BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-302O24
Chromosome10 (Build37)
Map Location 111,561,715 - 111,668,932
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGlipr1l3, Caps2
Upstream geneEG432502, LOC667904, Osbpl8, Bbs10, Nap1l1, EG382421, Phlda1, Krr1, Glipr1, EG639527, Glipr1l1, Glipr1l2, LOC627895
Downstream geneKcnc2, LOC100042639, 4921506J03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-302O24.bB6Ng01-302O24.g
ACCGA096860GA096861
length1,1541,133
definitionB6Ng01-302O24.b B6Ng01-302O24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,561,715 - 111,562,867)(111,667,793 - 111,668,932)
sequence
gaattctgtgtgaagttatcttttttaaaaaaaaaaaaaaagaaagaaat
ccacaacaaccctgaataatgtgtgtgtgagctttctattttgtgcagtt
ttggtttctgtattattttccaattaaaatattgagttctacagtattaa
gagtctcactggcatttcttatggttggctaattctgaagctatagataa
gcagtaatctaaatggaagggatttagccctaattgctttttatccataa
gcaagctaatagttattctcatttgttccttcattttacaaatatacatg
gaatacttataggtcagacgctgtgctagacactttgctacacaaataga
aatcccacagtgaacatcttcatttaactctctgtctagggtcattaaca
gggcctgtggccaactgtctggggattaggtctttaattggtattggatc
tcttccctgttttccaggccatctatgtgcttgacatttttttctttatg
tttgtgctgaaaacccaaacaaaacctgcaattgcatagtgggcaaaaag
aggccaaggaggtatctacaagtgatttctgccacgggactcaggacttg
ggagatgccttctgtgttctgtccagatggctggctacatagtctattgt
tattagctacccccactccaacaacaggaagcagtcatgaaagagagtta
agaaactggttcacacagtaacatggcagattaattattaactgacattt
aaattaaggaggaaatagaaagctcattactcaaaatgaatgccagatgt
taattcactaaactttatagtgcgatacaagacctctttcaaatgttagc
aagcatggtatagaggtaaagtcacactgacttcaggcttcgaggtaaat
tagaatggttctgatatttgggtaccgtgtgttgtttacatgatagacac
tgctgccagagtctcataagatgtgagctgaataaagactcagattctca
taatattataaaggtagtcaaaagaagttattttaataaaagctgtattt
gttacatgaactatagttgtccaaaaaaattatgtgtagccacaagctga
accagtggagtgtttttagaaaagatcaacagtactatgaaactccttta
tgta

gaattcaacgccgcaatgcattttaataaaaactttgaatttcaacctca
taattactaactcatcaaacttccaaactatgtgcgcagtggggagagtg
gtggtacctgcatctaattccagtatttgagagactctaaggaccaagaa
ttcaagtccagcctgacccatatatagcaaggccctctctcaaacaaatt
aaaccaaaaagtcacattgtggggggataagtagccaaccaaatttcagt
ttcaaacattaatgcttgtagcaggaaatattaaaaaatatctagccagc
atgttcccaccctagtggagtcatctctgccacatcagcctggccagcca
tgcactggtaagcaatgacctacctgtttttaatctcatggaaactgact
cagaactccacaatctctccacccagccctctaggttcccactggcttct
gccatggcctgaaggaaaacacaatacagactcagttcagaaacaatggc
aactcagtctctgggcataacaactaaaacccaatcctgtaagccttatt
aaaatctgattcctccaggaagatcccaagtagcagttatatcttaccca
tctctgtccccattccaaaaagaacctaacgctctcctgtttcctctctt
cctccacccaacccagaagtcctgcctacttgcccagtgattggttcctt
tattcattaagggattggttcacaagagcagcaccaggcccatccacaac
aaatgcctttggagagccatcgtgaattcttgcttgaaacaacaaccaaa
gctgtggttgcaggctgcttgctctggtgtggttgccttcagcatatctt
cagacacagtgatttctaacagctttgctattcctgtatcttttcttctg
atccggtgattcgagaactacaggaaaaggcaagatgcatcattgcaggt
cctataaatcatcttgatgcatggtgctttgagtggagcctctggagtca
gagttcttgctgagcaaaacaggtaaccaacatgagcagcctggctgctt
ggcctgcgcttccacagccaggcttgcagaagcttgacacttttctggtg
actggatgctgcgacttaaggtaaggaagagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_111561715_111562867
seq2: B6Ng01-302O24.b_47_1200

seq1  GAATTCTGTGTGAAGTTATCTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGTGAAGTTATCTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAT  50

seq1  CCACAACAACCCTGAATAATGTGTGTGTGAGCTTTCTATTTTGTGCAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAACAACCCTGAATAATGTGTGTGTGAGCTTTCTATTTTGTGCAGTT  100

seq1  TTGGTTTCTGTATTATTTTCCAATTAAAATATTGAGTTCTACAGTATTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTCTGTATTATTTTCCAATTAAAATATTGAGTTCTACAGTATTAA  150

seq1  GAGTCTCACTGGCATTTCTTATGGTTGGCTAATTCTGAAGCTATAGATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTCACTGGCATTTCTTATGGTTGGCTAATTCTGAAGCTATAGATAA  200

seq1  GCAGTAATCTAAATGGAAGGGATTTAGCCCTAATTGCTTTTTATCCATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAATCTAAATGGAAGGGATTTAGCCCTAATTGCTTTTTATCCATAA  250

seq1  GCAAGCTAATAGTTATTCTCATTTGTTCCTTCATTTTACAAATATACATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCTAATAGTTATTCTCATTTGTTCCTTCATTTTACAAATATACATG  300

seq1  GAATACTTATAGGTCAGACGCTGTGCTAGACACTTTGCTACACAAATAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACTTATAGGTCAGACGCTGTGCTAGACACTTTGCTACACAAATAGA  350

seq1  AATCCCACAGTGAACATCTTCATTTAACTCTCTGTCTAGGGTCATTAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCACAGTGAACATCTTCATTTAACTCTCTGTCTAGGGTCATTAACA  400

seq1  GGGCCTGTGGCCAACTGTCTGGGGATTAGGTCTTTAATTGGTATTGGATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTGTGGCCAACTGTCTGGGGATTAGGTCTTTAATTGGTATTGGATC  450

seq1  TCTTCCCTGTTTTCCAGGCCATCTATGTGCTTGACATTTTTTTCTTTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCTGTTTTCCAGGCCATCTATGTGCTTGACATTTTTTTCTTTATG  500

seq1  TTTGTGCTGAAAACCCAAACAAAACCTGCAATTGCATAGTGGGCAAAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGCTGAAAACCCAAACAAAACCTGCAATTGCATAGTGGGCAAAAAG  550

seq1  AGGCCAAGGAGGTATCTACAAGTGATTTCTGCCACGGGACTCAGGACTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAAGGAGGTATCTACAAGTGATTTCTGCCACGGGACTCAGGACTTG  600

seq1  GGAGATGCCTTCTGTGTTCTGTCCAGATGGCTGGCTACATAGTCTATTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGCCTTCTGTGTTCTGTCCAGATGGCTGGCTACATAGTCTATTGT  650

seq1  TATTAGCTACCCCCACTCCAACAACAGGAAGCAGTCATGAAAGAGAGTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGCTACCCCCACTCCAACAACAGGAAGCAGTCATGAAAGAGAGTTA  700

seq1  AGAAACTGGTTCACACAGTAACATGGCAGATTAATTATTAACTGACATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTGGTTCACACAGTAACATGGCAGATTAATTATTAACTGACATTT  750

seq1  AAATTAAGGAGGAAATAGAAAGCTCATTACTCAAAATGAATGCCAGATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAGGAGGAAATAGAAAGCTCATTACTCAAAATGAATGCCAGATGT  800

seq1  TAATTCACTAAACTTTATAGTGCGATACAAGACCTCTTTCAAATGTTAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCACTAAACTTTATAGTGCGATACAAGACCTCTTTCAAATGTTAGC  850

seq1  AAGCATGGTATAGAGGTAAAGTCACACTGACTTCAGGCTTCGAGGTAAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGGTATAGAGGTAAAGTCACACTGACTTCAGGCTTCGAGGTAAAT  900

seq1  TAGAATGGTTTCTGATATTT-GGTACCGTGTGTTTGTTTACATGATAGAC  949
      |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TAGAATGG-TTCTGATATTTGGGTACCGTGTG-TTGTTTACATGATAGAC  948

seq1  ACTGCTGCCAGAGTCTCAATAAGATGTGAGCTG-ATAAAGACTCAGATTC  998
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGCCAGAGTCTC-ATAAGATGTGAGCTGAATAAAGACTCAGATTC  997

seq1  TCATAATATTATAAAGGTAGTCAAAAGA--GTATTTTAAT-AAAGCTGTA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||
seq2  TCATAATATTATAAAGGTAGTCAAAAGAAGTTATTTTAATAAAAGCTGTA  1047

seq1  TTTGTTACATGACCTAATAGGTTGTCCAAAAAAAATATGTGTAGCCACAA  1095
      |||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  TTTGTTACATGAACT-ATA-GTTGTCCAAAAAAATTATGTGTAGCCAC-A  1094

seq1  AGCTG-ACCAGT-GAGTG-TTTTAG-AAAGATCAACAGTTAACTATGGAA  1141
      ||||| |||||| ||||| |||||| |||||||||||||  |||||| ||
seq2  AGCTGAACCAGTGGAGTGTTTTTAGAAAAGATCAACAGT--ACTATGAAA  1142

seq1  CTCCTTTATGTA  1153
      ||||||||||||
seq2  CTCCTTTATGTA  1154


seq1: chr10_111667793_111668932
seq2: B6Ng01-302O24.g_67_1199 (reverse)

seq1  TTCTCCTCCTTTCCTT-AGTCTGCAGCATCCAGTTCTACAGGAAAGGTTC  49
      ||||| ||||| |||| |||| ||||||||||| ||  ||| ||||  ||
seq2  TTCTCTTCCTTACCTTAAGTC-GCAGCATCCAG-TCACCAGAAAAGTGTC  48

seq1  TCAGCTTCTGCAGGCCT-GCTGTGGAAAGCGCA-GCCCAGCAGCCAGGCT  97
        |||||||||| |||| ||||||| ||||||| ||| ||||||||||||
seq2  -AAGCTTCTGCAAGCCTGGCTGTGG-AAGCGCAGGCCAAGCAGCCAGGCT  96

seq1  GCTTCATGTTGGTTACCTGGTTTTGGCCTCAGCAAGAACTCTGACTCCAG  147
      || ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| 
seq2  GC-TCATGTTGGTTACCT-GTTTTG--CTCAGCAAGAACTCTGACTCCA-  141

seq1  GAGGCTCCACCTCAAAGCACCATGCATCAAGATGATTTTATAGGACCTGC  197
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAGGCTCCA-CTCAAAGCACCATGCATCAAGATGA-TTTATAGGACCTGC  189

seq1  AATGATGCATCTTGCCTTTTCCTGTAGTTCTCGAATCACCGGATCAGAAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATGCATCTTGCCTTTTCCTGTAGTTCTCGAATCACCGGATCAGAAG  239

seq1  -AAAGATACAGGAATAGCAAAGCTGTTAGAAATCACTGTGTCTGAAGATA  296
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATACAGGAATAGCAAAGCTGTTAGAAATCACTGTGTCTGAAGATA  289

seq1  TGCTGAAGGCAACCACACCAGAGCAAGCAGCCTGCAACCACAGCTTTGGT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAAGGCAACCACACCAGAGCAAGCAGCCTGCAACCACAGCTTTGGT  339

seq1  TGTTGTTTCAAGCAAGAATTCACGATGGCTCTCCAAAGGCATTTGTTGTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTTCAAGCAAGAATTCACGATGGCTCTCCAAAGGCATTTGTTGTG  389

seq1  GATGGGCCTGGTGCTGCTCTTGTGAACCAATCCCTTAATGAATAAAGGAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGCCTGGTGCTGCTCTTGTGAACCAATCCCTTAATGAATAAAGGAA  439

seq1  CCAATCACTGGGCAAGTAGGCAGGACTTCTGGGTTGGGTGGAGGAAGAGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCACTGGGCAAGTAGGCAGGACTTCTGGGTTGGGTGGAGGAAGAGA  489

seq1  GGAAACAGGAGAGCGTTAGGTTCTTTTTGGAATGGGGACAGAGATGGGTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACAGGAGAGCGTTAGGTTCTTTTTGGAATGGGGACAGAGATGGGTA  539

seq1  AGATATAACTGCTACTTGGGATCTTCCTGGAGGAATCAGATTTTAATAAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATAACTGCTACTTGGGATCTTCCTGGAGGAATCAGATTTTAATAAG  589

seq1  GCTTACAGGATTGGGTTTTAGTTGTTATGCCCAGAGACTGAGTTGCCATT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACAGGATTGGGTTTTAGTTGTTATGCCCAGAGACTGAGTTGCCATT  639

seq1  GTTTCTGAACTGAGTCTGTATTGTGTTTTCCTTCAGGCCATGGCAGAAGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGAACTGAGTCTGTATTGTGTTTTCCTTCAGGCCATGGCAGAAGC  689

seq1  CAGTGGGAACCTAGAGGGCTGGGTGGAGAGATTGTGGAGTTCTGAGTCAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGGAACCTAGAGGGCTGGGTGGAGAGATTGTGGAGTTCTGAGTCAG  739

seq1  TTTCCATGAGATTAAAAACAGGTAGGTCATTGCTTACCAGTGCATGGCTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATGAGATTAAAAACAGGTAGGTCATTGCTTACCAGTGCATGGCTG  789

seq1  GCCAGGCTGATGTGGCAGAGATGACTCCACTAGGGTGGGAACATGCTGGC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGCTGATGTGGCAGAGATGACTCCACTAGGGTGGGAACATGCTGGC  839

seq1  TAGATATTTTTTAATATTTCCTGCTACAAGCATTAATGTTTGAAACTGAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATATTTTTTAATATTTCCTGCTACAAGCATTAATGTTTGAAACTGAA  889

seq1  ATTTGGTTGGCTACTTATCCCCCCACAATGTGACTTTTTGGTTTAATTTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGTTGGCTACTTATCCCCCCACAATGTGACTTTTTGGTTTAATTTG  939

seq1  TTTGAGAGAGGGCCTTGCTATATATGGGTCAGGCTGGACTTGAATTCTTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAGAGGGCCTTGCTATATATGGGTCAGGCTGGACTTGAATTCTTG  989

seq1  GTCCTTAGAGTCTCTCAAATACTGGAATTAGATGCAGGTACCACCACTCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTAGAGTCTCTCAAATACTGGAATTAGATGCAGGTACCACCACTCT  1039

seq1  CCCCACTGCGCACATAGTTTGGAAGTTTGATGAGTTAGTAATTATGAGGT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACTGCGCACATAGTTTGGAAGTTTGATGAGTTAGTAATTATGAGGT  1089

seq1  TGAAATTCAAAGTTTTTATTAAAATGCATTGCGGCGTTGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTCAAAGTTTTTATTAAAATGCATTGCGGCGTTGAATTC  1133


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |