BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319H04
Chromosome10 (Build37)
Map Location 106,904,870 - 107,002,171
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMyf5, Myf6, Ptprq
Upstream genePpfia2, Olfr1556-ps1, 8430416H19Rik, Lin7a
Downstream geneEG628870, Ppp1r12a, Pawr, EG667814, Syt1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319H04.bB6Ng01-319H04.g
ACCGA109073GA109074
length1,099405
definitionB6Ng01-319H04.b B6Ng01-319H04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,904,870 - 106,905,970)(107,001,761 - 107,002,171)
sequence
gaattcagatatctaacagccacttcgtctctctctcacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatctgcaaa
cacttgtgatgccaatttccccctggttactttcctgtatgtctctgtac
ttgatcaagcctctccaaatcattgtttgctaacctcactgcaaagccta
tgagtcaccacaatgtccagtgcgggaagatagcctaagagtgcagtagt
ggcacttatgtctttgaaataactaacagctacttagttagacttaaggc
ccgcttgacaggcgggaattcacgtggcactgtaaacatagctcactact
tgtagctatggtcatcgatcataaaagagaaacctctactgcgttttcct
aagtacaattaccagttgcttgtgttcactgcttggtgtagtttctatcc
cttatcaaagaagcctccttaacagtagacagaaacaaaaaacttaccac
tgggtcaaaattcaaacaattgaccatggcatacccatcggttggtacat
ctagaacacaaccactataggttgtgcccagggaacatcatggaagaggg
ggcaaaagtttgtaagaggtagaggagagtacttatgtgttaaattctca
aaaaaagagagaaaattaaaatggagaagacagttttaaattttattatt
attattagtagtagtagtattcgttgtatatttgagtgtgtgtattgttt
gagaggcagaaagcaatacagagagagacacaaagtaagagactgatagg
tggaaaaccaaactcaggtcatcaggctgggctccaagcgcctttaggta
cggagagccaccttgcaggctctgagaaaagcatttaaataatagcagca
ctgatattctgctgcccacaacacaaaacccgtccacgtgaactgtgcta
ccatttcccgggtctggacggattctctctactcagagctagctgacctt
tagccagacccagttgtccggaagtgcagagcaagagttttctggaagtc
acagctctcacgcaaggctcctcgttcactactgatgatcaattgcaaa
taggtcagacagggttataacatgagaccctgtctaggtaggtaggtaag
tagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagata
gatagatagatagatagataggtagatagatagatagatagatagataga
tagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatttaaacaaa
acactaccagagcccagaaagacagcaactccctgatgtcactctactat
agtgctcctatggacaaagcctagcattccagtgggtgacaaagaagaaa
tgaaattagggaccattcagttatcacagaggacaaatttagagacaaca
aagtaaacctactcagagtcactataaatatatattttttttctactagt
tttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_106904870_106905970
seq2: B6Ng01-319H04.b_49_1147

seq1  GAATTCAGATATCTAACAGCCACTTCGTCTCTCTCTCACACACACACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATATCTAACAGCCACTTCGTCTCTCTCTCACACACACACACA  50

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATCTGCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATCTGCAAA  100

seq1  CACTTGTGATGCCAATTTCCCCCTGGTTACTTTCCTGTATGTCTCTGTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGTGATGCCAATTTCCCCCTGGTTACTTTCCTGTATGTCTCTGTAC  150

seq1  TTGATCAAGCCTCTCCAAATCATTGTTTGCTAACCTCACTGCAAAGCCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCAAGCCTCTCCAAATCATTGTTTGCTAACCTCACTGCAAAGCCTA  200

seq1  TGAGTCACCACAATGTCCAGTGCGGGAAGATAGCCTAAGAGTGCAGTAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCACCACAATGTCCAGTGCGGGAAGATAGCCTAAGAGTGCAGTAGT  250

seq1  GGCACTTATGTCTTTGAAATAACTAACAGCTACTTAGTTAGACTTAAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTTATGTCTTTGAAATAACTAACAGCTACTTAGTTAGACTTAAGGC  300

seq1  CCGCTTGACAGGCGGGAATTCACGTGGCACTGTAAACATAGCTCACTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTTGACAGGCGGGAATTCACGTGGCACTGTAAACATAGCTCACTACT  350

seq1  TGTAGCTATGGTCATCGATCATAAAAGAGAAACCTCTACTGCGTTTTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTATGGTCATCGATCATAAAAGAGAAACCTCTACTGCGTTTTCCT  400

seq1  AAGTACAATTACCAGTTGCTTGTGTTCACTGCTTGGTGTAGTTTCTATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACAATTACCAGTTGCTTGTGTTCACTGCTTGGTGTAGTTTCTATCC  450

seq1  CTTATCAAAGAAGCCTCCTTAACAGTAGACAGAAACAAAAAACTTACCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCAAAGAAGCCTCCTTAACAGTAGACAGAAACAAAAAACTTACCAC  500

seq1  TGGGTCAAAATTCAAACAATTGACCATGGCATACCCATCGGTTGGTACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCAAAATTCAAACAATTGACCATGGCATACCCATCGGTTGGTACAT  550

seq1  CTAGAACACAACCACTATAGGTTGTGCCCAGGGAACATCATGGAAGAGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAACACAACCACTATAGGTTGTGCCCAGGGAACATCATGGAAGAGGG  600

seq1  GGCAAAAGTTTGTAAGAGGTAGAGGAGAGTACTTATGTGTTAAATTCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAAGTTTGTAAGAGGTAGAGGAGAGTACTTATGTGTTAAATTCTCA  650

seq1  AAAAAAGAGAGAAAATTAAAATGGAGAAGACAGTTTTAAATTTTATTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGAGAGAAAATTAAAATGGAGAAGACAGTTTTAAATTTTATTATT  700

seq1  ATTATTAGTAGTAGTAGTATTCGTTGTATATTTGAGTGTGTGTATTGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTAGTAGTAGTAGTATTCGTTGTATATTTGAGTGTGTGTATTGTTT  750

seq1  GAGAGGCAGAAAGCAATACAGAGAGAGACACAAAGTAAGAGACTGATAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCAGAAAGCAATACAGAGAGAGACACAAAGTAAGAGACTGATAGG  800

seq1  TGGAAAACCAAACTCAGGTCATCAGGCTGGGCTCCAAGCGCCTTTAGGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAACCAAACTCAGGTCATCAGGCTGGGCTCCAAGCGCCTTTAGGTA  850

seq1  CGGAGAGCCACCTTGCAGGCTCTGAGAAAAGCATTTAAATAATAGCAGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGAGCCACCTTGCAGGCTCTGAGAAAAGCATTTAAATAATAGCAGCA  900

seq1  CTGATATTCTGCTGCCCACAACACAAAACCCGTCCACGTGAACTGTGCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATATTCTGCTGCCCACAACACAAAACCCGTCCACGTGAACTGTGCTA  950

seq1  CCATTTCCCGGGTCTGGACGGATTCTCTCTACTCAGAGCTAAGCTGACC-  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  CCATTTCCCGGGTCTGGACGGATTCTCTCTACTCAGAGCT-AGCTGACCT  999

seq1  TTAGCCAGACCCAGTTGTCCCGGAAGTGCAGAGCAAGAAGTTTCTGGAAG  1049
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| 
seq2  TTAGCCAGACCCAGTTGT-CCGGAAGTGCAGAGCAAGAGTTTTCTGGAA-  1047

seq1  GTCACAGCTCTCACGC-AGGCT-CTCGTTCACTAACTTGATGATCAAATG  1097
      |||||||||||||||| ||||| |||||||||||   |||||||||| ||
seq2  GTCACAGCTCTCACGCAAGGCTCCTCGTTCACTA--CTGATGATCAATTG  1095

seq1  CAAA  1101
      ||||
seq2  CAAA  1099

seq1: chr10_107001761_107002171
seq2: B6Ng01-319H04.g_66_476 (reverse)

seq1  AGAAAACTAGTAGAAAAAAAATATATATTTATAGTGACTCTGAGTAGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACTAGTAGAAAAAAAATATATATTTATAGTGACTCTGAGTAGGTT  50

seq1  TACTTTGTTGTCTCTAAATTTGTCCTCTGTGATAACTGAATGGTCCCTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTGTTGTCTCTAAATTTGTCCTCTGTGATAACTGAATGGTCCCTAA  100

seq1  TTTCATTTCTTCTTTGTCACCCACTGGAATGCTAGGCTTTGTCCATAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTTCTTCTTTGTCACCCACTGGAATGCTAGGCTTTGTCCATAGGA  150

seq1  GCACTATAGTAGAGTGACATCAGGGAGTTGCTGTCTTTCTGGGCTCTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTATAGTAGAGTGACATCAGGGAGTTGCTGTCTTTCTGGGCTCTGGT  200

seq1  AGTGTTTTGTTTAAATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTTGTTTAAATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT  250

seq1  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTACCTATCTATCTATCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTACCTATCTATCTATCTAT  300

seq1  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT  350

seq1  ATCTACTTACCTACCTACCTAGACAGGGTCTCATGTTATAACCCTGTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACTTACCTACCTACCTAGACAGGGTCTCATGTTATAACCCTGTCTG  400

seq1  ACCTAGAATTC  411
      |||||||||||
seq2  ACCTAGAATTC  411