BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-278J13
Chromosome10 (Build37)
Map Location 124,565,072 - 124,757,868
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc16a7
Upstream gene4930503E24Rik, LOC671416
Downstream geneLOC100042987, EG668313, LOC100042992, LOC668317, LOC100042994, Lrig3, LOC100043547
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-278J13.bB6Ng01-278J13.g
ACCGA078797GA078798
length328656
definitionB6Ng01-278J13.b B6Ng01-278J13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,565,072 - 124,565,399)(124,757,216 - 124,757,868)
sequence
ttaattaaagtaattaagtgaggaaaattattagaggaaaacaagataaa
taaagaattagaaggattatctggaagataagtaggtaaaaggggagttg
ttctatttaattgatgactgggctgagttatgctcagtggtgaagcactt
gctcagcatgtgagaggagctgggttaagtctgcagcagtgtaaaagaaa
ctgtgtgtgggtgcatgtgcaagtgtgcgtgtgtgcttgcatatgcgtgc
atgtatggaaagagataataggaaataagagaagtatgtatgtatgcatg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtg
gaattccatgacgctgagcacagttcagcactagctcagtgaggcagtgc
cctgtgtcacttatgcgccgtccatactgtaggttacctcactgacacat
aaactactcagagtaggaaagactccttttgacagtggctttacaggatt
cagttcagggcttcttcgtaccaattctcttggcttcagttaaagtggaa
aattattgcatgaagtattgtggagaaaattccatttttttccagaaggc
agaaagtggggtagatgggtagaggaaggggcagagagggagagagaaag
caaatggatggtttgcaggatcctctttaggctgttgtcagtaacttagt
gttcttctattagaccccagctccaacagttccacaatcttcccatcttc
tctacctggaaactaaactttccacatgtgaagcattgggggcctctcaa
ggtctgaaccataacaccagcaaatagaatttctttcactttaatcccta
gtgtaattagtttctgttagcagataatttgcatcaatacttaatacatc
tttttctccttgatgtattctaaaaaccatagacatactgaatatctttc
ttaccaataatgctacaagataaaagagcaagatatataataaatcactt
caatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_124565072_124565399
seq2: B6Ng01-278J13.b_53_380

seq1  TTAATTAAAGTAATTAAGTGAGGAAAATTATTAGAGGAAAACAAGATAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTAAAGTAATTAAGTGAGGAAAATTATTAGAGGAAAACAAGATAAA  50

seq1  TAAAGAATTAGAAGGATTATCTGGAAGATAAGTAGGTAAAAGGGGAGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAATTAGAAGGATTATCTGGAAGATAAGTAGGTAAAAGGGGAGTTG  100

seq1  TTCTATTTAATTGATGACTGGGCTGAGTTATGCTCAGTGGTGAAGCACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTTAATTGATGACTGGGCTGAGTTATGCTCAGTGGTGAAGCACTT  150

seq1  GCTCAGCATGTGAGAGGAGCTGGGTTAAGTCTGCAGCAGTGTAAAAGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGCATGTGAGAGGAGCTGGGTTAAGTCTGCAGCAGTGTAAAAGAAA  200

seq1  CTGTGTGTGGGTGCATGTGCAAGTGTGCGTGTGTGCTTGCATATGCGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGTGGGTGCATGTGCAAGTGTGCGTGTGTGCTTGCATATGCGTGC  250

seq1  ATGTATGGAAAGAGATAATAGGAAATAAGAGAAGTATGTATGTATGCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGGAAAGAGATAATAGGAAATAAGAGAAGTATGTATGTATGCATG  300

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTG  328
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTG  328

seq1: chr10_124757216_124757868
seq2: B6Ng01-278J13.g_69_724 (reverse)

seq1  ATATTG-AGTGATTTATTAT-TATCTTTGCTCTTTT-TCTTGTAGCATTT  47
      |||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| 
seq2  ATATTGAAGTGATTTATTATATATC-TTGCTCTTTTATCTTGTAGCATTA  49

seq1  ATTGTAAGAAAGATATTCAGTATGTCTATGG-TTTTAGAATACATCAAGG  96
       | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAAGAAAGATATTCAGTATGTCTATGGTTTTTAGAATACATCAAGG  99

seq1  AGAAAAAGATGTATTAAGTATTGATGCAAATTATCTGCTAACAGAAACTA  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAGATGTATTAAGTATTGATGCAAATTATCTGCTAACAGAAACTA  149

seq1  ATTACACTAGGGATTAAAGTGAAAGAAATTCTATTTGCTGGTGTTATGGT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACACTAGGGATTAAAGTGAAAGAAATTCTATTTGCTGGTGTTATGGT  199

seq1  TCAGACCTTGAGAGGCCCCCAATGCTTCACATGTGGAAAGTTTAGTTTCC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACCTTGAGAGGCCCCCAATGCTTCACATGTGGAAAGTTTAGTTTCC  249

seq1  AGGTAGAGAAGATGGGAAGATTGTGGAACTGTTGGAGCTGGGGTCTAATA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGAGAAGATGGGAAGATTGTGGAACTGTTGGAGCTGGGGTCTAATA  299

seq1  GAAGAACACTAAGTTACTGACAACAGCCTAAAGAGGATCCTGCAAACCAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAACACTAAGTTACTGACAACAGCCTAAAGAGGATCCTGCAAACCAT  349

seq1  CCATTTGCTTTCTCTCTCCCTCTCTGCCCCTTCCTCTACCCATCTACCCC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGCTTTCTCTCTCCCTCTCTGCCCCTTCCTCTACCCATCTACCCC  399

seq1  ACTTTCTGCCTTCTGGAAAAAAATGGAATTTTCTCCACAATACTTCATGC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTGCCTTCTGGAAAAAAATGGAATTTTCTCCACAATACTTCATGC  449

seq1  AATAATTTTCCACTTTAACTGAAGCCAAGAGAATTGGTACGAAGAAGCCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTTTCCACTTTAACTGAAGCCAAGAGAATTGGTACGAAGAAGCCC  499

seq1  TGAACTGAATCCTGTAAAGCCACTGTCAAAAGGAGTCTTTCCTACTCTGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTGAATCCTGTAAAGCCACTGTCAAAAGGAGTCTTTCCTACTCTGA  549

seq1  GTAGTTTATGTGTCAGTGAGGTAACCTACAGTATGGACGGCGCATAAGTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTTATGTGTCAGTGAGGTAACCTACAGTATGGACGGCGCATAAGTG  599

seq1  ACACAGGGCACTGCCTCACTGAGCTAGTGCTGAACTGTGCTCAGCGTCAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGGCACTGCCTCACTGAGCTAGTGCTGAACTGTGCTCAGCGTCAT  649

seq1  GGAATTC  653
      |||||||
seq2  GGAATTC  656