BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321G15
Chromosome10 (Build37)
Map Location 37,270,802 - 37,439,818
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneHs3st5, Hdac2, Marcks, LOC100040846
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321G15.bB6Ng01-321G15.g
ACCGA110526GA110527
length1,1351,148
definitionB6Ng01-321G15.b B6Ng01-321G15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,438,679 - 37,439,818)(37,270,802 - 37,271,975)
sequence
gaattcctccttatgtaaattcggcatccccagcgtcatgaccccagcca
atgatgtgcactcaactctatagccccgactcaccccacaaaggtataaa
tagctattgtttcacagcaataacctgaaccagttctctgaagttgttgc
cagtaggtgtgtattctttacccatgcactcacctcaccactgacaaaga
tcctgcctgcacccagcagcctggctaaacttatttcctgccagtccacc
ccagggagaagtagacacagggtagcatatgaccatttctttaccatttc
caacaatattgtatatccatcaagataaggggtatcatctccaaaaaagc
aaaaatactcaggatactctaaagtgatagtttccataagtggatacata
gcatatctttggcactgcaaattcatcaggaggcagcacaattatggaga
aaaagtggatcatgaggaaaggtggacaaagtgatctaacactctaggga
caataaatatgggttaacaaagtgcataaatgagtgaatggcccaaatat
ttgctcactgtaattattcctttaggcaatgatattaaatttcttgggag
atgtgaaaaaaacatcaattcaccccagatagaacaccaatgagaaacaa
gaacaattgtatttaacttagtgaacaagtgagtttctcagagctactca
cagaagtatagctgaggtgaggtattacttacaggattataggtgactaa
taggcagttggggcatcaataaattcaacccagaatgggtatcagcacac
aatagctacctccctgaacttcccatacaacttagagtacttgtaatgaa
aaacagtgttatctccccaagccattgcttactctttttataacctcgga
gagagcctgtgtaagtctgagtttcctaaacctgataagttctgttatat
ccttatattatgagcctttctctgctcagaaagcaaatttcatttagatg
acatagttatacacatactcacagtagttttcatgaggctaatgattcat
ggctagaggatctctactcctacatatacctatggagtttgatgtatatt
ttaggagcatattccaagaccggagtgaattatat

gaattcagcatagtgacacactattggcttattcaaacatcagcagaaac
attacatgtacgtgcagggtgtcagagttctgtgagttgttgactcagtt
cagatagccctgttatgtcctcacattcctctttatctttatggtcaagc
tgttcccaggactattttaactactgtgcatacgcaggtttgtttttctt
tgttctcagccccaggcagcctctaggctcataaacaaccagcaatttct
gagcactttatatgacttataggtcttgaaatttcatctttctttcagta
gaagcaaatttaaacccccaagattgggaaggagatctcagtgggatttt
atctaacagggtcccacacaactgctaaaagaagctgatagatttttttg
gagacagaaattagaccctcatacaatcagggtctgactatggatgcttg
ccttgtacgggactacagtacaagcaatgctttcttagcacagaggtgat
aaggaatgttttaagtgtgggggcatgggttattttaggaaagactgtcc
aaaatatagaggcatagacaggcaggagaatcactcccctggaatctgtt
ctcactgcaggaaggataatcattcagccaggccacaggaaataggccca
gattaagcaacatttacaattgagttaatgcaatgttcagagcaagctca
gtggaggcttgtgtggcattccttttgtctttgtcatactgactagccca
gagaaaggtggacctgctaacaaaagaattgctcaacttgttttagttcc
cttacatctgctacattaacagtaagagaggacaaggtagctttggttcc
tctaatgtgtactaggttcagtccattactaataagagatataaccttaa
attactagttgaaggaaaaagctttgaagattaatagacactggagctgg
tgtattcactcacttccaggattagttattccattaatcaaacaaatttc
aaagtagatttattgaaagtactgaactaggacttagagcattaagtctt
ggcttgctactctagctgcattccagaatgcatatagaatattatgggtt
gagaattattttatactggaccctgcatcctgggactgcagttgcatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_37438679_37439818
seq2: B6Ng01-321G15.b_43_1177 (reverse)

seq1  ATATA--TCACT-CTGTCTTTGAATAATGCTCCTAAAATATACATCAAAC  47
      |||||  ||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATTCACTCCGGTCTTGGAAT-ATGCTCCTAAAATATACATCAAAC  49

seq1  T-CATAGGTATATGTAGGAGTTAGAGATCCTCTAGCCAATGAATCATTAG  96
      | |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCCATAGGTATATGTAGGAG-TAGAGATCCTCTAGCC-ATGAATCATTAG  97

seq1  CCTCATGAAAAACTACTGGTGAGTATTGTTGTATAACTATGTCATCTAAA  146
      ||||||| ||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATG-AAAACTACT-GTGAGTAT--GTGTATAACTATGTCATCTAAA  143

seq1  TTGAAATTTTGCTTTCTGAGCAGAGAAAGGCTCATAATATAAGGATATAA  196
       ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TGAAA-TTTGCTTTCTGAGCAGAGAAAGGCTCATAATATAAGGATATAA  191

seq1  CAGAACTTATCAGGTTTAGGAAACTCAGACTTACACAGGCTCTCTCCGAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTTATCAGGTTTAGGAAACTCAGACTTACACAGGCTCTCTCCGAG  241

seq1  GTTATAAAAAGAGTAAGCAATGGCTTGGGGAGATAACACTGTTTTTCATT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATAAAAAGAGTAAGCAATGGCTTGGGGAGATAACACTGTTTTTCATT  291

seq1  ACAAGTACTCTAAGTTGTATGGGAAGTTCAGGGAGGTAGCTATTGTGTGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTACTCTAAGTTGTATGGGAAGTTCAGGGAGGTAGCTATTGTGTGC  341

seq1  TGATACCCATTCTGGGTTGAATTTATTGATGCCCCAACTGCCTATTAGTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACCCATTCTGGGTTGAATTTATTGATGCCCCAACTGCCTATTAGTC  391

seq1  ACCTATAATCCTGTAAGTAATACCTCACCTCAGCTATACTTCTGTGAGTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATAATCCTGTAAGTAATACCTCACCTCAGCTATACTTCTGTGAGTA  441

seq1  GCTCTGAGAAACTCACTTGTTCACTAAGTTAAATACAATTGTTCTTGTTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGAGAAACTCACTTGTTCACTAAGTTAAATACAATTGTTCTTGTTT  491

seq1  CTCATTGGTGTTCTATCTGGGGTGAATTGATGTTTTTTTCACATCTCCCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGGTGTTCTATCTGGGGTGAATTGATGTTTTTTTCACATCTCCCA  541

seq1  AGAAATTTAATATCATTGCCTAAAGGAATAATTACAGTGAGCAAATATTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTTAATATCATTGCCTAAAGGAATAATTACAGTGAGCAAATATTT  591

seq1  GGGCCATTCACTCATTTATGCACTTTGTTAACCCATATTTATTGTCCCTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCATTCACTCATTTATGCACTTTGTTAACCCATATTTATTGTCCCTA  641

seq1  GAGTGTTAGATCACTTTGTCCACCTTTCCTCATGATCCACTTTTTCTCCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTTAGATCACTTTGTCCACCTTTCCTCATGATCCACTTTTTCTCCA  691

seq1  TAATTGTGCTGCCTCCTGATGAATTTGCAGTGCCAAAGATATGCTATGTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTGCTGCCTCCTGATGAATTTGCAGTGCCAAAGATATGCTATGTA  741

seq1  TCCACTTATGGAAACTATCACTTTAGAGTATCCTGAGTATTTTTGCTTTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTATGGAAACTATCACTTTAGAGTATCCTGAGTATTTTTGCTTTT  791

seq1  TTGGAGATGATACCCCTTATCTTGATGGATATACAATATTGTTGGAAATG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGATGATACCCCTTATCTTGATGGATATACAATATTGTTGGAAATG  841

seq1  GTAAAGAAATGGTCATATGCTACCCTGTGTCTACTTCTCCCTGGGGTGGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGAAATGGTCATATGCTACCCTGTGTCTACTTCTCCCTGGGGTGGA  891

seq1  CTGGCAGGAAATAAGTTTAGCCAGGCTGCTGGGTGCAGGCAGGATCTTTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAGGAAATAAGTTTAGCCAGGCTGCTGGGTGCAGGCAGGATCTTTG  941

seq1  TCAGTGGTGAGGTGAGTGCATGGGTAAAGAATACACACCTACTGGCAACA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGTGAGGTGAGTGCATGGGTAAAGAATACACACCTACTGGCAACA  991

seq1  ACTTCAGAGAACTGGTTCAGGTTATTGCTGTGAAACAATAGCTATTTATA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGAGAACTGGTTCAGGTTATTGCTGTGAAACAATAGCTATTTATA  1041

seq1  CCTTTGTGGGGTGAGTCGGGGCTATAGAGTTGAGTGCACATCATTGGCTG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTGGGGTGAGTCGGGGCTATAGAGTTGAGTGCACATCATTGGCTG  1091

seq1  GGGTCATGACGCTGGGGATGCCGAATTTACATAAGGAGGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCATGACGCTGGGGATGCCGAATTTACATAAGGAGGAATTC  1135


seq1: chr10_37270802_37271975
seq2: B6Ng01-321G15.g_66_1213

seq1  GAATTCAGCATAGTGACACACTATTGGCTTATTCAAACATCAGCAGAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCATAGTGACACACTATTGGCTTATTCAAACATCAGCAGAAAC  50

seq1  ATTACATGTACGTGCAGGGTGTCAGAGTTCTGTGAGTTGTTGACTCAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATGTACGTGCAGGGTGTCAGAGTTCTGTGAGTTGTTGACTCAGTT  100

seq1  CAGATAGCCCTGTTATGTCCTCACATTCCTCTTTATCTTTATGGTCAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAGCCCTGTTATGTCCTCACATTCCTCTTTATCTTTATGGTCAAGC  150

seq1  TGTTCCCAGGACTATTTTAACTACTGTGCATACGCAGGTTTGTTTTTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCAGGACTATTTTAACTACTGTGCATACGCAGGTTTGTTTTTCTT  200

seq1  TGTTCTCAGCCCCAGGCAGCCTCTAGGCTCATAAACAACCAGCAATTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCAGCCCCAGGCAGCCTCTAGGCTCATAAACAACCAGCAATTTCT  250

seq1  GAGCACTTTATATGACTTATAGGTCTTGAAATTTCATCTTTCTTTCAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTTTATATGACTTATAGGTCTTGAAATTTCATCTTTCTTTCAGTA  300

seq1  GAAGCAAATTTAAACCCCCAAGATTGGGAAGGAGATCTCAGTGGGATTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAAATTTAAACCCCCAAGATTGGGAAGGAGATCTCAGTGGGATTTT  350

seq1  ATCTAACAGGGTCCCACACAACTGCTAAAAGAAGCTGATAGATTTTTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAACAGGGTCCCACACAACTGCTAAAAGAAGCTGATAGATTTTTTTG  400

seq1  GAGACAGAAATTAGACCCTCATACAATCAGGGTCTGACTATGGATGCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGAAATTAGACCCTCATACAATCAGGGTCTGACTATGGATGCTTG  450

seq1  CCTTGTACGGGACTACAGTACAAGCAATGCTTTCTTAGCACAGAGGTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTACGGGACTACAGTACAAGCAATGCTTTCTTAGCACAGAGGTGAT  500

seq1  AAGGAATGTTTTAAGTGTGGGGGCATGGGTTATTTTAGGAAAGACTGTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAATGTTTTAAGTGTGGGGGCATGGGTTATTTTAGGAAAGACTGTCC  550

seq1  AAAATATAGAGGCATAGACAGGCAGGAGAATCACTCCCCTGGAATCTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATAGAGGCATAGACAGGCAGGAGAATCACTCCCCTGGAATCTGTT  600

seq1  CTCACTGCAGGAAGGATAATCATTCAGCCAGGCCACAGGAAATAGGCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGCAGGAAGGATAATCATTCAGCCAGGCCACAGGAAATAGGCCCA  650

seq1  GATTAAGCAACATTTACAATTGAGTTAATGCAATGTTCAGAGCAAGCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAGCAACATTTACAATTGAGTTAATGCAATGTTCAGAGCAAGCTCA  700

seq1  GTGGAGGCTTGTGTGGCATTCCTTTTGTCTTTGTCATACTGACTAGCCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGGCTTGTGTGGCATTCCTTTTGTCTTTGTCATACTGACTAGCCCA  750

seq1  GAGAAAGGTGGACCTGCTAACAAAAGAATTGCTCAACTTGTTTTAGTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGGTGGACCTGCTAACAAAAGAATTGCTCAACTTGTTTTAGTTCC  800

seq1  CTTACATCTGCTACATTAACAGTAAGAGAGGACAAGGTAGCTTTGGTTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACATCTGCTACATTAACAGTAAGAGAGGACAAGGTAGCTTTGGTTCC  850

seq1  TCTAATGTGTACTAGGTTCAGTCCATTACTAATAAGAGATATAACCTTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATGTGTACTAGGTTCAGTCCATTACTAATAAGAGATATAACCTTAA  900

seq1  ATTACTAGTTGAAGGAAAAAGGCTTTGAAGGATTAATAGACACTGGAGCT  950
      |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTAGTTGAAGGAAAAA-GCTTTGAA-GATTAATAGACACTGGAGCT  948

seq1  GGTGTATTCACTCACTTCCAAGGGATTAGTTATTCCATTAATCCAAAACA  1000
      ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||
seq2  GGTGTATTCACTCACTTCCA--GGATTAGTTATTCCATTAATC--AAACA  994

seq1  AATTTCAAAGTTAAGATTTA-TGAAAGGTTACTGAAACTAGGGACTTAGG  1049
      |||||||||||  ||||||| ||||||  ||||| ||||| |||||||| 
seq2  AATTTCAAAGT--AGATTTATTGAAAG--TACTG-AACTA-GGACTTAG-  1037

seq1  AAGGCATTACAGTC-TGGCTTGCCTACTCTAGCTGCCATTCCAGGAAATG  1098
         |||||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||  ||||
seq2  --AGCATTA-AGTCTTGGCTTG-CTACTCTAGCTG-CATTCCAG--AATG  1080

seq1  CATATAGAATTATTATGGGTTTGGAGGATTATTTTTATACT-GACCCTTT  1147
      ||||||||| |||||||||||  ||| |||| ||||||||| |||||  |
seq2  CATATAGAA-TATTATGGGTT--GAGAATTA-TTTTATACTGGACCC--T  1124

seq1  GCATCCTGGGACTGGGAAGTTTGCATT  1174
      |||||||||||||  | || |||||||
seq2  GCATCCTGGGACT--GCAG-TTGCATT  1148


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |