BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-331J06
Chromosome10 (Build37)
Map Location 50,471,952 - 50,598,657
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAscc3
Upstream geneGrik2, LOC629652
Downstream geneSim1, LOC268300, LOC100041768, Gp49a, Lilrb4, LOC669246, 9430073N08Rik, Gprc6a, Rfxdc1, 4933411G06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-331J06.bB6Ng01-331J06.g
ACCGA117905GA117906
length1,1801,143
definitionB6Ng01-331J06.b B6Ng01-331J06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,471,952 - 50,473,137)(50,597,501 - 50,598,657)
sequence
gaattcaaaatgtagaattttataatgacatggtctgacccaggtgctct
actgttgaattctttctagtgttgatggatagtatctgtcacaaatgaac
attgtcctagtaataaaaagggtaggatcctcagggtatagtggtgcaca
cttacagtccccggactcaggaggcagatggaagaaaatccatgtaagtt
tgaggccagcttggtctaccttagcacatttcaggccaactaggactaga
ctatatagtgagatatccagagacacaaactagtagacagaggacagatg
aaagaaacagaagagaattttagggagtctgaataacttagatgataaaa
ttcagtatgagatcttttttaactgacttgtgtatctattaaattaatac
agaattccaaaacaaaattaaactcagcaatatatacaaacagttacaag
tttactttattctataaatgcaaaaattgttttctgaaaagaagtgaatc
atacagcaaaagcatgtaagaaacatcatatgactatcttatacattttt
aaagcatttgacataacaacccatttattaaaaataactaatttactctg
aacattgtatagtaagaagttaacttttctagtactttgactattgctaa
cattttatgtgtcatagggttttccatagttaacttacttctctatcagt
gcacatttagcaatccaattttttcctcttaaaaaattagtttgttttat
aagtatgcatgttttgtctgcatatatgtaagagtagctcatgcctgcca
tgcccagggaggcaagaagagggcatcagatccctggaactggagttaaa
gtctgttgagttcccttatgggtaccagaaaccatggtcaggccctctgc
aactattaagtgctgggctccacagtttactatgcttgtgcataatgtaa
tgggtcaagcattttaccctttccaatatcacatgtaaatgttttttctg
tcagttgtgatgaaaaaagaaatttctagattatagattgcctttcaata
gacactgcagtagttcatttcggctgtgtcatctgtctgtcacagtaaat
tgtgattgaacattaataacacttttttagttccaggatataatgttttt
actcctcatgtcctttgtgaaaacctaatt

gaattccaaactgtggcagaaccaggtcatggtaggtggattaagaaggg
ctttgagtggcatttaaggaaagtgagctatagaataaagctggtaagac
aaggtgctcacttttgtcagactgtcacagtgtgcacaaaaggagagagt
ctggcttttgatgcatgatgcttccacacctcttaggaattagggcactt
tctctaaccatgtagacttgttcaataagtttgtttttaaataaaggatt
tcattaataagcagtggtggatgcctttaatcccagcacttgggacacat
aggcagggagatctctgtgagtgtgaggtcagtctggtttacagagttcc
agggcaaccagggctacacagagaaacattgtctggaatcatcatcatta
tcaccaccaccaccactaccaccaccaccaccaacaacaacaacaacaac
aaaagggattcacttactgtttagcctgttgagcttgctgaagaattctt
tccaaaagagagacattgaaatattttattctgaaaaaaatggctgtaca
tctttgaaggttttttttcccctcaccttttctaattactgttaggaaaa
ctggtgataacccccctttttttcttttaagacagggccttcattatata
gcaatggctagactgaaattctctatatagacagtataatctggaactca
cagtgttggcattaaaggagtgtgtcagggcctctacacctgatgataat
acatatttttacttggtgaggatccatgataaatttgtttccctaaggca
tagaatacaacagacacccacaaaacaagtgtattgtttgtaattggttt
cttagatatctttcctcgttctcgtgtataaaatttgtaggttattcatg
tttttaaatttcctttttaagtacctaactctagttccattcctgagaga
cataagagctcggtatgaagtgagggaacttggttgtctgagctctggga
atctgttcagtgctcagccccgtgatgtcaacgacgtcttcctgtagtgg
ttgagtttcatacctacacatacgttggaggatcttcctactgcagcacg
ttcaatcaatccattctctggcttatggatcgtcatacacttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_50471952_50473137
seq2: B6Ng01-331J06.b_46_1225

seq1  GAATTCAAAATGTAGAATTTTATAATGACATGGTCTGACCCAGGTGCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAATGTAGAATTTTATAATGACATGGTCTGACCCAGGTGCTCT  50

seq1  ACTGTTGAATTCTTTCTAGTGTTGATGGATAGTATCTGTCACAAATGAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTGAATTCTTTCTAGTGTTGATGGATAGTATCTGTCACAAATGAAC  100

seq1  ATTGTCCTAGTAATAAAAAGGGTAGGATCCTCAGGGTATAGTGGTGCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCCTAGTAATAAAAAGGGTAGGATCCTCAGGGTATAGTGGTGCACA  150

seq1  CTTACAGTCCCCGGACTCAGGAGGCAGATGGAAGAAAATCCATGTAAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAGTCCCCGGACTCAGGAGGCAGATGGAAGAAAATCCATGTAAGTT  200

seq1  TGAGGCCAGCTTGGTCTACCTTAGCACATTTCAGGCCAACTAGGACTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCCAGCTTGGTCTACCTTAGCACATTTCAGGCCAACTAGGACTAGA  250

seq1  CTATATAGTGAGATATCCAGAGACACAAACTAGTAGACAGAGGACAGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATAGTGAGATATCCAGAGACACAAACTAGTAGACAGAGGACAGATG  300

seq1  AAAGAAACAGAAGAGAATTTTAGGGAGTCTGAATAACTTAGATGATAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAACAGAAGAGAATTTTAGGGAGTCTGAATAACTTAGATGATAAAA  350

seq1  TTCAGTATGAGATCTTTTTTAACTGACTTGTGTATCTATTAAATTAATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTATGAGATCTTTTTTAACTGACTTGTGTATCTATTAAATTAATAC  400

seq1  AGAATTCCAAAACAAAATTAAACTCAGCAATATATACAAACAGTTACAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTCCAAAACAAAATTAAACTCAGCAATATATACAAACAGTTACAAG  450

seq1  TTTACTTTATTCTATAAATGCAAAAATTGTTTTCTGAAAAGAAGTGAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTTATTCTATAAATGCAAAAATTGTTTTCTGAAAAGAAGTGAATC  500

seq1  ATACAGCAAAAGCATGTAAGAAACATCATATGACTATCTTATACATTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGCAAAAGCATGTAAGAAACATCATATGACTATCTTATACATTTTT  550

seq1  AAAGCATTTGACATAACAACCCATTTATTAAAAATAACTAATTTACTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATTTGACATAACAACCCATTTATTAAAAATAACTAATTTACTCTG  600

seq1  AACATTGTATAGTAAGAAGTTAACTTTTCTAGTACTTTGACTATTGCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTGTATAGTAAGAAGTTAACTTTTCTAGTACTTTGACTATTGCTAA  650

seq1  CATTTTATGTGTCATAGGGTTTTCCATAGTTAACTTACTTCTCTATCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTATGTGTCATAGGGTTTTCCATAGTTAACTTACTTCTCTATCAGT  700

seq1  GCACATTTAGCAATCCAATTTTTTCCTCTTAAAAAATTAGTTTGTTTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATTTAGCAATCCAATTTTTTCCTCTTAAAAAATTAGTTTGTTTTAT  750

seq1  AAGTATGCATGTTTTGTCTGCATATATGTAAGAGTAGCTCATGCCTGCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATGCATGTTTTGTCTGCATATATGTAAGAGTAGCTCATGCCTGCCA  800

seq1  TGCCCAGGGAGGCAAGAAGAGGGCATCAGATCCCTGGAACTGGAGTTAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGGGAGGCAAGAAGAGGGCATCAGATCCCTGGAACTGGAGTTAAA  850

seq1  GTCTGTTGAGTTCCCTTATGGGTACCAGAAACCATGGTCAGGCCCTCTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTTGAGTTCCCTTATGGGTACCAGAAACCATGGTCAGGCCCTCTGC  900

seq1  AACTATTAAGTGCTGGGCTCCACAGTTTACTATGCTTGTGCATAATGTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATTAAGTGCTGGGCTCCACAGTTTACTATGCTTGTGCATAATGTAA  950

seq1  T-GGTCAAGCATTTTACCC-TTCCAATATCACATGTAAATG-TTTTTCTG  997
      | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGGGTCAAGCATTTTACCCTTTCCAATATCACATGTAAATGTTTTTTCTG  1000

seq1  TCAGGTTGTGATGAAAAAAAGAAATTTCTAGATTATAGATTGCCTTCAAA  1047
      ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  TCA-GTTGTGATG-AAAAAAGAAATTTCTAGATTATAGATTGCCTTTCAA  1048

seq1  TAGACACTGCCAGTAGTTTCATTCGGCCTGTGTCCATTCTTGTTCTGTCA  1097
      ||||||||| |||||| ||||||  | |||||||   |||   |||||||
seq2  TAGACACTG-CAGTAG-TTCATTTCGGCTGTGTC--ATCT--GTCTGTCA  1092

seq1  CAAGTAAATTGTGATTG-ACATAAATAACACTTTTTACATTCAGGTATAT  1146
      | ||||||||||||||| |||| |||||||||||||   |||  | ||||
seq2  C-AGTAAATTGTGATTGAACATTAATAACACTTTTTTAGTTCCAGGATAT  1141

seq1  ATATTTTTTTATCTCTTCATGTCCTTTGT-AAAAACTAATT  1186
      | || |||||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||
seq2  A-ATGTTTTTA-CTCCTCATGTCCTTTGTGAAAACCTAATT  1180


seq1: chr10_50597501_50598657
seq2: B6Ng01-331J06.g_64_1206 (reverse)

seq1  AAAGTGTGATGACGATCCATAAAGCCAGAAGAAAGGGGATGGAGTGTGAA  50
      ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||   |||| || ||   |
seq2  AAAGTGT-ATGACGATCCAT-AAGCCAG-AGAA--TGGATTGATTG---A  42

seq1  ACGTGCTGCAGTTAGGGAGGATTCCTCCAAACGTATGTGTA-GTATGAAA  99
      ||||||||||| |||| ||   |||||| |||||||||||| ||||| ||
seq2  ACGTGCTGCAG-TAGGAAG--ATCCTCC-AACGTATGTGTAGGTATG-AA  87

seq1  ACTC-ACCACTACAGGAAGGCGTCCGGTGACATCACGGGGCTGAGCACTG  148
      |||| |||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAACCACTACAGGAAGACGT-CGTTGACATCACGGGGCTGAGCACTG  136

seq1  ACCAGATTTCCCAGAGCTTCAGACAACCAAGTTCCCTCACTTCATACCGA  198
      | |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGA-TTCCCAGAGC-TCAGACAACCAAGTTCCCTCACTTCATACCGA  184

seq1  GCTCTTATGTCTCTCAGGAATGGAACTAGAGTTAGGTACTTAAAAAGGAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTATGTCTCTCAGGAATGGAACTAGAGTTAGGTACTTAAAAAGGAA  234

seq1  ATTTAAAAACATGAATAACCTACAAATTTTATACACGAGAACGAGGAAAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAAACATGAATAACCTACAAATTTTATACACGAGAACGAGGAAAG  284

seq1  ATATCTAAGAAACCAATTACAAACAATACACTTGTTTTGTGGGTGTCTGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTAAGAAACCAATTACAAACAATACACTTGTTTTGTGGGTGTCTGT  334

seq1  TGTATTCTATGCCTTAGGGAAACAAATTTATCATGGATCCTCACCAAGTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTCTATGCCTTAGGGAAACAAATTTATCATGGATCCTCACCAAGTA  384

seq1  AAAATATGTATTATCATCAGGTGTAGAGGCCCTGACACACTCCTTTAATG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGTATTATCATCAGGTGTAGAGGCCCTGACACACTCCTTTAATG  434

seq1  CCAACACTGTGAGTTCCAGATTATACTGTCTATATAGAGAATTTCAGTCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACACTGTGAGTTCCAGATTATACTGTCTATATAGAGAATTTCAGTCT  484

seq1  AGCCATTGCTATATAATGAAGGCCCTGTCTTAAAAGAAAAAAAGGGGGGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTGCTATATAATGAAGGCCCTGTCTTAAAAGAAAAAAAGGGGGGT  534

seq1  TATCACCAGTTTTCCTAACAGTAATTAGAAAAGGTGAGGGGAAAAAAAAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACCAGTTTTCCTAACAGTAATTAGAAAAGGTGAGGGGAAAAAAAAC  584

seq1  CTTCAAAGATGTACAGCCATTTTTTTCAGAATAAAATATTTCAATGTCTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAAGATGTACAGCCATTTTTTTCAGAATAAAATATTTCAATGTCTC  634

seq1  TCTTTTGGAAAGAATTCTTCAGCAAGCTCAACAGGCTAAACAGTAAGTGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGGAAAGAATTCTTCAGCAAGCTCAACAGGCTAAACAGTAAGTGA  684

seq1  ATCCCTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGG  734

seq1  TGGTGGTGATAATGATGATGATTCCAGACAATGTTTCTCTGTGTAGCCCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTGATAATGATGATGATTCCAGACAATGTTTCTCTGTGTAGCCCT  784

seq1  GGTTGCCCTGGAACTCTGTAAACCAGACTGACCTCACACTCACAGAGATC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCCCTGGAACTCTGTAAACCAGACTGACCTCACACTCACAGAGATC  834

seq1  TCCCTGCCTATGTGTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATCCACCACTGCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCCTATGTGTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATCCACCACTGCT  884

seq1  TATTAATGAAATCCTTTATTTAAAAACAAACTTATTGAACAAGTCTACAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATGAAATCCTTTATTTAAAAACAAACTTATTGAACAAGTCTACAT  934

seq1  GGTTAGAGAAAGTGCCCTAATTCCTAAGAGGTGTGGAAGCATCATGCATC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGAGAAAGTGCCCTAATTCCTAAGAGGTGTGGAAGCATCATGCATC  984

seq1  AAAAGCCAGACTCTCTCCTTTTGTGCACACTGTGACAGTCTGACAAAAGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCCAGACTCTCTCCTTTTGTGCACACTGTGACAGTCTGACAAAAGT  1034

seq1  GAGCACCTTGTCTTACCAGCTTTATTCTATAGCTCACTTTCCTTAAATGC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACCTTGTCTTACCAGCTTTATTCTATAGCTCACTTTCCTTAAATGC  1084

seq1  CACTCAAAGCCCTTCTTAATCCACCTACCATGACCTGGTTCTGCCACAGT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAAAGCCCTTCTTAATCCACCTACCATGACCTGGTTCTGCCACAGT  1134

seq1  TTGGAATTC  1157
      |||||||||
seq2  TTGGAATTC  1143


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |