BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291C19
Chromosome10 (Build37)
Map Location 66,994,757 - 67,158,357
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEgr2, Gm237, LOC100040081
Upstream geneReep3, Jmjd1c, Nrbf2
Downstream geneLOC100039618, Zfp365, Plekhk1, Arid5b, LOC100040136, 1700040L02Rik, EG665342
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291C19.bB6Ng01-291C19.g
ACCGA088131GA088132
length1,1901,115
definitionB6Ng01-291C19.b B6Ng01-291C19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,157,179 - 67,158,357)(66,994,757 - 66,995,869)
sequence
gaattcattgtagagtattggggtctttttatctttattgacatcagcat
atacatttgggagagaagtaaacaacttatctggaagatgtgttctctaa
cagtaaagtttctggcttgttgagacgagattgtttttttctttcttgtg
cctgtttctcctacttggtgaccacgaataatgcctatgcccaagcacga
cacatatacccaggtcaccactgttcaaccctaggaagaagagggcatct
ttcaccaggcttaacaggttgttttggttcagtgcacacttcactgttta
aaagcattactcaataaatttagtgcggtgctgtctttgcccctggatca
agatctttagcatctcccagccctacccagacccagtctgagaaggaata
acatggaaactggagtaatatggggtaactttacaatttattaagcttta
cagatgcatcaaaggaccaaatagccaaaggccctgcagagatggagctg
gaaactagaaatggtttatgttgcttctgtttatctttagaaagcagaac
tgggacctgtgggcagcagacccaggaaagcatatttctgttcccatgtg
acatacaaccaaatatggaatgctcgagagcaccctttccctgcaggaac
tgcatccggatctgcatttgtgcaattgcgtggatgcttgctgcagaaga
tacatgcatgggactggacccgatctgttgctctctgttactctttatag
caacaggcacagcctttcaaaccaaagtaaaatctcatgtgctcttcaat
ctagaaagaaatggagtttctacagccagagggggaattgtcttacatca
tccctccaaaccctgggatacccacaacacctgggataaagttaccaaga
agtttcctcccatccaagtgtcatccaggtctgtcactaagcaaggatag
caaaggctatccccaaattcgcctccttctctctcctatcttttcccatg
acataagtctagatagtggcctctcacctttcctaatgctgcaaccctat
taattatagtccttcatggtgatgacccactaagcaccaaaacgattttt
tgttcctaccttcccagcctgtaattttggcctacctgccatggattgta
atatctggaattgtgaatcccgggaaggttgtttgacccc

gaattcattattcttggaagcagaaactcagaacttggagagaaatacca
tgaatcctcccttcctccatatctgaagaaaagctgttctgcttttattt
gatgtgagctgtgcatcgcatgagctcaaaacacacagctctgaggccaa
tgcaacaaagtccatattctgggtctgcatcttgctgcagagacttgggc
atgtcatgtcccctccctaaggcttcgcccccacatatatgaaacagaag
agattagccgtgttctttcaggttggttatgagggacacagtgatgaagc
tagaatgataaagttgtgtctggtgcatagcattaagcaatgaaagtcat
ttaataagtaacaattattgcatatttaatatgcagcaatagtgtgctgg
cagcttcccattactgtatttaatcatcacaataacttgatggtcattcc
attcactttccagatgaaggaaccagggcagagcagctatgaaatgtggt
gaaggtacacacagccaggagtggcaacgttgggatttgaatggaaaacc
agaacccaccgtcttaaccctaacaaatggtgaccaccttggtgagatta
ttgagatgaaaccccaaatgtctgtacttagatgttatgagacaattgct
ttggcagagatgccctgcctgacccttttgtgaacatgaaaccaaaagtt
tcgcgaattcgacattagtcggaagagaaaaaagaattatttcccacaac
ctggcaatataaacaggctagtaaaatagacatgggtgggtttcccagtt
gtaatgaccttcatttctcatgtgatcatacataatacactcaatacaga
agctcaaagcaaatttggaaagggaggcgttggttttaagctcttatcac
cagacttaacatctgttgaattgggcctgggttgaagtaatcgtgcaaat
agttaacagccatttgcctgctcatctgggttttcaaaagccaggtttag
taaagtgatctgtacgtttgacaggatgtctctctgctgccctgacgcat
gcttcatttaatacgggacaaagcttcacacttcttcgttttcttatgac
cgcgaggaatgtact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_67157179_67158357
seq2: B6Ng01-291C19.b_45_1234 (reverse)

