BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-330I03
Chromosome10 (Build37)
Map Location 9,562,927 - 9,634,588
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStxbp5, LOC100039238
Upstream geneSash1, EG666625, LOC666636, E130306M17Rik, LOC666658, LOC620417
Downstream geneLOC665110, 9130014G24Rik, Rab32, EG382450, Grm1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-330I03.bB6Ng01-330I03.g
ACCGA117151GA117152
length7761,152
definitionB6Ng01-330I03.b B6Ng01-330I03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,633,813 - 9,634,588)(9,562,927 - 9,564,099)
sequence
gaattctctgcacagatgtccaaagccgagatctcactttgcccggacat
ttgctgagtcaagccacacttctctgagccttatcgccttgatcctaaaa
cagggtcagtgatatgtaggtgctgttggaagtaccaactagacaataag
aataaatttcttaatctaagaaattcattttactgtaatgatcccacaga
ttaaaaacgttacaaggctagattaaggtagccaaacaaacaagctcagc
agcaaactctacgcctcagtgaacagttatacagatgcaatgttaacatc
ttcgtttttcagatttctactgaatattttccttccttccttccttcctt
ccttccttccttccttccttattttagtatcagtgtagtattcagttttg
ttgagtttctgagtttcttaggtagactaggcagcttggtaacagagaga
gaagtgatcctacgctgagcctgaggcacagttaaaatcctgagccaaat
ccagttcaacatatactcaggggccaagtcagtccaggaaacgtatatga
cttgatctggaatcagaaaggactcaaaacatacactataaactactatt
taattcatactggggatgagacactgtatttcctcagcctggagaccttg
aaaaagttttaattaaccagtactgaccatgtggaggttaatctatgtat
atgtagaggtatatggcatatatgtctatgatgtatatgtatatgatgtg
tacatatatgatgtatatgatgtata

gaattcctgacctgtcaatctcacatggatccactaactggcttttacat
aaagatagacttgatacattcagatttggaatatttgcttagacttacag
ttcgatggctttattccacataatgacatagcctgagagtgtgaaggact
ccacattaacaatgtgtatgtttcctcgctcagtgcccacatagagccac
ttactctggaaaggcagatggcaaaatgtaaccctgcaagaggaaacaca
gacagaatggcaatgataagaagagctgatgtgtttccctgactgcattc
gatggttacttattatatatagttagaacagtgaaaactgataataaaat
tataatcattcatctattctctgtgatcgatatttatgcatgtgaattca
actcatgataatttaaatatattgtcaattatatttcacaataatgtcaa
atacatggccttatagtaaacagcagggcataagtcaaaggggaaggggc
tggaaataagattgtgctttgaatctggctacattatcaactgtgaacag
atctaacatttaagacaacgttcaaccctggtaaaaaaaacaaaaacaaa
aatattaatgaacataaacaaataatatacaatgagaataattactactg
aattatatgcacaaatgcaatcctaagcctgtggcaagagtgaacatacc
acgtgtttcatatttccataaatgtacaatttcattacagaaaatttata
agatgaaatacatatttaacaatgaaatatagcttatgtccttattccct
tctagagttaatgttcaagtagaccttaaaggtttagacatttgtattat
ttagtgttttatatgacaaaatgtactcttcctaaagaatgtgcaagaat
tcattataatgaactgcatatattgaaccagtaaaataactttgtaatgc
agcctgagtatcccctttgatattctgggactaaagcatttcagatacag
acctttcatattttaatagtagcatattaataatagaatatttgagaatg
ggactaaatctagccacacatatttaaatcaccatatatgctgaggtatt
tgtacactttgtgtacttaattgactgagctgcttaagacctcaagtgtg
ga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_9633813_9634588
seq2: B6Ng01-330I03.b_45_820 (reverse)

seq1  TATACATCATATACATCATATATGTACACATCATATACATATACATCATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATCATATACATCATATATGTACACATCATATACATATACATCATA  50

seq1  GACATATATGCCATATACCTCTACATATACATAGATTAACCTCCACATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATATATGCCATATACCTCTACATATACATAGATTAACCTCCACATGG  100

seq1  TCAGTACTGGTTAATTAAAACTTTTTCAAGGTCTCCAGGCTGAGGAAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTACTGGTTAATTAAAACTTTTTCAAGGTCTCCAGGCTGAGGAAATA  150

seq1  CAGTGTCTCATCCCCAGTATGAATTAAATAGTAGTTTATAGTGTATGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTCTCATCCCCAGTATGAATTAAATAGTAGTTTATAGTGTATGTTT  200

seq1  TGAGTCCTTTCTGATTCCAGATCAAGTCATATACGTTTCCTGGACTGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCCTTTCTGATTCCAGATCAAGTCATATACGTTTCCTGGACTGACT  250

seq1  TGGCCCCTGAGTATATGTTGAACTGGATTTGGCTCAGGATTTTAACTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCCTGAGTATATGTTGAACTGGATTTGGCTCAGGATTTTAACTGTG  300

seq1  CCTCAGGCTCAGCGTAGGATCACTTCTCTCTCTGTTACCAAGCTGCCTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGGCTCAGCGTAGGATCACTTCTCTCTCTGTTACCAAGCTGCCTAG  350

seq1  TCTACCTAAGAAACTCAGAAACTCAACAAAACTGAATACTACACTGATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTAAGAAACTCAGAAACTCAACAAAACTGAATACTACACTGATAC  400

seq1  TAAAATAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAAA  450

seq1  TATTCAGTAGAAATCTGAAAAACGAAGATGTTAACATTGCATCTGTATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGTAGAAATCTGAAAAACGAAGATGTTAACATTGCATCTGTATAA  500

seq1  CTGTTCACTGAGGCGTAGAGTTTGCTGCTGAGCTTGTTTGTTTGGCTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCACTGAGGCGTAGAGTTTGCTGCTGAGCTTGTTTGTTTGGCTACC  550

seq1  TTAATCTAGCCTTGTAACGTTTTTAATCTGTGGGATCATTACAGTAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTAGCCTTGTAACGTTTTTAATCTGTGGGATCATTACAGTAAAAT  600

seq1  GAATTTCTTAGATTAAGAAATTTATTCTTATTGTCTAGTTGGTACTTCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCTTAGATTAAGAAATTTATTCTTATTGTCTAGTTGGTACTTCCA  650

seq1  ACAGCACCTACATATCACTGACCCTGTTTTAGGATCAAGGCGATAAGGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCACCTACATATCACTGACCCTGTTTTAGGATCAAGGCGATAAGGCT  700

seq1  CAGAGAAGTGTGGCTTGACTCAGCAAATGTCCGGGCAAAGTGAGATCTCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAGTGTGGCTTGACTCAGCAAATGTCCGGGCAAAGTGAGATCTCG  750

seq1  GCTTTGGACATCTGTGCAGAGAATTC  776
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGGACATCTGTGCAGAGAATTC  776


seq1: chr10_9562927_9564099
seq2: B6Ng01-330I03.g_67_1218

seq1  GAATTCCTGACCTGTCAATCTCACATGGATCCACTAACTGGCTTTTACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGACCTGTCAATCTCACATGGATCCACTAACTGGCTTTTACAT  50

seq1  AAAGATAGACTTGATACATTCAGATTTGGAATATTTGCTTAGACTTACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATAGACTTGATACATTCAGATTTGGAATATTTGCTTAGACTTACAG  100

seq1  TTCGATGGCTTTATTCCACATAATGACATAGCCTGAGAGTGTGAAGGACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGATGGCTTTATTCCACATAATGACATAGCCTGAGAGTGTGAAGGACT  150

seq1  CCACATTAACAATGTGTATGTTTCCTCGCTCAGTGCCCACATAGAGCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATTAACAATGTGTATGTTTCCTCGCTCAGTGCCCACATAGAGCCAC  200

seq1  TTACTCTGGAAAGGCAGATGGCAAAATGTAACCCTGCAAGAGGAAACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCTGGAAAGGCAGATGGCAAAATGTAACCCTGCAAGAGGAAACACA  250

seq1  GACAGAATGGCAATGATAAGAAGAGCTGATGTGTTTCCCTGACTGCATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAATGGCAATGATAAGAAGAGCTGATGTGTTTCCCTGACTGCATTC  300

seq1  GATGGTTACTTATTATATATAGTTAGAACAGTGAAAACTGATAATAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTACTTATTATATATAGTTAGAACAGTGAAAACTGATAATAAAAT  350

seq1  TATAATCATTCATCTATTCTCTGTGATCGATATTTATGCATGTGAATTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCATTCATCTATTCTCTGTGATCGATATTTATGCATGTGAATTCA  400

seq1  ACTCATGATAATTTAAATATATTGTCAATTATATTTCACAATAATGTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGATAATTTAAATATATTGTCAATTATATTTCACAATAATGTCAA  450

seq1  ATACATGGCCTTATAGTAAACAGCAGGGCATAAGTCAAAGGGGAAGGGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGGCCTTATAGTAAACAGCAGGGCATAAGTCAAAGGGGAAGGGGC  500

seq1  TGGAAATAAGATTGTGCTTTGAATCTGGCTACATTATCAACTGTGAACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAATAAGATTGTGCTTTGAATCTGGCTACATTATCAACTGTGAACAG  550

seq1  ATCTAACATTTAAGACAACGTTCAACCCTGGTAAAAAAAACAAAAACAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAACATTTAAGACAACGTTCAACCCTGGTAAAAAAAACAAAAACAAA  600

seq1  AATATTAATGAACATAAACAAATAATATACAATGAGAATAATTACTACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTAATGAACATAAACAAATAATATACAATGAGAATAATTACTACTG  650

seq1  AATTATATGCACAAATGCAATCCTAAGCCTGTGGCAAGAGTGAACATACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATATGCACAAATGCAATCCTAAGCCTGTGGCAAGAGTGAACATACC  700

seq1  ACGTGTTTCATATTTCCATAAATGTACAATTTCATTACAGAAAATTTATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGTTTCATATTTCCATAAATGTACAATTTCATTACAGAAAATTTATA  750

seq1  AGATGAAATACATATTTAACAATGAAATATAGCTTATGTCCTTATTCCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAAATACATATTTAACAATGAAATATAGCTTATGTCCTTATTCCCT  800

seq1  TCTAGAGTTAATGTTCAAGTAGACCTT-AAGGTTTAGACATTTGTATTAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAGTTAATGTTCAAGTAGACCTTAAAGGTTTAGACATTTGTATTAT  850

seq1  TTAGTGTTTTATATGACAAAATGTACTCTTCCTAAAGAATGTGCAAGAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTTTTATATGACAAAATGTACTCTTCCTAAAGAATGTGCAAGAAT  900

seq1  TCATTATAATGAACTGCATATATTGAACCAGTAAAATAACTTTGTAATGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATAATGAACTGCATATATTGAACCAGTAAAATAACTTTGTAATGC  950

seq1  AGCCTGAGTATCCCCTTTTGATATTCTTGGGACTAAAAGCATTTCAGATT  999
      ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |
seq2  AGCCTGAGTATCCCC-TTTGATATTC-TGGGACT-AAAGCATTTCAGA-T  996

seq1  ACAGACCTTTTCATATTTTAAATAGTAGCATATAAATAATAAGATATTTT  1049
      ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||  ||| |||
seq2  ACAGACC-TTTCATATTTT-AATAGTAGCATATTAATAATAGAATA-TTT  1043

seq1  GAGAATGGGACTTAAATCTAAGCACAACATTAATTTAAATCA-CATATAT  1098
      ||||||||||| ||||||||  ||| ||||  |||||||||| |||||||
seq2  GAGAATGGGAC-TAAATCTAGCCAC-ACAT--ATTTAAATCACCATATAT  1089

seq1  GCCTGAGGGTAATTTTGTACAACTTTTGTGTACCTAAATTTTGACTGAAG  1148
      | |||| ||||  ||||||||   ||||||||| |||   ||||||||  
seq2  G-CTGA-GGTA--TTTGTACA--CTTTGTGTACTTAA---TTGACTGA--  1128

seq1  CCTGTCTTAAGAACTCAAGTGTGGA  1173
       ||| ||||||| ||||||||||||
seq2  GCTG-CTTAAGACCTCAAGTGTGGA  1152


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |