BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-302K17
Chromosome10 (Build37)
Map Location 88,538,374 - 88,681,247
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem16d
Upstream genePmch, 4930547N16Rik, EG626115, Nup37, Ccdc53, LOC667000, 1200002N14Rik, Gnptab, Sycp3, Chpt1, 8030451F13Rik, LOC667046, LOC627414, LOC100042998, EG435236, Spic, EG237433, Arl1, Utp20, Slc5a8
Downstream geneGas2l3, Nr1h4, EG627532, Slc17a8, Scyl2, Actr6, E030041M21Rik, E530015N03Rik, Anks1b, LOC100043039, LOC544719
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-302K17.bB6Ng01-302K17.g
ACCGA096660GA096661
length1,0551,132
definitionB6Ng01-302K17.b B6Ng01-302K17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,680,200 - 88,681,247)(88,538,374 - 88,539,497)
sequence
gaattctcccagatccatgtatcatgttcccaggatgcttatttggccct
ccatttctgggacctcagaagccctctctgatcctaacttactctttgtt
caatggaagaaaactttttatgaaacccatgactaaaactgcctttgaca
aatgatggacagggagagatgctggagtcagtcacaaagaatcaaacctg
ggtaaattctttgaaatgcctatttgagaaaccagcagtgcatggcaatg
tgtcttcttatgtaacccacagccccgtccatgtggaagttgtgtcaggt
gccaatttccacttgccagtttctcagaagcttaggtaaccattgctgtg
tgcagctaatgctgtgaatggatatttgagctcagtgacacaggctaatt
gttttatttctctgctctgcttcttgcttagatgtttgtttgacctcagc
tggccatccacctgagtcaaaactgctcaccttttgagatgtgctaagac
agttacatcccagcacaacaaaaatgaatttctggggccattttgagcta
ccctttcttaaagattccatcttaaatgcaacgtagcccaagggaccatg
tcagctactgctatcttccatacccatctcactcacctctgatacagaag
tcttcattagctagcacttgcaacacaagcaaagtgattatttagacact
tgtataaacaattcacttttagactttctagcagactgcctatcatggat
acctctaatcaagtaacaacaacaacaaaaaattcttaagattgaaactt
actttctttttcaaaaagtatgtctctgtgtggggtgaattcacataggt
aaggtatgtggatgtgcccacttgcatacacatatgtgcagatcagagga
gggtaccaaagtgtgcgtgtgtgtttatggtggatgcacatttttaaagt
gtgcacacctgtgtaagcatgttgaggtcagacggggatgctaagtatct
tttcttttgtccacctgtctgctttagttttgggaggacagtggtctgtt
tactg
gaattcagtgcagctgagtaacagctctcggtgtggacagaaacaaatga
actgcgggagaagtcaaaggtaaatcctcagtgggaaggaaggggcagct
ttgggcaaccagctgtgtcaccacgatctgaatggaatgtgatgacggtg
aagagcctgcacagtgggtgatgaaaatgattaattaattgaaaaatgaa
ggggaaaaggaagaatgaagtagaggggttggcttggcaggaatggtgaa
gctcttcttgttatcattgtgtctaaaatcatcttctagaatctgattct
atcagcaatgtcactaaccttcctgagttaagagttatgaaacagggtaa
cattaatgactggcaccatcattgtcaacatgatggtcatccttttggcc
tgcagggtggttagtaagcccgtaattgatgatgtatgtggaaaggtttg
gggacatttccagatacttagcaagcaccaatgctttttacagaagcaca
aaccaggaaagtggcagggggcaatagaactggatttttaaaaacactat
aaggctataaaccaagcccttgggaaacagtagctggattaagagttcaa
ggccagccccgggctacctgagattgtatgttataaaacaagaacaaaga
aataagcaaagcagaacactacaatgaaaggaaaacattaaaacattttt
ttttcaaataaaaagacacttgttgggcatagggatgttgggctggacca
ctgtgcagatgcaaaatggagcctggactctccaggttccagaagaccta
ttccgtgagatacgctgttcacagtaatagacaccagcagtcaaacaaag
ccagcagcccccatgattttctcctgcttggcagactgctcccaaaggtg
ttctcccgttagtgccaccaatttgtaaattagctctgtgatacaagagc
tttcgaagaaagaaggcaggggttgtaagggcttacagaggaacattctg
gatgagtcagatgggatcaaatttaacaacatgagaagttaagagggcca
gaggatcaatctctaagtgaggcaagagaagaacatcacaggaaggggag
atgagagcaaagaaccaattgtgaccctcatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_88680200_88681247
seq2: B6Ng01-302K17.b_48_1102 (reverse)

seq1  CAGT-AACAGA-CACTGT-CTCACAAAACTAAAGCAGACAG--TGACAAA  45
      |||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||   ||||||
seq2  CAGTAAACAGACCACTGTCCTCCCAAAACTAAAGCAGACAGGTGGACAAA  50

seq1  --GAAAGATACTTAGCATCCCCTTCTGACCTCAACATGCTTACACAGGTG  93
         ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGATACTTAGCATCCCCGTCTGACCTCAACATGCTTACACAGGTG  100

seq1  TGCACACTTTAAAAATGTGCATCCACCATAAACACACACGCACACTTTGG  143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACTTTAAAAATGTGCATCCACCATAAACACACACGCACACTTTGG  150

seq1  TACCCTCCTCTGATCTGCACATATGTGTATGCAAGTGGGCACATCCACAT  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTCCTCTGATCTGCACATATGTGTATGCAAGTGGGCACATCCACAT  200

seq1  ACCTTACCTATGTGAATTCACCCCACACAGAGACATACTTTTTGAAAAAG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTACCTATGTGAATTCACCCCACACAGAGACATACTTTTTGAAAAAG  250

seq1  AAAGTAAGTTTCAATCTTAAGAATTTTTTGTTGTTGTTGTTACTTGATTA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAAGTTTCAATCTTAAGAATTTTTTGTTGTTGTTGTTACTTGATTA  300

seq1  GAGGTATCCATGATAGGCAGTCTGCTAGAAAGTCTAAAAGTGAATTGTTT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTATCCATGATAGGCAGTCTGCTAGAAAGTCTAAAAGTGAATTGTTT  350

seq1  ATACAAGTGTCTAAATAATCACTTTGCTTGTGTTGCAAGTGCTAGCTAAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAGTGTCTAAATAATCACTTTGCTTGTGTTGCAAGTGCTAGCTAAT  400

seq1  GAAGACTTCTGTATCAGAGGTGAGTGAGATGGGTATGGAAGATAGCAGTA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTTCTGTATCAGAGGTGAGTGAGATGGGTATGGAAGATAGCAGTA  450

seq1  GCTGACATGGTCCCTTGGGCTACGTTGCATTTAAGATGGAATCTTTAAGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACATGGTCCCTTGGGCTACGTTGCATTTAAGATGGAATCTTTAAGA  500

seq1  AAGGGTAGCTCAAAATGGCCCCAGAAATTCATTTTTGTTGTGCTGGGATG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTAGCTCAAAATGGCCCCAGAAATTCATTTTTGTTGTGCTGGGATG  550

seq1  TAACTGTCTTAGCACATCTCAAAAGGTGAGCAGTTTTGACTCAGGTGGAT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGTCTTAGCACATCTCAAAAGGTGAGCAGTTTTGACTCAGGTGGAT  600

seq1  GGCCAGCTGAGGTCAAACAAACATCTAAGCAAGAAGCAGAGCAGAGAAAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCTGAGGTCAAACAAACATCTAAGCAAGAAGCAGAGCAGAGAAAT  650

seq1  AAAACAATTAGCCTGTGTCACTGAGCTCAAATATCCATTCACAGCATTAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAATTAGCCTGTGTCACTGAGCTCAAATATCCATTCACAGCATTAG  700

seq1  CTGCACACAGCAATGGTTACCTAAGCTTCTGAGAAACTGGCAAGTGGAAA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACACAGCAATGGTTACCTAAGCTTCTGAGAAACTGGCAAGTGGAAA  750

seq1  TTGGCACCTGACACAACTTCCACATGGACGGGGCTGTGGGTTACATAAGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCACCTGACACAACTTCCACATGGACGGGGCTGTGGGTTACATAAGA  800

seq1  AGACACATTGCCATGCACTGCTGGTTTCTCAAATAGGCATTTCAAAGAAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACATTGCCATGCACTGCTGGTTTCTCAAATAGGCATTTCAAAGAAT  850

seq1  TTACCCAGGTTTGATTCTTTGTGACTGACTCCAGCATCTCTCCCTGTCCA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCAGGTTTGATTCTTTGTGACTGACTCCAGCATCTCTCCCTGTCCA  900

seq1  TCATTTGTCAAAGGCAGTTTTAGTCATGGGTTTCATAAAAAGTTTTCTTC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGTCAAAGGCAGTTTTAGTCATGGGTTTCATAAAAAGTTTTCTTC  950

seq1  CATTGAACAAAGAGTAAGTTAGGATCAGAGAGGGCTTCTGAGGTCCCAGA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAACAAAGAGTAAGTTAGGATCAGAGAGGGCTTCTGAGGTCCCAGA  1000

seq1  AATGGAGGGCCAAATAAGCATCCTGGGAACATGATACATGGATCTGGGAG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGGGCCAAATAAGCATCCTGGGAACATGATACATGGATCTGGGAG  1050

seq1  AATTC  1048
      |||||
seq2  AATTC  1055

seq1: chr10_88538374_88539497
seq2: B6Ng01-302K17.g_70_1201

seq1  GAATTCAGTGCAGCTGAGTAACAGCTCTCGGTGTGGACAGAAACAAATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGCAGCTGAGTAACAGCTCTCGGTGTGGACAGAAACAAATGA  50

seq1  ACTGCGGGAGAAGTCAAAGGTAAATCCTCAGTGGGAAGGAAGGGGCAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCGGGAGAAGTCAAAGGTAAATCCTCAGTGGGAAGGAAGGGGCAGCT  100

seq1  TTGGGCAACCAGCTGTGTCACCACGATCTGAATGGAATGTGATGACGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCAACCAGCTGTGTCACCACGATCTGAATGGAATGTGATGACGGTG  150

seq1  AAGAGCCTGCACAGTGGGTGATGAAAATGATTAATTAATTGAAAAATGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCTGCACAGTGGGTGATGAAAATGATTAATTAATTGAAAAATGAA  200

seq1  GGGGAAAAGGAAGAATGAAGTAGAGGGGTTGGCTTGGCAGGAATGGTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAAGGAAGAATGAAGTAGAGGGGTTGGCTTGGCAGGAATGGTGAA  250

seq1  GCTCTTCTTGTTATCATTGTGTCTAAAATCATCTTCTAGAATCTGATTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTCTTGTTATCATTGTGTCTAAAATCATCTTCTAGAATCTGATTCT  300

seq1  ATCAGCAATGTCACTAACCTTCCTGAGTTAAGAGTTATGAAACAGGGTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCAATGTCACTAACCTTCCTGAGTTAAGAGTTATGAAACAGGGTAA  350

seq1  CATTAATGACTGGCACCATCATTGTCAACATGATGGTCATCCTTTTGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAATGACTGGCACCATCATTGTCAACATGATGGTCATCCTTTTGGCC  400

seq1  TGCAGGGTGGTTAGTAAGCCCGTAATTGATGATGTATGTGGAAAGGTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGTGGTTAGTAAGCCCGTAATTGATGATGTATGTGGAAAGGTTTG  450

seq1  GGGACATTTCCAGATACTTAGCAAGCACCAATGCTTTTTACAGAAGCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACATTTCCAGATACTTAGCAAGCACCAATGCTTTTTACAGAAGCACA  500

seq1  AACCAGGAAAGTGGCAGGGGGCAATAGAACTGGATTTTTAAAAACACTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGGAAAGTGGCAGGGGGCAATAGAACTGGATTTTTAAAAACACTAT  550

seq1  AAGGCTATAAACCAAGCCCTTGGGAAACAGTAGCTGGATTAAGAGTTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTATAAACCAAGCCCTTGGGAAACAGTAGCTGGATTAAGAGTTCAA  600

seq1  GGCCAGCCCCGGGCTACCTGAGATTGTATGTTATAAAACAAGAACAAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCCCCGGGCTACCTGAGATTGTATGTTATAAAACAAGAACAAAGA  650

seq1  AATAAGCAAAGCAGAACACTACAATGAAAGGAAAACATTAAAACATTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGCAAAGCAGAACACTACAATGAAAGGAAAACATTAAAACATTTTT  700

seq1  TTTTCAAATAAAAAGACACTTGTTGGGCATAGGGATGTTGGGCTGGACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAATAAAAAGACACTTGTTGGGCATAGGGATGTTGGGCTGGACCA  750

seq1  CTGTGCAGATGCAAAATGGAGCCTGGACTCTCCAGGTTCCAGAAGACCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCAGATGCAAAATGGAGCCTGGACTCTCCAGGTTCCAGAAGACCTA  800

seq1  TTCCGTGAGATACGCTGTTCACAGTAATAGACACCAGCAGTCAAACAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGTGAGATACGCTGTTCACAGTAATAGACACCAGCAGTCAAACAAAG  850

seq1  CCAGCAGCCCCCATGA-TTTCTCCTGCTTGGCAGACTGCTCCCAAAGGTG  899
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGCCCCCATGATTTTCTCCTGCTTGGCAGACTGCTCCCAAAGGTG  900

seq1  TTCTCCCGTTAGTGCCACCAATTTGTAAATTAGGCTCTGTGATACAAGAG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCGTTAGTGCCACCAATTTGTAAATTA-GCTCTGTGATACAAGAG  949

seq1  CTTTCGAAGAAAGAA-GCAGGGGTTGT-AGGGCTTACAGAAGAACATTCT  997
      ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  CTTTCGAAGAAAGAAGGCAGGGGTTGTAAGGGCTTACAGAGGAACATTCT  999

seq1  GGATGAGTCAGATGGGATCAAA-TTAACAACATGAGAAGTTAAGA-GGCC  1045
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGATGAGTCAGATGGGATCAAATTTAACAACATGAGAAGTTAAGAGGGCC  1049

seq1  AGAGGA-CCATCTCTAGGTGGAGGCAGGAGA--GACATCACA-GAAGGGG  1091
      |||||| | ||||||| || |||||| ||||   |||||||| |||||||
seq2  AGAGGATCAATCTCTAAGT-GAGGCAAGAGAAGAACATCACAGGAAGGGG  1098

seq1  AGATGAGAGCAAAAGAACAA-TGTGACCCTCATG  1124
      |||||||||||||  | ||| |||||||||||||
seq2  AGATGAGAGCAAAGAACCAATTGTGACCCTCATG  1132