seq1  GGGGTCAAACAACCCTTTCCCGGGGATCAC-ATATCAGATATTTACAATT  49
      ||||||||||||||  ||||||||  |||| ||  |||||| ||||||| 
seq2  GGGGTCAAACAACC--TTCCCGGGATTCACAATTCCAGATA-TTACAATC  47

seq1  CATAGCA-GTAG--CAAAATTACA-GCTGTGAA-GTAGGAAC-AAAAATC  93
      ||| ||| ||||  |||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||
seq2  CATGGCAGGTAGGCCAAAATTACAGGCTGGGAAGGTAGGAACAAAAAATC  97

seq1  GTTTT-GTGCTTAGTGGGTCATCA-CATGAAGAACTATA--TTATAGGGT  139
      ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||  | |||||||
seq2  GTTTTGGTGCTTAGTGGGTCATCACCATGAAGGACTATAATTAATAGGGT  147

seq1  TGCAGCATTAGGAAAGTTGAGA-GCCACTATCTAGAC-TATGTCATGGGA  187
      |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGCAGCATTAGGAAAGGTGAGAGGCCACTATCTAGACTTATGTCATGGGA  197

seq1  AAAGATAGGAGGAGAGGAAGGAGGCGAATCTGGGGATAGCCTTTGCTATC  237
      |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATAGGA-GAGA-GAAGGAGGCGAATTTGGGGATAGCCTTTGCTATC  245

seq1  C-TGCTTAGTGACAGACCTGGATGACACTTGGATGGGAGGAAACTTCTTG  286
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTAGTGACAGACCTGGATGACACTTGGATGGGAGGAAACTTCTTG  295

seq1  GTAACTTTAT-CCAGGTGTTGTGGGTAT-CCAGGGTTTGGAGGGATGATG  334
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTTTATCCCAGGTGTTGTGGGTATCCCAGGGTTTGGAGGGATGATG  345

seq1  TAAGACAATTCCCCCTCTGGCTGTAGAAACTCCATTTCTTTCTAGATTGA  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACAATTCCCCCTCTGGCTGTAGAAACTCCATTTCTTTCTAGATTGA  395

seq1  AGAGCACATGAGATTTTACTTTGGTTTGAAAGGCTGTGCCTGTTGCTATA  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACATGAGATTTTACTTTGGTTTGAAAGGCTGTGCCTGTTGCTATA  445

seq1  AAGAGTAACAGAGAGCAACAGATCGGGTCCAGTCCCATGCATGTATCTTC  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTAACAGAGAGCAACAGATCGGGTCCAGTCCCATGCATGTATCTTC  495

seq1  TGCAGCAAGCATCCACGCAATTGCACAAATGCAGATCCGGATGCAGTTCC  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCAAGCATCCACGCAATTGCACAAATGCAGATCCGGATGCAGTTCC  545

seq1  TGCAGGGAAAGGGTGCTCTCGAGCATTCCATATTTGGTTGTATGTCACAT  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGAAAGGGTGCTCTCGAGCATTCCATATTTGGTTGTATGTCACAT  595

seq1  GGGAACAGAAATATGCTTTCCTGGGTCTGCTGCCCACAGGTCCCAGTTCT  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACAGAAATATGCTTTCCTGGGTCTGCTGCCCACAGGTCCCAGTTCT  645

seq1  GCTTTCTAAAGATAAACAGAAGCAACATAAACCATTTCTAGTTTCCAGCT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTAAAGATAAACAGAAGCAACATAAACCATTTCTAGTTTCCAGCT  695

seq1  CCATCTCTGCAGGGCCTTTGGCTATTTGGTCCTTTGATGCATCTGTAAAG  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCTGCAGGGCCTTTGGCTATTTGGTCCTTTGATGCATCTGTAAAG  745

seq1  CTTAATAAATTGTAAAGTTACCCCATATTACTCCAGTTTCCATGTTATTC  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATAAATTGTAAAGTTACCCCATATTACTCCAGTTTCCATGTTATTC  795

seq1  CTTCTCAGACTGGGTCTGGGTAGGGCTGGGAGATGCTAAAGATCTTGATC  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCAGACTGGGTCTGGGTAGGGCTGGGAGATGCTAAAGATCTTGATC  845

seq1  CAGGGGCAAAGACAGCACCGCACTAAATTTATTGAGTAATGCTTTTAAAC  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGCAAAGACAGCACCGCACTAAATTTATTGAGTAATGCTTTTAAAC  895

seq1  AGTGAAGTGTGCACTGAACCAAAACAACCTGTTAAGCCTGGTGAAAGATG  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGTGTGCACTGAACCAAAACAACCTGTTAAGCCTGGTGAAAGATG  945

seq1  CCCTCTTCTTCCTAGGGTTGAACAGTGGTGACCTGGGTATATGTGTCGTG  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTTCTTCCTAGGGTTGAACAGTGGTGACCTGGGTATATGTGTCGTG  995

seq1  CTTGGGCATAGGCATTATTCGTGGTCACCAAGTAGGAGAAACAGGCACAA  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGCATAGGCATTATTCGTGGTCACCAAGTAGGAGAAACAGGCACAA  1045

seq1  GAAAGAAAAAAACAATCTCGTCTCAACAAGCCAGAAACTTTACTGTTAGA  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAAAAAACAATCTCGTCTCAACAAGCCAGAAACTTTACTGTTAGA  1095

seq1  GAACACATCTTCCAGATAAGTTGTTTACTTCTCTCCCAAATGTATATGCT  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACATCTTCCAGATAAGTTGTTTACTTCTCTCCCAAATGTATATGCT  1145

seq1  GATGTCAATAAAGATAAAAAGACCCCAATACTCTACAATGAATTC  1179
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCAATAAAGATAAAAAGACCCCAATACTCTACAATGAATTC  1190


seq1: chr10_66994757_66995869
seq2: B6Ng01-291C19.g_66_1180

seq1  GAATTCATTATTCTTGGAAGCAGAAACTCAGAACTTGGAGAGAAATACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTATTCTTGGAAGCAGAAACTCAGAACTTGGAGAGAAATACCA  50

seq1  TGAATCCTCCCTTCCTCCATATCTGAAGAAAAGCTGTTCTGCTTTTATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCCTCCCTTCCTCCATATCTGAAGAAAAGCTGTTCTGCTTTTATTT  100

seq1  GATGTGAGCTGTGCATCGCATGAGCTCAAAACACACAGCTCTGAGGCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGAGCTGTGCATCGCATGAGCTCAAAACACACAGCTCTGAGGCCAA  150

seq1  TGCAACAAAGTCCATATTCTGGGTCTGCATCTTGCTGCAGAGACTTGGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACAAAGTCCATATTCTGGGTCTGCATCTTGCTGCAGAGACTTGGGC  200

seq1  ATGTCATGTCCCCTCCCTAAGGCTTCGCCCCCACATATATGAAACAGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCATGTCCCCTCCCTAAGGCTTCGCCCCCACATATATGAAACAGAAG  250

seq1  AGATTAGCCGTGTTCTTTCAGGTTGGTTATGAGGGACACAGTGATGAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAGCCGTGTTCTTTCAGGTTGGTTATGAGGGACACAGTGATGAAGC  300

seq1  TAGAATGATAAAGTTGTGTCTGGTGCATAGCATTAAGCAATGAAAGTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGATAAAGTTGTGTCTGGTGCATAGCATTAAGCAATGAAAGTCAT  350

seq1  TTAATAAGTAACAATTATTGCATATTTAATATGCAGCAATAGTGTGCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAGTAACAATTATTGCATATTTAATATGCAGCAATAGTGTGCTGG  400

seq1  CAGCTTCCCATTACTGTATTTAATCATCACAATAACTTGATGGTCATTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCCCATTACTGTATTTAATCATCACAATAACTTGATGGTCATTCC  450

seq1  ATTCACTTTCCAGATGAAGGAACCAGGGCAGAGCAGCTATGAAATGTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTTTCCAGATGAAGGAACCAGGGCAGAGCAGCTATGAAATGTGGT  500

seq1  GAAGGTACACACAGCCAGGAGTGGCAACGTTGGGATTTGAATGGAAAACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTACACACAGCCAGGAGTGGCAACGTTGGGATTTGAATGGAAAACC  550

seq1  AGAACCCACCGTCTTAACCCTAACAAATGGTGACCACCTTGGTGAGATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCCACCGTCTTAACCCTAACAAATGGTGACCACCTTGGTGAGATTA  600

seq1  TTGAGATGAAACCCCAAATGTCTGTACTTAGATGTTATGAGACAATTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGATGAAACCCCAAATGTCTGTACTTAGATGTTATGAGACAATTGCT  650

seq1  TTGGCAGAGATGCCCTGCCTGACCCTTTTGTGAACATGAAACCAAAAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAGAGATGCCCTGCCTGACCCTTTTGTGAACATGAAACCAAAAGTT  700

seq1  TCGCGAATTCGACATTAGTCGGAAGAGAAAAAAGAATTATTTCCCACAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCGAATTCGACATTAGTCGGAAGAGAAAAAAGAATTATTTCCCACAAC  750

seq1  CTGGCAATATAAACAGGCTAGTAAAATAGACATGGGTGGGTTTCCCAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAATATAAACAGGCTAGTAAAATAGACATGGGTGGGTTTCCCAGTT  800

seq1  GTAATGACCTTCATTTCTCATGTGATCATACATAATACACTCAATACAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGACCTTCATTTCTCATGTGATCATACATAATACACTCAATACAGA  850

seq1  AGCTCAAAGCAAATTTGGAAA-GGAGGCGTTGGTTTTAAGCTCTTATCAC  899
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAAAGCAAATTTGGAAAGGGAGGCGTTGGTTTTAAGCTCTTATCAC  900

seq1  CAGACTTAACATCTGTTGAATTGGGCCTGGGTTGAAGTAATCGTGCAAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTAACATCTGTTGAATTGGGCCTGGGTTGAAGTAATCGTGCAAAT  950

seq1  AGTTAACAGCCATTTGCCTGCTCATCT-GGTTTTCAAAAGCCAGGTTTAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAACAGCCATTTGCCTGCTCATCTGGGTTTTCAAAAGCCAGGTTTAG  1000

seq1  TAAAGTGATCTGTACGTTTGACAGGATGTCTCTCTGCTGCCCTGACGCAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGATCTGTACGTTTGACAGGATGTCTCTCTGCTGCCCTGACGCAT  1050

seq1  GCTTTCATTTTATACGGGACAAAGC-TCACACT--CTCGTTTTCTTATTG  1095
      || ||||||| |||||||||||||| |||||||   ||||||||||| ||
seq2  GC-TTCATTTAATACGGGACAAAGCTTCACACTTCTTCGTTTTCTTA-TG  1098

seq1  ACCGCCGAGGAATGTACT  1113
      |||| |||||||||||||
seq2  ACCG-CGAGGAATGTACT  1115


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |