BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279G19
Chromosome10 (Build37)
Map Location 71,323,484 - 71,485,080
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700049L16Rik
Upstream geneBicc1, LOC622551, C730027H18Rik, Tfam, Ube2d1, LOC665472, Zcd1, Ipmk, LOC100039860, LOC216081, EG216082, LOC622812, EG327767
Downstream geneLOC100040505, Zwint
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279G19.bB6Ng01-279G19.g
ACCGA079410GA079411
length1,1251,102
definitionB6Ng01-279G19.b B6Ng01-279G19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,323,484 - 71,324,612)(71,483,980 - 71,485,080)
sequence
gaattctgactcataggaagaagtgtggtaaatggcaattgcaggaacag
acttgttcttctattttgctgagagtctcatcaacatcagatttctagac
attcaattaactagtcactgaaatcttacaattcagtcatgaattaagtt
tttttttcttatcacaatcagtggcaaatacagcctagatttgaatcatc
aagacctcttataacctttaccgctaacagtggcttaaatatcggggcca
agaatacacttgtaagtaaggttgaaattctttaaagtttgaataagtta
cccctccttccccaggcttcagctcccatgtttgtgagatgggaagaagg
ctcatcatcttttcaaatggttacaggagatataaaacgagatacctaag
aaaagctgtgtctctgacaactcacacgccaatcatgaactcaacccaat
gttagtgttaatatcttctattatgaatgtacaaactgctgttgccattc
ttttttccatagagcatctgaaaatacagcatttatcgtattcagtagtc
gagattattgtctagtaactgttttatggcaggatttgcctgggctctac
atgaagataatttatcctatgtcagagcgcaatatgatttcagaatatta
aatcacatagagagttccagtttcaataattctatgatgatgtagattac
tttttgtgagacattttccccctcaggtaagagatggtgttcataatgct
tccaaagtacttttaatttcacctctattagtcatggtcaactctgtcta
gagtacaatttgaaatttaagagcccggagacagggtgaagagcttcaaa
atgccactgctgccgcccttaacccagacttaggagagcactctaatcat
taactcatgctaactgtggatgcctgtattggacccgcataaagttggcc
ctatacagtcaggatgggtgggagttggggaatcactgtctctagtttgt
tctttctgctggagctcacaggtccaaagatagcctaacaaacttacagt
cccacagaatgaccttgcaattcttgctgggtcagaagaaaaataatagg
gatgggttatgaagacaatacttga

gaattctccttcccccagaaactctccactgctaatagtttctatgtaag
gggtagagcctagagaccatacactgcatctttgctgggttttcagctgg
tttaatcctgtgcatagcttcctcagtttagtatggttgctgtgagttct
tgatggtgataaccatgtcatgtcataaagaaagcattcaacaggactct
agccaaagtcaatgaaatataatattctaaggttggagggctgcctcagc
agttaatgtcatccacaagacctgaattcctagggcccacaccagaagct
cacaaatacttttaagtccaggtccagagtatctgatctccactaggctc
tgttgccagccataaacatgcagcattcattcacacagatgcatgtacta
gtacatatatacacacaaacaaaagtaaaaatcatttaaagaaaaatata
ttttgaaaactgctgagttgcatataggatttatcttgaaccagccccag
gggcatgaccaaaatacatcattccctctgtctctttttcatttttcagg
tggagatttgatggaaagaagccatcaaatatctcttccttagcttccaa
gaaatagacaataagacctttaggcttctacacttgcagcccccaaatgt
tcagaggtgacacttgaattctgacatttacatttctagcgtaccatctc
ttatccaatgccatgtgcttaatgtcaaaatggacacactgtagtagtgc
agcctttcagtttctacaataaaagtgtaactgccactctacccagtcaa
agtcaaagaagtgtccagggactctagcagtgagtgctttgccaatgaat
gagctctggcactccatcatggagctgtctccaaagcagtattgtgtttt
tctcctttccctgagcagctttaaggccataggaagcaaaggaaacatga
ctttagcatctgttgattcacataaatatgacctgtgtagattgtgtgat
agatatgttattgtttgcatagggtcaaggatactgtctgtcagactttt
ttaattgtatctacttatataggatagaaaaacttggaaacatattccag
tc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_71323484_71324612
seq2: B6Ng01-279G19.b_47_1171

seq1  GAATTCTGACTCATAGGAAGAAGTGTGGTAAATGGCAATTGCAGGAACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGACTCATAGGAAGAAGTGTGGTAAATGGCAATTGCAGGAACAG  50

seq1  ACTTGTTCTTCTATTTTGCTGAGAGTCTCATCAACATCAGATTTCTAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTTCTTCTATTTTGCTGAGAGTCTCATCAACATCAGATTTCTAGAC  100

seq1  ATTCAATTAACTAGTCACTGAAATCTTACAATTCAGTCATGAATTAAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAATTAACTAGTCACTGAAATCTTACAATTCAGTCATGAATTAAGTT  150

seq1  TTTTTTTCTTATCACAATCAGTGGCAAATACAGCCTAGATTTGAATCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCTTATCACAATCAGTGGCAAATACAGCCTAGATTTGAATCATC  200

seq1  AAGACCTCTTATAACCTTTACCGCTAACAGTGGCTTAAATATCGGGGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCTCTTATAACCTTTACCGCTAACAGTGGCTTAAATATCGGGGCCA  250

seq1  AGAATACACTTGTAAGTAAGGTTGAAATTCTTTAAAGTTTGAATAAGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATACACTTGTAAGTAAGGTTGAAATTCTTTAAAGTTTGAATAAGTTA  300

seq1  CCCCTCCTTCCCCAGGCTTCAGCTCCCATGTTTGTGAGATGGGAAGAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCTTCCCCAGGCTTCAGCTCCCATGTTTGTGAGATGGGAAGAAGG  350

seq1  CTCATCATCTTTTCAAATGGTTACAGGAGATATAAAACGAGATACCTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCATCTTTTCAAATGGTTACAGGAGATATAAAACGAGATACCTAAG  400

seq1  AAAAGCTGTGTCTCTGACAACTCACACGCCAATCATGAACTCAACCCAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCTGTGTCTCTGACAACTCACACGCCAATCATGAACTCAACCCAAT  450

seq1  GTTAGTGTTAATATCTTCTATTATGAATGTACAAACTGCTGTTGCCATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTGTTAATATCTTCTATTATGAATGTACAAACTGCTGTTGCCATTC  500

seq1  TTTTTTCCATAGAGCATCTGAAAATACAGCATTTATCGTATTCAGTAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCCATAGAGCATCTGAAAATACAGCATTTATCGTATTCAGTAGTC  550

seq1  GAGATTATTGTCTAGTAACTGTTTTATGGCAGGATTTGCCTGGGCTCTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTATTGTCTAGTAACTGTTTTATGGCAGGATTTGCCTGGGCTCTAC  600

seq1  ATGAAGATAATTTATCCTATGTCAGAGCGCAATATGATTTCAGAATATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGATAATTTATCCTATGTCAGAGCGCAATATGATTTCAGAATATTA  650

seq1  AATCACATAGAGAGTTCCAGTTTCAATAATTCTATGATGATGTAGATTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACATAGAGAGTTCCAGTTTCAATAATTCTATGATGATGTAGATTAC  700

seq1  TTTTTGTGAGACATTTTCCCCCTCAGGTAAGAGATGGTGTTCATAATGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTGAGACATTTTCCCCCTCAGGTAAGAGATGGTGTTCATAATGCT  750

seq1  TCCAAAGTACTTTTAATTTCACCTCTATTAGTCATGGTCAACTCTGTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGTACTTTTAATTTCACCTCTATTAGTCATGGTCAACTCTGTCTA  800

seq1  GAGTACAATTTGAAATTTAAGAGCCCGGAGACAGGGTGAAGAGCTTCAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACAATTTGAAATTTAAGAGCCCGGAGACAGGGTGAAGAGCTTCAAA  850

seq1  ATGCCACTGCTGCCGCCCTTAACCCAGACTTAGGAGAGCACTCTAATCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCACTGCTGCCGCCCTTAACCCAGACTTAGGAGAGCACTCTAATCAT  900

seq1  TAACTCATGCTAACTGTGGATGCCTGTATTGGACCCGCATAAAGTTGGCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCATGCTAACTGTGGATGCCTGTATTGGACCCGCATAAAGTTGGCC  950

seq1  CTATTAACAGTCAGGGAATGGGTGGGAGTTGGGGAATCACTGTCTCTAGT  1000
      ||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTAT--ACAGTCAGG--ATGGGTGGGAGTTGGGGAATCACTGTCTCTAG-  995

seq1  TTTGTTCTTTCTGCT-GAGCTCACCAGGTTCCAAAAGATAGC--TACAAA  1047
      ||||||||||||||| ||||||| |||||  | |||||||||   |||||
seq2  TTTGTTCTTTCTGCTGGAGCTCA-CAGGT--CCAAAGATAGCCTAACAAA  1042

seq1  CCTACAGTCACACAG-ATGACCCTGGCCATTCTTGGTGGGTCAAGAAAGA  1096
      | ||||||| ||||| |||| ||| || ||||||| |||||||   ||||
seq2  CTTACAGTCCCACAGAATGA-CCTTGCAATTCTTGCTGGGTCA--GAAGA  1089

seq1  AAATAAATAGGGATGGG-TATG-AGACAA-ACTTGA  1129
      |||  |||||||||||| |||| |||||| ||||||
seq2  AAAATAATAGGGATGGGTTATGAAGACAATACTTGA  1125


seq1: chr10_71483980_71485080
seq2: B6Ng01-279G19.g_65_1166 (reverse)

seq1  GACT-GAATATGTTT-CAAGTTTTTCTATTCTATTATTAAGTAGATACAT  48
      |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||   |||||||||||| 
seq2  GACTGGAATATGTTTCCAAGTTTTTCTATCCTAT--ATAAGTAGATACAA  48

seq1  TTAAAAAAGTCTGGCCAGACAGGTATCCTTGACCCTATGCAAACA--TAC  96
      |||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||   ||
seq2  TTAAAAAAGTCT-GACAGACA-GTATCCTTGACCCTATGCAAACAATAAC  96

seq1  ATATCTATCACACAAATCTACACAGGTCATATTTATGTGAATCAACAGAT  146
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTATCACAC-AATCTACACAGGTCATATTTATGTGAATCAACAGAT  145

seq1  GCTAAAGTCATGTTTCCTTTGCTT-CTATGGCCTTAAAGCTGCTCAGGG-  194
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCTAAAGTCATGTTTCCTTTGCTTCCTATGGCCTTAAAGCTGCTCAGGGA  195

seq1  AAGGAGAAAAACACAATACTGCTTTGGAGACAGCTCCATGATGGAGTGCC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAAAAACACAATACTGCTTTGGAGACAGCTCCATGATGGAGTGCC  245

seq1  AGAGCTCATTCATTGGCAAAGCACTCACTGCTAGAGTCCCTGGACACTTC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCATTCATTGGCAAAGCACTCACTGCTAGAGTCCCTGGACACTTC  295

seq1  TTTGACTTTGACTGGGTAGAGTGGCAGTTACACTTTTATTGTAGAAACTG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTTTGACTGGGTAGAGTGGCAGTTACACTTTTATTGTAGAAACTG  345

seq1  AAAGGCTGCACTACTACAGTGTGTCCATTTTGACATTAAGCACATGGCAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTGCACTACTACAGTGTGTCCATTTTGACATTAAGCACATGGCAT  395

seq1  TGGATAAGAGATGGTACGCTAGAAATGTAAATGTCAGAATTCAAGTGTCA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAAGAGATGGTACGCTAGAAATGTAAATGTCAGAATTCAAGTGTCA  445

seq1  CCTCTGAACATTTGGGGGCTGCAAGTGTAGAAGCCTAAAGGTCTTATTGT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGAACATTTGGGGGCTGCAAGTGTAGAAGCCTAAAGGTCTTATTGT  495

seq1  CTATTTCTTGGAAGCTAAGGAAGAGATATTTGATGGCTTCTTTCCATCAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCTTGGAAGCTAAGGAAGAGATATTTGATGGCTTCTTTCCATCAA  545

seq1  ATCTCCACCTGAAAAATGAAAAAGAGACAGAGGGAATGATGTATTTTGGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCACCTGAAAAATGAAAAAGAGACAGAGGGAATGATGTATTTTGGT  595

seq1  CATGCCCCTGGGGCTGGTTCAAGATAAATCCTATATGCAACTCAGCAGTT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCCCTGGGGCTGGTTCAAGATAAATCCTATATGCAACTCAGCAGTT  645

seq1  TTCAAAATATATTTTTCTTTAAATGATTTTTACTTTTGTTTGTGTGTATA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAATATATTTTTCTTTAAATGATTTTTACTTTTGTTTGTGTGTATA  695

seq1  TATGTACTAGTACATGCATCTGTGTGAATGAATGCTGCATGTTTATGGCT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTACTAGTACATGCATCTGTGTGAATGAATGCTGCATGTTTATGGCT  745

seq1  GGCAACAGAGCCTAGTGGAGATCAGATACTCTGGACCTGGACTTAAAAGT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACAGAGCCTAGTGGAGATCAGATACTCTGGACCTGGACTTAAAAGT  795

seq1  ATTTGTGAGCTTCTGGTGTGGGCCCTAGGAATTCAGGTCTTGTGGATGAC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGAGCTTCTGGTGTGGGCCCTAGGAATTCAGGTCTTGTGGATGAC  845

seq1  ATTAACTGCTGAGGCAGCCCTCCAACCTTAGAATATTATATTTCATTGAC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTGCTGAGGCAGCCCTCCAACCTTAGAATATTATATTTCATTGAC  895

seq1  TTTGGCTAGAGTCCTGTTGAATGCTTTCTTTATGACATGACATGGTTATC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTAGAGTCCTGTTGAATGCTTTCTTTATGACATGACATGGTTATC  945

seq1  ACCATCAAGAACTCACAGCAACCATACTAAACTGAGGAAGCTATGCACAG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCAAGAACTCACAGCAACCATACTAAACTGAGGAAGCTATGCACAG  995

seq1  GATTAAACCAGCTGAAAACCCAGCAAAGATGCAGTGTATGGTCTCTAGGC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAACCAGCTGAAAACCCAGCAAAGATGCAGTGTATGGTCTCTAGGC  1045

seq1  TCTACCCCTTACATAGAAACTATTAGCAGTGGAGAGTTTCTGGGGGAAGG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCCCTTACATAGAAACTATTAGCAGTGGAGAGTTTCTGGGGGAAGG  1095

seq1  AGAATTC  1101
      |||||||
seq2  AGAATTC  1102


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |