BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292L17
Chromosome10 (Build37)
Map Location 109,443,409 - 109,560,154
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042497
Upstream geneSyt1, Nav3
Downstream geneLOC100042502, LOC100042506, LOC100042510, LOC667855, 9230102K24Rik, LOC100042518, E2f7, Csrp2, Zdhhc17
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292L17.bB6Ng01-292L17.g
ACCGA089294GA089295
length1,192991
definitionB6Ng01-292L17.b B6Ng01-292L17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,443,409 - 109,444,620)(109,559,165 - 109,560,154)
sequence
gaattccattactctaagaactagaggggaaaagtcacttggatccagtt
gtattggcacattcatgtagtcttatcacatgcaaggtcccagctacaca
taatggaaaggatagtttccactacattagaccttctcttcaaatcccca
aacatcaagaagttaatgaactaaagtgatatgtactcagatggcacact
gcaaagttcaagatgacttttctgcaattcagttcaacaacccatcacct
ggatggaatgcctgctaaaactctatcagacttgacctaatcttccagag
taagagttataatggtaattaaaatttctgataatcatattttctttata
gaatttaagatgtatagtttaccggatttatcatttgatagctgtggaaa
tcttttcttaagcttaacctctcatcatcagatatctattgaattactta
ggagatctaagaatttggaggtaggcagatacctattttatgaaataaaa
aatgtgctaaataaggcttgtagtgagaaagtagaaagataaaacatata
catttttagaacagcacatggaatccctattccctagataccagtatcat
ctcacgagaattagtctcttgagttatgctgcaacactttaacgcagttc
ctcatggtgtggtgaccactaactataaaattataatccatgatacttta
taactataattttcctactgatatgagttgtaatgtaaatatctgggttt
tctgatgggcttagacaatccttgtgaaagggttatttgacaccactccc
ccaaaataggtcatggccaaaggttgagaaccactgaattaccaggtgga
ggtcaaggggcacaatacaaccagggtcattgccattagctttaaaacac
tgaacacaaatgccgaagcatgaaatgtccagtgatatacactcctgctc
agcttctcccggtcatatgttgtgacaggaaattagcaggggctactggc
acacctaaagtcaacctttccagagaaagatcccactgggctatacctta
atgccatgtcatttaaagacaaattcatgacaatggaaacatctacattt
agaagaaatggcacagaggtgacgaccctattttaatggttctagacgat
aattgatcaacatagaatcgccactggcttaattcgaacatg

gaattcttaggatgactccatgtctttactattgtgaatggtgtttttat
gaacattaagaacaaaaacttctcagaattactgattgtaatttaatgag
gcatgcatctaactttgggatcatgtagcatgtctgttattaatgtaaga
atgtgcatactgttttttgtaactcatccactcatttacatttccatggt
agtgaccccaccttccacatggccattaggccttggacactgcaggaaat
atgaagtgaaaattcactttggcattatctgcagtgttttatcattagta
aaacagaaaaaaagattttaaagatacattgctgtttatctttgttaatt
ttaaaatttttttgcttcccatagttgaattgaatcactaatacctctgt
agacagcaaatattatgtaaatggttttcaaataaattctcccattccag
tatattttcccattcagaaggttgtccctttacccttgttctctttgtag
tctcatttaaatatctttccttttggtgtggtctaaaaagattcttctcc
aaactaatgttaccaagatttgcccttatgctttcctatagaagtttcat
tatttaggactttgcactaagggctaatgtttttgtttgtttgttttgag
aagaggatggagacagagagagacagagaagtagacagacaggcagacag
acagaaacacacacacagtggaggatgtaaacttcattttgatatgtgtg
tgctataatgtgcctaatttcatttccagacccttggatatccagctttt
caagcaccattaatagaaagtactatttccctcactgtgtgctcttaagc
tgtttgctgaaagttagttgactaaatttgtaatacatttctgctctcta
tatactgtgtgactgttatatttatctttatggctgtttctatgtaaata
gtgtcttaaacaattcgtggtgtttgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_109443409_109444620
seq2: B6Ng01-292L17.b_48_1239

seq1  GAATTCCATTACTCTAAGAACTAGAGGGGAAAAGTCACTTGGATCCAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTACTCTAAGAACTAGAGGGGAAAAGTCACTTGGATCCAGTT  50

seq1  GTATTGGCACATTCATGTAGTCTTATCACATGCAAGGTCCCAGCTACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGGCACATTCATGTAGTCTTATCACATGCAAGGTCCCAGCTACACA  100

seq1  TAATGGAAAGGATAGTTTCCACTACATTAGACCTTCTCTTCAAATCCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGAAAGGATAGTTTCCACTACATTAGACCTTCTCTTCAAATCCCCA  150

