BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-306A14
Chromosome10 (Build37)
Map Location 71,677,803 - 71,825,023
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040505
Upstream geneTfam, Ube2d1, LOC665472, Zcd1, Ipmk, LOC100039860, LOC216081, EG216082, LOC622812, EG327767, 1700049L16Rik
Downstream geneZwint, LOC432471, LOC544705
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-306A14.bB6Ng01-306A14.g
ACCGA099176GA099177
length1,1041,193
definitionB6Ng01-306A14.b B6Ng01-306A14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,823,914 - 71,825,023)(71,677,803 - 71,678,983)
sequence
gaattcaggagagataaggcacaggctttgtcatagggaaattttaccaa
gtagcaaaaatgacacataaatgctgtgctaatgtaatttattattttag
catcatctcagttaagagaccttttttttttttttcttttgagacagagt
cttataaattcttgctggcctggaactcaataactagtcaaaaatgacct
tgaacttctgttcctcctgcttcctactcctagaattatagacatgtgcc
acaatacctagcacacatgaactcaaatactttttgataagatctgaatg
tgtgaataatattaacactgtagcaaatgctaaaacttatttttatgtac
acccaacacgaacaactgtgctacattcaaatgaatggtttgcttaaggt
atcaatagatttaatgaataacatctatataccggaaatgagcttcaaca
agaaatatgcagaaatggttggcctctgagagcttaaagttaaatgcata
tttttgagccaaaattatttctacttgtgttaccactgtttgcagataag
ttagcatcctggcaagtttaaaacttaaatgggaaaataacatctgtgtt
catcttggtaatcactgtgctttcttctcagggcatcagaagagtaggtg
agatagtgatgtttcatgatttgtaaataaagcttagtccttatgaactg
tggtaaacagattgcctgagcaactacacttggaatcatgatgcaagctc
catggagatacagacaacagtatagtgataaacaggcattgtagactgcc
tgacatcaccagcatctgttgtgagctttacaggagaacttctaagatga
gtccctgccccagcaacttacctttccagggtcttagacgtgaaacaaga
tccaaaaccaattctgccataccttgctgtaaacaactatataatatggg
gaaacaaaccagtatttcagtgactcggggtcatcagtcatcagtagtga
taaacgggcattatacgagttattttcatgacttaaggataaagtatctg
acaggacagcttagagaacaagagtcactgattatggttggagcgaatac
agtt
gaattcttaaatgcttatttaaggtttgctgagatggctaaatgagtaaa
gtaaacggttgctaagaaccataagagggaaggagaagttgtacacacac
acactcacacacacacacacacatacttgggtatctacatcatacagagt
aaatgaataaatgcttttatttttcaaatctcatagtgctttatataatt
ttatgtttgagagcaatattattcattaaagttcttctgaagtcagggga
aaaatccaacctggaattttaaaatttttatctttttgaaatcattaaat
tatataggtgttatatcctgtgtcaattatggaaacttgattatatattt
tagaacagagagtaaactcttgataaatatacatatacccataacatata
aacatactcagtaaacaaatattaataagtagctatgtcatttccttaaa
tagcaaagcaacatttaaaacattctgtgtatgagtatttgcctgcatat
gtatatgtccacaatgtgcagtgtccatgatgtcatgaggagtgcatcag
atgcacttgaattggagttacagacaatgttgaggcaacatggggttgct
gagtacagattctgggttctctaccctgcaaatatctttttcaatttcat
gtcttcttattttgtgacccatcagaattgaccaaggctgtctgagtgac
tctctgttgaagattgatgggctcagtagatgatacccatctaaaaatgt
agagattttcctctctcttcttggatccatcattagccagtactcattag
taaaatcttcagccctgccatgactgattgttgatagagacaatcttttg
aaagcatacaaaatgaattattattattattgttatgattactatttttt
attaattcacattacaaattaatatggtgtcagttatttcctaaacagct
acttcttcaaataatcacacagaggccttttaattattttcaaagtttag
gccttagctgtgcagcagacttctcatctaagtttaaccctgcactactc
actccattaccacattgggttgagcttatacttcttcagaacattaggtc
acaacatctactgggtgaaggtgcctttctctttcttttgccagagtctt
tctcctctcaggaaatttccggtctatatctactctctgtgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_71823914_71825023
seq2: B6Ng01-306A14.b_47_1150 (reverse)

seq1  AACTGTATTCGCTCCAACCATAATCCAAGTGAACCTCTTG-TCTCTTAGC  49
      |||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||| ||||| |||
seq2  AACTGTATTCGCTCCAACCATAATC--AGTGA--CTCTTGTTCTCTAAGC  46

seq1  TGTTCCTTGTCAGATACTTTATCCTAAAGTCATGAAAAATAACTCGTATA  99
      |||  | |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  TGT--CCTGTCAGATACTTTATCCTTAAGTCATG-AAAATAACTCGTATA  93

seq1  ATGCCCGTTTAATCACTACTGATGACTGATGA-CCCGAGTCACTGAAAAT  148
      |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  ATGCCCGTTT-ATCACTACTGATGACTGATGACCCCGAGTCACTG-AAAT  141

seq1  ACTGGTTTGTTT-CCCATATTATATAGTTGTTTACAGCAAGGTATGGCAG  197
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTTTGTTTCCCCATATTATATAGTTGTTTACAGCAAGGTATGGCAG  191

seq1  AATTGGTTTTGGATCTTGTTTCACGTCTAAGACCCTGGAAAGGTAAGTTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGTTTTGGATCTTGTTTCACGTCTAAGACCCTGGAAAGGTAAGTTG  241

seq1  CTGGGGCAGGGACTCATCTTAGAAGTTCTCCTGTAAAGCTCACAACAGAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGCAGGGACTCATCTTAGAAGTTCTCCTGTAAAGCTCACAACAGAT  291

seq1  GCTGGTGATGTCAGGCAGTCTACAATGCCTGTTTATCACTATACTGTTGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTGATGTCAGGCAGTCTACAATGCCTGTTTATCACTATACTGTTGT  341

seq1  CTGTATCTCCATGGAGCTTGCATCATGATTCCAAGTGTAGTTGCTCAGGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATCTCCATGGAGCTTGCATCATGATTCCAAGTGTAGTTGCTCAGGC  391

seq1  AATCTGTTTACCACAGTTCATAAGGACTAAGCTTTATTTACAAATCATGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGTTTACCACAGTTCATAAGGACTAAGCTTTATTTACAAATCATGA  441

seq1  AACATCACTATCTCACCTACTCTTCTGATGCCCTGAGAAGAAAGCACAGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCACTATCTCACCTACTCTTCTGATGCCCTGAGAAGAAAGCACAGT  491

seq1  GATTACCAAGATGAACACAGATGTTATTTTCCCATTTAAGTTTTAAACTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACCAAGATGAACACAGATGTTATTTTCCCATTTAAGTTTTAAACTT  541

seq1  GCCAGGATGCTAACTTATCTGCAAACAGTGGTAACACAAGTAGAAATAAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGATGCTAACTTATCTGCAAACAGTGGTAACACAAGTAGAAATAAT  591

seq1  TTTGGCTCAAAAATATGCATTTAACTTTAAGCTCTCAGAGGCCAACCATT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTCAAAAATATGCATTTAACTTTAAGCTCTCAGAGGCCAACCATT  641

seq1  TCTGCATATTTCTTGTTGAAGCTCATTTCCGGTATATAGATGTTATTCAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATATTTCTTGTTGAAGCTCATTTCCGGTATATAGATGTTATTCAT  691

seq1  TAAATCTATTGATACCTTAAGCAAACCATTCATTTGAATGTAGCACAGTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCTATTGATACCTTAAGCAAACCATTCATTTGAATGTAGCACAGTT  741

seq1  GTTCGTGTTGGGTGTACATAAAAATAAGTTTTAGCATTTGCTACAGTGTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCGTGTTGGGTGTACATAAAAATAAGTTTTAGCATTTGCTACAGTGTT  791

seq1  AATATTATTCACACATTCAGATCTTATCAAAAAGTATTTGAGTTCATGTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTATTCACACATTCAGATCTTATCAAAAAGTATTTGAGTTCATGTG  841

seq1  TGCTAGGTATTGTGGCACATGTCTATAATTCTAGGAGTAGGAAGCAGGAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGGTATTGTGGCACATGTCTATAATTCTAGGAGTAGGAAGCAGGAG  891

seq1  GAACAGAAGTTCAAGGTCATTTTTGACTAGTTATTGAGTTCCAGGCCAGC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGAAGTTCAAGGTCATTTTTGACTAGTTATTGAGTTCCAGGCCAGC  941

seq1  AAGAATTTATAAGACTCTGTCTCAAAAGAAAAAAAAAAAAAAGGTCTCTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTTATAAGACTCTGTCTCAAAAGAAAAAAAAAAAAAAGGTCTCTT  991

seq1  AACTGAGATGATGCTAAAATAATAAATTACATTAGCACAGCATTTATGTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGATGATGCTAAAATAATAAATTACATTAGCACAGCATTTATGTG  1041

seq1  TCATTTTTGCTACTTGGTAAAATTTCCCTATGACAAAGCCTGTGCCTTAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTTGCTACTTGGTAAAATTTCCCTATGACAAAGCCTGTGCCTTAT  1091

seq1  CTCTCCTGAATTC  1110
      |||||||||||||
seq2  CTCTCCTGAATTC  1104

seq1: chr10_71677803_71678983
seq2: B6Ng01-306A14.g_67_1259

seq1  GAATTCTTAAATGCTTATTTAAGGTTTGCTGAGATGGCTAAATGAGTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAATGCTTATTTAAGGTTTGCTGAGATGGCTAAATGAGTAAA  50

seq1  GTAAACGGTTGCTAAGAACCATAAGAGGGAAGGAGAAGTTGTACACACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACGGTTGCTAAGAACCATAAGAGGGAAGGAGAAGTTGTACACACAC  100

seq1  ACACTCACACACACACACACACATACTTGGGTATCTACATCATACAGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCACACACACACACACACATACTTGGGTATCTACATCATACAGAGT  150

seq1  AAATGAATAAATGCTTTTATTTTTCAAATCTCATAGTGCTTTATATAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAATAAATGCTTTTATTTTTCAAATCTCATAGTGCTTTATATAATT  200

seq1  TTATGTTTGAGAGCAATATTATTCATTAAAGTTCTTCTGAAGTCAGGGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTTGAGAGCAATATTATTCATTAAAGTTCTTCTGAAGTCAGGGGA  250

seq1  AAAATCCAACCTGGAATTTTAAAATTTTTATCTTTTTGAAATCATTAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCAACCTGGAATTTTAAAATTTTTATCTTTTTGAAATCATTAAAT  300

seq1  TATATAGGTGTTATATCCTGTGTCAATTATGGAAACTTGATTATATATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGGTGTTATATCCTGTGTCAATTATGGAAACTTGATTATATATTT  350

seq1  TAGAACAGAGAGTAAACTCTTGATAAATATACATATACCCATAACATATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACAGAGAGTAAACTCTTGATAAATATACATATACCCATAACATATA  400

seq1  AACATACTCAGTAAACAAATATTAATAAGTAGCTATGTCATTTCCTTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATACTCAGTAAACAAATATTAATAAGTAGCTATGTCATTTCCTTAAA  450

seq1  TAGCAAAGCAACATTTAAAACATTCTGTGTATGAGTATTTGCCTGCATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAAGCAACATTTAAAACATTCTGTGTATGAGTATTTGCCTGCATAT  500

seq1  GTATATGTCCACAATGTGCAGTGTCCATGATGTCATGAGGAGTGCATCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGTCCACAATGTGCAGTGTCCATGATGTCATGAGGAGTGCATCAG  550

seq1  ATGCACTTGAATTGGAGTTACAGACAATGTTGAGGCAACATGGGGTTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACTTGAATTGGAGTTACAGACAATGTTGAGGCAACATGGGGTTGCT  600

seq1  GAGTACAGATTCTGGGTTCTCTACCCTGCAAATATCTTTTTCAATTTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACAGATTCTGGGTTCTCTACCCTGCAAATATCTTTTTCAATTTCAT  650

seq1  GTCTTCTTATTTTGTGACCCATCAGAATTGACCAAGGCTGTCTGAGTGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTTATTTTGTGACCCATCAGAATTGACCAAGGCTGTCTGAGTGAC  700

seq1  TCTCTGTTGAAGATTGATGGGCTCAGTAGATGATACCCATCTAAAAATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTTGAAGATTGATGGGCTCAGTAGATGATACCCATCTAAAAATGT  750

seq1  AGAGATTTTCCTCTCTCTTCTTGGATCCATCATTAGCCAGTACTCATTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTTTCCTCTCTCTTCTTGGATCCATCATTAGCCAGTACTCATTAG  800

seq1  TAAAATCTTCAGCCCTGCCATGACTGATTGTTGATAGAGACAATCTTTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCTTCAGCCCTGCCATGACTGATTGTTGATAGAGACAATCTTTTG  850

seq1  AAAGCATACAAAATGAATTATTATTATTATTGTTATGATTACTA-TTTTT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAAGCATACAAAATGAATTATTATTATTATTGTTATGATTACTATTTTTT  900

seq1  ATTAATTCACATTACAAATTAATATGGTGTCAGTTATTTCCTAACCAGCT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATTAATTCACATTACAAATTAATATGGTGTCAGTTATTTCCTAAACAGCT  950

seq1  ACTTCTCCAAATAATCACACAGAGGCCTTTTAAT--ATTTCAAAGTTTAG  997
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||
seq2  ACTTCTTCAAATAATCACACAGAGGCCTTTTAATTATTTTCAAAGTTTAG  1000

seq1  GCCTTAGCTGTGCAGCAGAC-TCTCATCTAAG-TTAACCCTGCCACCTAA  1045
      |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||   |
seq2  GCCTTAGCTGTGCAGCAGACTTCTCATCTAAGTTTAACCCTG-CAC--TA  1047

seq1  CTCACTCCATTAACCACAT---GGTGAGC-TATACCTC-TCAGAACCATA  1090
      ||||||||||| |||||||   | ||||| ||||| || |||||||  ||
seq2  CTCACTCCATT-ACCACATTGGGTTGAGCTTATACTTCTTCAGAACATTA  1096

seq1  -GTCACAACCATCTACT-GGTGAAAGTGCCTTCCTCTTTCTTTTTCCCAG  1138
       ||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||| |||| ||||
seq2  GGTCACAA-CATCTACTGGGTGAAGGTGCCTTTCTCTTTC-TTTTGCCAG  1144

seq1  AGTTCTTCTCCCTCCCAGGAAATT--CTGTCTAT-----CTCTCTCTGCT  1181
      |||  |||| |||| |||||||||  | ||||||     |||||| ||||
seq2  AGTCTTTCT-CCTCTCAGGAAATTTCCGGTCTATATCTACTCTCTGTGCT  1193