BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288J16
Chromosome10 (Build37)
Map Location 117,844,585 - 117,988,844
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIfng
Upstream geneLOC668146, LOC668149, Kifc5c, Cpm, Mdm2, Slc35e3, Nup107, Rap1b, Mdm1, Il22, LOC672934, LOC668180, LOC668186, LOC668187, LOC668191, EG668193, Iltifb, LOC668198, EG668203, EG668205, EG668209, EG668213, LOC668216
Downstream geneLOC100043478, LOC100042850, Dyrk2, LOC668223, LOC100042861, LOC674417, Cand1, Grip1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288J16.bB6Ng01-288J16.g
ACCGA086225GA086226
length1,116429
definitionB6Ng01-288J16.b B6Ng01-288J16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,844,585 - 117,845,690)(117,988,410 - 117,988,844)
sequence
gaattcccaaagcctctatggtacagttacagctttcagagtaattaaga
cacatcctgaaatgtctaggttttggttagttagcctaacaattgtcacc
aacatcaatttaataaattatgttttaagatcaaatgggttttcttcagc
tgtttcgtcactgggaaagtgtgatttctaaaagtcctgagaaaactgga
gcaggttaagtggctcagccagccaagtgcttgtcctatgaacagaaaga
cctgagtttggtttgcggtatcagtgtaaacaaatgaaaacaaaaatggg
ctgggcacagtggggtctgcctgtgacccataattggagaggtggagaaa
gggcatcggttggacttgttgaccagtctagccacagtggtgagctttag
gcacagcaaaagaccgcatcagagaaaaatgaagcaaagagagattgagg
aaagcaaccaataacaatctctgccctctgcacacacatgtgcctgcaca
cacatgcccctccatgcaaccacactctcacatgcataccgatatatgta
cgcacatgcacacatacacaattactttaagaaatttaaatcatggaata
actatattttcttaaagaatcactgaagaattcaggagtatttttcacat
gccttttaatttttttaagctatttttccccccacaggatccctgagagt
atccccgacaaattctaaagctaatgctatctggtcatgtaacaagaaat
tgtgttcagagcccacagttgtgacagcagaaaccaaatctgatgaaaaa
tcaatttatgctattctgccgtatggatttattagtgcccacgactgagg
ccactcccaataattaacctgccagtggaaagttttatgccgacagtgat
actgtttttacaacaggtttaaaccattattcataagcaagttctccaaa
cactaaatccacatgcctttagtggttctgctttctaagatatattatac
ttaggttcctactcacactgggatccacctgggcatctgttctttcctcc
actgaaggtgtgaacacattcagtgaggaccccctagcccccctcacagc
tcaggtggcttcctcg
agttaaatcttcatagagtggtgacaatctccttaacctcccttcagaaa
agagccctgggccccaggagaggaagctctaaaagatgatgagctaactg
aatgctttcttatccagtgtgggtatagtgcaaatccgtcccaaagcacc
aggctcattaacatccatcgaagcatcattacactcatctcagaagctca
acaagaagagcagtaggtggatgacaacacaggtcttctccccctattga
actcttattacatctgttagaatcagaaccaaaaatgtattgattggatc
aaaacatctagagtgcatgtgtgcatatagatatgtacatacgtatatat
acatgtatatgtgagtttacatatatacgtgtatttatgtatgtgtatgt
atgtatatatatatatatgtatgtatgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_117844585_117845690
seq2: B6Ng01-288J16.b_43_1158

seq1  GAATTCCCAAAGCCTCTATGGTACAGTTACAGCTTTCAGAGTAATTAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAAGCCTCTATGGTACAGTTACAGCTTTCAGAGTAATTAAGA  50

seq1  CACATCCTGAAATGTCTAGGTTTTGGTTAGTTAGCCTAACAATTGTCACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCCTGAAATGTCTAGGTTTTGGTTAGTTAGCCTAACAATTGTCACC  100

seq1  AACATCAATTTAATAAATTATGTTTTAAGATCAAATGGGTTTTCTTCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCAATTTAATAAATTATGTTTTAAGATCAAATGGGTTTTCTTCAGC  150

seq1  TGTTTCGTCACTGGGAAAGTGTGATTTCTAAAAGTCCTGAGAAAACTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCGTCACTGGGAAAGTGTGATTTCTAAAAGTCCTGAGAAAACTGGA  200

seq1  GCAGGTTAAGTGGCTCAGCCAGCCAAGTGCTTGTCCTATGAACAGAAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTTAAGTGGCTCAGCCAGCCAAGTGCTTGTCCTATGAACAGAAAGA  250

seq1  CCTGAGTTTGGTTTGCGGTATCAGTGTAAACAAATGAAAACAAAAATGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGTTTGGTTTGCGGTATCAGTGTAAACAAATGAAAACAAAAATGGG  300

seq1  CTGGGCACAGTGGGGTCTGCCTGTGACCCATAATTGGAGAGGTGGAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCACAGTGGGGTCTGCCTGTGACCCATAATTGGAGAGGTGGAGAAA  350

seq1  GGGCATCGGTTGGACTTGTTGACCAGTCTAGCCACAGTGGTGAGCTTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATCGGTTGGACTTGTTGACCAGTCTAGCCACAGTGGTGAGCTTTAG  400

seq1  GCACAGCAAAAGACCGCATCAGAGAAAAATGAAGCAAAGAGAGATTGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGCAAAAGACCGCATCAGAGAAAAATGAAGCAAAGAGAGATTGAGG  450

seq1  AAAGCAACCAATAACAATCTCTGCCCTCTGCACACACATGTGCCTGCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAACCAATAACAATCTCTGCCCTCTGCACACACATGTGCCTGCACA  500

seq1  CACATGCCCCTCCATGCAACCACACTCTCACATGCATACCGATATATGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCCCCTCCATGCAACCACACTCTCACATGCATACCGATATATGTA  550

seq1  CGCACATGCACACATACACAATTACTTTAAGAAATTTAAATCATGGAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACATGCACACATACACAATTACTTTAAGAAATTTAAATCATGGAATA  600

seq1  ACTATATTTTCTTAAAGAATCACTGAAGAATTCAGGAGTATTTTTCACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATTTTCTTAAAGAATCACTGAAGAATTCAGGAGTATTTTTCACAT  650

seq1  GCCTTTTAATTTTTTTAAGCTATTTTTCCCCCCACAGGATCCCTGAGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTTAATTTTTTTAAGCTATTTTTCCCCCCACAGGATCCCTGAGAGT  700

seq1  ATCCCCGACAAATTCTAAAGCTAATGCTATCTGGTCATGTAACAAGAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCGACAAATTCTAAAGCTAATGCTATCTGGTCATGTAACAAGAAAT  750

seq1  TGTGTTCAGAGCCCACAGTTGTGACAGCAG-AACCAAATCTGATGAAAAA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCAGAGCCCACAGTTGTGACAGCAGAAACCAAATCTGATGAAAAA  800

seq1  TCAATTTATGCTATTCTGCCGTATGGATTTATTAGTG-CCACGACTGAGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCAATTTATGCTATTCTGCCGTATGGATTTATTAGTGCCCACGACTGAGG  850

seq1  CCACTCCCAATAA-TAACCTGCCAGTGG-AAGTTTTATGCCGACAGTGAT  896
      ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCCCAATAATTAACCTGCCAGTGGAAAGTTTTATGCCGACAGTGAT  900

seq1  ACTG-TTTTACAACAGGTTTTAACCATTATTCATAAGC-AGTTCTCCAAA  944
      |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACTGTTTTTACAACAGGTTTAAACCATTATTCATAAGCAAGTTCTCCAAA  950

seq1  CACTAAATCCACATGCCTTTTAGTGGTTCTGCTTTCTAAGATATATTATA  994
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAATCCACATGCC-TTTAGTGGTTCTGCTTTCTAAGATATATTATA  999

seq1  CTTAGGTTCCTACTCACACT-GGATCCAC--TGGCATCTTGTTC-TTCCT  1040
      |||||||||||||||||||| ||||||||   |||||| ||||| |||||
seq2  CTTAGGTTCCTACTCACACTGGGATCCACCTGGGCATC-TGTTCTTTCCT  1048

seq1  -CACTG-AGGTGTGAACACATTCAGTGA-GACCCCCTAAGCCCCCCTCAC  1087
       ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  CCACTGAAGGTGTGAACACATTCAGTGAGGACCCCCT-AGCCCCCCTCAC  1097

seq1  AGCTCCAGTGGCTTTCTCG  1106
      |||||  ||||||| ||||
seq2  AGCTCAGGTGGCTTCCTCG  1116

seq1: chr10_117988410_117988844
seq2: B6Ng01-288J16.g_70_504 (reverse)

seq1  TACATACATACATATATATATATATACATACATACACATACATAAATACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACATACATATATATATATATACATACATACACATACATAAATACA  50

seq1  CGTATATATGTAAACTCACATATACATGTATATATACGTATGTACATATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATATATGTAAACTCACATATACATGTATATATACGTATGTACATATC  100

seq1  TATATGCACACATGCACTCTAGATGTTTTGATCCAATCAATACATTTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCACACATGCACTCTAGATGTTTTGATCCAATCAATACATTTTTG  150

seq1  GTTCTGATTCTAACAGATGTAATAAGAGTTCAATAGGGGGAGAAGACCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGATTCTAACAGATGTAATAAGAGTTCAATAGGGGGAGAAGACCTG  200

seq1  TGTTGTCATCCACCTACTGCTCTTCTTGTTGAGCTTCTGAGATGAGTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTCATCCACCTACTGCTCTTCTTGTTGAGCTTCTGAGATGAGTGTA  250

seq1  ATGATGCTTCGATGGATGTTAATGAGCCTGGTGCTTTGGGACGGATTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGCTTCGATGGATGTTAATGAGCCTGGTGCTTTGGGACGGATTTGC  300

seq1  ACTATACCCACACTGGATAAGAAAGCATTCAGTTAGCTCATCATCTTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATACCCACACTGGATAAGAAAGCATTCAGTTAGCTCATCATCTTTTA  350

seq1  GAGCTTCCTCTCCTGGGGCCCAGGGCTCTTTTCTGAAGGGAGGTTAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCCTCTCCTGGGGCCCAGGGCTCTTTTCTGAAGGGAGGTTAAGGA  400

seq1  GATTGTCACCACTCTATGAAGATTTAACTGAATTC  435
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTCACCACTCTATGAAGATTTAACTGAATTC  435