BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300P16
Chromosome10 (Build37)
Map Location 85,921,817 - 86,105,466
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSyn3, EG627035, LOC672902, LOC100041419
Upstream geneBtbd11, EG626858, LOC626878, LOC669723, LOC626940, Pwp1, Prdm4, Ascl4, D10Wsu52e, Bpil2, Fbxo7, Timp3
Downstream geneEG382395, Hsp90b1, Nt5dc3, Fabp3-ps1, C630002B14Rik, Stab2, 1700113H08Rik, Ascl1, Pah
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300P16.bB6Ng01-300P16.g
ACCGA095413GA095414
length1,123898
definitionB6Ng01-300P16.b B6Ng01-300P16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,104,312 - 86,105,466)(85,921,817 - 85,922,714)
sequence
gaattcctatcactttccaaattgaagacagtttatggtgtttagtctgc
cagtcagaagcctctctctgcaaggaagtgggggcagggggtgtgctgag
aaatgataaaaatgtaaggaagcattgggggctttgacaggaggaccagc
cctggcgcccacagtgcgaacagttctttcttgcctgttgctgaccaaag
gcttaacaaaaaaactgcttctggcctttggttggggttttgttactttt
gttgccacctcctggtcactgttctctgaagtttttactttctccttgct
atcactgcccctgtccctgcacatgactgcttccactctgttctcctctg
aaagactcacagctggcatcctgctgcctcctgctgcctccatatccttc
cagggctccctcttgctctggctgctcagtggccatggtgagctgccagc
atctcaaatcatgccactcctcctatatttctgtgactgcttaagtgcag
acatcaaaaccaactcctagttttcctttaaggagggccatccccttcag
tttgtcatcgatgctctcagtcaagctgctccttaagtttttgccaagca
taaccgatactgggcatctcaatagagctccacaggatcatggtcacaaa
gcatgcttgcaagttgatcagggagcgctggatgactgatgtggcccttg
aaatgtggaccagagctgctgccagggcctctctagttcctttctcctca
atcggcttctcagttgactattgaactgtccagtgagagtgggaaacaca
gggtccaaagcctgatggcatctttgctggaggcttttatgatttctgtt
gcagaaggaacacccatcaatttcaatgtaattcctgctttctgctccac
ttgaactaactggtactcttttctgctgataaaagcagtgcatacttcta
tccttccatctctgtctgttcaccctgaatcatgatggaagacccacatc
tttagtggacagctctgacacagtaaactcagatgtcgaccaagggcagc
acatgcgcacaaattcaatggcaatttgaatctttcaggtgtgaagctgg
cttctgtggatgtttcaagtcag
gaattccagagcacctaagtgtcttctgagagagccttctcaaggcacct
tcaagcctgacccttcctatagaagaaacagaagctctttggtatctgtc
tcttcactaatgaaataaccatctcactgaccttgccatgtgcaaggcac
tatgctcaaaacactggtcgttaaagagggaagaaacagcttcatggtgg
agataatgttggaagcacaagatggaaactcaagtggagacgttgcatgt
gctaaaaaaaaattcacgtgaaagagatgagaaaggaactcttactaggg
gcttcatcatacctccacccccgaggtcaatgatgtagggacagagatag
tacaaccacttactttacaaataaagaaacaggcttacaagcaagctggc
caagacacagagatggtgagggtaaagtgtgggccttaattctgagctgc
cacctactagactggaattctctagaacttaatcctctcccccctttaat
tctcatagaaatacacagctgacgtgtgttcctgggagtggcaactttaa
tatcaaggcaggtaaagagaatggaaaagtctctgcctgggctcccttgg
tactttaaaaagaggaaaaatattctctgggtatccaagaacaattttta
taaaacattcactctgccagtctgagatcatgagtgtctgggtgccttca
agggctccttttcctcctggcacctttacagtcaaccactcaaagggctc
tggcagggtgaggctgcctgggtggggtagggcacttccctcctgggtga
ggtcactggtcttctgtgcttggccaatgaggtgtaaatggagttctgcc
accattctctcagctgtcagatgctgggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_86104312_86105466
seq2: B6Ng01-300P16.b_46_1168 (reverse)

seq1  CTGACTTGAAAACATTCCACAGAAGCAAAGGGAAATCACACTGGAAAGAT  50
      |||||||| ||||| ||||||||||| |       ||||||  |||||||
seq2  CTGACTTG-AAACA-TCCACAGAAGCCA----GCTTCACACCTGAAAGAT  44

seq1  TTCCAAAATGGCAATTTTGGAATTTTGGTGGCAACCAATGTTGCTGCCCC  100
      |  |||| || ||    | ||||||  |||    |  ||| |||||||| 
seq2  T--CAAATTGCCA----TTGAATTT--GTG----CGCATG-TGCTGCCCT  81

seq1  TGGGTTCGACATCCCTGAGGTTTACTTGGTTGTTCAGAGCTGTCCACTAA  150
      |||  |||||||  |||| |||||||  |    |||||||||||||||||
seq2  TGG--TCGACAT--CTGA-GTTTACTGTG----TCAGAGCTGTCCACTAA  122

seq1  AGGATGTGGGGTCTTCCATTCATGATTCAGGGTGAACAGACAGAGATGGA  200
      | ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GATGT-GGGTCTTCCA-TCATGATTCAGGGTGAACAGACAGAGATGGA  169

seq1  AGGATAGAAGTATGCACCTGCTTTTATCAGCAGAAAAGAGTACCAGTTAG  250
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGAAGTATGCA-CTGCTTTTATCAGCAGAAAAGAGTACCAGTTAG  218

seq1  TTCAAGTGGAGCAGAAAGCAGGAATTACATTGAAATTGATGGGTGTTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTGGAGCAGAAAGCAGGAATTACATTGAAATTGATGGGTGTTCCT  268

seq1  TCTGCAACAGAAATCATAAAAGCCTCCAGCAAAGATGCCATCAGGCTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAACAGAAATCATAAAAGCCTCCAGCAAAGATGCCATCAGGCTTTG  318

seq1  GACCCTGTGTTTCCCACTCTCACTGGACAGTTCAATAGTCAACTGAGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTGTGTTTCCCACTCTCACTGGACAGTTCAATAGTCAACTGAGAAG  368

seq1  CCGATTGAGGAGAAAGGAACTAGAGAGGCCCTGGCAGCAGCTCTGGTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATTGAGGAGAAAGGAACTAGAGAGGCCCTGGCAGCAGCTCTGGTCCA  418

seq1  CATTTCAAGGGCCACATCAGTCATCCAGCGCTCCCTGATCAACTTGCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCAAGGGCCACATCAGTCATCCAGCGCTCCCTGATCAACTTGCAAG  468

seq1  CATGCTTTGTGACCATGATCCTGTGGAGCTCTATTGAGATGCCCAGTATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTTGTGACCATGATCCTGTGGAGCTCTATTGAGATGCCCAGTATC  518

seq1  GGTTATGCTTGGCAAAAACTTAAGGAGCAGCTTGACTGAGAGCATCGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATGCTTGGCAAAAACTTAAGGAGCAGCTTGACTGAGAGCATCGATG  568

seq1  ACAAACTGAAGGGGATGGCCCTCCTTAAAGGAAAACTAGGAGTTGGTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTGAAGGGGATGGCCCTCCTTAAAGGAAAACTAGGAGTTGGTTTT  618

seq1  GATGTCTGCACTTAAGCAGTCACAGAAATATAGGAGGAGTGGCATGATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCTGCACTTAAGCAGTCACAGAAATATAGGAGGAGTGGCATGATTT  668

seq1  GAGATGCTGGCAGCTCACCATGGCCACTGAGCAGCCAGAGCAAGAGGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGCTGGCAGCTCACCATGGCCACTGAGCAGCCAGAGCAAGAGGGAG  718

seq1  CCCTGGAAGGATATGGAGGCAGCAGGAGGCAGCAGGATGCCAGCTGTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGAAGGATATGGAGGCAGCAGGAGGCAGCAGGATGCCAGCTGTGAG  768

seq1  TCTTTCAGAGGAGAACAGAGTGGAAGCAGTCATGTGCAGGGACAGGGGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAGAGGAGAACAGAGTGGAAGCAGTCATGTGCAGGGACAGGGGCA  818

seq1  GTGATAGCAAGGAGAAAGTAAAAACTTCAGAGAACAGTGACCAGGAGGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAGCAAGGAGAAAGTAAAAACTTCAGAGAACAGTGACCAGGAGGTG  868

seq1  GCAACAAAAGTAACAAAACCCCAACCAAAGGCCAGAAGCAGTTTTTTTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAAAAGTAACAAAACCCCAACCAAAGGCCAGAAGCAGTTTTTTTGT  918

seq1  TAAGCCTTTGGTCAGCAACAGGCAAGAAAGAACTGTTCGCACTGTGGGCG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCTTTGGTCAGCAACAGGCAAGAAAGAACTGTTCGCACTGTGGGCG  968

seq1  CCAGGGCTGGTCCTCCTGTCAAAGCCCCCAATGCTTCCTTACATTTTTAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGCTGGTCCTCCTGTCAAAGCCCCCAATGCTTCCTTACATTTTTAT  1018

seq1  CATTTCTCAGCACACCCCCTGCCCCCACTTCCTTGCAGAGAGAGGCTTCT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTCAGCACACCCCCTGCCCCCACTTCCTTGCAGAGAGAGGCTTCT  1068

seq1  GACTGGCAGACTAAACACCATAAACTGTCTTCAATTTGGAAAGTGATAGG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGCAGACTAAACACCATAAACTGTCTTCAATTTGGAAAGTGATAGG  1118

seq1  AATTC  1155
      |||||
seq2  AATTC  1123

seq1: chr10_85921817_85922714
seq2: B6Ng01-300P16.g_67_964

seq1  GAATTCCAGAGCACCTAAGTGTCTTCTGAGAGAGCCTTCTCAAGGCACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAGCACCTAAGTGTCTTCTGAGAGAGCCTTCTCAAGGCACCT  50

seq1  TCAAGCCTGACCCTTCCTATAGAAGAAACAGAAGCTCTTTGGTATCTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCCTGACCCTTCCTATAGAAGAAACAGAAGCTCTTTGGTATCTGTC  100

seq1  TCTTCACTAATGAAATAACCATCTCACTGACCTTGCCATGTGCAAGGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCACTAATGAAATAACCATCTCACTGACCTTGCCATGTGCAAGGCAC  150

seq1  TATGCTCAAAACACTGGTCGTTAAAGAGGGAAGAAACAGCTTCATGGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTCAAAACACTGGTCGTTAAAGAGGGAAGAAACAGCTTCATGGTGG  200

seq1  AGATAATGTTGGAAGCACAAGATGGAAACTCAAGTGGAGACGTTGCATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATGTTGGAAGCACAAGATGGAAACTCAAGTGGAGACGTTGCATGT  250

seq1  GCTAAAAAAAAATTCACGTGAAAGAGATGAGAAAGGAACTCTTACTAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAAAAAAATTCACGTGAAAGAGATGAGAAAGGAACTCTTACTAGGG  300

seq1  GCTTCATCATACCTCCACCCCCGAGGTCAATGATGTAGGGACAGAGATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCATCATACCTCCACCCCCGAGGTCAATGATGTAGGGACAGAGATAG  350

seq1  TACAACCACTTACTTTACAAATAAAGAAACAGGCTTACAAGCAAGCTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACCACTTACTTTACAAATAAAGAAACAGGCTTACAAGCAAGCTGGC  400

seq1  CAAGACACAGAGATGGTGAGGGTAAAGTGTGGGCCTTAATTCTGAGCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACACAGAGATGGTGAGGGTAAAGTGTGGGCCTTAATTCTGAGCTGC  450

seq1  CACCTACTAGACTGGAATTCTCTAGAACTTAATCCTCTCCCCCCTTTAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTACTAGACTGGAATTCTCTAGAACTTAATCCTCTCCCCCCTTTAAT  500

seq1  TCTCATAGAAATACACAGCTGACGTGTGTTCCTGGGAGTGGCAACTTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATAGAAATACACAGCTGACGTGTGTTCCTGGGAGTGGCAACTTTAA  550

seq1  TATCAAGGCAGGTAAAGAGAATGGAAAAGTCTCTGCCTGGGCTCCCTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAGGCAGGTAAAGAGAATGGAAAAGTCTCTGCCTGGGCTCCCTTGG  600

seq1  TACTTTAAAAAGAGGAAAAATATTCTCTGGGTATCCAAGAACAATTTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTAAAAAGAGGAAAAATATTCTCTGGGTATCCAAGAACAATTTTTA  650

seq1  TAAAACATTCACTCTGCCAGTCTGAGATCATGAGTGTCTGGGTGCCTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACATTCACTCTGCCAGTCTGAGATCATGAGTGTCTGGGTGCCTTCA  700

seq1  AGGGCTCCTTTTCCTCCTGGCACCTTTACAGTCAACCACTCAAAGGGCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTCCTTTTCCTCCTGGCACCTTTACAGTCAACCACTCAAAGGGCTC  750

seq1  TGGCAGGGTGAGGCTGCCTGGGTGGGGTAGGGCACTTCCCTCCTGGGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGGTGAGGCTGCCTGGGTGGGGTAGGGCACTTCCCTCCTGGGTGA  800

seq1  GGTCACTGGTCTTCTGTGCTTGGCCAATGAGGTGTAAATGGAGTTCTGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACTGGTCTTCTGTGCTTGGCCAATGAGGTGTAAATGGAGTTCTGCC  850

seq1  ACCATTCTCTCAGCTGTCAGATGCTGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTCTCTCAGCTGTCAGATGCTGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  898