BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-316M21
Chromosome10 (Build37)
Map Location 63,946,005 - 64,083,211
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnna3
Upstream geneLrrtm3
Downstream geneLOC665206, LOC216036
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-316M21.bB6Ng01-316M21.g
ACCGA107108GA107109
length1,1101,134
definitionB6Ng01-316M21.b B6Ng01-316M21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,946,005 - 63,947,114)(64,082,067 - 64,083,211)
sequence
gaattcagccttctgcctgtaatattctattgaaagaatgttagcaaggt
gtaggcgttagcttactgagtgggaagggcactttttaatgcagtcatta
tggctagtgtatctgaacatctaaaagcacctctgcttgtttgtttcaac
aatctatcctccagctcattatgtggcagtgcatggccatgagatcttga
tccctttgcctccacctcgtgagtcaccatgtatgtaggctggcaataga
aaccacgcctttgtttatgctaagtgttcttgtggaatctctggtgctgt
gataaaaatgccacgatgcaaagcacctgagcagaagaaggggtttgttc
tgcttacaattccaggtcacagttcatcatagcagagtactcatgttggc
tggaagcaagcagtcacactcgatccacagccaagagcagagagagagaa
atgcatagtggtctgctttctgttccgctagcttcctttactgctgagaa
ttccaaagactggtcctgctctcagtaggcttggcttcctatagcaatga
actaaattgtggcacactcccacaggatattcacaagccattccaatgta
aactttgagtccttcactgagactctgatcctgggtgattctgtcctgtc
tcaggttgaccattaaactaatgatcacattgggcaggttgtctgtcaac
gcagctgttccgtggcatcatgttcttcatatctctccttttaccctgaa
ctttggagatagtctttatcatgtgaccttttaacatcttggttttctac
ctctatccccaagacatatttcttcccttaagtcaccctttctatttcct
ctttgtcttacccgcacacttctttgattgccaaagtctcttctttcctt
atgcatcactattcctgtttttaattgcaacactatacgccttttgcctc
agctgaaaattcttccaagaaatggatttaggctctatctgctgtgacta
cttctttaaaacaaatgaacaaacaaacaaccaccccttaccctatgaat
gctatttttccataattgcattcttttgaaaatacctttcctcatgaaac
agaaatgctt

gaattcagtagagaaggaattaagagttataagggaatagctgaaaggag
gaaagagaaggggagatgataataacgaaactttaaacaaagaattgata
aataaaaccgatggggggggggaaacattgggaacacaaaaattctttta
cccaaacatcttaaaaataagcatatttatgaatgacactaaaatacacg
tttaaaatatttttatgaaggaaaatatcaccattttcacagacaaccac
tacttaaaatgtgatgttgtgcaaagctcataaaataagttatcggttgc
ttgctttgtcactaactagagcttcttgtcctaaccatttattttaaaca
tctacaggagaagagatcaattctatgtgctacacattggtcacatggtt
tactaacattttgaatgtaccaacaaaactgagcatgcttggacttgtga
tgatagaagttatggaataggatgtttcttcttcttgctcaatattctgg
actcattattcatgattcaatactactgggatgatattaattttcctatt
ttacttgtggtgggaccattgtgtataaaagttttaaaaggtctttaaaa
agttgctgactggaaagtgtcagtgtgatgatgatattactattttatta
ttctgtgaaattctcatactaagcttaccgcgagcttgctgctttgagtt
gaaaatgctcaggtattatgccagcaagatgctccatgactgtaagccaa
gcattctgcccgttgaagcagagggaccctgaatatgaagtcatcctggg
ctacattagtgaggctgtgttagaatttggagtcagagaagcccgctaaa
tctgcatatttagtactttctcagccttctgtggtgctattcttgtgtat
agtttgagtactgcaaatttttgaaactcaaggaaaactgtaataaaaat
aagttagctctgttacacttctccaaccagtcctctgttaaacaaaacac
ataaagcaatgagtcctgtggcaggaagcatgttcacagagtatcatcat
cagtttcaaggaccatgcagagcctgatgagaaataagcaatcctcgttc
agtctagcctctggtgaacttcttacagcttgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_63946005_63947114
seq2: B6Ng01-316M21.b_53_1162

seq1  GAATTCAGCCTTCTGCCTGTAATATTCTATTGAAAGAATGTTAGCAAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCCTTCTGCCTGTAATATTCTATTGAAAGAATGTTAGCAAGGT  50

seq1  GTAGGCGTTAGCTTACTGAGTGGGAAGGGCACTTTTTAATGCAGTCATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCGTTAGCTTACTGAGTGGGAAGGGCACTTTTTAATGCAGTCATTA  100

seq1  TGGCTAGTGTATCTGAACATCTAAAAGCACCTCTGCTTGTTTGTTTCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAGTGTATCTGAACATCTAAAAGCACCTCTGCTTGTTTGTTTCAAC  150

seq1  AATCTATCCTCCAGCTCATTATGTGGCAGTGCATGGCCATGAGATCTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTATCCTCCAGCTCATTATGTGGCAGTGCATGGCCATGAGATCTTGA  200

seq1  TCCCTTTGCCTCCACCTCGTGAGTCACCATGTATGTAGGCTGGCAATAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTGCCTCCACCTCGTGAGTCACCATGTATGTAGGCTGGCAATAGA  250

seq1  AACCACGCCTTTGTTTATGCTAAGTGTTCTTGTGGAATCTCTGGTGCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACGCCTTTGTTTATGCTAAGTGTTCTTGTGGAATCTCTGGTGCTGT  300

seq1  GATAAAAATGCCACGATGCAAAGCACCTGAGCAGAAGAAGGGGTTTGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAAATGCCACGATGCAAAGCACCTGAGCAGAAGAAGGGGTTTGTTC  350

seq1  TGCTTACAATTCCAGGTCACAGTTCATCATAGCAGAGTACTCATGTTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTACAATTCCAGGTCACAGTTCATCATAGCAGAGTACTCATGTTGGC  400

seq1  TGGAAGCAAGCAGTCACACTCGATCCACAGCCAAGAGCAGAGAGAGAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCAAGCAGTCACACTCGATCCACAGCCAAGAGCAGAGAGAGAGAA  450

seq1  ATGCATAGTGGTCTGCTTTCTGTTCCGCTAGCTTCCTTTACTGCTGAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAGTGGTCTGCTTTCTGTTCCGCTAGCTTCCTTTACTGCTGAGAA  500

seq1  TTCCAAAGACTGGTCCTGCTCTCAGTAGGCTTGGCTTCCTATAGCAATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAGACTGGTCCTGCTCTCAGTAGGCTTGGCTTCCTATAGCAATGA  550

seq1  ACTAAATTGTGGCACACTCCCACAGGATATTCACAAGCCATTCCAATGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAATTGTGGCACACTCCCACAGGATATTCACAAGCCATTCCAATGTA  600

seq1  AACTTTGAGTCCTTCACTGAGACTCTGATCCTGGGTGATTCTGTCCTGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGAGTCCTTCACTGAGACTCTGATCCTGGGTGATTCTGTCCTGTC  650

seq1  TCAGGTTGACCATTAAACTAATGATCACATTGGGCAGGTTGTCTGTCAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTTGACCATTAAACTAATGATCACATTGGGCAGGTTGTCTGTCAAC  700

seq1  GCAGCTGTTCCGTGGCATCATGTTCTTCATATCTCTCCTTTTACCCTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTGTTCCGTGGCATCATGTTCTTCATATCTCTCCTTTTACCCTGAA  750

seq1  CTTTGGAGATAGTCTTTATCATGTGACCTTTTAACATCTTGGTTTTCTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGAGATAGTCTTTATCATGTGACCTTTTAACATCTTGGTTTTCTAC  800

seq1  CTCTATCCCCAAGACATATTTCTTCCCTTAAGTCACCCTTTCTATTTCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATCCCCAAGACATATTTCTTCCCTTAAGTCACCCTTTCTATTTCCT  850

seq1  CTTTGTCTTACCCGCACACTTCTTTGATTGCCAAAGTCTCTTCTTTCCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCTTACCCGCACACTTCTTTGATTGCCAAAGTCTCTTCTTTCCTT  900

seq1  ATGCATCACTATTCCTGTTTTTAATTGCAACACTATACGCCTTTTGCCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATCACTATTCCTGTTTTTAATTGCAACACTATACGCCTTTTGCCTC  950

seq1  AGCTGAAAATTC-TCCAAGAAATGGATTTAGGCTCTATCTTGCTGTGACT  999
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGCTGAAAATTCTTCCAAGAAATGGATTTAGGCTCTATC-TGCTGTGACT  999

seq1  ACTTCTTTAAAACAAATGAACAAACAAACAAACCACCCCTTACCCTATGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTTTAAAACAAATGAACAAACAAAC-AACCACCCCTTACCCTATGA  1048

seq1  ATTGCTATTTTT-CAT-ATTGCATTCTTTTG-AGATACCTTTCCTCATGA  1096
      | |||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||
seq2  A-TGCTATTTTTCCATAATTGCATTCTTTTGAAAATACCTTTCCTCATGA  1097

seq1  AACAGAAAATGCTT  1110
      ||||| ||||||||
seq2  AACAG-AAATGCTT  1110


seq1: chr10_64082067_64083211
seq2: B6Ng01-316M21.g_70_1203 (reverse)

seq1  GTCAGAGCTGT-AGA--GTCACCAGAGGCTAGACTGAACGAGGGTTTGCT  47
      |||| |||||| |||   ||||||||||||||||||||||| || |||||
seq2  GTCA-AGCTGTAAGAAGTTCACCAGAGGCTAGACTGAACGA-GGATTGCT  48

seq1  TTTAATCTCATTCAGCTCTGCATGGTCCTTG-AACTGATGGATGATACTC  96
      | |  ||||||   ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  TAT-TTCTCATCAGGCTCTGCATGGTCCTTGAAACTGAT-GATGATACTC  96

seq1  TGTTGAAACATTGCTTCCTGCCACAGGACTCATTTGCTTTATGTGTTTTG  146
      |||   |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGT--GAACA-TGCTTCCTGCCACAGGACTCA-TTGCTTTATGTGTTTTG  142

seq1  TTTAACAGGAGGACTGGGTTTGGGAGAAGTGTAACAGAAGCTAACTTATT  196
      ||||||| |||||||||   | ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTTAACA-GAGGACTGG---TTGGAGAAGTGTAACAG-AGCTAACTTATT  187

seq1  TTTATTACAGTTTTCCTTTGAGTTTCAAAAATTTGCAGTACTCAAAACTA  246
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTATTACAGTTTTCC-TTGAGTTTCAAAAATTTGCAGTACTC-AAACTA  235

seq1  TACACAAGAATAGCACCACAGAAGGCTGAGAAAGTACTAAATATGCAGAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAGAATAGCACCACAGAAGGCTGAGAAAGTACTAAATATGCAGAT  285

seq1  TTAGCGGGCTTCTCTGACTCCAAATTCTAACACAGCCTCACTAATGTAGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCGGGCTTCTCTGACTCCAAATTCTAACACAGCCTCACTAATGTAGC  335

seq1  CCAGGATGACTTCATATTCAGGGTCCCTCTGCTTCAACGGGCAGAATGCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATGACTTCATATTCAGGGTCCCTCTGCTTCAACGGGCAGAATGCT  385

seq1  TGGCTTACAGTCATGGAGCATCTTGCTGGCATAATACCTGAGCATTTTCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTACAGTCATGGAGCATCTTGCTGGCATAATACCTGAGCATTTTCA  435

seq1  ACTCAAAGCAGCAAGCTCGCGGTAAGCTTAGTATGAGAATTTCACAGAAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAAGCAGCAAGCTCGCGGTAAGCTTAGTATGAGAATTTCACAGAAT  485

seq1  AATAAAATAGTAATATCATCATCACACTGACACTTTCCAGTCAGCAACTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATAGTAATATCATCATCACACTGACACTTTCCAGTCAGCAACTT  535

seq1  TTTAAAGACCTTTTAAAACTTTTATACACAATGGTCCCACCACAAGTAAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGACCTTTTAAAACTTTTATACACAATGGTCCCACCACAAGTAAA  585

seq1  ATAGGAAAATTAATATCATCCCAGTAGTATTGAATCATGAATAATGAGTC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAAAATTAATATCATCCCAGTAGTATTGAATCATGAATAATGAGTC  635

seq1  CAGAATATTGAGCAAGAAGAAGAAACATCCTATTCCATAACTTCTATCAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATATTGAGCAAGAAGAAGAAACATCCTATTCCATAACTTCTATCAT  685

seq1  CACAAGTCCAAGCATGCTCAGTTTTGTTGGTACATTCAAAATGTTAGTAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGTCCAAGCATGCTCAGTTTTGTTGGTACATTCAAAATGTTAGTAA  735

seq1  ACCATGTGACCAATGTGTAGCACATAGAATTGATCTCTTCTCCTGTAGAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTGACCAATGTGTAGCACATAGAATTGATCTCTTCTCCTGTAGAT  785

seq1  GTTTAAAATAAATGGTTAGGACAAGAAGCTCTAGTTAGTGACAAAGCAAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAAATAAATGGTTAGGACAAGAAGCTCTAGTTAGTGACAAAGCAAG  835

seq1  CAACCGATAACTTATTTTATGAGCTTTGCACAACATCACATTTTAAGTAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCGATAACTTATTTTATGAGCTTTGCACAACATCACATTTTAAGTAG  885

seq1  TGGTTGTCTGTGAAAATGGTGATATTTTCCTTCATAAAAATATTTTAAAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTCTGTGAAAATGGTGATATTTTCCTTCATAAAAATATTTTAAAC  935

seq1  GTGTATTTTAGTGTCATTCATAAATATGCTTATTTTTAAGATGTTTGGGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATTTTAGTGTCATTCATAAATATGCTTATTTTTAAGATGTTTGGGT  985

seq1  AAAAGAATTTTTGTGTTCCCAATGTTTCCCCCCCCCCATCGGTTTTATTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAATTTTTGTGTTCCCAATGTTTCCCCCCCCCCATCGGTTTTATTT  1035

seq1  ATCAATTCTTTGTTTAAAGTTTCGTTATTATCATCTCCCCTTCTCTTTCC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATTCTTTGTTTAAAGTTTCGTTATTATCATCTCCCCTTCTCTTTCC  1085

seq1  TCCTTTCAGCTATTCCCTTATAACTCTTAATTCCTTCTCTACTGAATTC  1145
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCAGCTATTCCCTTATAACTCTTAATTCCTTCTCTACTGAATTC  1134


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |