BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280E16
Chromosome10 (Build37)
Map Location 96,025,292 - 96,171,610
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBtg1
Upstream geneNudt4, EG628119, Eea1, EG432491, LOC667380
Downstream geneLOC628256, 4930556N09Rik, EG667407, Dcn, Lum, Kera, Epyc, 4921510H08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280E16.bB6Ng01-280E16.g
ACCGA080055GA080056
length6841,047
definitionB6Ng01-280E16.b B6Ng01-280E16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,170,927 - 96,171,610)(96,025,292 - 96,026,334)
sequence
gaattcctagctacatctgaatgcggatgaagcatctctcctaaacttgc
tcaagcccctccccaaactcccctaaggatagtctattcttaggagcctc
atttacctgctgttgtctgctccaagactggagcagcagccttttaaatc
catccgtagccctgtgggtgagaaggagcctgggagtcactcaatggagc
ttgaggaacttgatgtggaacatcctgtgaaggacccacagccagccaga
atgtcgggagcatctctgagaggttcctcaggataggcccactccttctg
ggattttgtcagcatgccaccctgggctggtgacacaatcttggagacct
gtcaagactaatgacttgtcaccacaacaccttcaatgaggaaagaggaa
tggaatttccccagttctgaaggccaaatgcctgggggttggggtggcag
tgggggattaaacagcaattcacagcacacttaaaattagaaaagaaaaa
aaaaatcaatgtaaattaaactcctttcactctcaagataaaagaacatg
ctaattctatgtgtcccagaagaaaaccttgagaaatttttggagaggga
taaaattttagacaatagaaaaaatattttataattgtcagaaaccaaaa
gtgtgtgtatatatatatatatatatatatatat

gaattcttgagagataagaaaacagtctttaaaaattctggggtcctctt
atatgaagaatcaaaatttaaatatacacacatgtactggctggttttgt
gtgtcaacttaacacaggctggagttatcacagagaaaggagcttcagtt
agggaaatgcctccatgagatccagctatggggcattttctcaattagtg
atcaaggggggagggccccttgtgggtggtgccatccctgggctggtagt
cttggttctataagagagcaggctgagcaagccaggtgaggcaagccagt
aaagaacatccctccatggcctctgcatcagctcctgcttcctgacctgc
ttgagttccagtcctgacttcctttggtgatgaacaacaacatggaagtg
taagctgaaaaaaccctttcctccccaacttgcttcttggccatgatgtt
tgtgcaggaacagaaaccctgactaagacaacacatatacctggttatat
ttatatttattatacataacataatttatatattatatataatatttata
tatttagacatgtgacttgaaggggaactattttgagagaggaaagggac
caatgtgagatagggtagtgcagttgttgaacatgagcaatactcaatat
atatgatatcataatatacacgatgatatcataatgtaacccatcatttt
gcacagtaaataaaaaccgttttaagagatgagttaagccagaacctact
taatatgtaatactaagacagaaaagacctataacttagcgcaatagcta
cttaataagtattctctgggataataaataacactaccaactaaaagaaa
tgaaccttcagctgtgggaaaagtatgctgctatcattctcctctctatc
aagaaaccgatccagggaggctgcttgacacacagatgatgtgcagccac
gccagcatacaatttcagacaccctgcgttcctggttcctgtgcttgtaa
ctatctagacaggcatctgtagacgtccctttgatggatagatagat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_96170927_96171610
seq2: B6Ng01-280E16.b_43_726 (reverse)

seq1  ATATATATATATATATATATATATATACACACACTTTTGGTTTCTGACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATACACACACTTTTGGTTTCTGACAA  50

seq1  TTATAAAATATTTTTTCTATTGTCTAAAATTTTATCCCTCTCCAAAAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAAATATTTTTTCTATTGTCTAAAATTTTATCCCTCTCCAAAAATT  100

seq1  TCTCAAGGTTTTCTTCTGGGACACATAGAATTAGCATGTTCTTTTATCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGGTTTTCTTCTGGGACACATAGAATTAGCATGTTCTTTTATCTT  150

seq1  GAGAGTGAAAGGAGTTTAATTTACATTGATTTTTTTTTTCTTTTCTAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTGAAAGGAGTTTAATTTACATTGATTTTTTTTTTCTTTTCTAATT  200

seq1  TTAAGTGTGCTGTGAATTGCTGTTTAATCCCCCACTGCCACCCCAACCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTGTGCTGTGAATTGCTGTTTAATCCCCCACTGCCACCCCAACCCC  250

seq1  CAGGCATTTGGCCTTCAGAACTGGGGAAATTCCATTCCTCTTTCCTCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATTTGGCCTTCAGAACTGGGGAAATTCCATTCCTCTTTCCTCATT  300

seq1  GAAGGTGTTGTGGTGACAAGTCATTAGTCTTGACAGGTCTCCAAGATTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGTTGTGGTGACAAGTCATTAGTCTTGACAGGTCTCCAAGATTGT  350

seq1  GTCACCAGCCCAGGGTGGCATGCTGACAAAATCCCAGAAGGAGTGGGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCAGCCCAGGGTGGCATGCTGACAAAATCCCAGAAGGAGTGGGCCT  400

seq1  ATCCTGAGGAACCTCTCAGAGATGCTCCCGACATTCTGGCTGGCTGTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGAGGAACCTCTCAGAGATGCTCCCGACATTCTGGCTGGCTGTGGG  450

seq1  TCCTTCACAGGATGTTCCACATCAAGTTCCTCAAGCTCCATTGAGTGACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCACAGGATGTTCCACATCAAGTTCCTCAAGCTCCATTGAGTGACT  500

seq1  CCCAGGCTCCTTCTCACCCACAGGGCTACGGATGGATTTAAAAGGCTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCTCCTTCTCACCCACAGGGCTACGGATGGATTTAAAAGGCTGCT  550

seq1  GCTCCAGTCTTGGAGCAGACAACAGCAGGTAAATGAGGCTCCTAAGAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGTCTTGGAGCAGACAACAGCAGGTAAATGAGGCTCCTAAGAATA  600

seq1  GACTATCCTTAGGGGAGTTTGGGGAGGGGCTTGAGCAAGTTTAGGAGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATCCTTAGGGGAGTTTGGGGAGGGGCTTGAGCAAGTTTAGGAGAGA  650

seq1  TGCTTCATCCGCATTCAGATGTAGCTAGGAATTC  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCATCCGCATTCAGATGTAGCTAGGAATTC  684


seq1: chr10_96025292_96026334
seq2: B6Ng01-280E16.g_68_1114

seq1  GAATTCTTGAGAGATAAGAAAACAGTCTTTAAAAATTCTGGGGTCCTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAGAGATAAGAAAACAGTCTTTAAAAATTCTGGGGTCCTCTT  50

seq1  ATATGAAGAATCAAAATTTAAATATACACACATGTACTGGCTGGTTTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAAGAATCAAAATTTAAATATACACACATGTACTGGCTGGTTTTGT  100

seq1  GTGTCAACTTAACACAGGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAACTTAACACAGGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTT  150

seq1  AGGGAAATGCCTCCATGAGATCCAGCTATGGGGCATTTTCTCAATTAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAATGCCTCCATGAGATCCAGCTATGGGGCATTTTCTCAATTAGTG  200

seq1  ATCAAGGGGGGAGGGCCCCTTGTGGGTGGTGCCATCCCTGGGCTGGTAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGGGGGGAGGGCCCCTTGTGGGTGGTGCCATCCCTGGGCTGGTAGT  250

seq1  CTTGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGTGAGGCAAGCCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGTGAGGCAAGCCAGT  300

seq1  AAAGAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGC  350

seq1  TTGAGTTCCAGTCCTGACTTCCTTTGGTGATGAACAACAACATGGAAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTCCAGTCCTGACTTCCTTTGGTGATGAACAACAACATGGAAGTG  400

seq1  TAAGCTGAAAAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGCCATGATGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTGAAAAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGCCATGATGTT  450

seq1  TGTGCAGGAACAGAAACCCTGACTAAGACAACACATATACCTGGTTATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAGGAACAGAAACCCTGACTAAGACAACACATATACCTGGTTATAT  500

seq1  TTATATTTATTATACATAACATAATTTATATATTATATATAATATTTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTTATTATACATAACATAATTTATATATTATATATAATATTTATA  550

seq1  TATTTAGACATGTGACTTGAAGGGGAACTATTTTGAGAGAGGAAAGGGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGACATGTGACTTGAAGGGGAACTATTTTGAGAGAGGAAAGGGAC  600

seq1  CAATGTGAGATAGGGTAGTGCAGTTGTTGAACATGAGCAATACTCAATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGAGATAGGGTAGTGCAGTTGTTGAACATGAGCAATACTCAATAT  650

seq1  ATATGATATCATAATATACACGATGATATCATAATGTAACCCATCATTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGATATCATAATATACACGATGATATCATAATGTAACCCATCATTTT  700

seq1  GCACAGTAAATAAAAACCGTTTTAAGAGATGAGTTAAGCCAGAAACCTAC  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCACAGTAAATAAAAACCGTTTTAAGAGATGAGTTAAGCCAG-AACCTAC  749

seq1  TTAATATGTAATACTAAGACAGAAAAGACCTATAACTTAGCGCAATAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATGTAATACTAAGACAGAAAAGACCTATAACTTAGCGCAATAGCT  799

seq1  ACTTAATAAGTATTCTCTGGGATAATAAATAACACTACCAACTAAAAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAATAAGTATTCTCTGGGATAATAAATAACACTACCAACTAAAAGAA  849

seq1  ATGAAACCTTCAGCTGTGGGAAAAGTATGCTGCTATCATTCTCCTCTCTA  900
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATG-AACCTTCAGCTGTGGGAAAAGTATGCTGCTATCATTCTCCTCTCTA  898

seq1  TCAAGAAACCGATCCAGGGAGGCTGCTTGACACACAGATGATGTGCAGCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAAACCGATCCAGGGAGGCTGCTTGACACACAGATGATGTGCAGCC  948

seq1  ACGCCAGCATACAAATTCAGACACCCTGCG-TCCTGGTT-CTGTGCTTGT  998
      |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  ACGCCAGCATACAATTTCAGACACCCTGCGTTCCTGGTTCCTGTGCTTGT  998

seq1  AACTATTCTAGACAAGGGAATCTGTAGACGTCCCT-------ATAGATAG  1041
      ||||| ||||||||  || ||||||||||||||||       ||||||||
seq2  AACTA-TCTAGACA--GGCATCTGTAGACGTCCCTTTGATGGATAGATAG  1045

seq1  AT  1043
      ||
seq2  AT  1047


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |