BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-315I01
Chromosome10 (Build37)
Map Location 122,032,826 - 122,229,879
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpm1h
Upstream geneXpot, D930020B18Rik, BC048403, Srgap1, EG216394, LOC668272, Tmem5, LOC100043513, LOC668275, Avpr1a
Downstream geneD630033A02Rik, Mon2, Usp15, LOC100042958, AI851790
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-315I01.bB6Ng01-315I01.g
ACCGA106138GA106139
length1,080286
definitionB6Ng01-315I01.b B6Ng01-315I01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,032,826 - 122,033,824)(122,229,594 - 122,229,879)
sequence
gaattcccagtcacgctagtgtgagcattttcctctagtgtaagcatcct
taatgtgtcctgggatgatttgtatatgcttggcccagggagtggcacta
tttggagttatggccttgttggagtaggtgtgtcactgtgggtgtgggct
ttaagaccctagtcctagtgcctggaagccagtactgtgctagcagccta
cagatgaagatgtataactcacagctcctcctgcaccaggcctgcctgga
tgctgccatgctcccaccttgatgataatggactgaacctctgaacctgt
aagccagtcccaattaattgtccttataagagttgccttggtcatggtgt
ctgttcacagcagtaaaactctaactaagacatgccctatttgtcctctc
aagcaagccagtttcagcacatgactgtaaggtgaagcccataacttatt
tggctttccttagctttatcctgatgacctttcctattttttaagattcc
atccctggtgtcacagggcttccagttaacatgtctttggcttctcttgg
ctgtggtgttccttggatcaccttttgtagaaactgcttgtgtctgtgtt
tctcatggttgtactggatataagagtgttaagggggttggctacagacc
ccaaataccattctcagcacatctcatcacagacgtgtacagtggatagg
actcatcataaccaacaaggatgactaccgcacattcttaaccctcatct
gagatggtacccagggctttctccctggatgctactttctcccactcctt
tcccaacactactctttaagtaaggaagctccctgtgcagcccatgtgta
aggagggtgtcatgtcctacctcttttgaaggcagggtaccaacacaagt
ttttttgcatttcttctgcatagaagagtggtttgtccaccaatggctta
tttctttacttcaattacctagtctactttacaccttggccatatattca
gcaccatggtattctttttgttgctcagacttgatcaaggcatgcccctt
aggaggcccttcccattggcctcggtccct
tttagcctccgaaattaacagataagagttttaaggagggttggagagat
gactcagcagttaagagcactgactgctcttccagacgatctgagttcaa
ttcccagcaaccacatggtggctcacaagcacctgtaatgggatccgatg
ccctcttctggtgtgtctgaagacagctacagtgtgctcacatgcataaa
gtaagcaaatcttaaaaaaaaaaagagttttaaggaagccgctgtcctac
ctcgtcacagggagcaggggttgggggaggggtggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_122032826_122033824
seq2: B6Ng01-315I01.b_114_1125

seq1  TTTGTATATGCTTGGCCCAGGGAGTGGCACTATTTGGAGTTATGGCCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATATGCTTGGCCCAGGGAGTGGCACTATTTGGAGTTATGGCCTTG  50

seq1  TTGGAGTAGGTGTGTCACTGTGGGTGTGGGCTTTAAGACCCTAGTCCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTAGGTGTGTCACTGTGGGTGTGGGCTTTAAGACCCTAGTCCTAG  100

seq1  TGCCTGGAAGCCAGTACTGTGCTAGCAGCCTACAGATGAAGATGTATAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGGAAGCCAGTACTGTGCTAGCAGCCTACAGATGAAGATGTATAAC  150

seq1  TCACAGCTCCTCCTGCACCAGGCCTGCCTGGATGCTGCCATGCTCCCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCTCCTCCTGCACCAGGCCTGCCTGGATGCTGCCATGCTCCCACC  200

seq1  TTGATGATAATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGTCCCAATTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGATAATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGTCCCAATTAAT  250

seq1  TGTCCTTATAAGAGTTGCCTTGGTCATGGTGTCTGTTCACAGCAGTAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTATAAGAGTTGCCTTGGTCATGGTGTCTGTTCACAGCAGTAAAA  300

seq1  CTCTAACTAAGACATGCCCTATTTGTCCTCTCAAGCAAGCCAGTTTCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAACTAAGACATGCCCTATTTGTCCTCTCAAGCAAGCCAGTTTCAGC  350

seq1  ACATGACTGTAAGGTGAAGCCCATAACTTATTTGGCTTTCCTTAGCTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGACTGTAAGGTGAAGCCCATAACTTATTTGGCTTTCCTTAGCTTTA  400

seq1  TCCTGATGACCTTTCCTATTTTTTAAGATTCCATCCCTGGTGTCACAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGATGACCTTTCCTATTTTTTAAGATTCCATCCCTGGTGTCACAGGG  450

seq1  CTTCCAGTTAACATGTCTTTGGCTTCTCTTGGCTGTGGTGTTCCTTGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGTTAACATGTCTTTGGCTTCTCTTGGCTGTGGTGTTCCTTGGAT  500

seq1  CACCTTTTGTAGAAACTGCTTGTGTCTGTGTTTCTCATGGTTGTACTGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTTTGTAGAAACTGCTTGTGTCTGTGTTTCTCATGGTTGTACTGGA  550

seq1  TATAAGAGTGTTAAGGGGGTTGGCTACAGACCCCAAATACCATTCTCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGAGTGTTAAGGGGGTTGGCTACAGACCCCAAATACCATTCTCAGC  600

seq1  ACATCTCATCACAGACGTGTACAGTGGATAGGACTCATCATAACCAACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTCATCACAGACGTGTACAGTGGATAGGACTCATCATAACCAACAA  650

seq1  GGATGACTACCGCACATTC-TAACCCTCATCTGAGATGGTACCCA-GGCT  698
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGATGACTACCGCACATTCTTAACCCTCATCTGAGATGGTACCCAGGGCT  700

seq1  TTCTCCCTGGATGCTACTTTCTCCCACTCC-TTCCCAACACTACTCTTTA  747
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCTGGATGCTACTTTCTCCCACTCCTTTCCCAACACTACTCTTTA  750

seq1  AGTAAGGAAGCTCCCTGTGCAGCCCATGTGTAAGGAGGGTGTCATGTCCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGGAAGCTCCCTGTGCAGCCCATGTGTAAGGAGGGTGTCATGTCCT  800

seq1  ACCTC-TTTGAAGGCAGGGTACCAACACAAG-TTTTTTGCA-TTCTTCTG  844
      ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  ACCTCTTTTGAAGGCAGGGTACCAACACAAGTTTTTTTGCATTTCTTCTG  850

seq1  CATAGAAGAGTGGTTTGTCCACCCAATGCTTA-ATCTTTAC-TCAATTAC  892
      ||||||||||||||||||||||| |  |||||  ||||||| ||||||||
seq2  CATAGAAGAGTGGTTTGTCCACCAATGGCTTATTTCTTTACTTCAATTAC  900

seq1  CTAGTCTACTTTACA-CTTTGCCATATAATTCAGCACCATGTTATTCTTT  941
      ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  CTAGTCTACTTTACACCTTGGCCATAT-ATTCAGCACCATGGTATTCTTT  949

seq1  TTGTTGCTCAAA--TTATTCAGGCATGCCCC-TAGGA-GCCCTTCCCATT  987
      |||||||||| |  | ||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  TTGTTGCTCAGACTTGATCAAGGCATGCCCCTTAGGAGGCCCTTCCCATT  999

seq1  GG-CTCTGTCCCT  999
      || ||| ||||||
seq2  GGCCTCGGTCCCT  1012

seq1: chr10_122229594_122229879
seq2: B6Ng01-315I01.g_76_361 (reverse)

seq1  CCCACCCCTCCCCCAACCCCTGCTCCCTGTGACGAGGTAGGACAGCGGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCCTCCCCCAACCCCTGCTCCCTGTGACGAGGTAGGACAGCGGCT  50

seq1  TCCTTAAAACTCTTTTTTTTTTTAAGATTTGCTTACTTTATGCATGTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAAAACTCTTTTTTTTTTTAAGATTTGCTTACTTTATGCATGTGAG  100

seq1  CACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCGGATCCCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCGGATCCCATT  150

seq1  ACAGGTGCTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGATCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTGCTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGATCG  200

seq1  TCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGTCATCTCTCCAACCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGTCATCTCTCCAACCCT  250

seq1  CCTTAAAACTCTTATCTGTTAATTTCGGAGGCTAAA  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAAACTCTTATCTGTTAATTTCGGAGGCTAAA  286