BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305E17
Chromosome10 (Build37)
Map Location 73,682,351 - 73,814,265
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcdh15
Upstream geneLOC432471, LOC100039981, LOC623191
Downstream geneEG630453, EG623346, Gnaz, LOC100040057, Rab36, Bcr, Specc1l, LOC100040670, Adora2a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305E17.bB6Ng01-305E17.g
ACCGA098621GA098622
length2471,189
definitionB6Ng01-305E17.b B6Ng01-305E17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,682,351 - 73,682,603)(73,813,078 - 73,814,265)
sequence
cttctgcattgcccaggattggatgttacgtgaaactaaaaatcattgat
taaaaagaaatgtcattaccacagttgggttgaatcaatcaagacttatc
ctagttacaggcatcacctccccttaagcacaaatactgagaacagctaa
gctcactttgaaatctgggatgaggaggctttaggtcaagcatctgacaa
tgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtagtgtgattata
gaattccattctactgtcttggcagaaaatgcagatatctacaggagcag
agagttcatattttagtcaaagacaagaagctcttattataagatgaggg
cataactttcagatggagacataatcacacatgcaacacacaaggcttca
tggacagagcaagcattgatttgacttcatagaggaataaagaagaaaac
taaatcttgcatgagagagaaaagggacagaaggagctactgatgctgga
gtgtctgatcatgggataccatcaagttaaacttcttcttgacagtggga
tagtcaatatgtttaaagaagatcactgataatgatcaaatttttcaagt
tttctcatcctgtcctgccttcatctgtgttccctgccaaacccccatct
ttgcccttgtttcctctcctctcttgagttttcctaccacatgtgtgcat
gtgtgtatagccactgcaagactcgaagcccatcaggtccctctttccct
tcactttagttccagtgttttctccagacacaaggggttttaggaatcca
gtatagttttgttagaacaaatgaatattttaatgtacttatcaccatgt
ataattactatgtatatgtgtacacacacatacatatttacaatggaaaa
tttcctattaaagagcattatttagatatggactaagtactaacttggat
tccatggcaatagggatatgagatgatgccatattgtgtccatcaatttt
atggttatttaatgaggtacggctgtgatcagagactgttttcaaacctg
atagtagtaatacttcattccaggattaagcagtatttactcagttcagt
tgaaccaaataaacacattaatgaacatatagcactagattgaatgatgc
gttaatcttcagacattttaacccttaacttctgcctatctgtttgctct
taataaagccccaaacaaaagacccaagaatctgacaaaggactcttact
gtggttactatgaacttgtggacatgtccactaggctggaacagcgtaac
tgagtgttttttttattgggctggtgaggtcaatatcattcaaattttac
aattcctcagtggtctaaataaaaagaaacaggtgggcacctcccagtta
cgatgtttgctgccaaggtgttatatccataaactattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_73682351_73682603
seq2: B6Ng01-305E17.b_46_298

seq1  GAATTCCTTCTGCATTGCCCAGGATTGGATGTTACGTGAAACTAAAAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCTGCATTGCCCAGGATTGGATGTTACGTGAAACTAAAAATC  50

seq1  ATTGATTAAAAAGAAATGTCATTACCACAGTTGGGTTGAATCAATCAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTAAAAAGAAATGTCATTACCACAGTTGGGTTGAATCAATCAAGA  100

seq1  CTTATCCTAGTTACAGGCATCACCTCCCCTTAAGCACAAATACTGAGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCCTAGTTACAGGCATCACCTCCCCTTAAGCACAAATACTGAGAAC  150

seq1  AGCTAAGCTCACTTTGAAATCTGGGATGAGGAGGCTTTAGGTCAAGCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAGCTCACTTTGAAATCTGGGATGAGGAGGCTTTAGGTCAAGCATC  200

seq1  TGACAATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGTATGATT  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGACAATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGTGTGATT  250

seq1  ATA  253
      |||
seq2  ATA  253

seq1: chr10_73813078_73814265
seq2: B6Ng01-305E17.g_66_1254 (reverse)

seq1  CAATAG-TTATGGAT-TAACA-CTTGGCAGCAACAATCGTAACTGGGGAG  47
      |||||| |||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||| |||||
seq2  CAATAGTTTATGGATATAACACCTTGGCAGCAAACATCGTAACT-GGGAG  49

seq1  GTTCCCCACCTTGTTCTTTTTGGTTAGACCACTTGAG--ATTGT-AAATT  94
      | | |||||||  ||||||||  ||||||||| ||||  ||||| |||||
seq2  G-TGCCCACCTGTTTCTTTTTATTTAGACCAC-TGAGGAATTGTAAAATT  97

seq1  TGAATGATATTGAACCTCA-CAG-CCAATAAAAAAACAACTTCAGGTTTA  142
      |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||  || ||||  |||
seq2  TGAATGATATTG-ACCTCACCAGCCCAATAAAAAAAACAC-TCAG--TTA  143

seq1  CGCTGTTCCAGCCTAGT-GACATGTCCACAAGTTCATAGTAACCACAGTA  191
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGTTCCAGCCTAGTGGACATGTCCACAAGTTCATAGTAACCACAGTA  193

seq1  AGAGTCCTTTGTCAGATTCTTGGGTCTTTTGTTTGGGGCTTTATTAAGAG  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCCTTTGTCAGATTCTTGGGTCTTTTGTTTGGGGCTTTATTAAGAG  243

seq1  CAAACAGATAGGCAGAAGTTAAAGGGTTAAAATGTCTGAAGATTAACGCA  291
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGATAGGCAGAAGTT-AAGGGTTAAAATGTCTGAAGATTAACGCA  292

seq1  TCATTCAATCTAGTGCTATATGTTCATTAATGTGTTTATTTGGTTCAACT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCAATCTAGTGCTATATGTTCATTAATGTGTTTATTTGGTTCAACT  342

seq1  GAACTGAGTAAATACTGCTTAATCCTGGAATGAAGTATTACTACTATCAG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGAGTAAATACTGCTTAATCCTGGAATGAAGTATTACTACTATCAG  392

seq1  GTTTGAAAACAGTCTCTGATCACAGCCGTACCTCATTAAATAACCATAAA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAAAACAGTCTCTGATCACAGCCGTACCTCATTAAATAACCATAAA  442

seq1  ATTGATGGACACAATATGGCATCATCTCATATCCCTATTGCCATGGAATC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATGGACACAATATGGCATCATCTCATATCCCTATTGCCATGGAATC  492

seq1  CAAGTTAGTACTTAGTCCATATCTAAATAATGCTCTTTAATAGGAAATTT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTAGTACTTAGTCCATATCTAAATAATGCTCTTTAATAGGAAATTT  542

seq1  TCCATTGTAAATATGTATGTGTGTGTACACATATACATAGTAATTATACA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTGTAAATATGTATGTGTGTGTACACATATACATAGTAATTATACA  592

seq1  TGGTGATAAGTACATTAAAATATTCATTTGTTCTAACAAAACTATACTGG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGATAAGTACATTAAAATATTCATTTGTTCTAACAAAACTATACTGG  642

seq1  ATTCCTAAAACCCCTTGTGTCTGGAGAAAACACTGGAACTAAAGTGAAGG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTAAAACCCCTTGTGTCTGGAGAAAACACTGGAACTAAAGTGAAGG  692

seq1  GAAAGAGGGACCTGATGGGCTTCGAGTCTTGCAGTGGCTATACACACATG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGGGACCTGATGGGCTTCGAGTCTTGCAGTGGCTATACACACATG  742

seq1  CACACATGTGGTAGGAAAACTCAAGAGAGGAGAGGAAACAAGGGCAAAGA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGTGGTAGGAAAACTCAAGAGAGGAGAGGAAACAAGGGCAAAGA  792

seq1  TGGGGGTTTGGCAGGGAACACAGATGAAGGCAGGACAGGATGAGAAAACT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGTTTGGCAGGGAACACAGATGAAGGCAGGACAGGATGAGAAAACT  842

seq1  TGAAAAATTTGATCATTATCAGTGATCTTCTTTAAACATATTGACTATCC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAATTTGATCATTATCAGTGATCTTCTTTAAACATATTGACTATCC  892

seq1  CACTGTCAAGAAGAAGTTTAACTTGATGGTATCCCATGATCAGACACTCC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTCAAGAAGAAGTTTAACTTGATGGTATCCCATGATCAGACACTCC  942

seq1  AGCATCAGTAGCTCCTTCTGTCCCTTTTCTCTCTCATGCAAGATTTAGTT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCAGTAGCTCCTTCTGTCCCTTTTCTCTCTCATGCAAGATTTAGTT  992

seq1  TTCTTCTTTATTCCTCTATGAAGTCAAATCAATGCTTGCTCTGTCCATGA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTTTATTCCTCTATGAAGTCAAATCAATGCTTGCTCTGTCCATGA  1042

seq1  AGCCTTGTGTGTTGCATGTGTGATTATGTCTCCATCTGAAAGTTATGCCC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGTGTGTTGCATGTGTGATTATGTCTCCATCTGAAAGTTATGCCC  1092

seq1  TCATCTTATAATAAGAGCTTCTTGTCTTTGACTAAAATATGAACTCTCTG  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTATAATAAGAGCTTCTTGTCTTTGACTAAAATATGAACTCTCTG  1142

seq1  CTCCTGTAGATATCTGCATTTTCTGCCAAGACAGTAGAATGGAATTC  1188
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTAGATATCTGCATTTTCTGCCAAGACAGTAGAATGGAATTC  1189