BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293J08
Chromosome10 (Build37)
Map Location 18,523,189 - 18,648,688
singlet/doubletdoublet
Overlap genePerp
Upstream geneTxlnb, LOC665321, Heca, 3110003A17Rik, Reps1, LOC100039660, Ccdc28a, LOC627646, Nhsl1, Hebp2, EG627729, D10Bwg1379e, EG237300
Downstream geneTnfaip3, Tpi-rs5, EG637620, Olig3, Ifngr1, Il22ra2, Il20ra, Slc35d3, Pex7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293J08.bB6Ng01-293J08.g
ACCGA089928GA089929
length1,153805
definitionB6Ng01-293J08.b B6Ng01-293J08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,647,532 - 18,648,688)(18,523,189 - 18,524,025)
sequence
gaattcaacttaaattttctgaccagcctccatggaggtccgtgatgaca
tgtctaagaagcaccagctttcaggaagcctaaggaaaggagaaaaatac
attcacacacatagactacaggaaaaaaaggtattgtgaaattacatgaa
aaacattgttccccacaaaaaagaagtacaatgaaagtagttaatatttc
ctgaatatctgccaggtacatggaattttacatgtacagaacctttatat
ctgcacttagtgcaccaaggaagatagcattcttctgattctgtagctga
gatcaaagtcttagacagaacaaggatttgttccagcttccacagttcat
agcagggagattttgatcaaaactcaaatctcatggaccctgaagtccag
gctccatctattctacaacactacctcttgaaggcagcttgagccacctc
tgagaggttattaggctcttcttcacctaaagaaaatgtattttcaccat
gcacttgttaaaacatctatgatagggatgccttctcagtgatgggatgg
cgtacttagataatgaatgaaacacttgattatgactttatagcatggtt
tgctctagataaataataaaacaacaatgtcccctcccaccataactgtt
tcatagacttcactggcttggcttatctttctatgtctgtgcccctgtgc
cagatggctagtatctttagagcaaatatcgtatcttttgtaactggagc
ttctaggttccaaaggcctatttttcccctttacctttggaaggtgagga
agtgagctgtatatacccacctgctggaaattccccttatgcttccttgt
tggaggggcttagcctacagtgttcaaagcaaagctgtctgaaagaggaa
ctagaacacataatacagagacaggacacagccccagtgagctcattaga
tcagcaaatatttttcaaaacacctgctctgtagcgaagacatagaatag
gcagctctttttccccatgcttggctgttcaggcatatgaagacatgtaa
aataataaaggactgagagagcaaatgttggacacacagagcagcagaat
ggctcagagatgctgcagtctctcttacagcatgtaaggtatgcaggcta
gca
gaattccacccccaaaatgagaatcacagaaaatagtcaagatcatgtca
aaagtcctggctcgggacggcataggcccctggagaaaacagactaatgt
agggagaatctcttgtgcattgtatggaagcatcacctgtcaataaaaag
ctgatggtccaatgaggtgaggcaggaaatataaagtgtgtgttctgaca
gggagagaagaactctgggattaagtcaagcatagggagaggtgctccct
gaactctgaggacatggatgcatgaaactgagaagcggcaaccaaccata
tgatactcatagaataaaggattaattaacttatgagttagttggggaac
aaccctaagtttatggcttgacatttattcacatataattaagtattaga
gttgttatttcatgggctggctgcaggtggatatgtcagttacaaatgat
gaccaacacggggctcttagaatccaagcttagaacctgagaaaaaatcc
tgggtagaaggcaggggacaaaaccacttccaagagcaattttctagcta
ggcaggaggaaatcacagcaatccattggacagagcacagggtccccaat
gaaaggagctgggaaaagtacccaaggagctggagtttgtagccccatag
agacacattagactacgagtacccccagagctcctggactaaccaccatc
aaagaaaacacatggtggatcatgctccagctgcattgaacaagaatgct
atcgtcactgatgggaggaagcctggtccttgagttctatgcccgtaggg
aatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_18647532_18648688
seq2: B6Ng01-293J08.b_45_1197 (reverse)

seq1  TGCTAGCCTGCATACC-TACATGCCTGT-AGAGAGACTTGCAGCATCTCT  48
      |||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||
seq2  TGCTAGCCTGCATACCTTACATG-CTGTAAGAGAGAC-TGCAGCATCTCT  48

seq1  GAGCCATCCTGGCTGCTCTTGTGTGTTCCAACATTTGCTCTCTTCAGTCC  98
      ||||||| || ||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  GAGCCATTCT-GCTGCTC-TGTGTG-TCCAACATTTGCTCTC-TCAGTCC  94

