BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281A11
Chromosome10 (Build37)
Map Location 87,529,525 - 87,680,914
singlet/doubletdoublet
Overlap genePmch, 4930547N16Rik, EG626115, Nup37, Ccdc53
Upstream gene1700113H08Rik, Ascl1, Pah, LOC100041517, ENSMUSG00000058934, Igf1, Tyms-ps
Downstream geneLOC667000, 1200002N14Rik, Gnptab, Sycp3, Chpt1, 8030451F13Rik, LOC667046, LOC627414, LOC100042998, EG435236, Spic, EG237433, Arl1, Utp20, Slc5a8, Tmem16d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281A11.bB6Ng01-281A11.g
ACCGA080611GA080612
length918942
definitionB6Ng01-281A11.b B6Ng01-281A11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,680,002 - 87,680,914)(87,529,525 - 87,530,256)
sequence
gaattctgaagcaataaaacatacattcttttggtttcttatactaggtg
atattattaaatgttacaaaagtgaatgaaatatatatgagtataaatat
tcatctgcaaatagaagtctgaaacatcattacccatgaaaagagaaaat
atccaagtgcatttctaaaagtctttatgcatggctcacccaagctcagc
agagcaaatgagagctctgtccagtcttcaacagtcttcaacttccagta
gttatgttgtgcccaccaaccaacaaacacgccttcacagggtttaatta
catactggcatgcctttactatgtgaatggtccattaagcatcataatcc
cttctctcaactgtccttcattttattctccaattgatctcaatctgtac
aactagacagtctagtttctgtacaacaaagatctgagattaaagttgta
tgaaatcagtatgcagatcttaggattttgactcatagtttagagttaca
aaagggtggttttgttattgggttgtgttgagacaggggtttcatataga
ttggcctctgattctctatttagctagggatgaccttgatgtgccagagc
tgtacatgtacgcatatatatcaaaagtgcatagctgatttgactatcat
aaccatggaaatcttcataaagcaatatttagttcctttcaaaaatatta
tatatatgtgtgtatacacacacatacatacacacacaacatacacacac
acatacacacaaacatacacactggctttttgagactggatttcttttca
tagcatggctgacttagaactcactctgtagcccaggctggccttgaact
tcatagagatctgccctgcctctgcttccctgagtggtagcattaatgaa
tgaacactaccacctggc
gaattccttgaacacctgatcttccagcttctacctcccaagtgcaggga
ttatgggcatgtgccaccacatgcttcttactaatgaatttgttgcaatt
tctgatacaatgatcatggataacaattgccatactggtgttcacctgac
aatagtgggagtatttcaatgcaaactattatattggtttctgaaatata
atttttcttgtgttattctttaatttgagatttattttccactccctcca
tctaccctctatgtcgaatctattgcaccttctcagtgagattcaggagt
ggaaacaggaaggacgaggttggggaaggatggagagagagaacaggatg
ggaggtaagcgggagcaaatctgggccaagctagaaacctaggaccatgg
agactcccaggaccctaggtaagacttccagcaatgggagatatggagcc
tgaaccagccacctcctgtaaccaggcaaaacttccaatggagggattgg
gacaccaatccagccacaaaacctgaggcctacaatttgtcctgcctaca
agatgtgcaggggtaaagagggagcagataatgaaggaatggccaaccat
tgagtggcccaacttgagacccatgccacgagagggaacccatccctgac
actattaatgataacttgcagacaggagcctaacatatctgtcattaaag
aggtgtcacctagcaactgatagaaacaaatggagatacccgcagacaaa
aataggtagagcttggggaatcccgaggaaggactgaaagacccagaggg
ggtcaaggacaccacaggggaaaaaaaaaaaaaaccccaacctacagaat
caactaaacctgagcacaaaggggctcacaaagacttaaccaccaatcag
agatcatgcatgggatggacctatgccctgggcaccatatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_87680002_87680914
seq2: B6Ng01-281A11.b_45_962 (reverse)

seq1  GCCAGGTGGTAGTGTACA-TCATTAATGCTACCACTCA-GGAAGCAGAGG  48
      ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GCCAGGTGGTAGTGTTCATTCATTAATGCTACCACTCAGGGAAGCAGAGG  50

seq1  CA-GGCAGATCTCTATG-AGTTCAAGGCCAGCCTGGGCTACAGAGTGAGT  96
      || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCAGATCTCTATGAAGTTCAAGGCCAGCCTGGGCTACAGAGTGAGT  100

seq1  TCTAAGTCAGCCATGCTATGAAAAGAAATCCAGTCTCAAAAAGCCAGTGT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTCAGCCATGCTATGAAAAGAAATCCAGTCTCAAAAAGCCAGTGT  150

seq1  GTATGTTTGTGTGTATGTGTGTGTGTATGTTGTGTGTGTATGTATGTGTG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTTTGTGTGTATGTGTGTGTGTATGTTGTGTGTGTATGTATGTGTG  200

seq1  TGTATACACACATATATATAATA-TTTTGAAAGGAACTAAATATTGCTTT  245
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATACACACATATATATAATATTTTTGAAAGGAACTAAATATTGCTTT  250

seq1  ATGAAGATTTCCATGGTTATGATAGTCAAATCAGCTATGCACTTTTGATA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGATTTCCATGGTTATGATAGTCAAATCAGCTATGCACTTTTGATA  300

seq1  TATATGCGTACATGTACAGCTCTGGCACATCAAGGTCATCCCTAGCTAAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCGTACATGTACAGCTCTGGCACATCAAGGTCATCCCTAGCTAAA  350

seq1  TAGAGAATCAGAGGCCAATCTATATGAAACCCCTGTCTCAACACAACCCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAATCAGAGGCCAATCTATATGAAACCCCTGTCTCAACACAACCCA  400

seq1  ATAACAAAACCACCCTTTTGTAACTCTAAACTATGAGTCAAAATCCTAAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAAAACCACCCTTTTGTAACTCTAAACTATGAGTCAAAATCCTAAG  450

seq1  ATCTGCATACTGATTTCATACAACTTTAATCTCAGATCTTTGTTGTACAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCATACTGATTTCATACAACTTTAATCTCAGATCTTTGTTGTACAG  500

seq1  AAACTAGACTGTCTAGTTGTACAGATTGAGATCAATTGGAGAATAAAATG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAGACTGTCTAGTTGTACAGATTGAGATCAATTGGAGAATAAAATG  550

seq1  AAGGACAGTTGAGAGAAGGGATTATGATGCTTAATGGACCATTCACATAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACAGTTGAGAGAAGGGATTATGATGCTTAATGGACCATTCACATAG  600

seq1  TAAAGGCATGCCAGTATGTAATTAAACCCTGTGAAGGCGTGTTTGTTGGT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGCATGCCAGTATGTAATTAAACCCTGTGAAGGCGTGTTTGTTGGT  650

seq1  TGGTGGGCACAACATAACTACTGGAAGTTGAAGACTGTTGAAGACTGGAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGGCACAACATAACTACTGGAAGTTGAAGACTGTTGAAGACTGGAC  700

seq1  AGAGCTCTCATTTGCTCTGCTGAGCTTGGGTGAGCCATGCATAAAGACTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCTCATTTGCTCTGCTGAGCTTGGGTGAGCCATGCATAAAGACTT  750

seq1  TTAGAAATGCACTTGGATATTTTCTCTTTTCATGGGTAATGATGTTTCAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAATGCACTTGGATATTTTCTCTTTTCATGGGTAATGATGTTTCAG  800

seq1  ACTTCTATTTGCAGATGAATATTTATACTCATATATATTTCATTCACTTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTATTTGCAGATGAATATTTATACTCATATATATTTCATTCACTTT  850

seq1  TGTAACATTTAATAATATCACCTAGTATAAGAAACCAAAAGAATGTATGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACATTTAATAATATCACCTAGTATAAGAAACCAAAAGAATGTATGT  900

seq1  TTTATTGCTTCAGAATTC  913
      ||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGCTTCAGAATTC  918

seq1: chr10_87529525_87530256
seq2: B6Ng01-281A11.g_68_799

seq1  GAATTCCTTGAACACCTGATCTTCCAGCTTCTACCTCCCAAGTGCAGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGAACACCTGATCTTCCAGCTTCTACCTCCCAAGTGCAGGGA  50

seq1  TTATGGGCATGTGCCACCACATGCTTCTTACTAATGAATTTGTTGCAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGGCATGTGCCACCACATGCTTCTTACTAATGAATTTGTTGCAATT  100

seq1  TCTGATACAATGATCATGGATAACAATTGCCATACTGGTGTTCACCTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATACAATGATCATGGATAACAATTGCCATACTGGTGTTCACCTGAC  150

seq1  AATAGTGGGAGTATTTCAATGCAAACTATTATATTGGTTTCTGAAATATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTGGGAGTATTTCAATGCAAACTATTATATTGGTTTCTGAAATATA  200

seq1  ATTTTTCTTGTGTTATTCTTTAATTTGAGATTTATTTTCCACTCCCTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCTTGTGTTATTCTTTAATTTGAGATTTATTTTCCACTCCCTCCA  250

seq1  TCTACCCTCTATGTCGAATCTATTGCACCTTCTCAGTGAGATTCAGGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCCTCTATGTCGAATCTATTGCACCTTCTCAGTGAGATTCAGGAGT  300

seq1  GGAAACAGGAAGGACGAGGTTGGGGAAGGATGGAGAGAGAGAACAGGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACAGGAAGGACGAGGTTGGGGAAGGATGGAGAGAGAGAACAGGATG  350

seq1  GGAGGTAAGCGGGAGCAAATCTGGGCCAAGCTAGAAACCTAGGACCATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTAAGCGGGAGCAAATCTGGGCCAAGCTAGAAACCTAGGACCATGG  400

seq1  AGACTCCCAGGACCCTAGGTAAGACTTCCAGCAATGGGAGATATGGAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCCAGGACCCTAGGTAAGACTTCCAGCAATGGGAGATATGGAGCC  450

seq1  TGAACCAGCCACCTCCTGTAACCAGGCAAAACTTCCAATGGAGGGATTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCAGCCACCTCCTGTAACCAGGCAAAACTTCCAATGGAGGGATTGG  500

seq1  GACACCAATCCAGCCACAAAACCTGAGGCCTACAATTTGTCCTGCCTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCAATCCAGCCACAAAACCTGAGGCCTACAATTTGTCCTGCCTACA  550

seq1  AGATGTGCAGGGGTAAAGAGGGAGCAGATAATGAAGGAATGGCCAACCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGCAGGGGTAAAGAGGGAGCAGATAATGAAGGAATGGCCAACCAT  600

seq1  TGAGTGGCCCAACTTGAGACCCATGCCACGAGAGGGAACCCATCCCTGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGGCCCAACTTGAGACCCATGCCACGAGAGGGAACCCATCCCTGAC  650

seq1  ACTATTAATGATAACTTGCAGACAGGAGCCTAACATATCTGTCATTAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTAATGATAACTTGCAGACAGGAGCCTAACATATCTGTCATTAAAG  700

seq1  AGGTGTCACCTAGCAACTGATAGAAACAAATG  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTCACCTAGCAACTGATAGAAACAAATG  732