BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293D12
Chromosome10 (Build37)
Map Location 55,645,888 - 55,809,815
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD630037F22Rik
Upstream geneLOC382460, LOC100041927
Downstream gene1700060H10Rik, EG629732, Gja1, EG668347, LOC100042622, LOC668355, LOC100042628, EG629739
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293D12.bB6Ng01-293D12.g
ACCGA089654GA089655
length1,1971,081
definitionB6Ng01-293D12.b B6Ng01-293D12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,808,622 - 55,809,815)(55,645,888 - 55,646,971)
sequence
gaattccaggccaaccagggctataaagtgaaactgagactaaaaaggaa
cttgaaataaccgtgtagatagtcttataccattggtatcccaaggctca
ggaatgttttggaatctgaagaatgcccacaccgtgctctacctgactgc
tccttttctcctctccgtaggttactaagtgtggtgtgctgtgatctgga
tgcgcttctcttactggaggctcagtatcaagtatctaacatgttattac
atgctcaagaagaaaatacctttgagatctctgagaaccacaggttagaa
taaagaaacatacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaaca
tcatcaacaacagacagggcaacatgagaatgatagactcagcaactcac
cttacaaattatttgacactaacaaagttattatagttacaaattatttg
aaactaactttcagttggaattactatgtttaaatgaaggagtagaagac
cattcaagcatgaatgtcccagaaagataatggtatatgtttttggagag
tactacacgtaatgtttgtttctttgacttagtattttttgtctttagtt
ttcacaaagtcctactatttttaaattcatattattttctacagtgaccc
tttgaatgcaatgctttgttttacatctctcttagagccatattgtctcc
agtttccaaattatgtcagcttatagccatgcattctcattatctgccaa
gtgagggttagatctgttttgtttttttttcctacttataaatcacactt
gccattacctcaatctggctgtcatttatggaacacacattctgtggcca
tcattgctctcatatctgtaattcagaacataatagcatgcctcctacct
accaggtcatggatagggtatgtcattgggatgttgaggtttaatataga
aaggaaacatcagcagcatcagaaactgctcatcagcaccttgtgtgttg
tagtctcagcaactgtagagcacaggcaaagcttttgtctcttggcctgt
cagcctagtttcaatggctggagcattttctcagtccattaggagttttc
ttaaagatacaatccagtcacttcaggaaattagtatggctcctaatctc
aatttctgtagattagaatcattatcaagacaattctctctttatta

gaattccattaatcccctaagcacatggaattatcggtagcagtttttaa
ctttttattatgtctgtaggaccacatataagggttgtgcataggagtgt
ttgggagcccagaagaggacatcaaataccctggacttggagttaaaggt
agttctgagctgctcaacctgagtgctaggaactgaactctcgttctttg
gaaattcatgtgtgttcttcactgtcaagctatctctttagccccatggt
tgacattctgttttattttgctttgtttttccttttattggatattttct
ttattcacatttcaaatgttataccctttccaggtatcctctgcagaaat
ctcctatcccattcacagtcccccctgcctctatgagggtgctgccccat
ccacccacccattccagcctttctgccctggcattcccctacactagggt
atcaagccccctcatatccaaaagctactcttcccactgatgtccaataa
ggccatcttctgccacatatgcagctggagccatgggtacttccatgtgt
actctttggttggtgatccagtccccaggagggccgggggtctggctagt
tgacactgttgctcccccatggggctgcaaaccccctcagctcgttgagt
cccttctccaactcctctatcgaggaccctgcactcatggttgacactct
tataacactgctcaaaatgaattctgtttctagtactagctgtttcatta
cagttaaaattaaagactaaagaagtgtattcaggggctggagagatgac
tcagcagttaagaccactggctactcttctagaggtccagagttcaattc
ccagcaaccacatggtagctcacaagcatctgtaatgaggtctgatacac
tcttctggcatacaggtacacatgcagatagagcactcatatacataaaa
ataaaacataattttagagaagaatgcttttttttaaaaaggttattcaa
gttagccaaatgttgatttttgtaccagctatttgtcactgcaaacagat
gaacaaagtgcagcaggtactcatcacgttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_55808622_55809815
seq2: B6Ng01-293D12.b_48_1244 (reverse)

seq1  TAATA---AGAGAATGTCCTTGATAAATGATCCTATACTTACAGAAA-TG  46
      |||||   |||||||   |||||| |||||| ||| |  |||||||| ||
seq2  TAATAAAGAGAGAATTGTCTTGAT-AATGATTCTA-ATCTACAGAAATTG  48

seq1  AGATTAGGACCCATATTA--TTTCTGAAGTGACTGAATTGTATCTTTAAG  94
      ||||||||| ||||| ||  || |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGATTAGGAGCCATACTAATTTCCTGAAGTGACTGGATTGTATCTTTAAG  98

seq1  AAAACTCCTATTGGACTGGAGAGATGGCT-CAGCCATTGAAAACTAGGCT  143
      |||||||||| |||||| |||| |  ||| ||||||||| ||||||||||
seq2  AAAACTCCTAATGGACT-GAGAAAATGCTCCAGCCATTG-AAACTAGGCT  146

seq1  GACAGCCAAGGAGACAAAAGCTTTGCCTGTGCTCTACAGTGGCCTGAGAC  193
      ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
seq2  GACAGGCCAAGAGACAAAAGCTTTGCCTGTGCTCTACAGTTG-CTGAGAC  195

seq1  TACAACACACAAGGTGCTGATGAGCAGTTTCTGATGCTGCTGATGTTTCC  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACACACAAGGTGCTGATGAGCAGTTTCTGATGCTGCTGATGTTTCC  245

seq1  TTTCTATATTAAACCTCAACAT-CCAATGACATACCCTATCCATGACCTG  292
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATATTAAACCTCAACATCCCAATGACATACCCTATCCATGACCTG  295

seq1  GTAGGTAGGAGGCATGCTATTATGTTCTGAATTACAGATATGAGAGCAAT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTAGGAGGCATGCTATTATGTTCTGAATTACAGATATGAGAGCAAT  345

seq1  GATGGCCACAGAATGTGTGTTCCATAAATGACAGCCAGATTGAGGTAATG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCCACAGAATGTGTGTTCCATAAATGACAGCCAGATTGAGGTAATG  395

seq1  GCAAGTGTGATTTATAAGTAGGAAAAAAAAACAAAACAGATCTAACCCTC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTGTGATTTATAAGTAGGAAAAAAAAACAAAACAGATCTAACCCTC  445

seq1  ACTTGGCAGATAATGAGAATGCATGGCTATAAGCTGACATAATTTGGAAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGCAGATAATGAGAATGCATGGCTATAAGCTGACATAATTTGGAAA  495

seq1  CTGGAGACAATATGGCTCTAAGAGAGATGTAAAACAAAGCATTGCATTCA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGACAATATGGCTCTAAGAGAGATGTAAAACAAAGCATTGCATTCA  545

seq1  AAGGGTCACTGTAGAAAATAATATGAATTTAAAAATAGTAGGACTTTGTG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTCACTGTAGAAAATAATATGAATTTAAAAATAGTAGGACTTTGTG  595

seq1  AAAACTAAAGACAAAAAATACTAAGTCAAAGAAACAAACATTACGTGTAG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTAAAGACAAAAAATACTAAGTCAAAGAAACAAACATTACGTGTAG  645

seq1  TACTCTCCAAAAACATATACCATTATCTTTCTGGGACATTCATGCTTGAA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTCCAAAAACATATACCATTATCTTTCTGGGACATTCATGCTTGAA  695

seq1  TGGTCTTCTACTCCTTCATTTAAACATAGTAATTCCAACTGAAAGTTAGT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTTCTACTCCTTCATTTAAACATAGTAATTCCAACTGAAAGTTAGT  745

seq1  TTCAAATAATTTGTAACTATAATAACTTTGTTAGTGTCAAATAATTTGTA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATAATTTGTAACTATAATAACTTTGTTAGTGTCAAATAATTTGTA  795

seq1  AGGTGAGTTGCTGAGTCTATCATTCTCATGTTGCCCTGTCTGTTGTTGAT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGTTGCTGAGTCTATCATTCTCATGTTGCCCTGTCTGTTGTTGAT  845

seq1  GATGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTATGTTTCTT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTATGTTTCTT  895

seq1  TATTCTAACCTGTGGTTCTCAGAGATCTCAAAGGTATTTTCTTCTTGAGC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTAACCTGTGGTTCTCAGAGATCTCAAAGGTATTTTCTTCTTGAGC  945

seq1  ATGTAATAACATGTTAGATACTTGATACTGAGCCTCCAGTAAGAGAAGCG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAATAACATGTTAGATACTTGATACTGAGCCTCCAGTAAGAGAAGCG  995

seq1  CATCCAGATCACAGCACACCACACTTAGTAACCTACGGAGAGGAGAAAAG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAGATCACAGCACACCACACTTAGTAACCTACGGAGAGGAGAAAAG  1045

seq1  GAGCAGTCAGGTAGAGCACGGTGTGGGCATTCTTCAGATTCCAAAACATT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGTCAGGTAGAGCACGGTGTGGGCATTCTTCAGATTCCAAAACATT  1095

seq1  CCTGAGCCTTGGGATACCAATGGTATAAGACTATCTACACGGTTATTTCA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGCCTTGGGATACCAATGGTATAAGACTATCTACACGGTTATTTCA  1145

seq1  AGTTCCTTTTTAGTCTCAGTTTCACTTTATAGCCCTGGTTGGCCTGGAAT  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTTTTTAGTCTCAGTTTCACTTTATAGCCCTGGTTGGCCTGGAAT  1195

seq1  TC  1194
      ||
seq2  TC  1197


seq1: chr10_55645888_55646971
seq2: B6Ng01-293D12.g_66_1146

seq1  GAATTCCATTAATCCCCTAAGCACATGGAATTATCGGTAGCAGTTTTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTAATCCCCTAAGCACATGGAATTATCGGTAGCAGTTTTTAA  50

seq1  CTTTTTATTATGTCTGTAGGACCACATATAAGGGTTGTGCATAGGAGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTATTATGTCTGTAGGACCACATATAAGGGTTGTGCATAGGAGTGT  100

seq1  TTGGGAGCCCAGAAGAGGACATCAAATACCCTGGACTTGGAGTTAAAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAGCCCAGAAGAGGACATCAAATACCCTGGACTTGGAGTTAAAGGT  150

seq1  AGTTCTGAGCTGCTCAACCTGAGTGCTAGGAACTGAACTCTCGTTCTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGAGCTGCTCAACCTGAGTGCTAGGAACTGAACTCTCGTTCTTTG  200

seq1  GAAATTCATGTGTGTTCTTCACTGTCAAGCTATCTCTTTAGCCCCATGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTCATGTGTGTTCTTCACTGTCAAGCTATCTCTTTAGCCCCATGGT  250

seq1  TGACATTCTGTTTTATTTTGCTTTGTTTTTCCTTTTATTGGATATTTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTCTGTTTTATTTTGCTTTGTTTTTCCTTTTATTGGATATTTTCT  300

seq1  TTATTCACATTTCAAATGTTATACCCTTTCCAGGTATCCTCTGCAGAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCACATTTCAAATGTTATACCCTTTCCAGGTATCCTCTGCAGAAAT  350

seq1  CTCCTATCCCATTCACAGTCCCCCCTGCCTCTATGAGGGTGCTGCCCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTATCCCATTCACAGTCCCCCCTGCCTCTATGAGGGTGCTGCCCCAT  400

seq1  CCACCCACCCATTCCAGCCTTTCTGCCCTGGCATTCCCCTACACTAGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCACCCATTCCAGCCTTTCTGCCCTGGCATTCCCCTACACTAGGGT  450

seq1  ATCAAGCCCCCTCATATCCAAAAGCTACTCTTCCCACTGATGTCCAATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGCCCCCTCATATCCAAAAGCTACTCTTCCCACTGATGTCCAATAA  500

seq1  GGCCATCTTCTGCCACATATGCAGCTGGAGCCATGGGTACTTCCATGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATCTTCTGCCACATATGCAGCTGGAGCCATGGGTACTTCCATGTGT  550

seq1  ACTCTTTGGTTGGTGATCCAGTCCCCAGGAGGGCCGGGGGTCTGGCTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTGGTTGGTGATCCAGTCCCCAGGAGGGCCGGGGGTCTGGCTAGT  600

seq1  TGACACTGTTGCTCCCCCATGGGGCTGCAAACCCCCTCAGCTCGTTGAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTGTTGCTCCCCCATGGGGCTGCAAACCCCCTCAGCTCGTTGAGT  650

seq1  CCCTTCTCCAACTCCTCTATCGAGGACCCTGCACTCATGGTTGACACTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTCCAACTCCTCTATCGAGGACCCTGCACTCATGGTTGACACTCT  700

seq1  TATAACACTGCTCAAAATGAATTCTGTTTCTAGTACTAGCTGTTTCATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACACTGCTCAAAATGAATTCTGTTTCTAGTACTAGCTGTTTCATTA  750

seq1  CAGTTAAAATTAAAGACTAAAGAAGTGTATTCAGGGGCTGGAGAGATGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAAAATTAAAGACTAAAGAAGTGTATTCAGGGGCTGGAGAGATGAC  800

seq1  TCAGCAGTTAAGACCACTGGCTACTCTTCTAGAGGTCCAGAGTTCAATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGTTAAGACCACTGGCTACTCTTCTAGAGGTCCAGAGTTCAATTC  850

seq1  CCAGCAACCACATGGTAGCTCACAAGCATCTGTAATGAGGTCTGATACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAACCACATGGTAGCTCACAAGCATCTGTAATGAGGTCTGATACAC  900

seq1  TCTTCTGGCATACAGGTACACATGCAGATAGAGCACTCATATACATAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGGCATACAGGTACACATGCAGATAGAGCACTCATATACATAAAA  950

seq1  ATAAAACATAATTTTAGAAGAAGAATGCTTTTTTTTAAAAAAGGTTATTC  1000
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATAAAACATAATTTTAG-AGAAGAATGCTTTTTTTT-AAAAAGGTTATTC  998

seq1  AAAGTTAGCCAAATGTTGATTTTTGTACCAGCTAATTTGTCACTGCAAAC  1050
       |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  -AAGTTAGCCAAATGTTGATTTTTGTACCAGCT-ATTTGTCACTGCAAAC  1046

seq1  AGATG-ACAAAGTGCAGCAGTTACTCATCACGTTG  1084
      ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGATGAACAAAGTGCAGCAGGTACTCATCACGTTG  1081


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |