BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-286J09
Chromosome10 (Build37)
Map Location 92,684,925 - 92,784,818
singlet/doubletdoublet
Overlap genePctk2, Elk3, LOC100041854
Upstream geneLOC667203, LOC216229, LOC100041814, Nedd1, Gm872, 4930485B16Rik, EG667314
Downstream geneLta4h, Hal, Amdhd1, Ccdc38, Snrpf, LOC100041873, Ntn4, LOC667338, LOC100041907, Usp44, Metap2, Vezt, Fgd6, Nr2c1, Ndufa12, EG215472, LOC100041955
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-286J09.bB6Ng01-286J09.g
ACCGA084745GA084746
length1,187896
definitionB6Ng01-286J09.b B6Ng01-286J09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,783,622 - 92,784,818)(92,684,925 - 92,685,816)
sequence
gaattccttggaattggaacccccattccaactcaggagattcatagaat
caaaatgctgcagccagccttggcaatagggctctggtgttctgttccaa
gtctgtatgtgtaccatatggctaagcagaaggagaaatcctgagatggg
aaatggctcaatggactggcttggtcactgggctgggacaaagagttaag
agattatgcaggaagaagtcctggaagatacactggactgaagggtagga
cacctgacattgattctctatgaacttgacaaacctatgtatgccttggt
catagtaacttcacctatgcttatttttgactgcatgagcctcaaggcct
tggtaggagaccacaatgatgaccacagattcacccaccgttgcttgttt
gtccatctttgctacacagttttgcttttttcctatcaagaggtggaata
tctcaagaggaagggagtccctttaaatcatgtctagtccgatgacatga
tgtgatgcaaagaatgtagaacaagtggcgctttgtttgactctcagccc
atggttcacaaccctgttggggttgaatggccctttcacaggggccacca
aagaccgttggaaaaacatagatttatgttatgattcatagcagtagcaa
aattacggttatgaagtagcaatggaaataattttatggttggggtcacc
acaacatgaggaactgtatcgaagggtctcgagttaggaaggttgagaac
cactgctctaagcagtcagaggttctgtctacaaggacttctatgatgag
gctgtggctgtgacatcaagcctcaactcgtctccttgagattgaaagat
caggaaaagaagttcagactacagccagcgccaaccactgggtgtgggag
agaccaccggggtttatccaaccgcagttaattgacccgatgaacactgg
gaagtcagtaatctgtacacagtcagcagccacagccgctcaactgggcc
cagtcaacatgctgagtcatgagcaataaaatggctgacatgtaatccaa
caggttttaaggtcttgatagcaacactggtgaaagcccatatgtcttag
aggatgggactgagtgacgtttatgtggtcgccttgaatgccagactgga
acaacgattaaggcagccttcagtcttctcacccttg
gaattctgagataaccactattacctaagagattatataccaaattctga
aatgaccgctgttacctaaaatatgatataccaaattctgcaatgaccac
tattacctaagagattatttaccgaattctgaaatgaccgctattaccta
aaagagtatatacctgactctgaaatgaccgctattacttaaaagtatat
atatatatatacttaaaagtatatatatatatatatatatatatatatat
atatatatatactgaattctgcaatgaccactattacctaaaagattata
tacctgtctctgaaatgactattacctaacagactatataccgaattttg
agatgactgctattacctaaaagagtatatactgaattctgagataaccg
ctattacctaagagattatataccaaattctgaaatgaccgctgttacct
aaaatataatataccaaattttgcaatgaccactattacctaagagatta
tttaccgaattctgaaatgactgctattacctaaaagaatatacacctga
ctctgaaatgaccgctattacttaaaagaatatatatatatactgaattc
tacaatgaccactattacctaaaagattatatacctgtctctgaaatgac
tattacctaacagactatatactgaattttgagatgaccactattaccta
aaagactatataccgaattctgaaatgactgctattgcctaaaagagtat
atacctgactctgaaatgaccgctattacttaaaagaatatatatgtgta
tataatatatataatatatatgtatgtatgtatgtatgctgaattctgca
atgacactataacctaaaagaatattttacctgtcccctgaaatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_92783622_92784818
seq2: B6Ng01-286J09.b_45_1231 (reverse)

seq1  CAAGGGTGAGAAGACTGAAGCTTCACTTAACCCTTGTCTCAGTTCTTTGC  50
      ||||||||||||||||||||  |  ||||| | ||||  ||||   | ||
seq2  CAAGGGTGAGAAGACTGAAGGCTGCCTTAATCGTTGTTCCAGT--CTGGC  48

seq1  ATCAAAGCCGAACCCAACATAAACGTCACTCAGTCCAATTCCTCTAAGGA  100
      ||  ||| |||   | |||||||||||||||||||| | |||||||||  
seq2  ATTCAAGGCGA---CCACATAAACGTCACTCAGTCCCA-TCCTCTAAG--  92

seq1  CAATAAATTGGC-TTCA-CAGTGTTGGCTATCAAAGACC-TAAAACCTG-  146
        | | || ||| |||| ||||||| |||||| |||||| ||||||||| 
seq2  --ACATATGGGCTTTCACCAGTGTT-GCTATC-AAGACCTTAAAACCTGT  138

seq1  TGGATTAACATGTCAGCCATTTTATTGCTCATGACTCAGCAATGTTGACT  196
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGGATT-ACATGTCAGCCATTTTATTGCTCATGACTCAGC-ATGTTGACT  186

seq1  GGGCCCAGTTGAGCGGCTGT-GCTGCTGACTGTGTACAGATTACTGACTT  245
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCAGTTGAGCGGCTGTGGCTGCTGACTGTGTACAGATTACTGACTT  236

seq1  CCCAGTGTTCATCGGGTCAATTAACTGCGGTTGGATAAACCCCGGTGGTC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGTTCATCGGGTCAATTAACTGCGGTTGGATAAACCCCGGTGGTC  286

seq1  TCTCCCACACCCAGTGGTTGGCGCTGGCTGTAGTCTGAACCTTCTTTTCC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCTCCCACACCCAGTGGTTGGCGCTGGCTGTAGTCTGAA-CTTCTTTTCC  335

seq1  TGATCTTTCAATCTCAAGGAGACGAGTTGAGGCTTGATGTCACAGCCACA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTTCAATCTCAAGGAGACGAGTTGAGGCTTGATGTCACAGCCACA  385

seq1  GCCTCATCATAGAAGTCCTTGTAGACAGAACCTCTGACTGCTTAGAGCAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCATCATAGAAGTCCTTGTAGACAGAACCTCTGACTGCTTAGAGCAG  435

seq1  TGGTTCTCAACCTTCCTAACTCGAGACCCTTCGATACAGTTCCTCATGTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCTCAACCTTCCTAACTCGAGACCCTTCGATACAGTTCCTCATGTT  485

seq1  GTGGTGACCCCAACCATAAAATTATTTCCATTGCTACTTCATAACCGTAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGACCCCAACCATAAAATTATTTCCATTGCTACTTCATAACCGTAA  535

seq1  TTTTGCTACTGCTATGAATCATAACATAAATCTATGTTTTTCCAACGGTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTACTGCTATGAATCATAACATAAATCTATGTTTTTCCAACGGTC  585

seq1  TTTGGTGGCCCCTGTGAAAGGGCCATTCAACCCCAACAGGGTTGTGAACC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGGCCCCTGTGAAAGGGCCATTCAACCCCAACAGGGTTGTGAACC  635

seq1  ATGGGCTGAGAGTCAAACAAAGCGCCACTTGTTCTACATTCTTTGCATCA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCTGAGAGTCAAACAAAGCGCCACTTGTTCTACATTCTTTGCATCA  685

seq1  CATCATGTCATCGGACTAGACATGATTTAAAGGGACTCCCTTCCTCTTGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGTCATCGGACTAGACATGATTTAAAGGGACTCCCTTCCTCTTGA  735

seq1  GATATTCCACCTCTTGATAGGAAAAAAGCAAAACTGTGTAGCAAAGATGG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTCCACCTCTTGATAGGAAAAAAGCAAAACTGTGTAGCAAAGATGG  785

seq1  ACAAACAAGCAACGGTGGGTGAATCTGTGGTCATCATTGTGGTCTCCTAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAGCAACGGTGGGTGAATCTGTGGTCATCATTGTGGTCTCCTAC  835

seq1  CAAGGCCTTGAGGCTCATGCAGTCAAAAATAAGCATAGGTGAAGTTACTA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCCTTGAGGCTCATGCAGTCAAAAATAAGCATAGGTGAAGTTACTA  885

seq1  TGACCAAGGCATACATAGGTTTGTCAAGTTCATAGAGAATCAATGTCAGG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAAGGCATACATAGGTTTGTCAAGTTCATAGAGAATCAATGTCAGG  935

seq1  TGTCCTACCCTTCAGTCCAGTGTATCTTCCAGGACTTCTTCCTGCATAAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTACCCTTCAGTCCAGTGTATCTTCCAGGACTTCTTCCTGCATAAT  985

seq1  CTCTTAACTCTTTGTCCCAGCCCAGTGACCAAGCCAGTCCATTGAGCCAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAACTCTTTGTCCCAGCCCAGTGACCAAGCCAGTCCATTGAGCCAT  1035

seq1  TTCCCATCTCAGGATTTCTCCTTCTGCTTAGCCATATGGTACACATACAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATCTCAGGATTTCTCCTTCTGCTTAGCCATATGGTACACATACAG  1085

seq1  ACTTGGAACAGAACACCAGAGCCCTATTGCCAAGGCTGGCTGCAGCATTT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGAACAGAACACCAGAGCCCTATTGCCAAGGCTGGCTGCAGCATTT  1135

seq1  TGATTCTATGAATCTCCTGAGTTGGAATGGGGGTTCCAATTCCAAGGAAT  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTATGAATCTCCTGAGTTGGAATGGGGGTTCCAATTCCAAGGAAT  1185

seq1  TC  1197
      ||
seq2  TC  1187

seq1: chr10_92684925_92685816
seq2: B6Ng01-286J09.g_69_963

seq1  GAATTCTGAGATAACCACTATTACCTAAGAGATTATATACCAAATTCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGATAACCACTATTACCTAAGAGATTATATACCAAATTCTGA  50

seq1  AATGACCGCTGTTACCTAAAATATGATATACCAAATTCTGCAATGACCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACCGCTGTTACCTAAAATATGATATACCAAATTCTGCAATGACCAC  100

seq1  TATTACCTAAGAGATTATTTACCGAATTCTGAAATGACCGCTATTACCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACCTAAGAGATTATTTACCGAATTCTGAAATGACCGCTATTACCTA  150

seq1  AAAGAGTATATACCTGACTCTGAAATGACCGCTATTACTTAAAAGTATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTATATACCTGACTCTGAAATGACCGCTATTACTTAAAAGTATAT  200

seq1  ATATATATATACTTAAAAGTATATATATATATATATATATATATATATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATACTTAAAAGTATATATATATATATATATATATATATATAT  250

seq1  ATATATATATACTGAATTCTGCAATGACCACTATTACCTAAAAGATTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATACTGAATTCTGCAATGACCACTATTACCTAAAAGATTATA  300

seq1  TACCTGTCTCTGAAATGACTATTACCTAACAGACTATATACCGAATTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGTCTCTGAAATGACTATTACCTAACAGACTATATACCGAATTTTG  350

seq1  AGATGACTGCTATTACCTAAAAGAGTATATACTGAATTCTGAGATAACCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACTGCTATTACCTAAAAGAGTATATACTGAATTCTGAGATAACCG  400

seq1  CTATTACCTAAGAGATTATATACCAAATTCTGAAATGACCGCTGTTACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTACCTAAGAGATTATATACCAAATTCTGAAATGACCGCTGTTACCT  450

seq1  AAAATATAATATACCAAATTTTGCAATGACCACTATTACCTAAGAGATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATAATATACCAAATTTTGCAATGACCACTATTACCTAAGAGATTA  500

seq1  TTTACCGAATTCTGAAATGACTGCTATTACCTAAAAGAATATACACCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCGAATTCTGAAATGACTGCTATTACCTAAAAGAATATACACCTGA  550

seq1  CTCTGAAATGACCGCTATTACTTAAAAGAATATATATATATACTGAATTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAATGACCGCTATTACTTAAAAGAATATATATATATACTGAATTC  600

seq1  TACAATGACCACTATTACCTAAAAGATTATATACCTGTCTCTGAAATGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATGACCACTATTACCTAAAAGATTATATACCTGTCTCTGAAATGAC  650

seq1  TATTACCTAACAGACTATATACTGAATTTTGAGATGACCACTATTACCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACCTAACAGACTATATACTGAATTTTGAGATGACCACTATTACCTA  700

seq1  AAAGACTATATACCGAATTCTGAAATGACTGCTATTGCCTAAAAGAGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACTATATACCGAATTCTGAAATGACTGCTATTGCCTAAAAGAGTAT  750

seq1  ATACCTGACTCTGAAATGACCGCTATTACTTAAAAGAATATATATGTGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTGACTCTGAAATGACCGCTATTACTTAAAAGAATATATATGTGTA  800

seq1  TAT-ATATATAT-ATATATATGTATGTATGTATGTATGCTGAATTCTGCA  848
      ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATATATATAATATATATGTATGTATGTATGTATGCTGAATTCTGCA  850

seq1  ATGACCACTATTACCTAAAAGATTA-TATACCTGT-CTCTGAAATG  892
      |||| |||||| |||||||||| || | ||||||| | ||||||||
seq2  ATGA-CACTATAACCTAAAAGAATATTTTACCTGTCCCCTGAAATG  895