BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308F05
Chromosome10 (Build37)
Map Location 87,793,521 - 87,975,251
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1200002N14Rik, Gnptab, Sycp3, Chpt1
Upstream geneAscl1, Pah, LOC100041517, ENSMUSG00000058934, Igf1, Tyms-ps, Pmch, 4930547N16Rik, EG626115, Nup37, Ccdc53, LOC667000
Downstream gene8030451F13Rik, LOC667046, LOC627414, LOC100042998, EG435236, Spic, EG237433, Arl1, Utp20, Slc5a8, Tmem16d, Gas2l3, Nr1h4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308F05.bB6Ng01-308F05.g
ACCGA100856GA100857
length1,0871,160
definitionB6Ng01-308F05.b B6Ng01-308F05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,793,521 - 87,794,591)(87,974,080 - 87,975,251)
sequence
ggaattcaatcagctcctccttcccctgcccctcccccttcacattctgc
aaagctcagcacttctccctttctcagaataaaagcagccgaaagcatag
acgatcccttggccatctaatgaccatactcctgcttctactagtttcaa
agtctattgattcatctatttacccttagctccctcttgagggcacttgg
tgtagatgttcggttaaacagacttagtctcagaaatattaaagtcccgt
tagatgaagccagagaacaggttgtgctaggcagaagagagccaggaaca
gcaacagctcagatgaaaagacatccgttcatatgcactggcatctgggg
agccagaggtcagcttcagctgagttttgaagtttgaagacctctctata
gtagccccaagcccacagaactataatgcattaagtttaaatttgctggt
agccacatttttaaaactaaaaagaaggcaggacatggtggcacatgccc
ttaatcccagtacttgggaggcagaagcagtcagatctcttgagagctcc
aggccagcctgaactacaaagcaagttctaggatagccagggctgttata
cagagaaactctgtctcaaaaacaaacaaacaaacaaacacatgcaacaa
caacaacaatgataatgaggaagctggcagatggtggctcacatctttaa
tcccagcactttggaggcagaggcaggcagatctttgagagtttgaggcc
agcctgatctacagagcaagttctaggacagccagggctacacagatgag
aaacctcatctcccaaagcaaatgaaaaaattaaatagtaatttctaatt
taacccaacttactaaaatactgtgactatagtaatattgatatatttat
ttgatgttattttatatagtgataggtaacatatatcctattttacccta
atatgtcaaatgatattaattatgatgacacaggagacatgttctcattt
gttaagagtggtgtgtttgttccttccaggaggacatgaaattttgtgtc
cccagcactcacatggtcgagcagctaacaagctcct
gaattctagaagagacctaggctgaggaagaaggtcagctggatgctttc
tctctctgcctctcagagctaacaggctttcatcccagcatttctcctga
gtcttcattggtagaattgaatgattgagattttgttaaaaaaaaaaaaa
cagaaacagaaacaaacaaacaaaaccatccaatcccatcaccatataaa
attaactgccataccctgtcatgtactaattttatgtctattccttttga
aagatctggacagttctgctactcggttgaatttggcagaaaggaccccc
tgtactttctagagttttactctgggattctcaaggcatagacagtttcc
tccacaggtcagggagggactctacagacccatgcacacattcctgctgg
caacacttctcatggcccccttttcttatagagtgtatttcttgactcta
ttgggacgtttctctgaatccaaatccccacaggggcgccttatagccaa
tatactcaccccaaggccgaatgtttgacctatagtcacctgtgtgtcag
gaagctggggacagagatgtgactagaattggccagagacttgggcacct
aggccctctctgtgcgtggctacctataacagttgactaaggtaaatgac
ccctgttgttggttccttatttctgtggattccaataaattagtattcct
gcatcaaagattcaggttcctgctacaagactttgtgaaaatccttcaca
atgaaatgttgataaaggattagagagacaaatgcattagtgagacaacc
tgtcgtccagattctgagcattgtcattgctctgttaatagttgcctggt
gctccttgtgtgttcccagacacactgactggacaacgtccgaagtaagt
tacaaggggcaaactaccagggcacaggtagaacgaggacacagaagtgc
ttagggcattgggtgactcaaatattgtcattaggaaacactgtcctatt
ctacgtatcggcacaggtacctttttctcctgagcatattgacattacct
ctgtttttctgaatggggcgagtagtccccaaggcagcgatcaacactgc
cttttctttcttcaccgcatccgatcttagagccagaacaatcttcaaga
aggttagata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_87793521_87794591
seq2: B6Ng01-308F05.b_49_1134

seq1  GAATTCAATCAGCTCCTCCTTCCCCTGCCCCTCCCCCTTCACATTCTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCAGCTCCTCCTTCCCCTGCCCCTCCCCCTTCACATTCTGCA  50

seq1  AAGCTCAGCACTTCTCCCTTTCTCAGAATAAAAGCAGCCGAAAGCATAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCAGCACTTCTCCCTTTCTCAGAATAAAAGCAGCCGAAAGCATAGA  100

seq1  CGATCCCTTGGCCATCTAATGACCATACTCCTGCTTCTACTAGTTTCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCCCTTGGCCATCTAATGACCATACTCCTGCTTCTACTAGTTTCAAA  150

seq1  GTCTATTGATTCATCTATTTACCCTTAGCTCCCTCTTGAGGGCACTTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATTGATTCATCTATTTACCCTTAGCTCCCTCTTGAGGGCACTTGGT  200

seq1  GTAGATGTTCGGTTAAACAGACTTAGTCTCAGAAATATTAAAGTCCCGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATGTTCGGTTAAACAGACTTAGTCTCAGAAATATTAAAGTCCCGTT  250

seq1  AGATGAAGCCAGAGAACAGGTTGTGCTAGGCAGAAGAGAGCCAGGAACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAAGCCAGAGAACAGGTTGTGCTAGGCAGAAGAGAGCCAGGAACAG  300

seq1  CAACAGCTCAGATGAAAAGACATCCGTTCATATGCACTGGCATCTGGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGCTCAGATGAAAAGACATCCGTTCATATGCACTGGCATCTGGGGA  350

seq1  GCCAGAGGTCAGCTTCAGCTGAGTTTTGAAGTTTGAAGACCTCTCTATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAGGTCAGCTTCAGCTGAGTTTTGAAGTTTGAAGACCTCTCTATAG  400

seq1  TAGCCCCAAGCCCACAGAACTATAATGCATTAAGTTTAAATTTGCTGGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCCAAGCCCACAGAACTATAATGCATTAAGTTTAAATTTGCTGGTA  450

seq1  GCCACATTTTTAAAACTAAAAAGAAGGCAGGACATGGTGGCACATGCCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACATTTTTAAAACTAAAAAGAAGGCAGGACATGGTGGCACATGCCCT  500

seq1  TAATCCCAGTACTTGGGAGGCAGAAGCAGTCAGATCTCTTGAGAGCTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCCAGTACTTGGGAGGCAGAAGCAGTCAGATCTCTTGAGAGCTCCA  550

seq1  GGCCAGCCTGAACTACAAAGCAAGTTCTAGGATAGCCAGGGCTGTTATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCCTGAACTACAAAGCAAGTTCTAGGATAGCCAGGGCTGTTATAC  600

seq1  AGAGAAACTCTGTCTCAAAAACAAACAAACAAACAAACACATGCAACAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAACTCTGTCTCAAAAACAAACAAACAAACAAACACATGCAACAAC  650

seq1  AACAACAATGATAATGAGGAAGCTGGCAGATGGTGGCTCACATCTTTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAATGATAATGAGGAAGCTGGCAGATGGTGGCTCACATCTTTAAT  700

seq1  CCCAGCACTTTGGAGGCAGAGGCAGGCAGATCTTTGAGAGTTTGAGGCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCACTTTGGAGGCAGAGGCAGGCAGATCTTTGAGAGTTTGAGGCCA  750

seq1  GCCTGATCTACAGAGCAAGTTCTAGGACAGCCAGGGCTACACAGATGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGATCTACAGAGCAAGTTCTAGGACAGCCAGGGCTACACAGATGAGA  800

seq1  AACCTCATCTCCAAAAGCAAATGAAAAAATTAAATAGTAA-TTCTAATTT  849
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AACCTCATCTCCCAAAGCAAATGAAAAAATTAAATAGTAATTTCTAATTT  850

seq1  AACCCAACTTACTAAAATACTGTGACTATAGTAATATTGATATA-TTATT  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AACCCAACTTACTAAAATACTGTGACTATAGTAATATTGATATATTTATT  900

seq1  TGATGTTATTTTATATAGTGATAGGTAACATATATCCTA-TTTACCCTAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGATGTTATTTTATATAGTGATAGGTAACATATATCCTATTTTACCCTAA  950

seq1  TATGTCAAATGATATTAATTATGATGACACAGGAGACATG-TCTCA-TTG  995
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  TATGTCAAATGATATTAATTATGATGACACAGGAGACATGTTCTCATTTG  1000

seq1  TTAAGAGT-GTGTG-TTGTTCC-TCCA-GAGGACATGAA--TTTG-GTCC  1038
      |||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||  |||| ||||
seq2  TTAAGAGTGGTGTGTTTGTTCCTTCCAGGAGGACATGAAATTTTGTGTCC  1050

seq1  CCAGCA--CACATGG-CGAGCAGCTAACAACCTCCT  1071
      ||||||  ||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  CCAGCACTCACATGGTCGAGCAGCTAACAAGCTCCT  1086

seq1: chr10_87974080_87975251
seq2: B6Ng01-308F05.g_67_1226 (reverse)

seq1  TATCTAACTTCTTTGAAGATGTTTTCCTGGGCTCTAAGATTGGAGTGCGG  50
      |||||||| |  |||||||| | |||   ||||||||||| ||| ||| |
seq2  TATCTAACCTTCTTGAAGAT-TGTTC--TGGCTCTAAGATCGGA-TGC-G  45

seq1  GTGAAGGAAAAAGAAAAGCAGGTGTGAATCGCTTGCCTTGGGGAACTAAC  100
      ||||||   |||||||||   ||||  ||||| |||||||||| ||||  
seq2  GTGAAG---AAAGAAAAGGCAGTGTTGATCGC-TGCCTTGGGG-ACTA--  88

seq1  CTCGCCCCA-TCAG-AAAACAGAGGTAATGTCAATATTGCTCAGGAG-AA  147
      ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  CTCGCCCCATTCAGAAAAACAGAGGTAATGTCAATA-TGCTCAGGAGAAA  137

seq1  AAGGTACCTGTGCCGGATACGTAGGAATAGGACAGTGTTTCCTTAATGAC  197
      |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAGGTACCTGTGCC-GATACGTA-GAATAGGACAGTGTTTCC-TAATGAC  184

seq1  -ATATTTGAGTCACCCAATGCCCTAAGCACTTCTGTGTCCTCGTTCTACC  246
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTGAGTCACCCAATGCCCTAAGCACTTCTGTGTCCTCGTTCTACC  234

seq1  TGTGCCCTGGTAGTTTGCCCCTTGTAACTTACTTCGGACGTTGTCCAGTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCCTGGTAGTTTGCCCCTTGTAACTTACTTCGGACGTTGTCCAGTC  284

seq1  AGTGTGTCTGGGAACACACAAGGAGCACCAGGCAACTATTAACAGAGCAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTCTGGGAACACACAAGGAGCACCAGGCAACTATTAACAGAGCAA  334

seq1  TGACAATGCTCAGAATCTGGACGACAGGTTGTCTCACTAATGCATTTGTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAATGCTCAGAATCTGGACGACAGGTTGTCTCACTAATGCATTTGTC  384

seq1  TCTCTAATCCTTTATCAACATTTCATTGTGAAGGATTTTCACAAAGTCTT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAATCCTTTATCAACATTTCATTGTGAAGGATTTTCACAAAGTCTT  434

seq1  GTAGCAGGAACCTGAATCTTTGATGCAGGAATACTAATTTATTGGAATCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGGAACCTGAATCTTTGATGCAGGAATACTAATTTATTGGAATCC  484

seq1  ACAGAAATAAGGAACCAACAACAGGGGTCATTTACCTTAGTCAACTGTTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAATAAGGAACCAACAACAGGGGTCATTTACCTTAGTCAACTGTTA  534

seq1  TAGGTAGCCACGCACAGAGAGGGCCTAGGTGCCCAAGTCTCTGGCCAATT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAGCCACGCACAGAGAGGGCCTAGGTGCCCAAGTCTCTGGCCAATT  584

seq1  CTAGTCACATCTCTGTCCCCAGCTTCCTGACACACAGGTGACTATAGGTC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCACATCTCTGTCCCCAGCTTCCTGACACACAGGTGACTATAGGTC  634

seq1  AAACATTCGGCCTTGGGGTGAGTATATTGGCTATAAGGCGCCCCTGTGGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTCGGCCTTGGGGTGAGTATATTGGCTATAAGGCGCCCCTGTGGG  684

seq1  GATTTGGATTCAGAGAAACGTCCCAATAGAGTCAAGAAATACACTCTATA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGGATTCAGAGAAACGTCCCAATAGAGTCAAGAAATACACTCTATA  734

seq1  AGAAAAGGGGGCCATGAGAAGTGTTGCCAGCAGGAATGTGTGCATGGGTC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGGGGGCCATGAGAAGTGTTGCCAGCAGGAATGTGTGCATGGGTC  784

seq1  TGTAGAGTCCCTCCCTGACCTGTGGAGGAAACTGTCTATGCCTTGAGAAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAGTCCCTCCCTGACCTGTGGAGGAAACTGTCTATGCCTTGAGAAT  834

seq1  CCCAGAGTAAAACTCTAGAAAGTACAGGGGGTCCTTTCTGCCAAATTCAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGTAAAACTCTAGAAAGTACAGGGGGTCCTTTCTGCCAAATTCAA  884

seq1  CCGAGTAGCAGAACTGTCCAGATCTTTCAAAAGGAATAGACATAAAATTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGTAGCAGAACTGTCCAGATCTTTCAAAAGGAATAGACATAAAATTA  934

seq1  GTACATGACAGGGTATGGCAGTTAATTTTATATGGTGATGGGATTGGATG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGACAGGGTATGGCAGTTAATTTTATATGGTGATGGGATTGGATG  984

seq1  GTTTTGTTTGTTTGTTTCTGTTTCTGTTTTTTTTTTTTTAACAAAATCTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTTGTTTGTTTCTGTTTCTGTTTTTTTTTTTTTAACAAAATCTC  1034

seq1  AATCATTCAATTCTACCAATGAAGACTCAGGAGAAATGCTGGGATGAAAG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATTCAATTCTACCAATGAAGACTCAGGAGAAATGCTGGGATGAAAG  1084

seq1  CCTGTTAGCTCTGAGAGGCAGAGAGAGAAAGCATCCAGCTGACCTTCTTC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTAGCTCTGAGAGGCAGAGAGAGAAAGCATCCAGCTGACCTTCTTC  1134

seq1  CTCAGCCTAGGTCTCTTCTAGAATTC  1172
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCTAGGTCTCTTCTAGAATTC  1160