BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308N24
Chromosome10 (Build37)
Map Location 40,078,880 - 40,235,679
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdc2l6, LOC666374
Upstream geneFyn, LOC629337, Traf3ip2, LOC667964, EG667970, E130307A14Rik, Rev3l, EG666304, LOC213332, 4930547M16Rik, LOC667982, 2010001E11Rik, LOC667994, LOC100041085, BC021785, AI317395, EG666342, Slc16a10, Bxdc1, 2410016F19Rik, Amd1, Amd2, LOC668051
Downstream geneSlc22a16, Ddo, 9030224M15Rik, Cdc40, Wasf1, Gpr6, A530089I17Rik, LOC633979, Zbtb24, Mical1, Smpd2, Ppil6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308N24.bB6Ng01-308N24.g
ACCGA101259GA101260
length1,1021,161
definitionB6Ng01-308N24.b B6Ng01-308N24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,078,880 - 40,079,991)(40,234,515 - 40,235,679)
sequence
gaattcaaggtcatcctctgctacaaagagaggtgcctccggagagaggg
agttaaggaaggaaagaggaaagaatctaagttccctaagcattatagac
ctacataagcaagtatgcaagccaagtaaaaaacaaactagtcaggaggt
ggtggtgcacgcctttaaccccagccctcaggaggcaggtagatctctgg
gttcaagactagtctggtctatagaatgagtttccccagtgctttaagtc
acttttaaagacacagttaatagtaacggcactgcaggaggtcaggaatg
ctgtccaagtctgtgagctcttggcacatgtgcttgagggtctgagttta
gttcccagctctgtaagaaagaaagatttcatggtacaaaatgaaatttt
acttttgagaaaagcattgctgctgcatcctgcttttgacttagtactgg
tgagcatattcaacttactctttttataaagatttatctaatttttatgg
gtatctgttctgtgtatgtaggcgactagaggaaggcctgggcatcgtag
gggtgaaattacaggtaactctgagctcctcgacttgggtgctaggaact
gaactcaggtttttagggagagcatagcaagtctcttgtagctgctgagc
tgtctttctagcaaccccccccccccccccgccaccataaagaattaaac
aaaattatgtgtgtatgcttgtgtatgtgtaactgtgagcacatgtaggg
tcagagggcaatgtggggcctgttgttgcctcccaccatgtggctactgg
ggttgaactcagatcgccgtgcttggaggagagcgccttgaaccttctga
gctatcactgggccctgacccttgagctcattgaaaataagtatgttact
gtcttgataaccgcctgttactcagcttgcaggattgggaggaaggcccc
agttcaagggtggtcttgggcacagagaagactgggaccctctgcctgtt
ttctcagagctacccttccacttctctctctcacacaaccaccacacaca
ccactaccacaagtaatcaatgggaagccaaaggtaaaattagttttagc
aa
gaattcagttaaaaccaatgaggtctcttccttagacagaaaagcaaatg
gttcttggtagccgcactgatcccaggattctgtgtgtggatactacagt
gtgtagcagtccctcctgccctccaaacccatgtactcagtcctctagct
tctgatctggtgactgcttgaccacccatatcgctcagggtgtttggcac
acgtaaacgtgtcacagtttagtaaagtgactatttgtagtggtgtggca
gaatacaggggaagccacaggctgagtggagagttgccagtgacaatggg
gcactgtgacttcctcagtctgatggtgacaggaagacacaggtgcttcc
tcctgagacaaacagccatgttgaaaggacctcctaaacagacctgtaaa
acagccaccaaagggaaccccatagcagagagcagggggaccccccacct
gaagcccccgacctctgcttttctgtcccattccctgctgggggccacac
agaagccagagaataaggagacctgtgatgacaccgtaaaagtcagcctc
ctggggcatgagcagtgcagaggacagactgaagggccaggaggaacaag
ccagcctgcacactgtacctaaagcttcaagttcagtgccaagcacgtaa
tatatgctgctcccacccctgcctcccgaaacaaacacagcagaagaaag
gtgattaagtacaagtgaggtgttaatacatggaaattgtcggaggagag
aggaccctgtgacctagagtaagcagaggggtacaatatggagagctcag
aaaactgggcctcagcggggtgcagagtgtggtcagcagagaagaacaag
agccaggaagcagtagtgagcaccttcatgacaacatgggtgtgcagctt
gagcaaagatgacaagatgtcaggagaccagactgcaaaggttggtgatg
agtgacggcacagtatgggaaggtcctctctgcagcaggtgccattgggt
ccctagtccaaagaacaatagggaacagtctggaggacatgttgtccaga
gtgggatgaatgagctagtagtacaaagggaagggaacaaggcatccgga
ctgagaacaggtccttaggctggttcctttgcttgttggaagaccaaggg
aaaggagtcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_40078880_40079991
seq2: B6Ng01-308N24.b_49_1150

seq1  GAATTCAAGGTCATCCTCTGCTACAAAGAGAGGTGCCTCCGGAGAGAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGTCATCCTCTGCTACAAAGAGAGGTGCCTCCGGAGAGAGGG  50

seq1  AGTTAAGGAAGGAAAGAGGAAAGAATCTAAGTTCCCTAAGCATTATAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAGGAAGGAAAGAGGAAAGAATCTAAGTTCCCTAAGCATTATAGAC  100

seq1  CTACATAAGCAAGTATGCAAGCCAAGTAAAAAACAAACTAGTCAGGAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATAAGCAAGTATGCAAGCCAAGTAAAAAACAAACTAGTCAGGAGGT  150

seq1  GGTGGTGCACGCCTTTAACCCCAGCCCTCAGGAGGCAGGTAGATCTCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGCACGCCTTTAACCCCAGCCCTCAGGAGGCAGGTAGATCTCTGG  200

seq1  GTTCAAGACTAGTCTGGTCTATAGAATGAGTTTCCCCAGTGCTTTAAGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGACTAGTCTGGTCTATAGAATGAGTTTCCCCAGTGCTTTAAGTC  250

seq1  ACTTTTAAAGACACAGTTAATAGTAACGGCACTGCAGGAGGTCAGGAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTAAAGACACAGTTAATAGTAACGGCACTGCAGGAGGTCAGGAATG  300

seq1  CTGTCCAAGTCTGTGAGCTCTTGGCACATGTGCTTGAGGGTCTGAGTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCAAGTCTGTGAGCTCTTGGCACATGTGCTTGAGGGTCTGAGTTTA  350

seq1  GTTCCCAGCTCTGTAAGAAAGAAAGATTTCATGGTACAAAATGAAATTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCAGCTCTGTAAGAAAGAAAGATTTCATGGTACAAAATGAAATTTT  400

seq1  ACTTTTGAGAAAAGCATTGCTGCTGCATCCTGCTTTTGACTTAGTACTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTGAGAAAAGCATTGCTGCTGCATCCTGCTTTTGACTTAGTACTGG  450

seq1  TGAGCATATTCAACTTACTCTTTTTATAAAGATTTATCTAATTTTTATGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCATATTCAACTTACTCTTTTTATAAAGATTTATCTAATTTTTATGG  500

seq1  GTATCTGTTCTGTGTATGTAGGCGACTAGAGGAAGGCCTGGGCATCGTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTGTTCTGTGTATGTAGGCGACTAGAGGAAGGCCTGGGCATCGTAG  550

seq1  GGGTGAAATTACAGGTAACTCTGAGCTCCTCGACTTGGGTGCTAGGAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAAATTACAGGTAACTCTGAGCTCCTCGACTTGGGTGCTAGGAACT  600

seq1  GAACTCAGGTTTTTAGGGAGAGCATAGCAAGTCTCTTGTAGCTGCTGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCAGGTTTTTAGGGAGAGCATAGCAAGTCTCTTGTAGCTGCTGAGC  650

seq1  TGTCTTTCTAGCAACCCCCCCCCCCCCCCCGCCACCATAAAGAATTAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTCTAGCAACCCCCCCCCCCCCCCCGCCACCATAAAGAATTAAAC  700

seq1  AAAATTATGTGTGTATGCTTGTGTATGTGTAACTGTGAGCACATGTAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATGTGTGTATGCTTGTGTATGTGTAACTGTGAGCACATGTAGGG  750

seq1  TCAGAGGGCAATGTGGGGCCTGTTGTTGCCTCCCACCATGTGGCTACTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGGCAATGTGGGGCCTGTTGTTGCCTCCCACCATGTGGCTACTGG  800

seq1  GGTTGAACTCAGATCGCCGTGCTTGGAGGAGAGCGCCTTGAACCTTCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAACTCAGATCGCCGTGCTTGGAGGAGAGCGCCTTGAACCTTCTGA  850

seq1  GCTATCACT-GGCCCTGACCCTTGAGCTCATTGAAAATAAGTATGTTACT  899
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCACTGGGCCCTGACCCTTGAGCTCATTGAAAATAAGTATGTTACT  900

seq1  GTCTTGATAACCGCCTGTTACTCAGCTTGCAGGATTTGGAGGAGGGCCCC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  GTCTTGATAACCGCCTGTTACTCAGCTTGCAGGATTGGGAGGAAGGCCCC  950

seq1  AGTTCAAGGGTGGTC-TGGGCACAGAG-AGACTGGG-CCCTCTGCCTG-T  995
      ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |
seq2  AGTTCAAGGGTGGTCTTGGGCACAGAGAAGACTGGGACCCTCTGCCTGTT  1000

seq1  TTCTCAGAGCTACCCTTCCCACTTTCCTCCTCCTCCTCCACCACCACCAC  1045
      ||||||||||||||||| ||||||     |||   |||      ||| ||
seq2  TTCTCAGAGCTACCCTT-CCACTT-----CTCTCTCTC-----ACACAAC  1039

seq1  CACCACCACCACCACCACCACAAGTAATCCACTGGGAAGGCAAAAGTTAA  1095
      ||||||   |||||| |||||||||||| || |||||| || |||| |||
seq2  CACCACACACACCACTACCACAAGTAAT-CAATGGGAA-GCCAAAGGTAA  1087

seq1  AATATAGTTTTTAGCAA  1112
      ||| ||| |||||||||
seq2  AAT-TAG-TTTTAGCAA  1102

seq1: chr10_40234515_40235679
seq2: B6Ng01-308N24.g_67_1227 (reverse)

seq1  GTGACTCCTTTCTCCTTTGTCTTCCCCAACCAGC-AAGGAACCAAGCCTT  49
      |||||||||||| |||| |||||  ||||| ||| |||||||| |||| |
seq2  GTGACTCCTTTC-CCTTGGTCTT--CCAACAAGCAAAGGAACC-AGCC-T  45

seq1  TAGGCCCTG-TCTCGGTTCCGATGCCTT-TGTCCTTCCCTTTGTACCTAC  97
       ||| |||| |||| || | |||||||| |  ||||||||||||| ||||
seq2  AAGGACCTGTTCTCAGTCCGGATGCCTTGTTCCCTTCCCTTTGTA-CTAC  94

seq1  TAGCTCATTCATCCCACTCTGGGACACATTGTCCTTCCAGACTG-TCCCT  146
      |||||||||||||||||||| |||||   ||||| ||||||||| |||||
seq2  TAGCTCATTCATCCCACTCT-GGACAACATGTCC-TCCAGACTGTTCCCT  142

seq1  ATTGTTCTTTGGACTAGGGA-CCAATGCCACCTGCTGCAGAGAGGACCTT  195
      |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTCTTTGGACTAGGGACCCAATGGCACCTGCTGCAGAGAGGACCTT  192

seq1  CCCATACTGTGGCCGTCACTCATCACCACCCTTTGCAGTCTGGTCTCCTG  245
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCCATACTGT-GCCGTCACTCATCACCAACCTTTGCAGTCTGGTCTCCTG  241

seq1  ACATCTTGTCATCTTTGCTCAAGCTGCACACCCATGTTGTCATGAAGGTG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTTGTCATCTTTGCTCAAGCTGCACACCCATGTTGTCATGAAGGTG  291

seq1  CTCACTACTGCTTCCTGGCTCTTGTTCTTCTCTGCTGACCACACTCTGCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTACTGCTTCCTGGCTCTTGTTCTTCTCTGCTGACCACACTCTGCA  341

seq1  CCCCGCTGAGGCCCAGTTTTCTGAGCTCTCCATATTGTACCCCTCTGCTT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGCTGAGGCCCAGTTTTCTGAGCTCTCCATATTGTACCCCTCTGCTT  391

seq1  ACTCTAGGTCACAGGGTCCTCTCTCCTCCGACAATTTCCATGTATTAACA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAGGTCACAGGGTCCTCTCTCCTCCGACAATTTCCATGTATTAACA  441

seq1  CCTCACTTGTACTTAATCACCTTTCTTCTGCTGTGTTTGTTTCGGGAGGC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACTTGTACTTAATCACCTTTCTTCTGCTGTGTTTGTTTCGGGAGGC  491

seq1  AGGGGTGGGAGCAGCATATATTACGTGCTTGGCACTGAACTTGAAGCTTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGGGAGCAGCATATATTACGTGCTTGGCACTGAACTTGAAGCTTT  541

seq1  AGGTACAGTGTGCAGGCTGGCTTGTTCCTCCTGGCCCTTCAGTCTGTCCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACAGTGTGCAGGCTGGCTTGTTCCTCCTGGCCCTTCAGTCTGTCCT  591

seq1  CTGCACTGCTCATGCCCCAGGAGGCTGACTTTTACGGTGTCATCACAGGT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACTGCTCATGCCCCAGGAGGCTGACTTTTACGGTGTCATCACAGGT  641

seq1  CTCCTTATTCTCTGGCTTCTGTGTGGCCCCCAGCAGGGAATGGGACAGAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTATTCTCTGGCTTCTGTGTGGCCCCCAGCAGGGAATGGGACAGAA  691

seq1  AAGCAGAGGTCGGGGGCTTCAGGTGGGGGGTCCCCCTGCTCTCTGCTATG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAGGTCGGGGGCTTCAGGTGGGGGGTCCCCCTGCTCTCTGCTATG  741

seq1  GGGTTCCCTTTGGTGGCTGTTTTACAGGTCTGTTTAGGAGGTCCTTTCAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCCCTTTGGTGGCTGTTTTACAGGTCTGTTTAGGAGGTCCTTTCAA  791

seq1  CATGGCTGTTTGTCTCAGGAGGAAGCACCTGTGTCTTCCTGTCACCATCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTGTTTGTCTCAGGAGGAAGCACCTGTGTCTTCCTGTCACCATCA  841

seq1  GACTGAGGAAGTCACAGTGCCCCATTGTCACTGGCAACTCTCCACTCAGC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGGAAGTCACAGTGCCCCATTGTCACTGGCAACTCTCCACTCAGC  891

seq1  CTGTGGCTTCCCCTGTATTCTGCCACACCACTACAAATAGTCACTTTACT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCTTCCCCTGTATTCTGCCACACCACTACAAATAGTCACTTTACT  941

seq1  AAACTGTGACACGTTTACGTGTGCCAAACACCCTGAGCGATATGGGTGGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTGACACGTTTACGTGTGCCAAACACCCTGAGCGATATGGGTGGT  991

seq1  CAAGCAGTCACCAGATCAGAAGCTAGAGGACTGAGTACATGGGTTTGGAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAGTCACCAGATCAGAAGCTAGAGGACTGAGTACATGGGTTTGGAG  1041

seq1  GGCAGGAGGGACTGCTACACACTGTAGTATCCACACACAGAATCCTGGGA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGAGGGACTGCTACACACTGTAGTATCCACACACAGAATCCTGGGA  1091

seq1  TCAGTGCGGCTACCAAGAACCATTTGCTTTTCTGTCTAAGGAAGAGACCT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGCGGCTACCAAGAACCATTTGCTTTTCTGTCTAAGGAAGAGACCT  1141

seq1  CATTGGTTTTAACTGAATTC  1165
      ||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGTTTTAACTGAATTC  1161