BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279N15
Chromosome10 (Build37)
Map Location 114,579,061 - 114,685,317
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTph2, Tbc1d15
Upstream geneTrhde, 4930473D10Rik
Downstream geneLOC668041, Rab21, Tmem19, Thap2, Ccdc131, Lgr5, A930009A15Rik, LOC668071, EG668073, Tspan8, Ptprr, 4933416C03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279N15.bB6Ng01-279N15.g
ACCGA079725GA079726
length1,1371,090
definitionB6Ng01-279N15.b B6Ng01-279N15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,579,061 - 114,580,197)(114,684,230 - 114,685,317)
sequence
gaattcactgtttaagcacaccctttgatttccaagccctgtatgtgcat
cagttttttatgagataataactttaaacaaataaatattattaaaatta
aaggagatggcataatccctaaagccttgccacacaaacattaggatcct
aaggtagataacacctaatacagaataacactcaaggtcacccttatcac
ggatacacctacacataattacaaacatacatgcatacatacatacatac
atacatatatatatacatacatacatacatacatacatacatagagagag
actacacaatcaaaaacggagctgataagaacagatttgtgaatctcaca
tttctctactgtgactcagtacatgtgtccacaggagtcatgtgatactc
ctgtacatgtgtccacaggagtcatgtgatactcctgtaatttaaaagga
aggttctccaaaagtcaggaaagacagaagtgaaatagcatcttctggac
atgccagaagagctgcacacatgagctcacagcaactgtggttatgggca
caaaggcaagccaatcagcatcctcacattgagggagaaagagttcatga
atcatcttcagtgatgggtcagggagacactgttgtctttaagggtgtat
cattcatgctctgggggacagccaccagacctaggaatatctgggcagca
ccaattggacttaataggttataaagacagagaagaaacaaagttagggt
agcagaggggtgggaatggatttggggaaaaatatgggggcaaatcaggg
atatgatcaaagtacattgaatgaaatcctcaaatcataaaatagtcaag
tttctcaattctttataatacaaccttcaaattcactcctgaactacaga
gctaaagtcttcttcatggggaaatcccaatcttgaacacccgaaggcag
catattcaacctaagtcctcttcctcgttcctcgtttccccaatcactag
aaacaaacaaggtcatttactttctcataaaagcttaccaagtctgacga
ggtgcacacgcctttaatccagcgctcggaggaaaaggcaggtggatttc
tgaatttccaggccaggcctgatctacaagttgagtc
gaattctcctcttggtgatgggtttgtgtgtcttaggtttctattgctgt
gatgaaacactatgaccaagagcagcttggggaggaaagggcttctgtta
tcttacaactcccaggtcacagtccagcattggaggaagtcagggcagga
cctgcagtggagactggagcggaaagctaactgcgagctcctccaggctt
gctctgctcactcagctcgttttcaataatcaagaaaatgccccacaggc
ttgcctacagggcagtctgtaacttcacccgagggcttctctcttcaaat
gactgcttgtgtcaactgacaggaaaatccatccagcacagtgtgcatgg
ctttattcgtatatgtgtatgtgtatatgtataggcatttttcttgcagt
gtttgaaagtgggttgtagcttgattggcaaccctgattagttcttagaa
gttagctaatttgctttgctatatgtatagaatcatgtttttaaaaggca
accaaactgagtggggacatgttcctctggatagtgagataagcagaaac
actgtaacaactggtcagctttgctgtaacagtgaggagaactgagttcc
tgggatgaaggaaaggaaaaaagaaagcttgaaagagtttttggcatcct
ctgctggttactgtcttactctgcaaatattaaagaaatttgttcccagc
tataccaggcatgggggatatatcacatagcagttgctctcacggtttct
agaccacagttttctgaagaaggacatagttatcctctaccttgtcacaa
taagacacagtaaaagctcagagtcagtggtatttttagagaatttttat
gttctgatgacctgtagcttgacgattgtctgtcatgaagtcaagatttt
ggaaacacttcacctgcaccttgcttaggtcctgacatcatagatactca
gtgaaaagacaagattagagagatgggggagggaattagaaatggtggag
agatggggccccttaattacccacgtatttaatttataaaatctattgtt
tcatttcaggtcaccttaggctttaggaaatgtaatcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_114579061_114580197
seq2: B6Ng01-279N15.b_44_1180

seq1  GAATTCACTGTTTAAGCACACCCTTTGATTTCCAAGCCCTGTATGTGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTTTAAGCACACCCTTTGATTTCCAAGCCCTGTATGTGCAT  50

seq1  CAGTTTTTTATGAGATAATAACTTTAAACAAATAAATATTATTAAAATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTTTATGAGATAATAACTTTAAACAAATAAATATTATTAAAATTA  100

seq1  AAGGAGATGGCATAATCCCTAAAGCCTTGCCACACAAACATTAGGATCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGATGGCATAATCCCTAAAGCCTTGCCACACAAACATTAGGATCCT  150

seq1  AAGGTAGATAACACCTAATACAGAATAACACTCAAGGTCACCCTTATCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAGATAACACCTAATACAGAATAACACTCAAGGTCACCCTTATCAC  200

seq1  GGATACACCTACACATAATTACAAACATACATGCATACATACATACATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACACCTACACATAATTACAAACATACATGCATACATACATACATAC  250

seq1  ATACATATATATATACATACATACATACATACATACATACATAGAGAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATATATATATACATACATACATACATACATACATACATAGAGAGAG  300

seq1  ACTACACAATCAAAAACGGAGCTGATAAGAACAGATTTGTGAATCTCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACACAATCAAAAACGGAGCTGATAAGAACAGATTTGTGAATCTCACA  350

seq1  TTTCTCTACTGTGACTCAGTACATGTGTCCACAGGAGTCATGTGATACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTACTGTGACTCAGTACATGTGTCCACAGGAGTCATGTGATACTC  400

seq1  CTGTACATGTGTCCACAGGAGTCATGTGATACTCCTGTAATTTAAAAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACATGTGTCCACAGGAGTCATGTGATACTCCTGTAATTTAAAAGGA  450

seq1  AGGTTCTCCAAAAGTCAGGAAAGACAGAAGTGAAATAGCATCTTCTGGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCTCCAAAAGTCAGGAAAGACAGAAGTGAAATAGCATCTTCTGGAC  500

seq1  ATGCCAGAAGAGCTGCACACATGAGCTCACAGCAACTGTGGTTATGGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAGAAGAGCTGCACACATGAGCTCACAGCAACTGTGGTTATGGGCA  550

seq1  CAAAGGCAAGCCAATCAGCATCCTCACATTGAGGGAGAAAGAGTTCATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCAAGCCAATCAGCATCCTCACATTGAGGGAGAAAGAGTTCATGA  600

seq1  ATCATCTTCAGTGATGGGTCAGGGAGACACTGTTGTCTTTAAGGGTGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTTCAGTGATGGGTCAGGGAGACACTGTTGTCTTTAAGGGTGTAT  650

seq1  CATTCATGCTCTGGGGGACAGCCACCAGACCTAGGAATATCTGGGCAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATGCTCTGGGGGACAGCCACCAGACCTAGGAATATCTGGGCAGCA  700

seq1  CCAATTGGACTTAATAGGTTATAAAGACAGAGAAGAAACAAAGTTAGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTGGACTTAATAGGTTATAAAGACAGAGAAGAAACAAAGTTAGGGT  750

seq1  AGCAGAGGGGTGGGAATGGATTTGGGGAAAAATATGGGGGCAAATCAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGCAGAGGGGTGGGAATGGATTTGGGGAAAAATATGGGGGCAAATCA-GG  799

seq1  GATATGATCAAAGTACATTGAATGAAATCCTCAAATCATAAAATAGTCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGATCAAAGTACATTGAATGAAATCCTCAAATCATAAAATAGTCAA  849

seq1  G-TTCTCAATTCTTTATAATACAACCTTCAAATTCACTCCTGAACTACAG  899
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCAATTCTTTATAATACAACCTTCAAATTCACTCCTGAACTACAG  899

seq1  AGCTAAGGTCTTCTTCATGGGGAAATCCCAATCTTGAACACCCGAAGGCA  949
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAAGTCTTCTTCATGGGGAAATCCCAATCTTGAACACCCGAAGGCA  949

seq1  GCATATTCAACCTAAGTCCTCTTCCTCGTTTCCTCGTTTCCCCAATCACT  999
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GCATATTCAACCTAAGTCCTCTTCCTCG-TTCCTCGTTTCCCCAATCACT  998

seq1  AGAAAC-AACAA-GTCATTTACTTTCTCAATAAAAGCTTTACCAGCCGGA  1047
      |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||  | || | ||
seq2  AGAAACAAACAAGGTCATTTACTTTCTC-ATAAAAGCTTACCAAGTCTGA  1047

seq1  CGAGGTGGCACACGCCTTTAATCCCAGCGCTCGGGAGGAGAGGCAGGTGG  1097
      |||||| ||||||||||||||| |||||||||||  | | ||||||||||
seq2  CGAGGT-GCACACGCCTTTAAT-CCAGCGCTCGGAGGAAAAGGCAGGTGG  1095

seq1  ATTTCTG-AGTTCGAGGCCA-GCCTGGTCTACAAAGTGAGTC  1137
      ||||||| | ||| |||||| ||||| |||||||  ||||||
seq2  ATTTCTGAATTTCCAGGCCAGGCCTGATCTACAAGTTGAGTC  1137

seq1: chr10_114684230_114685317
seq2: B6Ng01-279N15.g_66_1155 (reverse)

seq1  AAAGAATTACATTTTCTAAAAGCCTTAGGGTGA-CTGAAAATGAACAATA  49
      |||| ||||||||| || |||||| || ||||| ||||||   |||||||
seq2  AAAG-ATTACATTTCCT-AAAGCC-TAAGGTGACCTGAAATGAAACAATA  47

seq1  GGATTTTATAATATAAAACGGTGGGTA--TTAGGGGGCCCATCTCT-CAC  96
       ||||||||||  ||||   |||||||  | ||||| ||||||||| |||
seq2  -GATTTTATAAATTAAATACGTGGGTAATTAAGGGGCCCCATCTCTCCAC  96

seq1  --ATTCTAATTCCCT-CCCCATCTTCTCTATTCTTTGTTCTTTTCACTGA  143
         |||||||||||| ||||||| |||||| ||||   ||||||||||||
seq2  CATTTCTAATTCCCTCCCCCATC-TCTCTAATCTT--GTCTTTTCACTGA  143

seq1  GTATCTATGATGTCAGGACCTAAGCAAGGTGCAGGTGAAGTGTTT-CAAA  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTATCTATGATGTCAGGACCTAAGCAAGGTGCAGGTGAAGTGTTTCCAAA  193

seq1  ATC-TGACTTCATGACAGACAATCGTCAAGCTACAGGTCATCAGAACATA  241
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGACTTCATGACAGACAATCGTCAAGCTACAGGTCATCAGAACATA  243

seq1  AAAATTCTCTAAAAATACCACTGACTCTGAGCTTTTACTGTGTCTTATTG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCTCTAAAAATACCACTGACTCTGAGCTTTTACTGTGTCTTATTG  293

seq1  TGACAAGGTAGAGGATAACTATGTCCTTCTTCAGAAAACTGTGGTCTAGA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAGGTAGAGGATAACTATGTCCTTCTTCAGAAAACTGTGGTCTAGA  343

seq1  AACCGTGAGAGCAACTGCTATGTGATATATCCCCCATGCCTGGTATAGCT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGTGAGAGCAACTGCTATGTGATATATCCCCCATGCCTGGTATAGCT  393

seq1  GGGAACAAATTTCTTTAATATTTGCAGAGTAAGACAGTAACCAGCAGAGG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACAAATTTCTTTAATATTTGCAGAGTAAGACAGTAACCAGCAGAGG  443

seq1  ATGCCAAAAACTCTTTCAAGCTTTCTTTTTTCCTTTCCTTCATCCCAGGA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAAAAACTCTTTCAAGCTTTCTTTTTTCCTTTCCTTCATCCCAGGA  493

seq1  ACTCAGTTCTCCTCACTGTTACAGCAAAGCTGACCAGTTGTTACAGTGTT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTTCTCCTCACTGTTACAGCAAAGCTGACCAGTTGTTACAGTGTT  543

seq1  TCTGCTTATCTCACTATCCAGAGGAACATGTCCCCACTCAGTTTGGTTGC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTATCTCACTATCCAGAGGAACATGTCCCCACTCAGTTTGGTTGC  593

seq1  CTTTTAAAAACATGATTCTATACATATAGCAAAGCAAATTAGCTAACTTC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAAAAACATGATTCTATACATATAGCAAAGCAAATTAGCTAACTTC  643

seq1  TAAGAACTAATCAGGGTTGCCAATCAAGCTACAACCCACTTTCAAACACT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAACTAATCAGGGTTGCCAATCAAGCTACAACCCACTTTCAAACACT  693

seq1  GCAAGAAAAATGCCTATACATATACACATACACATATACGAATAAAGCCA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAAAAATGCCTATACATATACACATACACATATACGAATAAAGCCA  743

seq1  TGCACACTGTGCTGGATGGATTTTCCTGTCAGTTGACACAAGCAGTCATT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACTGTGCTGGATGGATTTTCCTGTCAGTTGACACAAGCAGTCATT  793

seq1  TGAAGAGAGAAGCCCTCGGGTGAAGTTACAGACTGCCCTGTAGGCAAGCC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAGAGAAGCCCTCGGGTGAAGTTACAGACTGCCCTGTAGGCAAGCC  843

seq1  TGTGGGGCATTTTCTTGATTATTGAAAACGAGCTGAGTGAGCAGAGCAAG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGCATTTTCTTGATTATTGAAAACGAGCTGAGTGAGCAGAGCAAG  893

seq1  CCTGGAGGAGCTCGCAGTTAGCTTTCCGCTCCAGTCTCCACTGCAGGTCC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGGAGCTCGCAGTTAGCTTTCCGCTCCAGTCTCCACTGCAGGTCC  943

seq1  TGCCCTGACTTCCTCCAATGCTGGACTGTGACCTGGGAGTTGTAAGATAA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGACTTCCTCCAATGCTGGACTGTGACCTGGGAGTTGTAAGATAA  993

seq1  CAGAAGCCCTTTCCTCCCCAAGCTGCTCTTGGTCATAGTGTTTCATCACA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCCCTTTCCTCCCCAAGCTGCTCTTGGTCATAGTGTTTCATCACA  1043

seq1  GCAATAGAAACCTAAGACACACAAACCCATCACCAAGAGGAGAATTC  1088
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAGAAACCTAAGACACACAAACCCATCACCAAGAGGAGAATTC  1090