seq1  AACATCAAGAAGTTAATGAACTAAAGTGATATGTACTCAGATGGCACACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCAAGAAGTTAATGAACTAAAGTGATATGTACTCAGATGGCACACT  200

seq1  GCAAAGTTCAAGATGACTTTTCTGCAATTCAGTTCAACAACCCATCACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGTTCAAGATGACTTTTCTGCAATTCAGTTCAACAACCCATCACCT  250

seq1  GGATGGAATGCCTGCTAAAACTCTATCAGACTTGACCTAATCTTCCAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAATGCCTGCTAAAACTCTATCAGACTTGACCTAATCTTCCAGAG  300

seq1  TAAGAGTTATAATGGTAATTAAAATTTCTGATAATCATATTTTCTTTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGTTATAATGGTAATTAAAATTTCTGATAATCATATTTTCTTTATA  350

seq1  GAATTTAAGATGTATAGTTTACCGGATTTATCATTTGATAGCTGTGGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTAAGATGTATAGTTTACCGGATTTATCATTTGATAGCTGTGGAAA  400

seq1  TCTTTTCTTAAGCTTAACCTCTCATCATCAGATATCTATTGAATTACTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCTTAAGCTTAACCTCTCATCATCAGATATCTATTGAATTACTTA  450

seq1  GGAGATCTAAGAATTTGGAGGTAGGCAGATACCTATTTTATGAAATAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATCTAAGAATTTGGAGGTAGGCAGATACCTATTTTATGAAATAAAA  500

seq1  AATGTGCTAAATAAGGCTTGTAGTGAGAAAGTAGAAAGATAAAACATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGCTAAATAAGGCTTGTAGTGAGAAAGTAGAAAGATAAAACATATA  550

seq1  CATTTTTAGAACAGCACATGGAATCCCTATTCCCTAGATACCAGTATCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTAGAACAGCACATGGAATCCCTATTCCCTAGATACCAGTATCAT  600

seq1  CTCACGAGAATTAGTCTCTTGAGTTATGCTGCAACACTTTAACGCAGTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACGAGAATTAGTCTCTTGAGTTATGCTGCAACACTTTAACGCAGTTC  650

seq1  CTCATGGTGTGGTGACCACTAACTATAAAATTATAATCCATGATACTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGGTGTGGTGACCACTAACTATAAAATTATAATCCATGATACTTTA  700

seq1  TAACTATAATTTTCCTACTGATATGAGTTGTAATGTAAATATCTGGGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTATAATTTTCCTACTGATATGAGTTGTAATGTAAATATCTGGGTTT  750

seq1  TCTGATGGGCTTAGACAATCCTTGTGAAAGGGTTATTTGACACCACTCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGGGCTTAGACAATCCTTGTGAAAGGGTTATTTGACACCACTCCC  800

seq1  CCAAAATAGGTCATGGCCAAAGGTTGAGAACCACTGAATTACCAGGTGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATAGGTCATGGCCAAAGGTTGAGAACCACTGAATTACCAGGTGGA  850

seq1  GGTCAAGGGGCACAATACAACCAGGGTCATTGCCATTAGCTTTAAAACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAGGGGCACAATACAACCAGGGTCATTGCCATTAGCTTTAAAACAC  900

seq1  TGAACACAAATGCCGAAGCATGAAATGTCCAGTGATATACACTCCTGCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACACAAATGCCGAAGCATGAAATGTCCAGTGATATACACTCCTGCTC  950

seq1  AGCTTCTCCCGGTCATATGTTGTGACAGGAAATTAGCAGGGGCTACTGGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCTCCCGGTCATATGTTGTGACAGGAAATTAGCAGGGGCTACTGGC  1000

seq1  ACACCTAAAGTCAACCTTTCCAGAAGGAAAGAATCCCACTGGGCTATACC  1050
      ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACACCTAAAGTCAACCTTTCCAGA--GAAAG-ATCCCACTGGGCTATACC  1047

seq1  TTAATGCCAATGGTCATTTTAAAGGACAAAATTTCATGACAAATTGAAAA  1100
      |||||||||   |||||||  || ||||||  ||||||||||  || |||
seq2  TTAATGCCA--TGTCATTT--AAAGACAAA--TTCATGACAA--TGGAAA  1089

seq1  CCATCTACA-TTAGAAGAAATGGCACAGAGGGTGAAAGACCCTATTTTAA  1149
       |||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| |
seq2  -CATCTACATTTAGAAGAAATGGCACAGA-GGTG-ACGACCCTATTTT-A  1135

seq1  ATGTGTCATAAGGGACAAATTATATTTGAATCAACATAGAATCG-CAATG  1198
      ||| ||  ||   |||     ||| ||| ||||||||||||||| || ||
seq2  ATG-GTTCTA---GAC----GATAATTG-ATCAACATAGAATCGCCACTG  1176

seq1  --CTAATTCGAACATG  1212
         |||||||||||||
seq2  GCTTAATTCGAACATG  1192


seq1: chr10_109559165_109560154
seq2: B6Ng01-292L17.g_65_1055 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACAAACA-CACGAATTGTTTAAGACACTATTTACAT  49
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACAAACACCACGAATTGTTTAAGACACTATTTACAT  50

seq1  AGAAACAGCCATAAAGATAAATATAACAGTCACACAGTATATAGAGAGCA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAGCCATAAAGATAAATATAACAGTCACACAGTATATAGAGAGCA  100

seq1  GAAATGTATTACAAATTTAGTCAACTAACTTTCAGCAAACAGCTTAAGAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTATTACAAATTTAGTCAACTAACTTTCAGCAAACAGCTTAAGAG  150

seq1  CACACAGTGAGGGAAATAGTACTTTCTATTAATGGTGCTTGAAAAGCTGG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGTGAGGGAAATAGTACTTTCTATTAATGGTGCTTGAAAAGCTGG  200

seq1  ATATCCAAGGGTCTGGAAATGAAATTAGGCACATTATAGCACACACATAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCAAGGGTCTGGAAATGAAATTAGGCACATTATAGCACACACATAT  250

seq1  CAAAATGAAGTTTACATCCTCCACTGTGTGTGTGTTTCTGTCTGTCTGCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGAAGTTTACATCCTCCACTGTGTGTGTGTTTCTGTCTGTCTGCC  300

seq1  TGTCTGTCTACTTCTCTGTCTCTCTCTGTCTCCATCCTCTTCTCAAAACA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTCTACTTCTCTGTCTCTCTCTGTCTCCATCCTCTTCTCAAAACA  350

seq1  AACAAACAAAAACATTAGCCCTTAGTGCAAAGTCCTAAATAATGAAACTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAAAAACATTAGCCCTTAGTGCAAAGTCCTAAATAATGAAACTT  400

seq1  CTATAGGAAAGCATAAGGGCAAATCTTGGTAACATTAGTTTGGAGAAGAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGGAAAGCATAAGGGCAAATCTTGGTAACATTAGTTTGGAGAAGAA  450

seq1  TCTTTTTAGACCACACCAAAAGGAAAGATATTTAAATGAGACTACAAAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTAGACCACACCAAAAGGAAAGATATTTAAATGAGACTACAAAGA  500

seq1  GAACAAGGGTAAAGGGACAACCTTCTGAATGGGAAAATATACTGGAATGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAGGGTAAAGGGACAACCTTCTGAATGGGAAAATATACTGGAATGG  550

seq1  GAGAATTTATTTGAAAACCATTTACATAATATTTGCTGTCTACAGAGGTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTTATTTGAAAACCATTTACATAATATTTGCTGTCTACAGAGGTA  600

seq1  TTAGTGATTCAATTCAACTATGGGAAGCAAAAAAATTTTAAAATTAACAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGATTCAATTCAACTATGGGAAGCAAAAAAATTTTAAAATTAACAA  650

seq1  AGATAAACAGCAATGTATCTTTAAAATCTTTTTTTCTGTTTTACTAATGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAACAGCAATGTATCTTTAAAATCTTTTTTTCTGTTTTACTAATGA  700

seq1  TAAAACACTGCAGATAATGCCAAAGTGAATTTTCACTTCATATTTCCTGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACACTGCAGATAATGCCAAAGTGAATTTTCACTTCATATTTCCTGC  750

seq1  AGTGTCCAAGGCCTAATGGCCATGTGGAAGGTGGGGTCACTACCATGGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCCAAGGCCTAATGGCCATGTGGAAGGTGGGGTCACTACCATGGAA  800

seq1  ATGTAAATGAGTGGATGAGTTACAAAAAACAGTATGCACATTCTTACATT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAATGAGTGGATGAGTTACAAAAAACAGTATGCACATTCTTACATT  850

seq1  AATAACAGACATGCTACATGATCCCAAAGTTAGATGCATGCCTCATTAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACAGACATGCTACATGATCCCAAAGTTAGATGCATGCCTCATTAAA  900

seq1  TTACAATCAGTAATTCTGAGAAGTTTTTGTTCTTAATGTTCATAAAAACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAATCAGTAATTCTGAGAAGTTTTTGTTCTTAATGTTCATAAAAACA  950

seq1  CCATTCACAATAGTAAAGACATGGAGTCATCCTAAGAATTC  990
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCACAATAGTAAAGACATGGAGTCATCCTAAGAATTC  991


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |