BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308I21
Chromosome10 (Build37)
Map Location 99,328,778 - 99,428,993
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAtp2b1, Wdr51b, Galnt4, Dusp6, LOC100042222, Gad1-ps, LOC100042232, LOC667502, Csl, LOC100042246
Downstream geneKitl, LOC100043208, LOC100043211, EG667532, LOC670007, LOC235966, LOC667556, LOC100043224, LOC100043227, LOC100043231, LOC100043235, LOC667580, LOC100043239, LOC100043242, LOC100043244, LOC667607, LOC100043247, EG213051, Tmtc3, 4930430F08Rik, 1700017N19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308I21.bB6Ng01-308I21.g
ACCGA101025GA101026
length1,0921,094
definitionB6Ng01-308I21.b B6Ng01-308I21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,328,778 - 99,329,881)(99,427,884 - 99,428,993)
sequence
gaattcttctttttgtgcttagctctaatctctgcttgctatataaatga
ccacttcattagaatatgtaaaaatgtcagtccacagtctttctatcctt
gtgtacatatctaactagctcaattagctatattatctgttgatacaaag
aaatttccaaacagcaacaaaagaaacatttaaaaaatgtcaatcaataa
tggaattgctgccaaagaagtaaagaaatagatgaacattctctaaactg
taagagggacctctacctattcacagccttatatactctatttaccatgt
ataaatttttatctgtatcggatattaaatttagggcttcatgcatgata
actaaaggctctaccaaagagctacatccccatgcttcctattggatttc
aattcatttagttgcccaggctgtccttgattaactcttcagcctggcaa
gccatcaaacttcagtccttctgcctcagcttcccgcatccttagaacca
caggcctgatctgacattcttctgggtctgagagtgctatgaaatccacc
attgttactgactttttaaaagctatgatagagagctgaagaaatgcctt
agcacagtggctctcaacctccctcatgctgagaccctttagtacagctc
cttatgttgtactgatcccaaccataaaattactttcattgctatttcat
aactgtaattttgctactgttatgaatcatagtgtaaatatctgatatgc
ggatggtcttgggcgatctcggtgaaagggccattcgacccctgaaagga
gttgtaacttacaggttgagaaactggttagcagttaagaacactgtctg
ctctgccagaggatccagaatcaattcccagcactctcgtggtagcttac
gtagagtagggttctctgtacctacacattagaagacctgcttttttctg
gtctcccggggaaccaggcacacatgtggttcacagacatatttgcagca
aaacattcatacatataaaaataaatcaatcataaaaatgatactaaact
ggacatgatgagcatctctggatctagattatagtattaatc
gaattcagtttttctatattgagaagtgtagagtagactggtcaatttgg
gtcagaagaccctgtggaggcagatctccataaggcatattaagatgtgc
gtctaagtctataaacagaccttagcttgggtttagatcttatgtatcag
tctgtctgtgagtagctttgaaggcaaagaaggtaaaatttctgactcta
ttatttctatgaagaagtaacaaaaatggttagatttaaatacatataaa
acagtgccttttgtatcaccatgaccacaatatctgtcaggaagtattta
aaggaagagaaatttaatttggctcatggactcggggttttcagcctatc
atggcaggaaaggcaaggagctcagcccatggtaataggagattgtggca
aatgggagaggctcatatcattatatcatagtggagcaaaacgcagatag
catggcaggggccaggggtcagatatcaccttcaaaatcctgtctctctt
ttgactctaattcctgtaggttccacagtctttcaaaaatagtaccatta
actagagagccagtactcagaaacctgagcctctaaggacacatctaaag
tatacatcaggctctatagatgtttgattaccttactacaatgcatctat
gtgaagtttggagtttggcaaattttaataactacaggtctgtctaaata
gggagagagtatttctataatccaatcacattgccttgaagtctttgcac
ccaataattctctgcttagtcccaggactttatttaggtgaccaatctct
gacttatgctctagtaaggagaactcatttttgactcagaatcccgtgat
atggaaacacatacacaattcattactgtctggcttctttcactcagtgt
aacatttctgaggtttgtgacggtaattacaaggatcagtgatgtttttc
cttttgtatactgaatatactctacatcagtatagtccatgatttaatca
tctgtgatgggtatttcatcatttgcatttcaagcactagaccttttgtt
acagtcttgtgcatttttcatttctctttcgtaactattaagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_99328778_99329881
seq2: B6Ng01-308I21.b_45_1136

seq1  GAATTCTTCTTTTTGTGCTTAGCTCTAATCTCTGCTTGCTATATAAATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTTTTTGTGCTTAGCTCTAATCTCTGCTTGCTATATAAATGA  50

seq1  CCACTTCATTAGAATATGTAAAAATGTCAGTCCACAGTCTTTCTATCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTCATTAGAATATGTAAAAATGTCAGTCCACAGTCTTTCTATCCTT  100

seq1  GTGTACATATCTAACTAGCTCAATTAGCTATATTATCTGTTGATACAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACATATCTAACTAGCTCAATTAGCTATATTATCTGTTGATACAAAG  150

seq1  AAATTTCCAAACAGCAACAAAAGAAACATTTAAAAAATGTCAATCAATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCCAAACAGCAACAAAAGAAACATTTAAAAAATGTCAATCAATAA  200

seq1  TGGAATTGCTGCCAAAGAAGTAAAGAAATAGATGAACATTCTCTAAACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTGCTGCCAAAGAAGTAAAGAAATAGATGAACATTCTCTAAACTG  250

seq1  TAAGAGGGACCTCTACCTATTCACAGCCTTATATACTCTATTTACCATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGGGACCTCTACCTATTCACAGCCTTATATACTCTATTTACCATGT  300

seq1  ATAAATTTTTATCTGTATCGGATATTAAATTTAGGGCTTCATGCATGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTTTTATCTGTATCGGATATTAAATTTAGGGCTTCATGCATGATA  350

seq1  ACTAAAGGCTCTACCAAAGAGCTACATCCCCATGCTTCCTATTGGATTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAGGCTCTACCAAAGAGCTACATCCCCATGCTTCCTATTGGATTTC  400

seq1  AATTCATTTAGTTGCCCAGGCTGTCCTTGATTAACTCTTCAGCCTGGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATTTAGTTGCCCAGGCTGTCCTTGATTAACTCTTCAGCCTGGCAA  450

seq1  GCCATCAAACTTCAGTCCTTCTGCCTCAGCTTCCCGCATCCTTAGAACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCAAACTTCAGTCCTTCTGCCTCAGCTTCCCGCATCCTTAGAACCA  500

seq1  CAGGCCTGATCTGACATTCTTCTGGGTCTGAGAGTGCTATGAAATCCACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCTGATCTGACATTCTTCTGGGTCTGAGAGTGCTATGAAATCCACC  550

seq1  ATTGTTACTGACTTTTTAAAAGCTATGATAGAGAGCTGAAGAAATGCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTACTGACTTTTTAAAAGCTATGATAGAGAGCTGAAGAAATGCCTT  600

seq1  AGCACAGTGGCTCTCAACCTCCCTCATGCTGAGACCCTTTAGTACAGCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGTGGCTCTCAACCTCCCTCATGCTGAGACCCTTTAGTACAGCTC  650

seq1  CTTATGTTGTACTGATCCCAACCATAAAATTACTTTCATTGCTATTTCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGTTGTACTGATCCCAACCATAAAATTACTTTCATTGCTATTTCAT  700

seq1  AACTGTAATTTTGCTACTGTTATGAATCATAGTGTAAATATCTGATATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTAATTTTGCTACTGTTATGAATCATAGTGTAAATATCTGATATGC  750

seq1  GGATGGTCTTGGGCGATCTCGGTGAAAGGGCCATTCGACCCCTGAAAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGTCTTGGGCGATCTCGGTGAAAGGGCCATTCGACCCCTGAAAGGA  800

seq1  GTTGTAACTTACAGGTTGAGAAACTGGTTAGCAGTTAAGAACACTGTCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTAACTTACAGGTTGAGAAACTGGTTAGCAGTTAAGAACACTGTCTG  850

seq1  CTCTGCCAGAGGATCCAGAATCAATTCCCAGCACTCTCGTGGTAGCTTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCAGAGGATCCAGAATCAATTCCCAGCACTCTCGTGGTAGCTTAC  900

seq1  GTAGAGTAGGGTTCTCTGTACCTACAACATTAGAAGACCTGCTTTTTTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGTAGGGTTCTCTGTACCTAC-ACATTAGAAGACCTGCTTTTTTCT  949

seq1  GGTCTCCCCGGGGAACCAGGCACACATGTGGTTCACAGACATATTTGCAG  1000
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGTCT-CCCGGGGAACCAGGCACACATGTGGTTCACAGACATATTTGCA-  997

seq1  GCAAAACATTCATACATATAAAAATAAATCAATTCATTAAAAATTGATAC  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||
seq2  GCAAAACATTCATACATATAAAAATAAATCAA-TCAT--AAAAATGATAC  1044

seq1  TAAAACTGGACATGATGGAGCATCTCTGGAATCATAGAATTATAAGTATT  1100
      | |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||| ||||| ||||||
seq2  T-AAACTGGACATGAT-GAGCATCTCTGG-ATC-TAG-ATTAT-AGTATT  1088

seq1  AATC  1104
      ||||
seq2  AATC  1092

seq1: chr10_99427884_99428993
seq2: B6Ng01-308I21.g_65_1158 (reverse)

seq1  CTCTTATATAGTTACCAAAGAGAAATGAAAAAAATGCACAAAGACTTGTA  50
      |||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||| ||| 
seq2  CTCTTA-ATAGTTACGAAAGAGAAATG--AAAAATGCAC-AAGAC-TGT-  44

seq1  AACAAAAGGTTCTAGTGCTTTGGAAATTGCAAATGATTGAAATACCCATC  100
      ||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||| |||||||||||||
seq2  AACAAAAGG-TCTAGTGCTT--GAAA-TGCAAATGA-TGAAATACCCATC  89

seq1  AACAGATGAATTAAATCATGGACTATACTTGATGTAGAGTATTATTCAGT  150
       ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  -ACAGATG-ATTAAATCATGGACTATAC-TGATGTAGAGTA-TATTCAGT  135

seq1  AATACAAAAGGAAAAACATCACTGATCCTTGTAATTACCGTCACAAACCT  200
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -ATACAAAAGGAAAAACATCACTGATCCTTGTAATTACCGTCACAAACCT  184

seq1  CAGAAATGTTACACTGAGTGAAAGAAGCCAGACAGTAATGAATTGTGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATGTTACACTGAGTGAAAGAAGCCAGACAGTAATGAATTGTGTAT  234

seq1  GTGTTTCCATATCACGGGATTCTGAGTCAAAAATGAGTTCTCCTTACTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCCATATCACGGGATTCTGAGTCAAAAATGAGTTCTCCTTACTAG  284

seq1  AGCATAAGTCAGAGATTGGTCACCTAAATAAAGTCCTGGGACTAAGCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAAGTCAGAGATTGGTCACCTAAATAAAGTCCTGGGACTAAGCAGA  334

seq1  GAATTATTGGGTGCAAAGACTTCAAGGCAATGTGATTGGATTATAGAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATTGGGTGCAAAGACTTCAAGGCAATGTGATTGGATTATAGAAAT  384

seq1  ACTCTCTCCCTATTTAGACAGACCTGTAGTTATTAAAATTTGCCAAACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTCCCTATTTAGACAGACCTGTAGTTATTAAAATTTGCCAAACTC  434

seq1  CAAACTTCACATAGATGCATTGTAGTAAGGTAATCAAACATCTATAGAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTCACATAGATGCATTGTAGTAAGGTAATCAAACATCTATAGAGC  484

seq1  CTGATGTATACTTTAGATGTGTCCTTAGAGGCTCAGGTTTCTGAGTACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGTATACTTTAGATGTGTCCTTAGAGGCTCAGGTTTCTGAGTACTG  534

seq1  GCTCTCTAGTTAATGGTACTATTTTTGAAAGACTGTGGAACCTACAGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTAGTTAATGGTACTATTTTTGAAAGACTGTGGAACCTACAGGAA  584

seq1  TTAGAGTCAAAAGAGAGACAGGATTTTGAAGGTGATATCTGACCCCTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGTCAAAAGAGAGACAGGATTTTGAAGGTGATATCTGACCCCTGGC  634

seq1  CCCTGCCATGCTATCTGCGTTTTGCTCCACTATGATATAATGATATGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCCATGCTATCTGCGTTTTGCTCCACTATGATATAATGATATGAGC  684

seq1  CTCTCCCATTTGCCACAATCTCCTATTACCATGGGCTGAGCTCCTTGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCATTTGCCACAATCTCCTATTACCATGGGCTGAGCTCCTTGCCT  734

seq1  TTCCTGCCATGATAGGCTGAAAACCCCGAGTCCATGAGCCAAATTAAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCCATGATAGGCTGAAAACCCCGAGTCCATGAGCCAAATTAAATT  784

seq1  TCTCTTCCTTTAAATACTTCCTGACAGATATTGTGGTCATGGTGATACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCCTTTAAATACTTCCTGACAGATATTGTGGTCATGGTGATACAA  834

seq1  AAGGCACTGTTTTATATGTATTTAAATCTAACCATTTTTGTTACTTCTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCACTGTTTTATATGTATTTAAATCTAACCATTTTTGTTACTTCTTC  884

seq1  ATAGAAATAATAGAGTCAGAAATTTTACCTTCTTTGCCTTCAAAGCTACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAATAATAGAGTCAGAAATTTTACCTTCTTTGCCTTCAAAGCTACT  934

seq1  CACAGACAGACTGATACATAAGATCTAAACCCAAGCTAAGGTCTGTTTAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACAGACTGATACATAAGATCTAAACCCAAGCTAAGGTCTGTTTAT  984

seq1  AGACTTAGACGCACATCTTAATATGCCTTATGGAGATCTGCCTCCACAGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTAGACGCACATCTTAATATGCCTTATGGAGATCTGCCTCCACAGG  1034

seq1  GTCTTCTGACCCAAATTGACCAGTCTACTCTACACTTCTCAATATAGAAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTGACCCAAATTGACCAGTCTACTCTACACTTCTCAATATAGAAA  1084

seq1  AACTGAATTC  1110
      ||||||||||
seq2  AACTGAATTC  1094