seq1  TTTATTATTTTACATGTCTTCATATGCCCTGAACAGCCAAGCATGGGG-A  147
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  TTTATTATTTTACATGTCTTCATATG-CCTGAACAGCCAAGCATGGGGAA  143

seq1  AAAGAGCTGCCTTATTCTATGTCTTCGCTACAGAGCAGGTGTTTTG-AAA  196
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAAGAGCTGCC-TATTCTATGTCTTCGCTACAGAGCAGGTGTTTTGAAAA  192

seq1  ATATTTGCTGATCTAATGAGCTCACTGGGGCTGTGTCCTGTCTCTGTATT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGCTGATCTAATGAGCTCACTGGGGCTGTGTCCTGTCTCTGTATT  242

seq1  ATGTGTTCTAGTTCCTCTTTCAGACAGCTTTGCTTTGAACACTGTAGGCT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTCTAGTTCCTCTTTCAGACAGCTTTGCTTTGAACACTGTAGGCT  292

seq1  AAGCCCCTCCAACAAGGAAGCATAAGGGGAATTTCCAGCAGGTGGGTATA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCCTCCAACAAGGAAGCATAAGGGGAATTTCCAGCAGGTGGGTATA  342

seq1  TACAGCTCACTTCCTCACCTTCCAAAGGTAAAGGGGAAAAATAGGCCTTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCTCACTTCCTCACCTTCCAAAGGTAAAGGGGAAAAATAGGCCTTT  392

seq1  GGAACCTAGAAGCTCCAGTTACAAAAGATACGATATTTGCTCTAAAGATA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCTAGAAGCTCCAGTTACAAAAGATACGATATTTGCTCTAAAGATA  442

seq1  CTAGCCATCTGGCACAGGGGCACAGACATAGAAAGATAAGCCAAGCCAGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCATCTGGCACAGGGGCACAGACATAGAAAGATAAGCCAAGCCAGT  492

seq1  GAAGTCTATGAAACAGTTATGGTGGGAGGGGACATTGTTGTTTTATTATT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCTATGAAACAGTTATGGTGGGAGGGGACATTGTTGTTTTATTATT  542

seq1  TATCTAGAGCAAACCATGCTATAAAGTCATAATCAAGTGTTTCATTCATT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTAGAGCAAACCATGCTATAAAGTCATAATCAAGTGTTTCATTCATT  592

seq1  ATCTAAGTACGCCATCCCATCACTGAGAAGGCATCCCTATCATAGATGTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAGTACGCCATCCCATCACTGAGAAGGCATCCCTATCATAGATGTT  642

seq1  TTAACAAGTGCATGGTGAAAATACATTTTCTTTAGGTGAAGAAGAGCCTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAAGTGCATGGTGAAAATACATTTTCTTTAGGTGAAGAAGAGCCTA  692

seq1  ATAACCTCTCAGAGGTGGCTCAAGCTGCCTTCAAGAGGTAGTGTTGTAGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCTCTCAGAGGTGGCTCAAGCTGCCTTCAAGAGGTAGTGTTGTAGA  742

seq1  ATAGATGGAGCCTGGACTTCAGGGTCCATGAGATTTGAGTTTTGATCAAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATGGAGCCTGGACTTCAGGGTCCATGAGATTTGAGTTTTGATCAAA  792

seq1  ATCTCCCTGCTATGAACTGTGGAAGCTGGAACAAATCCTTGTTCTGTCTA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCCTGCTATGAACTGTGGAAGCTGGAACAAATCCTTGTTCTGTCTA  842

seq1  AGACTTTGATCTCAGCTACAGAATCAGAAGAATGCTATCTTCCTTGGTGC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTGATCTCAGCTACAGAATCAGAAGAATGCTATCTTCCTTGGTGC  892

seq1  ACTAAGTGCAGATATAAAGGTTCTGTACATGTAAAATTCCATGTACCTGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGTGCAGATATAAAGGTTCTGTACATGTAAAATTCCATGTACCTGG  942

seq1  CAGATATTCAGGAAATATTAACTACTTTCATTGTACTTCTTTTTTGTGGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATTCAGGAAATATTAACTACTTTCATTGTACTTCTTTTTTGTGGG  992

seq1  GAACAATGTTTTTCATGTAATTTCACAATACCTTTTTTTCCTGTAGTCTA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATGTTTTTCATGTAATTTCACAATACCTTTTTTTCCTGTAGTCTA  1042

seq1  TGTGTGTGAATGTATTTTTCTCCTTTCCTTAGGCTTCCTGAAAGCTGGTG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGAATGTATTTTTCTCCTTTCCTTAGGCTTCCTGAAAGCTGGTG  1092

seq1  CTTCTTAGACATGTCATCACGGACCTCCATGGAGGCTGGTCAGAAAATTT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTAGACATGTCATCACGGACCTCCATGGAGGCTGGTCAGAAAATTT  1142

seq1  AAGTTGAATTC  1157
      |||||||||||
seq2  AAGTTGAATTC  1153

seq1: chr10_18523189_18524025
seq2: B6Ng01-293J08.g_67_871

seq1  GAATTCCACCCCCAAAATGAGAATCACAGAAAATAGTCAAGATCATGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCCCCAAAATGAGAATCACAGAAAATAGTCAAGATCATGTCA  50

seq1  AAAGTCCTGGCTCGGGACGGCATAGGCCCCTGGAGAAAACAGACTAATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCTGGCTCGGGACGGCATAGGCCCCTGGAGAAAACAGACTAATGT  100

seq1  AGGGAGAATCTCTTGTGCATTGTATGGAAGCATCACCTGTCAATAAAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAATCTCTTGTGCATTGTATGGAAGCATCACCTGTCAATAAAAAG  150

seq1  CTGATGGTCCAATGAGGTGAGGCAGGAAATATAAAGTGTGTGTTCTGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGGTCCAATGAGGTGAGGCAGGAAATATAAAGTGTGTGTTCTGACA  200

seq1  GGGAGAGAAGAACTCTGGGATTAAGTCAAGCATAGGGAGAGGTGCTCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGAAGAACTCTGGGATTAAGTCAAGCATAGGGAGAGGTGCTCCCT  250

seq1  GAACTCTGAGGACATGGATGCATGAAACTGAGAAGCGGCAACCAACCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTGAGGACATGGATGCATGAAACTGAGAAGCGGCAACCAACCATA  300

seq1  TGATACTCATAGAATAAAGGATTAATTAACTTATGAGTTAGTTGGGGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACTCATAGAATAAAGGATTAATTAACTTATGAGTTAGTTGGGGAAC  350

seq1  AACCCTAAGTTTATGGCTTGACATTTATTCACATATAATTAAGTATTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTAAGTTTATGGCTTGACATTTATTCACATATAATTAAGTATTAGA  400

seq1  GTTGTTATTTCATGGGCTGGCTGCAGGTGGATATGTCAGTTACAAATGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTATTTCATGGGCTGGCTGCAGGTGGATATGTCAGTTACAAATGAT  450

seq1  GACCAACACGGGGCTCTTAGAATCCAAGCTTAGAACCTGAGAAAAAATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAACACGGGGCTCTTAGAATCCAAGCTTAGAACCTGAGAAAAAATCC  500

seq1  TGGGTAGAAGGCAGGGGACAAAACCACTTCCAAGAGCAATTTTCTAGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAGAAGGCAGGGGACAAAACCACTTCCAAGAGCAATTTTCTAGCTA  550

seq1  GGCAGGAGGAAATCACAGCAATCCATTGGACAGAGCACAGGGTCCCCAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGAGGAAATCACAGCAATCCATTGGACAGAGCACAGGGTCCCCAAT  600

seq1  G-AAGGAGCTGGGAAAAGTACCCAAGGAGCTGGAGTTTGTAGCCCCATAG  649
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAAAGGAGCTGGGAAAAGTACCCAAGGAGCTGGAGTTTGTAGCCCCATA-  649

seq1  GAGGAACAACAATAAGAACTAACGAGTACCCCCAGAGCTCCCTGGGACTA  699
      |||  ||    || || ||| ||||||||||||||||||||   ||||| 
seq2  GAGACAC----ATTAG-ACT-ACGAGTACCCCCAGAGCTCC--TGGACT-  690

seq1  AACCACCAATCAAAGAAAACACATGGTGGGATTCATGGCTCCAGCTGCAT  749
      ||||||| |||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||
seq2  AACCACC-ATCAAAGAAAACACATGGTGG--ATCAT-GCTCCAGCTGCAT  736

seq1  TTGTAACAGAGGATGGCCTAGTCGGTCATCGATGGGAGGAGAGGCCCTTG  799
      |   |||| || |||  ||| || ||||  |||||||||| ||   | ||
seq2  T--GAACA-AGAATG--CTA-TC-GTCACTGATGGGAGGA-AG---CCTG  775

seq1  GTCCTTTGAAGGTTCTATGCCCCAGTATAGGGGAATAC  837
      |||| ||||  |||||||||||  |||   ||||||||
seq2  GTCC-TTGA--GTTCTATGCCC--GTA---GGGAATAC  805