BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275N13
Chromosome10 (Build37)
Map Location 17,899,238 - 17,912,400
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039660
Upstream geneCited2, Txlnb, LOC665321, Heca, 3110003A17Rik, Reps1
Downstream geneCcdc28a, LOC627646, Nhsl1, Hebp2, EG627729, D10Bwg1379e, EG237300, Perp, Tnfaip3, Tpi-rs5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275N13.bB6Ng01-275N13.g
ACCGA076777GA076778
length1,1401,090
definitionB6Ng01-275N13.b B6Ng01-275N13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,899,238 - 17,900,375)(17,911,282 - 17,912,400)
sequence
gtagtaagaaactcgcaactggatcctggagcacaaaggaaaatgtagta
ttctacccactaagaaaggacattgctgcaccaataggggatcgctggtt
aggtctgtgattggatgtgagaactgaaatcagtgctggtaggtgttaga
tgaactttaatttttcatcagtgttcttgttagaaaacacacactaaagg
gctgcggagacagctcagctggtaaagcacttgccttccaaggacaagga
gctaagttatccgcagagccccacagtgctggtgtccacacgtgatccca
gagctgagactgggaaacgggaagattcctgggccttgccagctagaccg
tacacttggcaagtccaggataaagagagaccctgtcttcaaaactaggg
ggacagtgcctaaggaacaaatctcaagattgtttcgtgagcttcttgtg
tatgtgcacacccgtgtacctgcaacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacatatatacaccagctcacatactaatgcaaaaatagaa
aatccacgctgctatcctgaggcttctgagagtcacatttacaccttcct
ctcacacactaaaggataacagtgtgagcttgatacaaatgtccactcct
gagttatcgactttgcaactttaatcaatagtggaatccagaatggaaag
ggcgaagaaaatatttacattgctcctgcaactctatggttacaaagtat
tgaaaagtagcatttgtttttaaaatgagagtccacttgactcatgatag
gttttatgtgtacccatttcctggccttgttaattactgtttgctatcgg
tatccatacagtctagtcaagtccagagatgaacagtgcctaaatgaatt
tgctggcatgtagtctgacggcagagttgtggatccacagggctggcact
ttgtgatagccacagatgtgtcatctgggactcttctcagtcctgatgat
aaaaatacatgcaataactgtgtcgttccttgaaaataacatcaactgac
tagaacaatgaccacactgagaacagcctaattggccaagatacggtcct
gactacagtttaagttagaatttcagagctcttcctttct

gaattcattcctgagagtgtttggtggaagagaggcccttttgacagtaa
ttctgcccaagagatgttagcaatgtctgcagagtttctcggggtgcttc
cccccccccatcttatactttagcaggagcgtaaggatgtgcatgggccc
tctcccaccccatggtctctgttgtgtgaagatttattgctcaaattagt
ccttggggaaaacatttcaggggacaagacggaggagcacaggttgagga
tgacaaagttgaaatgtaggaatcctggccccgtgatgacatcatcgagt
cctaagttttgaagctgccctgattagggagtctaagttgtcttgggtca
tctgagctctccagaatgaggcaaaaagcatttagcagtcacacagatgt
gaaagagcccatcagacccacacacgttgtccaaggagttcatcagagct
acgagctttcctaaaacgaccacgtgcttattctgtgcttctaacttgac
agcagcagcagcagaatctgccctaatggctgctgcttcgtccatgggag
tcaggtccgcaaacactgaacaagtgtgtcccatcagactgaagtttgta
aagcacagatcgtgagccttgatagccactttggctcaagcagcctggaa
tagcgttgaggaaacggttgtcaccaagttccccaggtgatctggtgcac
agccaaggacaacacacagtagaaggctctgcggggccccaaggcccctt
ctgcctgctgatctcttccttcctggaggcgtgaacgctggctacactgc
tgccctggctttgtaagtgccttttgcatcccacagtgttgaggttactt
gttgggtttttagaatatacttcattatgtagatgggccctaaacttgat
tggaatattaaggagactttattcccgcatcactgaaattccagggatag
atctggtgcagtgagcctgatcagtagtaagctggagtttgtttctctct
tctctgcttagtatggctcgcatctgctctacatacctcagtgtgtctgc
agggagaattgatactgaggttgtttaactgactagctta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_17899238_17900375
seq2: B6Ng01-275N13.b_59_1198

seq1  GTAGTAAGAAACTCGCAACTGGATCCTGGAGCACAAAGGAAAATGTAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAAGAAACTCGCAACTGGATCCTGGAGCACAAAGGAAAATGTAGTA  50

seq1  TTCTACCCACTAAGAAAGGACATTGCTGCACCAATAGGGGATCGCTGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACCCACTAAGAAAGGACATTGCTGCACCAATAGGGGATCGCTGGTT  100

seq1  AGGTCTGTGATTGGATGTGAGAACTGAAATCAGTGCTGGTAGGTGTTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTGTGATTGGATGTGAGAACTGAAATCAGTGCTGGTAGGTGTTAGA  150

seq1  TGAACTTTAATTTTTCATCAGTGTTCTTGTTAGAAAACACACACTAAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTTAATTTTTCATCAGTGTTCTTGTTAGAAAACACACACTAAAGG  200

seq1  GCTGCGGAGACAGCTCAGCTGGTAAAGCACTTGCCTTCCAAGGACAAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCGGAGACAGCTCAGCTGGTAAAGCACTTGCCTTCCAAGGACAAGGA  250

seq1  GCTAAGTTATCCGCAGAGCCCCACAGTGCTGGTGTCCACACGTGATCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGTTATCCGCAGAGCCCCACAGTGCTGGTGTCCACACGTGATCCCA  300

seq1  GAGCTGAGACTGGGAAACGGGAAGATTCCTGGGCCTTGCCAGCTAGACCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGAGACTGGGAAACGGGAAGATTCCTGGGCCTTGCCAGCTAGACCG  350

seq1  TACACTTGGCAAGTCCAGGATAAAGAGAGACCCTGTCTTCAAAACTAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTGGCAAGTCCAGGATAAAGAGAGACCCTGTCTTCAAAACTAGGG  400

seq1  GGACAGTGCCTAAGGAACAAATCTCAAGATTGTTTCGTGAGCTTCTTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTGCCTAAGGAACAAATCTCAAGATTGTTTCGTGAGCTTCTTGTG  450

seq1  TATGTGCACACCCGTGTACCTGCAACACACACACACACACACACACACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCACACCCGTGTACCTGCAACACACACACACACACACACACACAC  500

seq1  ACACACACACACATATATACACCAGCTCACATACTAATGCAAAAATAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACATATATACACCAGCTCACATACTAATGCAAAAATAGAA  550

seq1  AATCCACGCTGCTATCCTGAGGCTTCTGAGAGTCACATTTACACCTTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCACGCTGCTATCCTGAGGCTTCTGAGAGTCACATTTACACCTTCCT  600

seq1  CTCACACACTAAAGGATAACAGTGTGAGCTTGATACAAATGTCCACTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACACTAAAGGATAACAGTGTGAGCTTGATACAAATGTCCACTCCT  650

seq1  GAGTTATCGACTTTGCAACTTTAATCAATAGTGGAATCCAGAATGGAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTATCGACTTTGCAACTTTAATCAATAGTGGAATCCAGAATGGAAAG  700

seq1  GGCGAAGAAAATATTTACATTGCTCCTGCAACTCTATGGTTACAAAGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGAAGAAAATATTTACATTGCTCCTGCAACTCTATGGTTACAAAGTAT  750

seq1  TGAAAAGTAGCATTTGTTTTTAAAATGAGAGTCCACTTGACTCATGATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGTAGCATTTGTTTTTAAAATGAGAGTCCACTTGACTCATGATAG  800

seq1  GTTTTATGTGTACCCATTTCCTGGCCTTGTTAATTACTGTTTGCTATCGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTATGTGTACCCATTTCCTGGCCTTGTTAATTACTGTTTGCTATCGG  850

seq1  TATCCATACAGTCTAGTCAAGTCCAGAGATGAACAGTGCCTAAATGAATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCATACAGTCTAGTCAAGTCCAGAGATGAACAGTGCCTAAATGAATT  900

seq1  TGCTGGCATGTAGTCTGACGGCAGAGTTGTGGATCCACAGGGCTGGCACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGCATGTAGTCTGACGGCAGAGTTGTGGATCCACAGGGCTGGCACT  950

seq1  TTGTGATAGCCACAGATGTGTCATCTGGGACTCTTCTCAGTCCTGATGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATAGCCACAGATGTGTCATCTGGGACTCTTCTCAGTCCTGATGAT  1000

seq1  -AAAATACATGCAATAACTGTGTCGTTTCCTTTGAAATTAACATTCAAAC  1049
       ||||||||||||||||||||||||||  | |||||| ||||||   |||
seq2  AAAAATACATGCAATAACTGTGTCGTT--CCTTGAAAATAACAT--CAAC  1046

seq1  TGAACTAG-ACAATGA-CACACTGAGAACAG-CTAATTGCCAAAGGATTA  1096
      || ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| | |||   ||
seq2  TG-ACTAGAACAATGACCACACTGAGAACAGCCTAATTGGCCAAG--ATA  1093

seq1  GGGTTCTGACTACAGTTTA--GTAGAATTT---AGAACCTCCTTTCT  1138
       ||| ||||||||||||||   ||||||||   ||  | ||||||||
seq2  CGGTCCTGACTACAGTTTAAGTTAGAATTTCAGAGCTCTTCCTTTCT  1140


seq1: chr10_17911282_17912400
seq2: B6Ng01-275N13.g_65_1154 (reverse)

seq1  TAAGCTAGTCCAGTAAAAACAAAACCTCAGATAATTCAATTTCTTCCCCT  50
      ||||||||| |||| ||   | |||||||| ||  |||| ||||  ||||
seq2  TAAGCTAGT-CAGTTAA---ACAACCTCAG-TA--TCAA-TTCT--CCCT  40

seq1  GCAGACACACTGAGGGTATGTAAGGAGCCAAGATTGCCGAAGGCAATACT  100
      ||||||||||||| ||||||||  ||||  ||||   |||  || |||||
seq2  GCAGACACACTGA-GGTATGTA--GAGC--AGAT--GCGA--GCCATACT  81

seq1  AAAGGCAGAGAAAGAGAGAAACCAAACTCCAGCTTTACTACTGGAACCAG  150
      ||  |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||  | |||
seq2  AA--GCAGAG-AAGAGAGAAA-CAAACTCCAGC-TTACTACTG--ATCAG  124

seq1  GCTTCAACTGCAACCAGATCTATCCCTGGAATTTTCAGTGATGCGGGAAT  200
      |||   ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCT--CACTGC-ACCAGATCTATCCCTGGAA-TTTCAGTGATGCGGGAAT  170

seq1  AAAGTCTCCTTAATTATTCCAATCAAGTTTAGGG-CCATCTACATAATGA  249
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAAGTCTCCTTAA-TATTCCAATCAAGTTTAGGGCCCATCTACATAATGA  219

seq1  AGTATATTCTAAAAA-CCAACAAGTAACCTCAACACTGTGGGATGCAAAA  298
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATTCTAAAAACCCAACAAGTAACCTCAACACTGTGGGATGCAAAA  269

seq1  GGCACTTACAAAGCCAGGGCAGCAGTGTAGCCAGCGTTCACGCCTCCAGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTTACAAAGCCAGGGCAGCAGTGTAGCCAGCGTTCACGCCTCCAGG  319

seq1  AAGGAAGAGATCAGCAGGCAGAAGGGGCCTTGGGGCCCCGCAGAGCCTTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGAGATCAGCAGGCAGAAGGGGCCTTGGGGCCCCGCAGAGCCTTC  369

seq1  TACTGTGTGTTGTCCTTGGCTGTGCACCAGATCACCTGGGGAACTTGGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGTGTTGTCCTTGGCTGTGCACCAGATCACCTGGGGAACTTGGTG  419

seq1  ACAACCGTTTCCTCAACGCTATTCCAGGCTGCTTGAGCCAAAGTGGCTAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCGTTTCCTCAACGCTATTCCAGGCTGCTTGAGCCAAAGTGGCTAT  469

seq1  CAAGGCTCACGATCTGTGCTTTACAAACTTCAGTCTGATGGGACACACTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTCACGATCTGTGCTTTACAAACTTCAGTCTGATGGGACACACTT  519

seq1  GTTCAGTGTTTGCGGACCTGACTCCCATGGACGAAGCAGCAGCCATTAGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTGTTTGCGGACCTGACTCCCATGGACGAAGCAGCAGCCATTAGG  569

seq1  GCAGATTCTGCTGCTGCTGCTGTCAAGTTAGAAGCACAGAATAAGCACGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATTCTGCTGCTGCTGCTGTCAAGTTAGAAGCACAGAATAAGCACGT  619

seq1  GGTCGTTTTAGGAAAGCTCGTAGCTCTGATGAACTCCTTGGACAACGTGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCGTTTTAGGAAAGCTCGTAGCTCTGATGAACTCCTTGGACAACGTGT  669

seq1  GTGGGTCTGATGGGCTCTTTCACATCTGTGTGACTGCTAAATGCTTTTTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTCTGATGGGCTCTTTCACATCTGTGTGACTGCTAAATGCTTTTTG  719

seq1  CCTCATTCTGGAGAGCTCAGATGACCCAAGACAACTTAGACTCCCTAATC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATTCTGGAGAGCTCAGATGACCCAAGACAACTTAGACTCCCTAATC  769

seq1  AGGGCAGCTTCAAAACTTAGGACTCGATGATGTCATCACGGGGCCAGGAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGCTTCAAAACTTAGGACTCGATGATGTCATCACGGGGCCAGGAT  819

seq1  TCCTACATTTCAACTTTGTCATCCTCAACCTGTGCTCCTCCGTCTTGTCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACATTTCAACTTTGTCATCCTCAACCTGTGCTCCTCCGTCTTGTCC  869

seq1  CCTGAAATGTTTTCCCCAAGGACTAATTTGAGCAATAAATCTTCACACAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAATGTTTTCCCCAAGGACTAATTTGAGCAATAAATCTTCACACAA  919

seq1  CAGAGACCATGGGGTGGGAGAGGGCCCATGCACATCCTTACGCTCCTGCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACCATGGGGTGGGAGAGGGCCCATGCACATCCTTACGCTCCTGCT  969

seq1  AAAGTATAAGATGGGGGGGGGGAAGCACCCCGAGAAACTCTGCAGACATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATAAGATGGGGGGGGGGAAGCACCCCGAGAAACTCTGCAGACATT  1019

seq1  GCTAACATCTCTTGGGCAGAATTACTGTCAAAAGGGCCTCTCTTCCACCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACATCTCTTGGGCAGAATTACTGTCAAAAGGGCCTCTCTTCCACCA  1069

seq1  AACACTCTCAGGAATGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||||
seq2  AACACTCTCAGGAATGAATTC  1090


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |