BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279O22
Chromosome10 (Build37)
Map Location 46,613,942 - 46,734,348
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC100041632, LOC668252, LOC100042387, LOC100041663, LOC100042398
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279O22.bB6Ng01-279O22.g
ACCGA079787GA079788
length1,124750
definitionB6Ng01-279O22.b B6Ng01-279O22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,733,214 - 46,734,348)(46,613,942 - 46,614,688)
sequence
gaattcaattaaattatttgtgtttttcattgttatcatataataatatt
gtaatcaataatattgactgattttcttatttgaattattccttaatgcc
tctaatatatgatcattttaatttaatgatgtatccagcttactagaatc
tgatggagtattttaacctgtgtttataaggtatattacttatagtattt
tgtagtatggttttctgggcacaatattagaaaaaatataatctgaagca
gtgaaatatgcagcattcctgttaacaatgttcaattatatagaaactgg
tactaattcttcaaacactgttttgtataattaggtagataacatttccc
acacttcttctggtccttgtcctcatctaagttcatttaacttttcttgg
ttttgttatcagtaatcatattattattattactattaattactatttag
gttttttctaataaggctttaccgtgaagctctgactggtctaccgatca
ctatgcaaaccaggcttgtcaccactctatagggtgtggaatttgggaga
acagagctgataaatgagtcccacacaatagccagctctattcagaacat
cagacaacttatgctccaagagttaagagaaagaagattacatttttcat
gagttcaagaggtacacaatcacaaggacaggatgcatatagcaaaagca
tagtttttcatattaagtaagaactgtaagcaataatgagtaatctgaag
ttaattcagtcctatatactatatcagggaggatcacaaaaacatgttcc
aagaacaactttatgttttgaaaaatctgaggtcacaagattcttgtcat
ctttccttgtaagtgttcttacaagaactaataattcttctcacaaactg
tattactgaataatgttgtgacacaggctgattttggacttgtggctctc
tctgtctagctctgtctcctatgtgctggcattctataccacattgctat
tctatttccttatattatgtgcattttatttaatcagtgatctattagat
gtaggagatgtggagcttagtttttttttccccacattaatgtgggcctg
ctcaattgccaaagtagtaacttg

gaattcacataggagccaaagcacaggctgcccttctctgatctgtgccc
aaggagatagctagcttatgacataacataaccactagcttatgacataa
cttacattgtctctctgtctcctaagtagcctgcttttcttctgttgtct
atagttcagcttgaaggagtttttaaacatgcaattgtaatcttatgttg
ccttcagtgcagccactacatacaattatttcttgacaaaatgaagctat
tagcggacatctgtttctggccttcttgaatgtgatctcttttaagagtc
tttcttgagtttacaatgttgaaaacgatatttttgtctttcatgtgagc
ctaaataaatagttgctctatttcccatattaaattttcgttttggcaac
cctaccactttaacaaaaactgaaatcagagggctggctggcttttatca
ttgagtccagaggcatacttatttaaaaaactagtttgactaaacaaaat
gtagaagtaaattttgagttgaatatataaatactggttggattattaaa
tcatagctaccaagttctctttgcttcttgtggtactttgaataaaaatg
gccctcatagactcatatttgaatattggttccaagttggtggattgttt
aggaagggtttggaggtgtggtgttggaggacgtgtggaaatggggtaca
ggcttttgaggcttctgaagcccaggcccaggcatagtctctgagctata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_46733214_46734348
seq2: B6Ng01-279O22.b_47_1170 (reverse)

seq1  CAAGTTTACTACTTTTGCAATTTGAAGCAAGCCCACATAAAAAGTGGGGA  50
      |||| |||||||||| ||||||   |||| ||||||||  || |||||||
seq2  CAAG-TTACTACTTTGGCAATT--GAGCAGGCCCACAT-TAATGTGGGGA  46

seq1  AAAAAAACCTAAGCTCACAATCTTCTACATCTAATAGATTCACTGAATTA  100
      ||||||| ||||||||   |||| |||||||||||||| |||||| ||||
seq2  AAAAAAAACTAAGCTCCACATCTCCTACATCTAATAGA-TCACTG-ATTA  94

seq1  AATAAAATGCAACAATAATATAAGGGAAATAAGAATAGCAAATGTGGTAT  150
      |||||||||||   ||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||
seq2  AATAAAATGCA--CATAATATAA-GGAAAT-AGAATAGC-AATGTGGTAT  139

seq1  AGAATGCCAGCACATAGGAGACAGAGCTAGACAGAGAGAGCCACAAGTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCCAGCACATAGGAGACAGAGCTAGACAGAGAGAGCCACAAGTCC  189

seq1  AAAATCAGCCTGTGTCACAACATTATTCAGTAATACAGTTTGTGAGAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAGCCTGTGTCACAACATTATTCAGTAATACAGTTTGTGAGAAGA  239

seq1  ATTATTAGTTCTTGTAAGAACACTTACAAGGAAAGATGACAAGAATCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTAGTTCTTGTAAGAACACTTACAAGGAAAGATGACAAGAATCTTG  289

seq1  TGACCTCAGATTTTTCAAAACATAAAGTTGTTCTTGGAACATGTTTTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTCAGATTTTTCAAAACATAAAGTTGTTCTTGGAACATGTTTTTGT  339

seq1  GATCCTCCCTGATATAGTATATAGGACTGAATTAACTTCAGATTACTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTCCCTGATATAGTATATAGGACTGAATTAACTTCAGATTACTCAT  389

seq1  TATTGCTTACAGTTCTTACTTAATATGAAAAACTATGCTTTTGCTATATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTTACAGTTCTTACTTAATATGAAAAACTATGCTTTTGCTATATG  439

seq1  CATCCTGTCCTTGTGATTGTGTACCTCTTGAACTCATGAAAAATGTAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGTCCTTGTGATTGTGTACCTCTTGAACTCATGAAAAATGTAATC  489

seq1  TTCTTTCTCTTAACTCTTGGAGCATAAGTTGTCTGATGTTCTGAATAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTCTTAACTCTTGGAGCATAAGTTGTCTGATGTTCTGAATAGAG  539

seq1  CTGGCTATTGTGTGGGACTCATTTATCAGCTCTGTTCTCCCAAATTCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTATTGTGTGGGACTCATTTATCAGCTCTGTTCTCCCAAATTCCAC  589

seq1  ACCCTATAGAGTGGTGACAAGCCTGGTTTGCATAGTGATCGGTAGACCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTATAGAGTGGTGACAAGCCTGGTTTGCATAGTGATCGGTAGACCAG  639

seq1  TCAGAGCTTCACGGTAAAGCCTTATTAGAAAAAACCTAAATAGTAATTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCTTCACGGTAAAGCCTTATTAGAAAAAACCTAAATAGTAATTAA  689

seq1  TAGTAATAATAATAATATGATTACTGATAACAAAACCAAGAAAAGTTAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAATAATAATAATATGATTACTGATAACAAAACCAAGAAAAGTTAAA  739

seq1  TGAACTTAGATGAGGACAAGGACCAGAAGAAGTGTGGGAAATGTTATCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTAGATGAGGACAAGGACCAGAAGAAGTGTGGGAAATGTTATCTA  789

seq1  CCTAATTATACAAAACAGTGTTTGAAGAATTAGTACCAGTTTCTATATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATTATACAAAACAGTGTTTGAAGAATTAGTACCAGTTTCTATATAA  839

seq1  TTGAACATTGTTAACAGGAATGCTGCATATTTCACTGCTTCAGATTATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACATTGTTAACAGGAATGCTGCATATTTCACTGCTTCAGATTATAT  889

seq1  TTTTTCTAATATTGTGCCCAGAAAACCATACTACAAAATACTATAAGTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTAATATTGTGCCCAGAAAACCATACTACAAAATACTATAAGTAA  939

seq1  TATACCTTATAAACACAGGTTAAAATACTCCATCAGATTCTAGTAAGCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCTTATAAACACAGGTTAAAATACTCCATCAGATTCTAGTAAGCTG  989

seq1  GATACATCATTAAATTAAAATGATCATATATTAGAGGCATTAAGGAATAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACATCATTAAATTAAAATGATCATATATTAGAGGCATTAAGGAATAA  1039

seq1  TTCAAATAAGAAAATCAGTCAATATTATTGATTACAATATTATTATATGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATAAGAAAATCAGTCAATATTATTGATTACAATATTATTATATGA  1089

seq1  TAACAATGAAAAACACAAATAATTTAATTGAATTC  1135
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAATGAAAAACACAAATAATTTAATTGAATTC  1124


seq1: chr10_46613942_46614688
seq2: B6Ng01-279O22.g_62_811

seq1  GAATTCACATAGGAGCCAAAGCACAGGCTGCCCTTCTCTGATCTGTGCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATAGGAGCCAAAGCACAGGCTGCCCTTCTCTGATCTGTGCCC  50

seq1  AAGGAGATAGCTAGCTTATGACATAACATAACCACTAGCTTATGACATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGATAGCTAGCTTATGACATAACATAACCACTAGCTTATGACATAA  100

seq1  CTTACATTGTCTCTCTGTCTCCTAAGTAGCCTGCTTTTCTTCTGTTGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACATTGTCTCTCTGTCTCCTAAGTAGCCTGCTTTTCTTCTGTTGTCT  150

seq1  ATAGTTCAGCTTGAAGGAGTTTTTAAACATGCAATTGTAATCTTATGTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTCAGCTTGAAGGAGTTTTTAAACATGCAATTGTAATCTTATGTTG  200

seq1  CCTTCAGTGCAGCCACTACATACAATTATTTCTTGACAAAATGAAGCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGTGCAGCCACTACATACAATTATTTCTTGACAAAATGAAGCTAT  250

seq1  TAGCGGACATCTGTTTCTGGCCTTCTTGAATGTGATCTCTTTTAAGAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCGGACATCTGTTTCTGGCCTTCTTGAATGTGATCTCTTTTAAGAGTC  300

seq1  TTTCTTGAGTTTACAATGTTGAAAACGATATTTTTGTCTTTCATGTGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGAGTTTACAATGTTGAAAACGATATTTTTGTCTTTCATGTGAGC  350

seq1  CTAAATAAATAGTTGCTCTATTTCCCATATTAAATTTTCGTTTTGGCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATAAATAGTTGCTCTATTTCCCATATTAAATTTTCGTTTTGGCAAC  400

seq1  CCTACCACTTTAACAAAAACTGAAATCAGAGGGCTGGCTGGCTTTTATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCACTTTAACAAAAACTGAAATCAGAGGGCTGGCTGGCTTTTATCA  450

seq1  TTGAGTCCAGAGGCATACTTATTTAAAAAACTAGTTTGACTAAACAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTCCAGAGGCATACTTATTTAAAAAACTAGTTTGACTAAACAAAAT  500

seq1  GTAGAAGTAAATTTTGAGTTGAATATATAAATACTGGTTGGATTATTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAGTAAATTTTGAGTTGAATATATAAATACTGGTTGGATTATTAAA  550

seq1  TCATAGCTACCAAGTTCTCTTTGCTTCTTGTGGTACTTTGAATAAAAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGCTACCAAGTTCTCTTTGCTTCTTGTGGTACTTTGAATAAAAATG  600

seq1  GCCCTCATAGACTCATATTTGAATATTGGTTCCAAGTTGGTGGATTGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCATAGACTCATATTTGAATATTGGTTCCAAGTTGGTGGATTGTTT  650

seq1  AGGAAGGGTTTGGAGGTGTGGTGTTGGAGGACGTGTGGAAAT-GGGTACA  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGGAAGGGTTTGGAGGTGTGGTGTTGGAGGACGTGTGGAAATGGGGTACA  700

seq1  GGC-TTTGAGGCTTCTGAAGCCCAGG-CCAGGCAGAGTCTCTGAGCTATA  747
      ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  GGCTTTTGAGGCTTCTGAAGCCCAGGCCCAGGCATAGTCTCTGAGCTATA  750


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |