BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288M01
Chromosome10 (Build37)
Map Location 25,923,906 - 26,089,769
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSamd3, L3mbtl3
Upstream geneAkap7, LOC665800, Epb4.1l2, 2010003K15Rik, EG667513, LOC667519, LOC628697, C030003D03Rik, LOC100040851, LOC15352
Downstream geneLOC435208, LOC667572, LOC100040349, Arhgap18, Lama2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288M01.bB6Ng01-288M01.g
ACCGA086336GA086337
length1,102332
definitionB6Ng01-288M01.b B6Ng01-288M01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,923,906 - 25,925,001)(26,089,438 - 26,089,769)
sequence
gaattcaaggttactttcaacttaatagtaagattgaggctagcctggga
tatatgcaacctgtctcacaaaaccaaaacagattaaggagacattgttt
aagagcatgccactaaaacatgaggtgtacatagaccagaatatggattc
ccagaaacccatgtaaattctaagtaaacatggtggactacctgcaattc
cagcctaggaggacagaggctggatatcattagaccaagttggctatata
gcaagtgtgagcctagcctgggatactgtggttagccatttttatctgct
ttgggtttgagtgagatacagcctaattgaataagacaggaatgtcacta
agatactaagatcagtatgatgctgacatcaaccctgggcctctatatga
acatgcacacacgcatcctcacacccatgcacaaaaacccatatatgaaa
aaaatgtgcatacacctacatgaacaatggaaaaaaggaaaagacaaaga
aacaaacaaaacagccacaacaaaaacaaatgcaatgaaaaaaatggctt
gcaatttttaaaagtgtataaataattttcacatacaaatttggaaaaat
aaaagtaatgtgcttattttaaatctatagtagcattatcttattactct
gagtatttttgaagtttattatttagtatgctaattgttcaaatagttgt
tactgatatgtgttcagtattagaagatttctttgttgggtcttatgttg
gctacatcacaacatctcaactataaaatgaacatagtcatagcccaacc
taaattactgaatgcaaaataactgcaaatcacttttcaaagtacatgaa
actctggatatactcagcaaatgttattcctataaagtatgaatattctt
aaatgtgaaatggaaagcatagctttcactacataaattgaatatagaac
catgtatctgtatttcaaatgtttcaagcatcaagaagtacctcctttgc
ttctgagaagcaacccaattccacagataattaacaaagtcttttttatg
ttttttaagaccttcaaaccccatagccttaacatgaagttttggtaaac
ct

cagacagcacttgtgagtctttactggaagagacaccgtgcccatggacc
cggaatcagataagtgaagcctgcagtctatcatcttgtatgacttactg
ggtcaccttcacctggatttccccttctgaaaaaatggaaatactgacat
ttgctctttgtggaaggaagtttcaaactaagattttgggaattgtgaag
aggtattcaagtaggtgatggccagtttaccctcccggtgtggccaggtt
tgtgaagtgcaggacagaatatacttgtcaaagatttctagcagtgtccc
tcccttccttccttccttccttccttccttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_25923906_25925001
seq2: B6Ng01-288M01.b_47_1148

seq1  GAATTCAAGGTTACTTTCAACTTAATAGTAAGATTGAGGCTAGCCTGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGTTACTTTCAACTTAATAGTAAGATTGAGGCTAGCCTGGGA  50

seq1  TATATGCAACCTGTCTCACAAAACCAAAACAGATTAAGGAGACATTGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCAACCTGTCTCACAAAACCAAAACAGATTAAGGAGACATTGTTT  100

seq1  AAGAGCATGCCACTAAAACATGAGGTGTACATAGACCAGAATATGGATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCATGCCACTAAAACATGAGGTGTACATAGACCAGAATATGGATTC  150

seq1  CCAGAAACCCATGTAAATTCTAAGTAAACATGGTGGACTACCTGCAATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAACCCATGTAAATTCTAAGTAAACATGGTGGACTACCTGCAATTC  200

seq1  CAGCCTAGGAGGACAGAGGCTGGATATCATTAGACCAAGTTGGCTATATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTAGGAGGACAGAGGCTGGATATCATTAGACCAAGTTGGCTATATA  250

seq1  GCAAGTGTGAGCCTAGCCTGGGATACTGTGGTTAGCCATTTTTATCTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTGTGAGCCTAGCCTGGGATACTGTGGTTAGCCATTTTTATCTGCT  300

seq1  TTGGGTTTGAGTGAGATACAGCCTAATTGAATAAGACAGGAATGTCACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTTTGAGTGAGATACAGCCTAATTGAATAAGACAGGAATGTCACTA  350

seq1  AGATACTAAGATCAGTATGATGCTGACATCAACCCTGGGCCTCTATATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACTAAGATCAGTATGATGCTGACATCAACCCTGGGCCTCTATATGA  400

seq1  ACATGCACACACGCATCCTCACACCCATGCACAAAAACCCATATATGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCACACACGCATCCTCACACCCATGCACAAAAACCCATATATGAAA  450

seq1  AAAATGTGCATACACCTACATGAACAATGGAAAAAAGGAAAAGACAAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTGCATACACCTACATGAACAATGGAAAAAAGGAAAAGACAAAGA  500

seq1  AACAAACAAAACAGCCACAACAAAAACAAATGCAATGAAAAAAATGGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAAAACAGCCACAACAAAAACAAATGCAATGAAAAAAATGGCTT  550

seq1  GCAATTTTTAAAAGTGTATAAATAATTTTCACATACAAATTTGGAAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTTTTAAAAGTGTATAAATAATTTTCACATACAAATTTGGAAAAAT  600

seq1  AAAAGTAATGTGCTTATTTTAAATCTATAGTAGCATTATCTTATTACTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTAATGTGCTTATTTTAAATCTATAGTAGCATTATCTTATTACTCT  650

seq1  GAGTATTTTTGAAGTTTATTATTTAGTATGCTAATTGTTCAAATAGTTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATTTTTGAAGTTTATTATTTAGTATGCTAATTGTTCAAATAGTTGT  700

seq1  TACTGATATGTGTTCAGTATTAGAAGATTTCTTTGTTGGGTCTTATGTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGATATGTGTTCAGTATTAGAAGATTTCTTTGTTGGGTCTTATGTTG  750

seq1  GCTACATCACAACATCTCAACTATAAAATGAACATAGTCATAGCCCAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACATCACAACATCTCAACTATAAAATGAACATAGTCATAGCCCAACC  800

seq1  TAAATTACTGAATGCAAAATAACTGCAAATCACTTTTCAAAGTACATGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTACTGAATGCAAAATAACTGCAAATCACTTTTCAAAGTACATGAA  850

seq1  ACTCTGGATATACTCAGCAAATGTTATTCCTATAAAGTATGAATATTCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGATATACTCAGCAAATGTTATTCCTATAAAGTATGAATATTCTT  900

seq1  AAATGTGAAATGGAAAGCATAGCTTTCACTACATAAATTGAATATAGAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGAAATGGAAAGCATAGCTTTCACTACATAAATTGAATATAGAAC  950

seq1  CATGTATCTGTATTTCAAATGTTTTCAAGCATCAAGAAGTACCTCCTTTG  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATCTGTATTTCAAATG-TTTCAAGCATCAAGAAGTACCTCCTTTG  999

seq1  CTTCTGAGGAAGCAA-CCAATT-CACAGATAATT-ACAAAGTC-TTTTTA  1046
      ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  CTTCTGA-GAAGCAACCCAATTCCACAGATAATTAACAAAGTCTTTTTTA  1048

seq1  TGTTTTT--AGACC-TCAAACCCCATAGCTTTAACATGAAGTTTT-GTAA  1092
      |||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  TGTTTTTTAAGACCTTCAAACCCCATAGCCTTAACATGAAGTTTTGGTAA  1098

seq1  ACCT  1096
      ||||
seq2  ACCT  1102


seq1: chr10_26089438_26089769
seq2: B6Ng01-288M01.g_75_406 (reverse)

seq1  GGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGGAGGGACACTGCTAGAAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGGAGGGACACTGCTAGAAATC  50

seq1  TTTGACAAGTATATTCTGTCCTGCACTTCACAAACCTGGCCACACCGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACAAGTATATTCTGTCCTGCACTTCACAAACCTGGCCACACCGGGA  100

seq1  GGGTAAACTGGCCATCACCTACTTGAATACCTCTTCACAATTCCCAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAACTGGCCATCACCTACTTGAATACCTCTTCACAATTCCCAAAAT  150

seq1  CTTAGTTTGAAACTTCCTTCCACAAAGAGCAAATGTCAGTATTTCCATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTTTGAAACTTCCTTCCACAAAGAGCAAATGTCAGTATTTCCATTT  200

seq1  TTTCAGAAGGGGAAATCCAGGTGAAGGTGACCCAGTAAGTCATACAAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGAAGGGGAAATCCAGGTGAAGGTGACCCAGTAAGTCATACAAGAT  250

seq1  GATAGACTGCAGGCTTCACTTATCTGATTCCGGGTCCATGGGCACGGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGACTGCAGGCTTCACTTATCTGATTCCGGGTCCATGGGCACGGTGT  300

seq1  CTCTTCCAGTAAAGACTCACAAGTGCTGTCTG  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCAGTAAAGACTCACAAGTGCTGTCTG  332


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |