BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-297M05
Chromosome10 (Build37)
Map Location 113,436,350 - 113,532,494
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042655, LOC100042666
Downstream geneTrhde, 4930473D10Rik, Tph2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-297M05.bB6Ng01-297M05.g
ACCGA093044GA093045
length1,1071,090
definitionB6Ng01-297M05.b B6Ng01-297M05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,436,350 - 113,437,477)(113,531,402 - 113,532,494)
sequence
gaattccaacttttcccatgtgcacttgcttaaggaaggtgtagcagaca
acttacttggtcctctaaagcgtctctctaatatctaatatagaagcact
tttactacactgaatacaagcttcaaatgcaaaatgaccacaggattaaa
tcaataacgtatatccaaatgctaaatgagatcaaagaaaagagcatgag
agaacagacaaatcaataaagtgataaaaatgactacatgtgaaagttat
tattatcagtcacaggcatcagctccctttcaaaatgtcaggaggaaagt
tgagcttttaaaagaaatgaaaatagattctttattaattaaaaaagcat
agttctcatctggaaaattgaatactttcagttttatgctgtcctcataa
ttacaaaacagccttattgatagctagatcattaaaattctccctaggcc
tatgaagcttatgttcaatcactggagagttagttgatttcagacacagt
gaagatttttctgttgctgctgtggaggttgtggtttctgattcagttgt
ggaaatgtgttaaacttttggatttgcaatattcatttaaaaagtatatt
tacttatgaatatagctggagacactagtaagacacattaagaaaaatat
ttttaaaaataaaaataaagttttatattggaatcctctggcttttcaac
caggccatctctccattaaaccataatgccaatggtcctgcttagctgag
ccaatttgaaagaagctcttgccagccatgctatggtttaccaagtttat
aattgctctactttggcttctgctcttttcctccgggctacacgactggc
tgtggctacagcagatggacttcagtttttccatgtattcatggagatac
atttcttccaaggcactctctaattctaatttctgagtcctcacttgacc
ctgccttttccccattctctctcattctctaatgcttaacaatgaaaaag
aatgagtgtttttgtggtgtgtgtgtgtgttgtttgtttcgagacagggt
ttctctgtgttgcctggctgtctgactcactttgtagaacaggctgctga
actcaga

gaattcacagtccctcacagtgcctagtgtggagtccatagtcagcccac
atcactctttaagtagaggactcctgcctaaagcagtggtgggagaagct
tcttggtgcagtggagatgagaaatctttcccttcctactcagataagga
agaattgtggcaagattgcttctgtacagtttacagaatgcatcgggaca
tttaccttattcttaataacattgcccccattctttgccacagcacaagc
atgaatccttacagcgtaaagatggctcttaaattgatttaaatagtttc
tgcacctttcaaaactattattcctctttactaactaaaattttcttgtt
taatacaattcttcatgctcacctcttctcccagcatgcatttctcctga
gagtgcctttagaatccttctagcaccatgttgcaagcttaccagtctta
gatcctggctaaacttaaataaaaacaacacatgtatcttcattgtgctt
tgatctttggaattatataagagaattatgattctctatatgtatctaaa
gtgtttactggtgtgtggtgaagtacactaaataaagaattgagaagcaa
accttttcccgtagtcttgtgtattaacagtgtgacatttaagaagtaat
ccatctacatggatttagtgtcttcatatagtggaatagagtatcctata
ttctgggcatgttgaaggagaataccagagtcaaaattatgtgaacgtat
ttgtcaaacaaataagcactcccaaattgttcatgactagcattacttgg
cagcatataatcatttggcacaggccaatataaatggattctcttgtaca
gaccagaaggcattgcctacatataataaactctgggaaatgtacatatc
ttcaaggaaattcatatataattcatttcaataacatagtgatgttttca
ttcactttttacattttgggtaattccatttaaaattcttcacacatttc
cacagttaagatgacaaagaaagtgttgtttgcttgtaatttagcagaca
ttattctaaatattgttttccttgcaattgaacattcatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_113436350_113437477
seq2: B6Ng01-297M05.b_50_1156

seq1  GAATTCCAACTTTTCCCATGTGCACTTGCTTAAGGAAGGTGTAGCAGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACTTTTCCCATGTGCACTTGCTTAAGGAAGGTGTAGCAGACA  50

seq1  ACTTACTTGGTCCTCTAAAGCGTCTCTCTAATATCTAATATAGAAGCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACTTGGTCCTCTAAAGCGTCTCTCTAATATCTAATATAGAAGCACT  100

seq1  TTTACTACACTGAATACAAGCTTCAAATGCAAAATGACCACAGGATTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTACACTGAATACAAGCTTCAAATGCAAAATGACCACAGGATTAAA  150

seq1  TCAATAACGTATATCCAAATGCTAAATGAGATCAAAGAAAAGAGCATGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAACGTATATCCAAATGCTAAATGAGATCAAAGAAAAGAGCATGAG  200

seq1  AGAACAGACAAATCAATAAAGTGATAAAAATGACTACATGTGAAAGTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGACAAATCAATAAAGTGATAAAAATGACTACATGTGAAAGTTAT  250

seq1  TATTATCAGTCACAGGCATCAGCTCCCTTTCAAAATGTCAGGAGGAAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATCAGTCACAGGCATCAGCTCCCTTTCAAAATGTCAGGAGGAAAGT  300

seq1  TGAGCTTTTAAAAGAAATGAAAATAGATTCTTTATTAATTAAAAAAGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTTTAAAAGAAATGAAAATAGATTCTTTATTAATTAAAAAAGCAT  350

seq1  AGTTCTCATCTGGAAAATTGAATACTTTCAGTTTTATGCTGTCCTCATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTCATCTGGAAAATTGAATACTTTCAGTTTTATGCTGTCCTCATAA  400

seq1  TTACAAAACAGCCTTATTGATAGCTAGATCATTAAAATTCTCCCTAGGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAAACAGCCTTATTGATAGCTAGATCATTAAAATTCTCCCTAGGCC  450

seq1  TATGAAGCTTATGTTCAATCACTGGAGAGTTAGTTGATTTCAGACACAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGCTTATGTTCAATCACTGGAGAGTTAGTTGATTTCAGACACAGT  500

seq1  GAAGATTTTTCTGTTGCTGCTGTGGAGGTTGTGGTTTCTGATTCAGTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATTTTTCTGTTGCTGCTGTGGAGGTTGTGGTTTCTGATTCAGTTGT  550

seq1  GGAAATGTGTTAAACTTTTGGATTTGCAATATTCATTTAAAAAGTATATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGTGTTAAACTTTTGGATTTGCAATATTCATTTAAAAAGTATATT  600

seq1  TACTTATGAATATAGCTGGAGACACTAGTAAGACACATTAAGAAAAATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTATGAATATAGCTGGAGACACTAGTAAGACACATTAAGAAAAATAT  650

seq1  TTTTAAAAATAAAAATAAAGTTTTATATTGGAATCCTCTGGCTTTTCAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAATAAAAATAAAGTTTTATATTGGAATCCTCTGGCTTTTCAAC  700

seq1  CAGGCCATCTCTCCATTAAACCATAATGCCAATGGTCCTGCTTAGCTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCATCTCTCCATTAAACCATAATGCCAATGGTCCTGCTTAGCTGAG  750

seq1  CCAATTTGAAAGAAGCTCTTGCCAGCCATGCTATGGTTTACCAAGTTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTTGAAAGAAGCTCTTGCCAGCCATGCTATGGTTTACCAAGTTTAT  800

seq1  AATTGCTCTACTTTGGCTTCTGCTCTTTTCCTCCGGGCTACACGACTGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCTCTACTTTGGCTTCTGCTCTTTTCCTCCGGGCTACACGACTGGC  850

seq1  TGTGGCTACAGCAGATGGACTTCAGTTTTTCCATGTATTCATGGAGATAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTACAGCAGATGGACTTCAGTTTTTCCATGTATTCATGGAGATAC  900

seq1  ATTTCTTCCAAGGCACTCTCTAATTCTAATTTCTGAGTCCTCACTTGACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTCCAAGGCACTCTCTAATTCTAATTTCTGAGTCCTCACTTGACC  950

seq1  CTGCCTTTTCCCCATTCTCCTCTCATTCTCTAATGCTTAACAATGAAAAA  1000
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTTTCCCCATTCT-CTCTCATTCTCTAATGCTTAACAATGAAAAA  999

seq1  GAAATGAGTGGTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGT  1050
      | |||||||| |||| || ||          |||   ||| ||||||   
seq2  G-AATGAGTGTTTTTGTGGTG----------TGTGTGTGTGTTGTTT--G  1036

seq1  TTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTT  1100
      |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||||||||
seq2  TTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTTG-CCTGGCTGT-CTG--ACTCACTT  1082

seq1  TGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGA  1128
      |||||| |||||||    ||||||||||
seq2  TGTAGAACAGGCTG---CTGAACTCAGA  1107


seq1: chr10_113531402_113532494
seq2: B6Ng01-297M05.g_69_1158 (reverse)

seq1  CATGAATGTTCAAATTGCAGGGAAAAC-ATATTTAGAATAATTGTCTGCT  49
      ||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  CATGAATGTTC-AATTGCAAGGAAAACAATATTTAGAATAA-TGTCTGCT  48

seq1  TAAAATTAC-AGCAAAC-ACACTTTCTTTTGTTCATCCTTACTGTGGAAA  97
        ||||||| ||||||| |||||||||||   ||||| | ||||||||||
seq2  --AAATTACAAGCAAACAACACTTTCTTT--GTCATCTTAACTGTGGAAA  94

seq1  TGTGTGAAGAATTTTAAATGGAATTA-CCAAAATGTAAAAAGTGAATGAA  146
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGAAGAATTTTAAATGGAATTACCCAAAATGTAAAAAGTGAATGAA  144

seq1  AACATCACCTATGTTATTGAAATGAATTATATATGAATTTCCTTGAAGAT  196
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCA-CTATGTTATTGAAATGAATTATATATGAATTTCCTTGAAGAT  193

seq1  ATGTACATTTTCCAGAGTTTATTATATGTAGGCAATGCCTTCTGGTCTGT  246
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACATTTCCCAGAGTTTATTATATGTAGGCAATGCCTTCTGGTCTGT  243

seq1  ACAAGAGAATCCATTTATATTGGCCTGTGCCAAATGATTATATGCTGCCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGAATCCATTTATATTGGCCTGTGCCAAATGATTATATGCTGCCA  293

seq1  AGTAATGCTAGTCATGAACAATTTGGGAGTGCTTATTTGTTTGACAAATA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATGCTAGTCATGAACAATTTGGGAGTGCTTATTTGTTTGACAAATA  343

seq1  CGTTCACATAATTTTGACTCTGGTATTCTCCTTCAACATGCCCAGAATAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCACATAATTTTGACTCTGGTATTCTCCTTCAACATGCCCAGAATAT  393

seq1  AGGATACTCTATTCCACTATATGAAGACACTAAATCCATGTAGATGGATT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATACTCTATTCCACTATATGAAGACACTAAATCCATGTAGATGGATT  443

seq1  ACTTCTTAAATGTCACACTGTTAATACACAAGACTACGGGAAAAGGTTTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTTAAATGTCACACTGTTAATACACAAGACTACGGGAAAAGGTTTG  493

seq1  CTTCTCAATTCTTTATTTAGTGTACTTCACCACACACCAGTAAACACTTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCAATTCTTTATTTAGTGTACTTCACCACACACCAGTAAACACTTT  543

seq1  AGATACATATAGAGAATCATAATTCTCTTATATAATTCCAAAGATCAAAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACATATAGAGAATCATAATTCTCTTATATAATTCCAAAGATCAAAG  593

seq1  CACAATGAAGATACATGTGTTGTTTTTATTTAAGTTTAGCCAGGATCTAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGAAGATACATGTGTTGTTTTTATTTAAGTTTAGCCAGGATCTAA  643

seq1  GACTGGTAAGCTTGCAACATGGTGCTAGAAGGATTCTAAAGGCACTCTCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGTAAGCTTGCAACATGGTGCTAGAAGGATTCTAAAGGCACTCTCA  693

seq1  GGAGAAATGCATGCTGGGAGAAGAGGTGAGCATGAAGAATTGTATTAAAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAATGCATGCTGGGAGAAGAGGTGAGCATGAAGAATTGTATTAAAC  743

seq1  AAGAAAATTTTAGTTAGTAAAGAGGAATAATAGTTTTGAAAGGTGCAGAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATTTTAGTTAGTAAAGAGGAATAATAGTTTTGAAAGGTGCAGAA  793

seq1  ACTATTTAAATCAATTTAAGAGCCATCTTTACGCTGTAAGGATTCATGCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTAAATCAATTTAAGAGCCATCTTTACGCTGTAAGGATTCATGCT  843

seq1  TGTGCTGTGGCAAAGAATGGGGGCAATGTTATTAAGAATAAGGTAAATGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGTGGCAAAGAATGGGGGCAATGTTATTAAGAATAAGGTAAATGT  893

seq1  CCCGATGCATTCTGTAAACTGTACAGAAGCAATCTTGCCACAATTCTTCC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGATGCATTCTGTAAACTGTACAGAAGCAATCTTGCCACAATTCTTCC  943

seq1  TTATCTGAGTAGGAAGGGAAAGATTTCTCATCTCCACTGCACCAAGAAGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGAGTAGGAAGGGAAAGATTTCTCATCTCCACTGCACCAAGAAGC  993

seq1  TTCTCCCACCACTGCTTTAGGCAGGAGTCCTCTACTTAAAGAGTGATGTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCACCACTGCTTTAGGCAGGAGTCCTCTACTTAAAGAGTGATGTG  1043

seq1  GGCTGACTATGGACTCCACACTAGGCACTGTGAGGGACTGTGAATTC  1093
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGACTATGGACTCCACACTAGGCACTGTGAGGGACTGTGAATTC  1090


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |