BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-322M17
Chromosome10 (Build37)
Map Location 72,617,590 - 72,768,431
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC432471, LOC544705
Upstream geneLOC100040505, Zwint
Downstream geneLOC100039981, LOC623191, Pcdh15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-322M17.bB6Ng01-322M17.g
ACCGA111546GA111547
length1,064307
definitionB6Ng01-322M17.b B6Ng01-322M17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,767,369 - 72,768,431)(72,617,590 - 72,617,897)
sequence
gaattccaaatactgctcagaatataacttcttaaccatctacatgtgac
aatatttagatagaactttagtacatatttctggctttgtcttttttttt
tcattgcatacacatttttttctgctttgcaatccatataacatcacact
tctacttctccagttctttaacaaggttaaaagagtgattctggttaatg
cataaaaccataggccacgtctagcctttaattatatgagcaaattcttc
cactgcgctctctcatctggcttgatatatggaatctactctgacactgg
ctcagtggtcactgacaagaacatctagtctacacacttgactccaaaat
gcactggaagcattaactcagtaaaagataaaaagttctcatcataaaac
attagggttcatgtgattatattcaacacaacacaacttagaatacatgc
aacagcatttggtaacatacctattttatttataataaagctatactgcg
tctgaaaattattatctatagactctgaattatagattcatgttataatt
aaaatgaattttccacctgagagatgtctcgtctagtgagaagacaacca
tttgagacacctgatagatcaactcaagtcagttcctcctgctctaaaca
tgtggcatcttaaggtcttattagtcatatttatttttcttttgcaattt
gatcttcctttctgacaaaacacacacacacatacacacattatatatat
aatgttttgtatatgcttgttccagggagtggcactattagaaggtgtgg
ccctagctgcctggaagccagtacagccttcatatgaaggtgtagatctc
tcagctcctcctacaccatgcctgtctggatgctgccatgttcccatctt
gatgataatggactgaaactctgaacctgttaatcagccccaattaaata
ttgtctttataagagttgccttggtcatggtatctgctcacagcagtaaa
actctgactaagaaacacaacactaaggcatgcacgcaagctgcgcacgc
gcggcgcgcgcgca

ttttcagtgaccagcggcagaaacatccttaaccacgagcttgcgcctgg
tatctaccaaattagactagaagcttcccaagtattggaggactttatta
cgttaatttacacgaagacaatgtgtcttattttagaaaactttaacgac
ttaaacagtgcttaaaaatactctatgagaacacactgatacgggtgaca
tattgtacagtagttgaaggatgatgatggtggtggtggtggtaataatg
atgatgtcaattcactcgtgatgatcctctgttgatacttatgaagataa
tgatgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_72767369_72768431
seq2: B6Ng01-322M17.b_45_1108 (reverse)

seq1  TGCGCGCGCG-CGCGCGTGCGCAAGCCTGCGTGCATGCCTTAGTG-TGTG  48
      |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  TGCGCGCGCGCCGCGCGTGCGC-AGCTTGCGTGCATGCCTTAGTGTTGTG  49

seq1  TTTCTTAGTCAGAGTTTTACTGCTGTGAGCAGATACCATGACCAAGGCAA  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTAGTCAGAGTTTTACTGCTGTGAGCAGATACCATGACCAAGGCAA  99

seq1  CTCTTATAAAGACAATATTTAATTGGGGCTGATTAACAGGTTCAGAGTTT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTATAAAGACAATATTTAATTGGGGCTGATTAACAGGTTCAGAGTTT  149

seq1  CAGTCCATTATCATCAAGATGGGAACATGGCAGCATCCAGACAGGCATGG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCATTATCATCAAGATGGGAACATGGCAGCATCCAGACAGGCATGG  199

seq1  TGTAGGAGGAGCTGAGAGATCTACACCTTCATATGAAGGCTGTACTGGCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGAGGAGCTGAGAGATCTACACCTTCATATGAAGGCTGTACTGGCT  249

seq1  TCCAGGCAGCTAGGGCCACACCTTCTAATAGTGCCACTCCCTGGAACAAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGCAGCTAGGGCCACACCTTCTAATAGTGCCACTCCCTGGAACAAG  299

seq1  CATATACAAAACATTATATATATAATGTGTGTATGTGTGTGTGTGTTTTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACAAAACATTATATATATAATGTGTGTATGTGTGTGTGTGTTTTG  349

seq1  TCAGAAAGGAAGATCAAATTGCAAAAGAAAAATAAATATGACTAATAAGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAGGAAGATCAAATTGCAAAAGAAAAATAAATATGACTAATAAGA  399

seq1  CCTTAAGATGCCACATGTTTAGAGCAGGAGGAACTGACTTGAGTTGATCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAGATGCCACATGTTTAGAGCAGGAGGAACTGACTTGAGTTGATCT  449

seq1  ATCAGGTGTCTCAAATGGTTGTCTTCTCACTAGACGAGACATCTCTCAGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGTGTCTCAAATGGTTGTCTTCTCACTAGACGAGACATCTCTCAGG  499

seq1  TGGAAAATTCATTTTAATTATAACATGAATCTATAATTCAGAGTCTATAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAATTCATTTTAATTATAACATGAATCTATAATTCAGAGTCTATAG  549

seq1  ATAATAATTTTCAGACGCAGTATAGCTTTATTATAAATAAAATAGGTATG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAATTTTCAGACGCAGTATAGCTTTATTATAAATAAAATAGGTATG  599

seq1  TTACCAAATGCTGTTGCATGTATTCTAAGTTGTGTTGTGTTGAATATAAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAAATGCTGTTGCATGTATTCTAAGTTGTGTTGTGTTGAATATAAT  649

seq1  CACATGAACCCTAATGTTTTATGATGAGAACTTTTTATCTTTTACTGAGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGAACCCTAATGTTTTATGATGAGAACTTTTTATCTTTTACTGAGT  699

seq1  TAATGCTTCCAGTGCATTTTGGAGTCAAGTGTGTAGACTAGATGTTCTTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTTCCAGTGCATTTTGGAGTCAAGTGTGTAGACTAGATGTTCTTG  749

seq1  TCAGTGACCACTGAGCCAGTGTCAGAGTAGATTCCATATATCAAGCCAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGACCACTGAGCCAGTGTCAGAGTAGATTCCATATATCAAGCCAGA  799

seq1  TGAGAGAGCGCAGTGGAAGAATTTGCTCATATAATTAAAGGCTAGACGTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGAGCGCAGTGGAAGAATTTGCTCATATAATTAAAGGCTAGACGTG  849

seq1  GCCTATGGTTTTATGCATTAACCAGAATCACTCTTTTAACCTTGTTAAAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATGGTTTTATGCATTAACCAGAATCACTCTTTTAACCTTGTTAAAG  899

seq1  AACTGGAGAAGTAGAAGTGTGATGTTATATGGATTGCAAAGCAGAAAAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGAGAAGTAGAAGTGTGATGTTATATGGATTGCAAAGCAGAAAAAA  949

seq1  ATGTGTATGCAATGAAAAAAAAAAGACAAAGCCAGAAATATGTACTAAAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTATGCAATGAAAAAAAAAAGACAAAGCCAGAAATATGTACTAAAG  999

seq1  TTCTATCTAAATATTGTCACATGTAGATGGTTAAGAAGTTATATTCTGAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCTAAATATTGTCACATGTAGATGGTTAAGAAGTTATATTCTGAG  1049

seq1  CAGTATTTGGAATTC  1063
      |||||||||||||||
seq2  CAGTATTTGGAATTC  1064


seq1: chr10_72617590_72617897
seq2: B6Ng01-322M17.g_73_379

seq1  TTTTCAGTGACCAGCGGCAGAAACATCCTTAACCACGAGCTTGCGCCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGTGACCAGCGGCAGAAACATCCTTAACCACGAGCTTGCGCCTGG  50

seq1  TATCTACCAAATTAGACTAGAAGCTTCCCAAGTATTGGAGGACTTTATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTACCAAATTAGACTAGAAGCTTCCCAAGTATTGGAGGACTTTATTA  100

seq1  CGTTAATTTACACGAAGACAATGTGTCTTATTTTAGAAAACTTTAACGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTAATTTACACGAAGACAATGTGTCTTATTTTAGAAAACTTTAACGAC  150

seq1  TTAAACAGTGCTTAAAAATACTCTATGAGAACACACTGATACGGGTGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACAGTGCTTAAAAATACTCTATGAGAACACACTGATACGGGTGACA  200

seq1  TATTGTACAGTAGTTGAAGGATGATGATGGTGGTGGTGGTGGTAATAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTACAGTAGTTGAAGGATGATGATGGTGGTGGTGGTGGTAATAATG  250

seq1  ATGATGTCATTTCTGATGGTGATGATGCTATGCTGATACTGATGAAGATA  300
      ||||||||| |||   | |||||||| || || ||||||| |||||||||
seq2  ATGATGTCAATTC-ACTCGTGATGATCCTCTGTTGATACTTATGAAGATA  299

seq1  ATGATGGA  308
      ||||||||
seq2  ATGATGGA  307


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |