOC654431, EG432448, Hddc2, Tpd52l1, LOC100041294, Ibrdc1, LOC666055, LOC667752, LOC100040638
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-274F03.bB6Ng01-274F03.g
ACCGA075650GA075651
length1,190825
definitionB6Ng01-274F03.b B6Ng01-274F03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,676,969 - 31,678,170)(31,491,782 - 31,492,605)
sequence
gaattctgtggcctgagcatattcttactcacaccttccagggcaaatat
ggataaatagttaagtgataatataataatgcaaatagggaaaaatatgg
ataaaataccttaagaaataatataaaaaatggatatggttattttacaa
tagaatattgggagatggcacaaactatgggcaaacagtgctatttggtt
attagttttatgaaaataaattctatgccaataataggctctaaagtagg
taataccaaaaggaaagaaatgagatatagtgcctgacatccacgcagtc
tggctctgataatccttagacatcagactttagcattataggttgtcatg
tggaaatcgcagctcccagtaccaccaagcacaagtttatttggaaatac
aagtaattcagtctaaccgggaaaggttattttggtctgtgtagttttat
gttaacataaatgaacttcttgtacagagggagtatttgaacacagacca
caagatggacattttgagaaatcaaagcagagataatagttacatttttg
aagctgaagagttaaaaatagtataagcatgccctcaaaggcttgggcaa
atattgtctcttattgttctgaagaaacatccaggccctagttattgttt
gaaagcaacaagcatgccaaaaaattcatgtgcaattgtttactaacttg
tttgcttttatatgagaaataagtcctgccccaacagatgagaaacaata
atacaaatggccaatatttcagtttcataaaactccacttttcaattctt
tcagatggtccctcctgtctgcaaatgattttgctgtgagaccctgagct
aactgcattagaaatcactagctattaggaaaccagactgttctttctgg
actgtgtgaacctggctgatcccatgtcttagtcttgatctaattgactt
tgaagacattgtctttttcatctttgtcaaagtaatccacctagtttctt
ttgtaaccaaatattacatgaggaagcctgagaaagaagcagaaaaacag
tattctttcttacataactgacctgaaaactatcattgtcaagtctgttg
aaccagatcagatatgacgaacctctgtttcctttgatagaatgcttcaa
gacactgtcattcctaagataagtcctcctaaacaaaatg

gaattccaagcacatggtcagttcaaggactttctaggacattggaacac
tggcgaatgcttagctatggcagaattcaatcttaaaaggcacttataat
aaattaatactaaaagagagcacatgaatccacataccagactaactcgg
gtatagggtatgagtatatgggttatgagaacgccaaagttccaggaggt
gagtttatgtgaaactctgccttctgagtgctcccaggcctcttggcctg
ccaagcaaacttcactggagtgtgcatagcaagaagacccaaatctgctg
gagaaaaagtctcaagaaggcacaggaatttctaggtacagctgggttct
gctggttatggatcccaaggtttgttgaattggtttccccaccccctcta
cccccttactaaaaatggaggaagaagggcaacaggtttttgacacaatt
aaggaggctctgctcaaggtccctgctttaggactgcctgattgccagta
gaccattccacctttatgttgatgagagcagggggatagagaagggggtg
ctcagtcagtggctggacccccgaaagcacccagttgcctatctgtcaaa
gaaattagaccctgtcactgctgggtggcctgtttgcttatggataatgg
cagtggtggcggttctatttgctgataaattgactctggggcagaacctg
actgtgatttgccttggagagcattgtttgccatccccaggattgatgac
tgaccaatgcctgcatgactcattatcagattctgttgataaattttgat
cgggcgacctttcatctcaccaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_31676969_31678170
seq2: B6Ng01-274F03.b_48_1237 (reverse)

seq1  CATTTTGTTTAGGA-GACT--ACTTAGGGAATGACAGTGTCCTTTGAAGC  47
      |||||||||||||| ||||   |||| ||||||||||||||  |||||||
seq2  CATTTTGTTTAGGAGGACTTATCTTA-GGAATGACAGTGTC--TTGAAGC  47

seq1  ATTCTTATTTAAAAGAAACAGGAAGTCTGTCATATCCTTGATCTGGTTTC  97
      |||||   | ||| |||||| || ||  ||||||||  |||||||| |||
seq2  ATTCT--ATCAAAGGAAACA-GAGGTTCGTCATATC--TGATCTGG-TTC  91

seq1  AACAGAACCTGAACAATGGATAGGTTTTCAGGGTCAGTTATGTAAGAAAG  147
      ||||||  ||  ||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AACAGA--CTTGACAAT-GATA-GTTTTCA-GGTCAGTTATGTAAGAAAG  136

seq1  AATACTG-TTTTCTGCTTCTTTCTCAGCCTTCCTCATGTAATATTTGGTT  196
      ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTGTTTTTCTGCTTCTTTCTCAGGCTTCCTCATGTAATATTTGGTT  186

seq1  ACAAAAGAAAACTAGGTGGATTACTTTTGACAAAGATGAAAAAGACAATG  246
      ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAG-AAACTAGGTGGATTAC-TTTGACAAAGATGAAAAAGACAATG  234

seq1  TCTTCAAAGTCAATTAGATCAAGACTAAGACATGGGATCAGCCAGGTTCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAAAGTCAATTAGATCAAGACTAAGACATGGGATCAGCCAGGTTCA  284

seq1  CACAGTCCAGAAAGAACAGTCTGGTTTCCTAATAGCTAGTGATTTCTAAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCCAGAAAGAACAGTCTGGTTTCCTAATAGCTAGTGATTTCTAAT  334

seq1  GCAGTTAGCTCAGGGTCTCACAGCAAAATCATTTGCAGACAGGAGGGACC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTAGCTCAGGGTCTCACAGCAAAATCATTTGCAGACAGGAGGGACC  384

seq1  ATCTGAAAGAATTGAAAAGTGGAGTTTTATGAAACTGAAATATTGGCCAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAAAGAATTGAAAAGTGGAGTTTTATGAAACTGAAATATTGGCCAT  434

seq1  TTGTATTATTGTTTCTCATCTGTTGGGGCAGGACTTATTTCTCATATAAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTATTGTTTCTCATCTGTTGGGGCAGGACTTATTTCTCATATAAA  484

seq1  AGCAAACAAGTTAGTAAACAATTGCACATGAATTTTTTGGCATGCTTGTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAACAAGTTAGTAAACAATTGCACATGAATTTTTTGGCATGCTTGTT  534

seq1  GCTTTCAAACAATAACTAGGGCCTGGATGTTTCTTCAGAACAATAAGAGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCAAACAATAACTAGGGCCTGGATGTTTCTTCAGAACAATAAGAGA  584

seq1  CAATATTTGCCCAAGCCTTTGAGGGCATGCTTATACTATTTTTAACTCTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATTTGCCCAAGCCTTTGAGGGCATGCTTATACTATTTTTAACTCTT  634

seq1  CAGCTTCAAAAATGTAACTATTATCTCTGCTTTGATTTCTCAAAATGTCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCAAAAATGTAACTATTATCTCTGCTTTGATTTCTCAAAATGTCC  684

seq1  ATCTTGTGGTCTGTGTTCAAATACTCCCTCTGTACAAGAAGTTCATTTAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTGGTCTGTGTTCAAATACTCCCTCTGTACAAGAAGTTCATTTAT  734

seq1  GTTAACATAAAACTACACAGACCAAAATAACCTTTCCCGGTTAGACTGAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACATAAAACTACACAGACCAAAATAACCTTTCCCGGTTAGACTGAA  784

seq1  TTACTTGTATTTCCAAATAAACTTGTGCTTGGTGGTACTGGGAGCTGCGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTGTATTTCCAAATAAACTTGTGCTTGGTGGTACTGGGAGCTGCGA  834

seq1  TTTCCACATGACAACCTATAATGCTAAAGTCTGATGTCTAAGGATTATCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACATGACAACCTATAATGCTAAAGTCTGATGTCTAAGGATTATCA  884

seq1  GAGCCAGACTGCGTGGATGTCAGGCACTATATCTCATTTCTTTCCTTTTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGACTGCGTGGATGTCAGGCACTATATCTCATTTCTTTCCTTTTG  934

seq1  GTATTACCTACTTTAGAGCCTATTATTGGCATAGAATTTATTTTCATAAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTACCTACTTTAGAGCCTATTATTGGCATAGAATTTATTTTCATAAA  984

seq1  ACTAATAACCAAATAGCACTGTTTGCCCATAGTTTGTGCCATCTCCCAAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATAACCAAATAGCACTGTTTGCCCATAGTTTGTGCCATCTCCCAAT  1034

seq1  ATTCTATTGTAAAATAACCATATCCATTTTTTATATTATTTCTTAAGGTA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATTGTAAAATAACCATATCCATTTTTTATATTATTTCTTAAGGTA  1084

seq1  TTTTATCCATATTTTTCCCTATTTGCATTATTATATTATCACTTAACTAT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCCATATTTTTCCCTATTTGCATTATTATATTATCACTTAACTAT  1134

seq1  TTATCCATATTTGCCCTGGAAGGTGTGAGTAAGAATATGCTCAGGCCACA  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCATATTTGCCCTGGAAGGTGTGAGTAAGAATATGCTCAGGCCACA  1184

seq1  GAATTC  1202
      ||||||
seq2  GAATTC  1190


seq1: chr10_31491782_31492605
seq2: B6Ng01-274F03.g_68_892

seq1  GAATTCCAAGCACATGGTCAGTTCAAGGACTTTCTAGGACATTGGAACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGCACATGGTCAGTTCAAGGACTTTCTAGGACATTGGAACAC  50

seq1  TGGCGAATGCTTAGCTATGGCAGAATTCAATCTTAAAAGGCACTTATAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGAATGCTTAGCTATGGCAGAATTCAATCTTAAAAGGCACTTATAAT  100

seq1  AAATTAATACTAAAAGAGAGCACATGAATCCACATACCAGACTAACTCGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAATACTAAAAGAGAGCACATGAATCCACATACCAGACTAACTCGG  150

seq1  GTATAGGGTATGAGTATATGGGTTATGAGAACGCCAAAGTTCCAGGAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGGGTATGAGTATATGGGTTATGAGAACGCCAAAGTTCCAGGAGGT  200

seq1  GAGTTTATGTGAAACTCTGCCTTCTGAGTGCTCCCAGGCCTCTTGGCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTATGTGAAACTCTGCCTTCTGAGTGCTCCCAGGCCTCTTGGCCTG  250

seq1  CCAAGCAAACTTCACTGGAGTGTGCATAGCAAGAAGACCCAAATCTGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCAAACTTCACTGGAGTGTGCATAGCAAGAAGACCCAAATCTGCTG  300

seq1  GAGAAAAAGTCTCAAGAAGGCACAGGAATTTCTAGGTACAGCTGGGTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAAGTCTCAAGAAGGCACAGGAATTTCTAGGTACAGCTGGGTTCT  350

seq1  GCTGGTTATGGATCCCAAGGTTTGTTGAATTGGTTTCCCCACCCCCTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTTATGGATCCCAAGGTTTGTTGAATTGGTTTCCCCACCCCCTCTA  400

seq1  CCCCCTTACTAAAAATGGAGGAAGAAGGGCAACAGGTTTTTGACACAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTTACTAAAAATGGAGGAAGAAGGGCAACAGGTTTTTGACACAATT  450

seq1  AAGGAGGCTCTGCTCAAGGTCCCTGCTTTAGGACTGCCTGATTGCCAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGCTCTGCTCAAGGTCCCTGCTTTAGGACTGCCTGATTGCCAGTA  500

seq1  GACCATTCCACCTTTATGTTGATGAGAGCAGGGGGATAGAGAAGGGGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATTCCACCTTTATGTTGATGAGAGCAGGGGGATAGAGAAGGGGGTG  550

seq1  CTCAGTCAGTGGCTGGACCCCCGAAAGCACCCAGTTGCCTATCTGTCAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTCAGTGGCTGGACCCCCGAAAGCACCCAGTTGCCTATCTGTCAAA  600

seq1  GAAATTAGACCCTGTCACTGCTGGGTGGCCTGTTTGCTTATGGATAATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTAGACCCTGTCACTGCTGGGTGGCCTGTTTGCTTATGGATAATGG  650

seq1  CAGTGGTGGCGGTTCTATTTGCTGATAAATTGACTCTGGGGCAGAACCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTGGCGGTTCTATTTGCTGATAAATTGACTCTGGGGCAGAACCTG  700

seq1  ACTGTGATTTGCCTTGGAGAGCATTGTTTGCCAGCCCCAGGATTGATGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACTGTGATTTGCCTTGGAGAGCATTGTTTGCCATCCCCAGGATTGATGAC  750

seq1  TGACCAATGCCTGCATGACTCATTATCAGATTCTGTTGATAAATTTAGAT  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGACCAATGCCTGCATGACTCATTATCAGATTCTGTTGATAAATTTTGAT  800

seq1  CGGGCGACC-TTCATCTCACCAGTG  824
      ||||||||| ||||||||||||| |
seq2  CGGGCGACCTTTCATCTCACCAGGG  825


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |