BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-331B16
Chromosome10 (Build37)
Map Location 102,914,267 - 103,008,857
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667652, Nts, Pamci, LOC382413, Cart1, Lrriq1, LOC100043277, 6430590A10Rik, Slc6a15, EG667697
Downstream geneLOC667701, EG627488, EG667692, EG667695, LOC100043292
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-331B16.bB6Ng01-331B16.g
ACCGA117565GA117566
length1,1471,175
definitionB6Ng01-331B16.b B6Ng01-331B16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,007,709 - 103,008,857)(102,914,267 - 102,915,443)
sequence
gaattctagtggtagagttttcttcttttactccctcttggggagttcac
ttaaacattttctgtatcgttattcataattgagtatgacattattgcta
accataatggaattctctagacatgtgcttaaatcttacataaaacatgg
aacctaatcactggagttatcagttcaacagagttgatatatgtaagcta
gcttgtcatataaacatgactggtaaatcttcaccactcatgatctctgt
ctaatccttctgtcctgccttttatttcttccaccatttctcagtctctc
aaacaattgctttcatgattcctcactgaatgtgttgtatctttccaatg
acatctgttcttcattgcacaatagccactattaacaataagcaagctca
tcccatttctagaactgaaaaacctttcagcatagctctcctggtttcta
ttcaacacagattctatataaaaaaaatatgatcacttaaattcttaata
gaacaatcatgaatctttaggttattgagtctgaactctctctctctctg
tctctctctgtctctgtctctctctctctcatatttgataaggaaccatg
tgccatgacaatgggttaaatttactgtaaacaaggactacaatcagcca
tcctaccactgttttctgttcctgatgatcttgtgtagcctttagaagca
tttcttctttggtctttgtgagttctgtactcccattcaagtcactactc
atctcagagccctaaccatccattgtgactgcctttatctcttttgagct
ttttagtaatgaatgtccttcattgtggaacatactgtctactgctttga
acttttgcaactatccccagaatttggatcttgaaatgtaatcattcttg
catattttctgctgtaattagttacagcaactggtgataaaaatctgtat
attatttgatttgaggcaaatgtcctggatagtatgaaatagatccctgt
ggttatggtcaactataattattagacacttttattaaattaacatcaga
tggctgagtactaataaactttctaaatataggcatgtctcatcttcttt
atattctcttatattgcctttgaatataaaggaaccgtatgttgtca

gaattccaaattccaaattaacacagaggacttttatttagttaatgcct
tggacattgcacagagtttctagcttggcaatgaaaagttagaggtttta
ctctgcaagatttctagatgcataagatgtcaggctgtcacaagtctcag
tgtgaagttgtacttagtacagcaaggaacttacaagcaggcaaactctt
tgggacagaattgaatgcatggaacactttagttttaatcaaagtattat
atgaatattattaataaaattttgaaaatatatatattctcaaaattata
tttatataattaggtatgaacactaaaggtgtggtttctttaaacattcc
aactttggcttatattttctcagagtaaggatacaattttataataatta
ttaaaaaacaagtaagctggacttggtggcacacgcctttaaacccagga
ctcgggaggccgaggcaggtggatttctgagttcgaggccagcttggtct
acaaagtgagttccaggacagccagggctatacagagaaaccctgtctgg
aaaaaaatagacaagtaaatttataagactgtataggttatacatatatg
tgtatgtatgtatatgctcatatgcatataataaaaattaatgaaaaaag
ggcagaaatttcaacattgtctcattattattttaaagaaagataataat
caaagcttgaagtgattcaacattggtcaaactcattttgggaagttttg
ttgcaatctggatcttcaaaaatgtcaatctggtattggagatgtaatgg
agacacactttgcttcccctctctctctctctcaaacttgacacttactc
aataaagtttctaggcagacaaatgtgactcctttgaaggtagaatattt
aatatcctgaatattacatacttagattacaattcctaacagtagcaaaa
ttatagttatgaagtagcaacagataatttcatggttggtgggtaaccac
acaggagaaatgttttcaagtgtcagagcattatgacagttagaccactg
atcggagaaatgtattggtaatactattttaaaaagattttttggttctt
ccctcttcatgtattgagtttcaaatatcgaatggagcagcaatcaggag
ctaactaggggtaatatttctatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_103007709_103008857
seq2: B6Ng01-331B16.b_47_1193 (reverse)

seq1  TGACAACATACGGTCCTTTTATATTC-AAGGCAATATAAGAGGAATATAA  49
      |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  TGACAACATACGGTTCCTTTATATTCAAAGGCAATATAAGA-GAATATAA  49

seq1  AGAAGATTGAGACATGCCTTATAATTTAGGAAGTTTA-TAGTACTCAGCC  98
      |||||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  AGAAGA-TGAGACATGCC-TAT-ATTTAGAAAGTTTATTAGTACTCAGCC  96

seq1  ATCTGATTGTTAA-TTAATAAAGGTGTCTAATAATTATAGTTGACCATAA  147
      |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGA-TGTTAATTTAATAAAAGTGTCTAATAATTATAGTTGACCATAA  145

seq1  CCACAGGGATCTATTTCATACTATCCAGGACATTTGCCTCAAATCAAATA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGGATCTATTTCATACTATCCAGGACATTTGCCTCAAATCAAATA  195

seq1  ATATACAGATTTTTATCACCAGTTGCTGTAACTAATTACAGCAGAAAATA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACAGATTTTTATCACCAGTTGCTGTAACTAATTACAGCAGAAAATA  245

seq1  TGCAAGAATGATTACATTTCAAGATCCAAATTCTGGGGATAGTTGCAAAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGAATGATTACATTTCAAGATCCAAATTCTGGGGATAGTTGCAAAA  295

seq1  GTTCAAAGCAGTAGACAGTATGTTCCACAATGAAGGACATTCATTACTAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAAGCAGTAGACAGTATGTTCCACAATGAAGGACATTCATTACTAA  345

seq1  AAAGCTCAAAAGAGATAAAGGCAGTCACAATGGATGGTTAGGGCTCTGAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCAAAAGAGATAAAGGCAGTCACAATGGATGGTTAGGGCTCTGAG  395

seq1  ATGAGTAGTGACTTGAATGGGAGTACAGAACTCACAAAGACCAAAGAAGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTAGTGACTTGAATGGGAGTACAGAACTCACAAAGACCAAAGAAGA  445

seq1  AATGCTTCTAAAGGCTACACAAGATCATCAGGAACAGAAAACAGTGGTAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTCTAAAGGCTACACAAGATCATCAGGAACAGAAAACAGTGGTAG  495

seq1  GATGGCTGATTGTAGTCCTTGTTTACAGTAAATTTAACCCATTGTCATGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCTGATTGTAGTCCTTGTTTACAGTAAATTTAACCCATTGTCATGG  545

seq1  CACATGGTTCCTTATCAAATATGAGAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGAGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGTTCCTTATCAAATATGAGAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGAGA  595

seq1  GACAGAGAGAGAGAGAGTTCAGACTCAATAACCTAAAGATTCATGATTGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGAGAGAGAGAGTTCAGACTCAATAACCTAAAGATTCATGATTGT  645

seq1  TCTATTAAGAATTTAAGTGATCATATTTTTTTTATATAGAATCTGTGTTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTAAGAATTTAAGTGATCATATTTTTTTTATATAGAATCTGTGTTG  695

seq1  AATAGAAACCAGGAGAGCTATGCTGAAAGGTTTTTCAGTTCTAGAAATGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAACCAGGAGAGCTATGCTGAAAGGTTTTTCAGTTCTAGAAATGG  745

seq1  GATGAGCTTGCTTATTGTTAATAGTGGCTATTGTGCAATGAAGAACAGAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGCTTGCTTATTGTTAATAGTGGCTATTGTGCAATGAAGAACAGAT  795

seq1  GTCATTGGAAAGATACAACACATTCAGTGAGGAATCATGAAAGCAATTGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTGGAAAGATACAACACATTCAGTGAGGAATCATGAAAGCAATTGT  845

seq1  TTGAGAGACTGAGAAATGGTGGAAGAAATAAAAGGCAGGACAGAAGGATT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAGACTGAGAAATGGTGGAAGAAATAAAAGGCAGGACAGAAGGATT  895

seq1  AGACAGAGATCATGAGTGGTGAAGATTTACCAGTCATGTTTATATGACAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAGATCATGAGTGGTGAAGATTTACCAGTCATGTTTATATGACAA  945

seq1  GCTAGCTTACATATATCAACTCTGTTGAACTGATAACTCCAGTGATTAGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCTTACATATATCAACTCTGTTGAACTGATAACTCCAGTGATTAGG  995

seq1  TTCCATGTTTTATGTAAGATTTAAGCACATGTCTAGAGAATTCCATTATG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGTTTTATGTAAGATTTAAGCACATGTCTAGAGAATTCCATTATG  1045

seq1  GTTAGCAATAATGTCATACTCAATTATGAATAACGATACAGAAAATGTTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCAATAATGTCATACTCAATTATGAATAACGATACAGAAAATGTTT  1095

seq1  AAGTGAACTCCCCAAGAGGGAGTAAAAGAAGAAAACTCTACCACTAGAAT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAACTCCCCAAGAGGGAGTAAAAGAAGAAAACTCTACCACTAGAAT  1145

seq1  TC  1149
      ||
seq2  TC  1147


seq1: chr10_102914267_102915443
seq2: B6Ng01-331B16.g_64_1238

seq1  GAATTCCAAATTCCAAATTAACACAGAGGACTTTTATTTAGTTAATGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAATTCCAAATTAACACAGAGGACTTTTATTTAGTTAATGCCT  50

seq1  TGGACATTGCACAGAGTTTCTAGCTTGGCAATGAAAAGTTAGAGGTTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACATTGCACAGAGTTTCTAGCTTGGCAATGAAAAGTTAGAGGTTTTA  100

seq1  CTCTGCAAGATTTCTAGATGCATAAGATGTCAGGCTGTCACAAGTCTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCAAGATTTCTAGATGCATAAGATGTCAGGCTGTCACAAGTCTCAG  150

seq1  TGTGAAGTTGTACTTAGTACAGCAAGGAACTTACAAGCAGGCAAACTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGTTGTACTTAGTACAGCAAGGAACTTACAAGCAGGCAAACTCTT  200

seq1  TGGGACAGAATTGAATGCATGGAACACTTTAGTTTTAATCAAAGTATTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACAGAATTGAATGCATGGAACACTTTAGTTTTAATCAAAGTATTAT  250

seq1  ATGAATATTATTAATAAAATTTTGAAAATATATATATTCTCAAAATTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATATTATTAATAAAATTTTGAAAATATATATATTCTCAAAATTATA  300

seq1  TTTATATAATTAGGTATGAACACTAAAGGTGTGGTTTCTTTAAACATTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATAATTAGGTATGAACACTAAAGGTGTGGTTTCTTTAAACATTCC  350

seq1  AACTTTGGCTTATATTTTCTCAGAGTAAGGATACAATTTTATAATAATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGGCTTATATTTTCTCAGAGTAAGGATACAATTTTATAATAATTA  400

seq1  TTAAAAAACAAGTAAGCTGGACTTGGTGGCACACGCCTTTAAACCCAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAACAAGTAAGCTGGACTTGGTGGCACACGCCTTTAAACCCAGGA  450

seq1  CTCGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCTTGGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCTTGGTCT  500

seq1  ACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTGG  550

seq1  AAAAAAATAGACAAGTAAATTTATAAGACTGTATAGGTTATACATATATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATAGACAAGTAAATTTATAAGACTGTATAGGTTATACATATATG  600

seq1  TGTATGTATGTATATGCTCATATGCATATAATAAAAATTAATGAAAAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATGTATATGCTCATATGCATATAATAAAAATTAATGAAAAAAG  650

seq1  GGCAGAAATTTCAACATTGTCTCATTATTATTTTAAAGAAAGATAATAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAAATTTCAACATTGTCTCATTATTATTTTAAAGAAAGATAATAAT  700

seq1  CAAAGCTTGAAGTGATTCAACATTGGTCAAACTCATTTTGGGAAGTTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTTGAAGTGATTCAACATTGGTCAAACTCATTTTGGGAAGTTTTG  750

seq1  TTGCAATCTGGATCTTCAAAAATGTCAATCTGGTATTGGAGATGTAATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAATCTGGATCTTCAAAAATGTCAATCTGGTATTGGAGATGTAATGG  800

seq1  AGACACACTTTGCTTCCCCTCTCTCTCTCTCTCAAACTTGACACTTACTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACACTTTGCTTCCCCTCTCTCTCTCTCTCAAACTTGACACTTACTC  850

seq1  AATAAAGTTTCTAGGCAGACAAATGTGACTCCTTTGAAGGTAGAATATTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AATAAAGTTTCTAGGCAGACAAATGTGACTCCTTTGAAGGTAGAATATTT  900

seq1  AATATCCTGAATATTACATACTTAGATTACAATTCCTAACAGTAGCAAAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AATATCCTGAATATTACATACTTAGATTACAATTCCTAACAGTAGC-AAA  949

seq1  ATTATAGTTATGAAGTAGCAACAGAATAATTTCATGGTTGGTGGGTAACC  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAGTTATGAAGTAGCAACAG-ATAATTTCATGGTTGGTGGGTAACC  998

seq1  ACAACAGGAGGAAATGTTTTCAAGTGTCAGAGCATTATGACAGTTAAGAA  1050
      || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |
seq2  AC-ACAGGA-GAAATGTTTTCAAGTGTCAGAGCATTATGACAGTTA--GA  1044

seq1  CCACTGATC-GAGAAATGTATTGGTAATACTATTTTAAAAAGATTTTTTG  1099
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGATCGGAGAAATGTATTGGTAATACTATTTTAAAAAGATTTTTTG  1094

seq1  GTTCTT-CCTCTTCATGTAATGAG-TTCAAATATCGATTGGAGCAGCAAT  1147
      |||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTTCTTCCCTCTTCATGTATTGAGTTTCAAATATCGAATGGAGCAGCAAT  1144

seq1  AAAGGAG-TTACTAGGGTAAATATTT-TATAT  1177
        ||||| | |||||||  ||||||| |||||
seq2  -CAGGAGCTAACTAGGGGTAATATTTCTATAT  1175


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |