BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-309O10
Chromosome10 (Build37)
Map Location 122,383,181 - 122,582,217
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD630033A02Rik, Mon2, Usp15
Upstream geneSrgap1, EG216394, LOC668272, Tmem5, LOC100043513, LOC668275, Avpr1a, Ppm1h
Downstream geneLOC100042958, AI851790
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-309O10.bB6Ng01-309O10.g
ACCGA102026GA102027
length1,1301,073
definitionB6Ng01-309O10.b B6Ng01-309O10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,383,181 - 122,384,305)(122,581,146 - 122,582,217)
sequence
gaattccatacaatggattttaatctttcactctcccacccttcccctta
gcccctcccccaacccctcccacatatccactctcctccacctccacaca
gaaccctgtgtcttttattcttttattttcttttataaagctgatttgtg
ccgctcatatagtcccgggtgtggggccatccactggagcacagttgatc
tgccattggccacacccttaaggaaaactgactcttcctccctcagaagc
tatcagctatccatagttccttagttagaggtccaggccttgcaaacccc
ttcctcctctatgctagaatgttgctggcttattcctgccacagctgctg
tgagcttatgaacgcaggcttctggtcacatccagaagcaacggtttaga
tccaatcctccctgactcctgcttcttccaatctctctgctccctcttcc
atgttggccctttgggaagggcttgagacatcgatgtctcgtttgtggct
gagctcccaagaggtattcttacctggagatagaattaagactcccctta
atcatcaaagcatcccaagtgctcacgaagacataaagctgggcataaga
gtccatgcctgtatcccagcccaggatggagctgaccagcctgagctatg
tacaactctctctttaaaaaaataacttgtgggctggtgagatggctcag
tgggtaggagcacccgactgctcttccgaaggtccagagttcaaatccca
gcaaccacatggtggctcacaaccacctgtaacaagatctgacgccctct
tctggagtgtctgaagacagctacagtgtacttacatataataaataaat
aaatcttgaaaaaaacaaaactattcaaaaaaattaacttgtaagctgtt
ccatcttataaagatactttgacaagtggggtaaacatctaaggacatca
tttctgttcagtttcagatccacgaagttaatcgatccacgataatcgaa
aagtattaacacgatgtatctctaagggtattaccagaccccattggatg
tcaaagacaccatagcattgaactctgaatcatcctcttatgtacatatt
tcgaggactttagttacaaattaaaaaaaa

gaattcagttactcaggtccttctacaaaaacttggaaaacaactgttat
cagaaccacctgtaagacagtccacacagtcagagcctttctcagtcagg
caatcactgtgcaaatgtgtgcaggggtgtggccactttgtcctctctgg
attccggctttacagacatgttgaggaaggagagcctgtgaaccacacag
gtggtttaggaaacactgtatctgtagtatactcttgtgagaatttagta
ctcaactgtagagaagaaagtgtgcctctaaaacaacatcctgcagttgt
gtggcttcaacaatgctggtttcttgtcctgaaaataagtctttgtttca
gctgaggagaaagaatgtaacttctcggtcctatcctgttgcccagcaca
tttctctagaaccagtgtttgtattaaatgtttttctgtatcatgagagt
gacacactgttatagatcatagtagaaacaatattccaaagaatgataaa
taagttcatcagattgtaaaataccgactgtgcataccctggctgacatg
gtcagcagtgatttcaaaatgtagtcaacctcctggatctgtgggttctg
ggtccacagactcagccaactacaggcaaaagctatttctaacttgcata
tgaagttggcattatttttgtctttatccctggaacagaccgtgcagccg
ctgagcagcctggcactgtgctgccgagttaagtgatagaaggacggaaa
ctcacggaggctgcaggagaaggaataagttacatgcagaatactgtctc
atgtgaagaacttgagcagccccaggttttagcatccctggatatttaag
agctgacttactgaggagtcggaatggtcacatctgtgagcagcacttct
cacgatcagtagctgaagcagcctgattttttttttaagttattttaatg
taaggaaaatttgcctctaaattttttcacattaatttatttattatata
tgtttggtgtgcacatgtgcatgcatagagaaccacttgagagtcagctc
tcctccttctgccatgtgatcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_122383181_122384305
seq2: B6Ng01-309O10.b_72_1178

seq1  TCTTTCACTCTCCCACCCTTCCCCTTAGCCCCTCCCCCAACCCCTCCCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCACTCTCCCACCCTTCCCCTTAGCCCCTCCCCCAACCCCTCCCAC  50

seq1  ATATCCACTCTCCTCCACCTCCACACAGAACCCTGTGTCTTTTATTCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCACTCTCCTCCACCTCCACACAGAACCCTGTGTCTTTTATTCTTT  100

seq1  TATTTTCTTTTATAAAGCTGATTTGTGCCGCTCATATAGTCCCGGGTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCTTTTATAAAGCTGATTTGTGCCGCTCATATAGTCCCGGGTGTG  150

seq1  GGGCCATCCACTGGAGCACAGTTGATCTGCCATTGGCCACACCCTTAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCATCCACTGGAGCACAGTTGATCTGCCATTGGCCACACCCTTAAGG  200

seq1  AAAACTGACTCTTCCTCCCTCAGAAGCTATCAGCTATCCATAGTTCCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGACTCTTCCTCCCTCAGAAGCTATCAGCTATCCATAGTTCCTTA  250

seq1  GTTAGAGGTCCAGGCCTTGCAAACCCCTTCCTCCTCTATGCTAGAATGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAGGTCCAGGCCTTGCAAACCCCTTCCTCCTCTATGCTAGAATGTT  300

seq1  GCTGGCTTATTCCTGCCACAGCTGCTGTGAGCTTATGAACGCAGGCTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTTATTCCTGCCACAGCTGCTGTGAGCTTATGAACGCAGGCTTCT  350

seq1  GGTCACATCCAGAAGCAACGGTTTAGATCCAATCCTCCCTGACTCCTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACATCCAGAAGCAACGGTTTAGATCCAATCCTCCCTGACTCCTGCT  400

seq1  TCTTCCAATCTCTCTGCTCCCTCTTCCATGTTGGCCCTTTGGGAAGGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAATCTCTCTGCTCCCTCTTCCATGTTGGCCCTTTGGGAAGGGCT  450

seq1  TGAGACATCGATGTCTCGTTTGTGGCTGAGCTCCCAAGAGGTATTCTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACATCGATGTCTCGTTTGTGGCTGAGCTCCCAAGAGGTATTCTTAC  500

seq1  CTGGAGATAGAATTAAGACTCCCCTTAATCATCAAAGCATCCCAAGTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGATAGAATTAAGACTCCCCTTAATCATCAAAGCATCCCAAGTGCT  550

seq1  CACGAAGACATAAAGCTGGGCATAAGAGTCCATGCCTGTATCCCAGCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGAAGACATAAAGCTGGGCATAAGAGTCCATGCCTGTATCCCAGCCCA  600

seq1  GGATGGAGCTGACCAGCCTGAGCTATGTACAACTCTCTCTTTAAAAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAGCTGACCAGCCTGAGCTATGTACAACTCTCTCTTTAAAAAAAT  650

seq1  AACTTGTGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAGGAGCACCCGACTGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGTGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAGGAGCACCCGACTGCTC  700

seq1  TTCCGAAGGTCCAGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGAAGGTCCAGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAAC  750

seq1  CACCTGTAACAAGATCTGACGCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGTAACAAGATCTGACGCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTA  800

seq1  CAGTGTACTTACATATAATAAATAAATAAATCTTGAAAAAAACAAAACTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTACTTACATATAATAAATAAATAAATCTTGAAAAAAACAAAACTA  850

seq1  TTCAAAAAAATTAACTTGTAAGCTGTTCCATCTTATAAAGATACTTTGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAAAATTAACTTGTAAGCTGTTCCATCTTATAAAGATACTTTGAC  900

seq1  AAGTGGGGTAAAACATCTAAGGACATCATTTCTGTTCAGTTTCAGGATCC  950
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAGTGGGGT-AAACATCTAAGGACATCATTTCTGTTCAGTTTCA-GATCC  948

seq1  ACGAAGTTAATCGATCCACGATAATCGAAAAAGTATTAACACGATGTTAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |
seq2  ACGAAGTTAATCGATCCACGATAATCG-AAAAGTATTAACACGATGT--A  995

seq1  TCTCCTAAGGGTATTTAACCAAGACCCCATTGGATGTCCAAAGACACACA  1050
      ||| |||||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  TCT-CTAAGGGTATT--ACC-AGACCCCATTGGATGT-CAAAGACAC-CA  1039

seq1  TAGCATTGAACTCTGGAATACATTCTTCCTTATGTACATATTTCGGAAGG  1100
      |||||||||||||| |||| ||| ||  |||||||||||||||||  |||
seq2  TAGCATTGAACTCT-GAAT-CATCCT--CTTATGTACATATTTCG--AGG  1083

seq1  AGTTTAGTTTACAAATTAAAAAAAA  1125
      | ||||| |||||||||||||||||
seq2  ACTTTAG-TTACAAATTAAAAAAAA  1107


seq1: chr10_122581146_122582217
seq2: B6Ng01-309O10.g_65_1137 (reverse)

seq1  TGGATCCACATGGCAGAAGGA-GAGAGCTGACTCTCAAGTTGTTCTCTTA  49
      ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||
seq2  TGGAT-CACATGGCAGAAGGAGGAGAGCTGACTCTCAAGTGGTTCTC-TA  48

seq1  TGCATGCACATGTGCACA-CAAACATATAT-ATAAATAAATTAATGTGAA  97
      |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCACATGTGCACACCAAACATATATAATAAATAAATTAATGTGAA  98

seq1  AAAATTTAGAGGCAAAATTTTCCTACATTAAAATAACTT-AAAAAAAAAT  146
      |||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAAATTTAGAGGCAAATTTTCCTTACATTAAAATAACTTAAAAAAAAAAT  148

seq1  CAGGCTGCTTCAGCCTACTGATCGTGAGAAGTGCTGCTCACAGATGTGAC  196
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGCTTCAG-CTACTGATCGTGAGAAGTGCTGCTCACAGATGTGAC  197

seq1  CATTCCGACTCCTCAGTAAGTCAGCTCTTAAATATCCAGGGATGCTAAAA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCGACTCCTCAGTAAGTCAGCTCTTAAATATCCAGGGATGCTAAAA  247

seq1  CCTGGGGCTGCTCAAGTTCTTCACATGAGACAGTATTCTGCATGTAACTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGGCTGCTCAAGTTCTTCACATGAGACAGTATTCTGCATGTAACTT  297

seq1  ATTCCTTCTCCTGCAGCCTCCGTGAGTTTCCGTCCTTCTATCACTTAACT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTCTCCTGCAGCCTCCGTGAGTTTCCGTCCTTCTATCACTTAACT  347

seq1  CGGCAGCACAGTGCCAGGCTGCTCAGCGGCTGCACGGTCTGTTCCAGGGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCAGCACAGTGCCAGGCTGCTCAGCGGCTGCACGGTCTGTTCCAGGGA  397

seq1  TAAAGACAAAAATAATGCCAACTTCATATGCAAGTTAGAAATAGCTTTTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGACAAAAATAATGCCAACTTCATATGCAAGTTAGAAATAGCTTTTG  447

seq1  CCTGTAGTTGGCTGAGTCTGTGGACCCAGAACCCACAGATCCAGGAGGTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAGTTGGCTGAGTCTGTGGACCCAGAACCCACAGATCCAGGAGGTT  497

seq1  GACTACATTTTGAAATCACTGCTGACCATGTCAGCCAGGGTATGCACAGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACATTTTGAAATCACTGCTGACCATGTCAGCCAGGGTATGCACAGT  547

seq1  CGGTATTTTACAATCTGATGAACTTATTTATCATTCTTTGGAATATTGTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTATTTTACAATCTGATGAACTTATTTATCATTCTTTGGAATATTGTT  597

seq1  TCTACTATGATCTATAACAGTGTGTCACTCTCATGATACAGAAAAACATT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTATGATCTATAACAGTGTGTCACTCTCATGATACAGAAAAACATT  647

seq1  TAATACAAACACTGGTTCTAGAGAAATGTGCTGGGCAACAGGATAGGACC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACAAACACTGGTTCTAGAGAAATGTGCTGGGCAACAGGATAGGACC  697

seq1  GAGAAGTTACATTCTTTCTCCTCAGCTGAAACAAAGACTTATTTTCAGGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGTTACATTCTTTCTCCTCAGCTGAAACAAAGACTTATTTTCAGGA  747

seq1  CAAGAAACCAGCATTGTTGAAGCCACACAACTGCAGGATGTTGTTTTAGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAACCAGCATTGTTGAAGCCACACAACTGCAGGATGTTGTTTTAGA  797

seq1  GGCACACTTTCTTCTCTACAGTTGAGTACTAAATTCTCACAAGAGTATAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACACTTTCTTCTCTACAGTTGAGTACTAAATTCTCACAAGAGTATAC  847

seq1  TACAGATACAGTGTTTCCTAAACCACCTGTGTGGTTCACAGGCTCTCCTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATACAGTGTTTCCTAAACCACCTGTGTGGTTCACAGGCTCTCCTT  897

seq1  CCTCAACATGTCTGTAAAGCCGGAATCCAGAGAGGACAAAGTGGCCACAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAACATGTCTGTAAAGCCGGAATCCAGAGAGGACAAAGTGGCCACAC  947

seq1  CCCTGCACACATTTGCACAGTGATTGCCTGACTGAGAAAGGCTCTGACTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCACACATTTGCACAGTGATTGCCTGACTGAGAAAGGCTCTGACTG  997

seq1  TGTGGACTGTCTTACAGGTGGTTCTGATAACAGTTGTTTTCCAAGTTTTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGACTGTCTTACAGGTGGTTCTGATAACAGTTGTTTTCCAAGTTTTT  1047

seq1  GTAGAAGGACCTGAGTAACTGAATTC  1072
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAGGACCTGAGTAACTGAATTC  1073


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |