BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277F10
Chromosome10 (Build37)
Map Location 18,291,016 - 18,490,544
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD10Bwg1379e
Upstream geneCited2, Txlnb, LOC665321, Heca, 3110003A17Rik, Reps1, LOC100039660, Ccdc28a, LOC627646, Nhsl1, Hebp2, EG627729
Downstream geneEG237300, Perp, Tnfaip3, Tpi-rs5, EG637620, Olig3, Ifngr1, Il22ra2, Il20ra
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277F10.bB6Ng01-277F10.g
ACCGA077886GA077887
length8401,144
definitionB6Ng01-277F10.b B6Ng01-277F10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,291,016 - 18,291,853)(18,489,398 - 18,490,544)
sequence
ttaatccatggtggtctgattggaacttgattggtgttcctgtttttgtt
gaattccagctttaattcagggtggtctgataagatacaaggagttattc
taattttcttgtatttgttggggctgtgctgtgagattaggaggtggaga
gaattggtttcttatcagagctgcaggttttgctcaagtctcctgggttt
gggaataagacaaaaggtattaaattggcacgcataattctggggttcat
ggcatgagctgggacaccactaagttcccaaagctgacccagacaaaagc
taggtggcagggatttaccagctcatctcaaaggcttctctaccttggag
aatttgagctcagaggtgctgggagcccctgctgtgcaaagagacaagcg
gctcagaaagcaaagcggcagatggtagtggctgcttacctcctacaatc
agataagtaaagaatagagagaaatgaggtttgtttaagtgtttaaacaa
attaggcttgaactcactattaaaaatgaatttgaaaatttccaaatgga
aaacacatgctgcgacataaaattaggaggtggggagaattggtctttgt
agcagagttgctcggtttttgtctagggcatgtgggtttgagacaaggac
aaagggtgtgctaaattggcactcctaattctggggttcgtggtttaagg
ccgagatatgcgcatactaacccagggacatggggggcaagctaaagatt
caggcataggatctgtcctgttctgggctgctgcaagatcttaagccatt
gatgcttcagagctcttgctgagaagggaggctgaagaca
gaattctcttaaaacaataacttgttccagaagttagcaatgcttgtaca
gcttcaaaagtatgaggtgtaaaacaaatgcacttattattttaatgtaa
cgtatagtttaacatctgagcaggacctttcacctctttgctgggtcaag
aaacagagaaggaggctgagtcctacaatcttcccaatagatcccatccc
atagatcccaccccataaaggcttcatggacctcacctctctgctatact
tactaaaaactacaccattttcacagtaccacacagggctttaacacatg
aacctttaagggacatttaactacccaaaatatagttctctttacccctg
tttccagtgggtatatcaagtgcagccaagaacacacagactcaatgatt
tgctaaaggccaaaggtgcacagaggtgcaggagagaccaggcacatgct
ccctggtgccttttgcaagacagtcacacatacacaaaaaaacatacttc
attctcatagcagtgtatgacaacacatgcaaactgttaccaaactggga
tactcatccaagctagggtgccgaaggtgactgaagttcactcgcatggg
agtgcaatgctcatgaggctttaatctgctcagtctccaacgccccctac
aggtaaaaatttatatagagtagggcctcaagcatcaagcatcgaagcac
tttgaggatgctaaatactcagagatggtcagagccaaacctccagataa
ttgtagatttgagcaacttaagcatgttgagttaaccctttcactgtgca
gtccacaaccacacggcatatttactgttcactgtctctgacctttgaag
gtggttctatgaaaccctaagaccctgcttgtgtctctagtgagtccaca
gtcaatagtcatttgtaatttatgatttaatttatcatgggtaagcattt
agagcattggaaaggaagtataaaaccatagcattttaacagagttcacg
cttctaagttaaatcccaattagcataatttcaagcattgctttgagcag
tttttgaaatcatacttatttgactttggccatgaactcctatctacata
tgtcagaacttgagaatatttcgcatcataatggaatctcactt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_18291016_18291853
seq2: B6Ng01-277F10.b_52_891

seq1  TTAATCCATGGTGGTCTGATTGGAACTTGATTGGTGTTCCTGTTTTTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCATGGTGGTCTGATTGGAACTTGATTGGTGTTCCTGTTTTTGTT  50

seq1  GAATTCCAGCTTTAATTCAGGGTGGTCTGATAAGATACAAGGAGTTATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCTTTAATTCAGGGTGGTCTGATAAGATACAAGGAGTTATTC  100

seq1  TAATTTTCTTGTATTTGTTGGGGCTGTGCTGTGAGATTAGGAGGTGGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTCTTGTATTTGTTGGGGCTGTGCTGTGAGATTAGGAGGTGGAGA  150

seq1  GAATTGGTTTCTTATCAGAGCTGCAGGTTTTGCTCAAGTCTCCTGGGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGGTTTCTTATCAGAGCTGCAGGTTTTGCTCAAGTCTCCTGGGTTT  200

seq1  GGGAATAAGACAAAAGGTATTAAATTGGCACGCATAATTCTGGGGTTCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATAAGACAAAAGGTATTAAATTGGCACGCATAATTCTGGGGTTCAT  250

seq1  GGCATGAGCTGGGACACCACTAAGTTCCCAAAGCTGACCCAGACAAAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGAGCTGGGACACCACTAAGTTCCCAAAGCTGACCCAGACAAAAGC  300

seq1  TAGGTGGCAGGGATTTACCAGCTCATCTCAAAGGCTTCTCTACCTTGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGGCAGGGATTTACCAGCTCATCTCAAAGGCTTCTCTACCTTGGAG  350

seq1  AATTTGAGCTCAGAGGTGCTGGGAGCCCCTGCTGTGCAAAGAGACAAGCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGAGCTCAGAGGTGCTGGGAGCCCCTGCTGTGCAAAGAGACAAGCG  400

seq1  GCTCAGAAAGCAAAGCGGCAGATGGTAGTGGCTGCTTACCTCCTACAATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAAAGCAAAGCGGCAGATGGTAGTGGCTGCTTACCTCCTACAATC  450

seq1  AGATAAGTAAAGAATAGAGAGAAATGAGGTTTGTTTAAGTGTTTAAACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGTAAAGAATAGAGAGAAATGAGGTTTGTTTAAGTGTTTAAACAA  500

seq1  ATTAGGCTTGAACTCACTATTAAAAATGAATTTGAAAATTTCCAAATGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGCTTGAACTCACTATTAAAAATGAATTTGAAAATTTCCAAATGGA  550

seq1  AAACACATGCTGCGACATAAAATTAGGAGGTGGGGAGAATTGGTCTTT-T  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAACACATGCTGCGACATAAAATTAGGAGGTGGGGAGAATTGGTCTTTGT  600

seq1  AGCAGAGTTGCTCGGTTTTTGTCTAGGGCATGTGGGTTTGAGACAAGGAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGTTGCTCGGTTTTTGTCTAGGGCATGTGGGTTTGAGACAAGGAC  650

seq1  AAAGGGTGTGCTAAATTGGCACTCCTAATTCTGGGGTTCTTGGTTTAAGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAAGGGTGTGCTAAATTGGCACTCCTAATTCTGGGGTTCGTGGTTTAAGG  700

seq1  CCGAGATATGCCCAGACTAACCCAGGGACAT-GGGGGCAGGCTAAAGGTT  748
      ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||
seq2  CCGAGATATGCGCATACTAACCCAGGGACATGGGGGGCAAGCTAAAGATT  750

seq1  CAGGCAGAGGATCTGTCCTGTTCTGGGCTGCTGCAGAGAGCTTAAGCCAT  798
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
seq2  CAGGCATAGGATCTGTCCTGTTCTGGGCTGCTGCA-AGATCTTAAGCCAT  799

seq1  TGATGC-TGAGAGCTCTTGCTGAGAAGGGAGGCTGAAGACA  838
      |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTTCAGAGCTCTTGCTGAGAAGGGAGGCTGAAGACA  840

seq1: chr10_18489398_18490544
seq2: B6Ng01-277F10.g_64_1207 (reverse)

seq1  AAGTGAGATT-CATTATGATGCCAAAATTATTCTTCAAATTTCTGACATA  49
      |||||||||| ||||||||||| |||  ||||||   || ||||||||||
seq2  AAGTGAGATTCCATTATGATGCGAAA--TATTCT--CAAGTTCTGACATA  46

seq1  TTTAGATAGAATTTCCATGCC-AAGTCAAATAATTATGAATTTTAAAAAC  98
      | ||||||| | |||   ||| ||||||||||| |||| |||| ||||||
seq2  TGTAGATAGGAGTTCATGGCCAAAGTCAAATAAGTATG-ATTTCAAAAAC  95

seq1  TGCTCAAAGCAATGCTTGAAATTTTATGCTAATTGGGATTTAACTTTAGA  148
      |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGCTCAAAGCAATGCTTGAAA--TTATGCTAATTGGGATTTAAC-TTAGA  142

seq1  AGCCTGAACTCTGTTAAAATGCTAT-GTTTTATAACCTCC-TTCCAAT-C  195
      ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||| ||||||| |
seq2  AGCGTGAACTCTGTTAAAATGCTATGGTTTTAT-ACTTCCTTTCCAATGC  191

seq1  TCTAAATGCTTACCCATGATAAATTAAATCATAAATTACAAATGACTATT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAATGCTTACCCATGATAAATTAAATCATAAATTACAAATGACTATT  241

seq1  GACTGTGGACTCACTAGAGACACAAGCAGGGTCTTAGGGTTTCATAGAAC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGGACTCACTAGAGACACAAGCAGGGTCTTAGGGTTTCATAGAAC  291

seq1  CACCTTCAAAGGTCAGAGACAGTGAACAGTAAATATGCCGTGTGGTTGTG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTCAAAGGTCAGAGACAGTGAACAGTAAATATGCCGTGTGGTTGTG  341

seq1  GACTGCACAGTG-AAGGGTTAACTCAACATGCTTAAGTTGCTCAAATCTA  394
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCACAGTGAAAGGGTTAACTCAACATGCTTAAGTTGCTCAAATCTA  391

seq1  CAATTATCTGGAGGTTTGGCTCTGACCATCTCTGAGTATTTAGCATCCTC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTATCTGGAGGTTTGGCTCTGACCATCTCTGAGTATTTAGCATCCTC  441

seq1  AAAGTGCTTCGATGCTTGATGCTTGAGGCCCTACTCTATATAAATTTTTA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCTTCGATGCTTGATGCTTGAGGCCCTACTCTATATAAATTTTTA  491

seq1  CCTGTAGGGGGCGTTGGAGACTGAGCAGATTAAAGCCTCATGAGCATTGC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAGGGGGCGTTGGAGACTGAGCAGATTAAAGCCTCATGAGCATTGC  541

seq1  ACTCCCATGCGAGTGAACTTCAGTCACCTTCGGCACCCTAGCTTGGATGA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCATGCGAGTGAACTTCAGTCACCTTCGGCACCCTAGCTTGGATGA  591

seq1  GTATCCCAGTTTGGTAACAGTTTGCATGTGTTGTCATACACTGCTATGAG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCCAGTTTGGTAACAGTTTGCATGTGTTGTCATACACTGCTATGAG  641

seq1  AATGAAGTATGTTTTTTTGTGTATGTGTGACTGTCTTGCAAAAGGCACCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGTATGTTTTTTTGTGTATGTGTGACTGTCTTGCAAAAGGCACCA  691

seq1  GGGAGCATGTGCCTGGTCTCTCCTGCACCTCTGTGCACCTTTGGCCTTTA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCATGTGCCTGGTCTCTCCTGCACCTCTGTGCACCTTTGGCCTTTA  741

seq1  GCAAATCATTGAGTCTGTGTGTTCTTGGCTGCACTTGATATACCCACTGG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATCATTGAGTCTGTGTGTTCTTGGCTGCACTTGATATACCCACTGG  791

seq1  AAACAGGGGTAAAGAGAACTATATTTTGGGTAGTTAAATGTCCCTTAAAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGGGTAAAGAGAACTATATTTTGGGTAGTTAAATGTCCCTTAAAG  841

seq1  GTTCATGTGTTAAAGCCCTGTGTGGTACTGTGAAAATGGTGTAGTTTTTA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGTGTTAAAGCCCTGTGTGGTACTGTGAAAATGGTGTAGTTTTTA  891

seq1  GTAAGTATAGCAGAGAGGTGAGGTCCATGAAGCCTTTATGGGGTGGGATC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTATAGCAGAGAGGTGAGGTCCATGAAGCCTTTATGGGGTGGGATC  941

seq1  TATGGGATGGGATCTATTGGGAAGATTGTAGGACTCAGCCTCCTTCTCTG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGATGGGATCTATTGGGAAGATTGTAGGACTCAGCCTCCTTCTCTG  991

seq1  TTTCTTGACCCAGCAAAGAGGTGAAAGGTCCTGCTCAGATGTTAAACTAT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGACCCAGCAAAGAGGTGAAAGGTCCTGCTCAGATGTTAAACTAT  1041

seq1  ACGTTACATTAAAATAATAAGTGCATTTGTTTTACACCTCATACTTTTGA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTACATTAAAATAATAAGTGCATTTGTTTTACACCTCATACTTTTGA  1091

seq1  AGCTGTACAAGCATTGCTAACTTCTGGAACAAGTTATTGTTTTAAGAGAA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTACAAGCATTGCTAACTTCTGGAACAAGTTATTGTTTTAAGAGAA  1141

seq1  TTC  1147
      |||
seq2  TTC  1144