BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-326C23
Chromosome10 (Build37)
Map Location 6,419,047 - 6,567,778
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlekhg1
Upstream geneEsr1, LOC100041310, Gm221, 1700052N19Rik, Rmnd1, Zbtb2, Akap12, Mthfd1l
Downstream geneIyd, Ppp1r14c, EG666520, LOC100039303, LOC670558, LOC626333, LOC666541, 9230019H11Rik, LOC100041405, LOC672213, Lrp11, Pcmt1, Nup43, Lats1, Katna1, BC013529, Ppil4, LOC665035, Zc3h12d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-326C23.bB6Ng01-326C23.g
ACCGA114056GA114057
length1,1741,011
definitionB6Ng01-326C23.b B6Ng01-326C23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,566,604 - 6,567,778)(6,419,047 - 6,420,148)
sequence
gaattccagtgatgcttgtggttgagtggccctctgagtagccaagctct
gtgggacagacctgggctgtgagagaggatgacaacctaaaacacagtgt
gtttaggacttgtcttagggttactattgctgcgatgaaacacaagggcc
aaagaaacatggaaaggaaagggattattcagcttatgtcaccatgtcac
aagtttatcatcaaaggaaatcagaataggaactccagcaaggcaagacc
ctgaaggcaagagctgatgcaaaatctgtgaggaagggctgcttactgtc
ctattcttcttgacttgctcagtttgtgttttttttatcaaacccaatgt
tgccatcccaggcaaggaactacccataatgggctgggcccttctctatc
agccactgattaggaaactgttccacaggcttgcccacagcctgatcata
tgaaggcattttctcaatagaagttccctcctctctgataactctaactt
atgccaagttgacataatgctagccagtgaaggagtctctgtgacaacgc
agaagctaatgaggaaggaaggctagaagccaggcattgtgaggctagag
caggaaaactagcatgtctgagtttgaagccagcccgggctatagtgtga
gatacactgttcccctttctgaccaaaaagcatgggtagagttgggataa
agaaatcttcaggtatgtgatgtcagcaagagcccttccctgggggactg
gcaacagcacactcatatctgctgtgggagttggaagaaaatcctaatgt
tagtgttcttcaccccagctatggtttatttctttctcttaatggttcac
ggtgcagcttattgactttagttggcttctgagttgaacctccattattt
tgctgaatagtaatgcttctgtcaagagagtcaatttgggagtataaaga
gtgtattatttgctggtgagcaacttacacatactggaaaaatactgggc
tacaaattccctgactttaaaccacttggctttctgtgtccagatgtaag
ctttgctttgcctggtgtatgtggtgttgtataggcacaggaatgtgggt
gctaaagtatttaatgtcagttcaagcttcacttgggaccatttaaacac
aaagaaacattgaaaaccttggcc
gaattctatgataaaaagtttgccagtaactactgacattcccttccttt
cctgacttcttcttctatgtttcattgtttgatttgaagcccaaagaagt
ttcatacaaagcaaaggcgattgattagctgtgtgattgtttgcttgctt
gctttctagaactggatggagtcttagcatcccaggcaaatcctctgccc
tccattgatcttttcatcctcttcaccatttctccctttgcgatttagtt
gttggagaaaccagaccattcattctgaccacatggtcaaagtctctggg
ttcctggtgacacacaacggtcccctttctgcgctctgtccactgtactc
ccgagggtcaacagaggtttgcttaggttgaggttttataatttggcagg
atgcaccatagggttgccccatgctcccatcaggagctgcaacatctgat
gtcttttttgtgatggtaacaggtgctggtgattactgcacaggtctatc
agaggctatatataatggtgatatttctattttggttattccttctttat
tcattattctcagaataatgtgttggtttcctaatagcccataaagggcc
tgtctgattttaatgccactataaattcataaatagaaacatttatttca
tatgcttaagttgttttcaattaactgtctttattggttgtgctagtcag
ggttctttagaggaacagaatttatataaggaatctatctatctatctat
ctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatccatccatcc
atccatccatccacccacccacccatccatccttctatctatctatctat
ctatctatctatctatctatctatctatctatctatctttctttctttct
ttctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctat
ctatctatccatcatctattatctatcatctgtctgtctgtctatctatc
tatcatctatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_6566604_6567778
seq2: B6Ng01-326C23.b_47_1220 (reverse)

seq1  GCCCAAGGTTTTCAATGTT--CTTGTGTCTAAATGGT-CCAAGTGAAAGC  47
      | |||||||||||||||||   |||||| |||||||| ||||||| ||||
seq2  GGCCAAGGTTTTCAATGTTTCTTTGTGTTTAAATGGTCCCAAGTG-AAGC  49

seq1  TTTGGACTGACATTTAAATTAACTTTAGCACCAACATTCCTTGTGCCTTA  97
       ||| ||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||| |||||| ||
seq2  -TTGAACTGACA-TTAAAT--ACTTTAGCACCCACATTCC-TGTGCC-TA  93

seq1  TAC-ACA-CACATACA-CAGGCAAAGCAAAGCTTAACATCTGGACACAGA  144
      ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TACAACACCACATACACCAGGCAAAGCAAAGCTT-ACATCTGGACACAGA  142

seq1  AAGCCAAGTGGTTTAAAGTTCAGGGAATTTGTAG-CCAGTATTTTTCCAG  193
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAGCCAAGTGGTTTAAAG-TCAGGGAATTTGTAGCCCAGTATTTTTCCAG  191

seq1  TATGTGTAAGTTGCTCACCAGCAAATAATACACTCTTTATACTCCCAAAT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTAAGTTGCTCACCAGCAAATAATACACTCTTTATACTCCCAAAT  241

seq1  TGACTCTCTTGACAGAAGCATTACTATTCAGCAAAATAATGGAGGTTCAA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTCTTGACAGAAGCATTACTATTCAGCAAAATAATGGAGGTTCAA  291

seq1  CTCAGAAGCCAACTAAAGTCAATAAGCTGCACCGTGAACCATTAAGAGAA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAAGCCAACTAAAGTCAATAAGCTGCACCGTGAACCATTAAGAGAA  341

seq1  AGAAATAAACCATAGCTGGGGTGAAGAACACTAACATTAGGATTTTCTTC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAAACCATAGCTGGGGTGAAGAACACTAACATTAGGATTTTCTTC  391

seq1  CAACTCCCACAGCAGATATGAGTGTGCTGTTGCCAGT-CCCCAGGGAAGG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAACTCCCACAGCAGATATGAGTGTGCTGTTGCCAGTCCCCCAGGGAAGG  441

seq1  GCTCTTGCTGACATCACATACCTGAAGATTTCTTTATCCCAACTCTACCC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGCTGACATCACATACCTGAAGATTTCTTTATCCCAACTCTACCC  491

seq1  ATGCTTTTTGGTCAGAAAGGGGAACAGTGTATCTCACACTATAGCCCGGG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTTTGGTCAGAAAGGGGAACAGTGTATCTCACACTATAGCCCGGG  541

seq1  CTGGCTTCAAACTCAGACATGCTAGTTTTCCTGCTCTAGCCTCACAATGC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTCAAACTCAGACATGCTAGTTTTCCTGCTCTAGCCTCACAATGC  591

seq1  CTGGCTTCTAGCCTTCCTTCCTCATTAGCTTCTGCGTTGTCACAGAGACT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTCTAGCCTTCCTTCCTCATTAGCTTCTGCGTTGTCACAGAGACT  641

seq1  CCTTCACTGGCTAGCATTATGTCAACTTGGCATAAGTTAGAGTTATCAGA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCACTGGCTAGCATTATGTCAACTTGGCATAAGTTAGAGTTATCAGA  691

seq1  GAGGAGGGAACTTCTATTGAGAAAATGCCTTCATATGATCAGGCTGTGGG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGGAACTTCTATTGAGAAAATGCCTTCATATGATCAGGCTGTGGG  741

seq1  CAAGCCTGTGGAACAGTTTCCTAATCAGTGGCTGATAGAGAAGGGCCCAG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCTGTGGAACAGTTTCCTAATCAGTGGCTGATAGAGAAGGGCCCAG  791

seq1  CCCATTATGGGTAGTTCCTTGCCTGGGATGGCAACATTGGGTTTGATAAA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTATGGGTAGTTCCTTGCCTGGGATGGCAACATTGGGTTTGATAAA  841

seq1  AAAAACACAAACTGAGCAAGTCAAGAAGAATAGGACAGTAAGCAGCCCTT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACACAAACTGAGCAAGTCAAGAAGAATAGGACAGTAAGCAGCCCTT  891

seq1  CCTCACAGATTTTGCATCAGCTCTTGCCTTCAGGGTCTTGCCTTGCTGGA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACAGATTTTGCATCAGCTCTTGCCTTCAGGGTCTTGCCTTGCTGGA  941

seq1  GTTCCTATTCTGATTTCCTTTGATGATAAACTTGTGACATGGTGACATAA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTATTCTGATTTCCTTTGATGATAAACTTGTGACATGGTGACATAA  991

seq1  GCTGAATAATCCCTTTCCTTTCCATGTTTCTTTGGCCCTTGTGTTTCATC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAATAATCCCTTTCCTTTCCATGTTTCTTTGGCCCTTGTGTTTCATC  1041

seq1  GCAGCAATAGTAACCCTAAGACAAGTCCTAAACACACTGTGTTTTAGGTT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAATAGTAACCCTAAGACAAGTCCTAAACACACTGTGTTTTAGGTT  1091

seq1  GTCATCCTCTCTCACAGCCCAGGTCTGTCCCACAGAGCTTGGCTACTCAG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCCTCTCTCACAGCCCAGGTCTGTCCCACAGAGCTTGGCTACTCAG  1141

seq1  AGGGCCACTCAACCACAAGCATCACTGGAATTC  1175
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCACTCAACCACAAGCATCACTGGAATTC  1174

seq1: chr10_6419047_6420148
seq2: B6Ng01-326C23.g_62_1072

seq1  GAATTCTATGATAAAAAGTTTGCCAGTAACTACTGACATTCCCTTCCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGATAAAAAGTTTGCCAGTAACTACTGACATTCCCTTCCTTT  50

seq1  CCTGACTTCTTCTTCTATGTTTCATTGTTTGATTTGAAGCCCAAAGAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTTCTTCTTCTATGTTTCATTGTTTGATTTGAAGCCCAAAGAAGT  100

seq1  TTCATACAAAGCAAAGGCGATTGATTAGCTGTGTGATTGTTTGCTTGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATACAAAGCAAAGGCGATTGATTAGCTGTGTGATTGTTTGCTTGCTT  150

seq1  GCTTTCTAGAACTGGATGGAGTCTTAGCATCCCAGGCAAATCCTCTGCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTAGAACTGGATGGAGTCTTAGCATCCCAGGCAAATCCTCTGCCC  200

seq1  TCCATTGATCTTTTCATCCTCTTCACCATTTCTCCCTTTGCGATTTAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTGATCTTTTCATCCTCTTCACCATTTCTCCCTTTGCGATTTAGTT  250

seq1  GTTGGAGAAACCAGACCATTCATTCTGACCACATGGTCAAAGTCTCTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAGAAACCAGACCATTCATTCTGACCACATGGTCAAAGTCTCTGGG  300

seq1  TTCCTGGTGACACACAACGGTCCCCTTTCTGCGCTCTGTCCACTGTACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGTGACACACAACGGTCCCCTTTCTGCGCTCTGTCCACTGTACTC  350

seq1  CCGAGGGTCAACAGAGGTTTGCTTAGGTTGAGGTTTTATAATTTGGCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGGGTCAACAGAGGTTTGCTTAGGTTGAGGTTTTATAATTTGGCAGG  400

seq1  ATGCACCATAGGGTTGCCCCATGCTCCCATCAGGAGCTGCAACATCTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACCATAGGGTTGCCCCATGCTCCCATCAGGAGCTGCAACATCTGAT  450

seq1  GTCTTTTTTGTGATGGTAACAGGTGCTGGTGATTACTGCACAGGTCTATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTTTTGTGATGGTAACAGGTGCTGGTGATTACTGCACAGGTCTATC  500

seq1  AGAGGCTATATATAATGGTGATATTTCTATTTTGGTTATTCCTTCTTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTATATATAATGGTGATATTTCTATTTTGGTTATTCCTTCTTTAT  550

seq1  TCATTATTCTCAGAATAATGTGTTGGTTTCCTAATAGCCCATAAAGGGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATTCTCAGAATAATGTGTTGGTTTCCTAATAGCCCATAAAGGGCC  600

seq1  TGTCTGATTTTAATGCCACTATAAATTCATAAATAGAAACATTTATTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGATTTTAATGCCACTATAAATTCATAAATAGAAACATTTATTTCA  650

seq1  TATGCTTAAGTTGTTTTCAATTAACTGTCTTTATTGGTTGTGCTAGTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTAAGTTGTTTTCAATTAACTGTCTTTATTGGTTGTGCTAGTCAG  700

seq1  GGTTCTTTAGAGGAACAGAATTTATATAAGGAATCTATCTATCTATCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||
seq2  GGTTCTTTAGAGGAACAGAATTTATATAAGGA----ATCTATCTATCTAT  746

seq1  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCCATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCCATCC  796

seq1  ATCCATCCATCCATCCACCCACCCACCCATCCATCCTTCTATCTATCTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCCATCCATCCACCCACCCACCCATCCATCCTTCTATCTATCTAT  846

seq1  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTTTCTTTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTTTCTTTCT  896

seq1  TTCTTTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  946

seq1  CTATCTATCTATCTATCCATCCATCTATTATCTATCATCTGTCTGTCTGT  1000
      ||||||||||||| ||     |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATCCAT-----CATCTATTATCTATCATCTGTCTGTCTGT  991

seq1  CTATCTATCTATCCATCTATTATCTATCATCTACCTGTCTGTCTGTCTGT  1050
      |||||||||||| ||||||||                             
seq2  CTATCTATCTAT-CATCTATT-----------------------------  1011

seq1  CTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCATCTA  1100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1011

seq1  TT  1102
        
seq2  --  1011