BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334H11
Chromosome10 (Build37)
Map Location 72,478,507 - 72,659,426
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC432471
Upstream geneLOC100040505, Zwint
Downstream geneLOC544705, LOC100039981, LOC623191, Pcdh15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334H11.bB6Ng01-334H11.g
ACCGA119963GA119964
length1,2311,112
definitionB6Ng01-334H11.b B6Ng01-334H11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,478,507 - 72,479,723)(72,658,301 - 72,659,426)
sequence
gaattctatagttgacaaggtcaagtctgaatgtcattgttgatgactcc
ctcgacattggatgatggccctcccatgcagggcctgggttccatgacta
agcttgtggaggaaatcttgataattaagggtacagtctaccatggctgg
atagcttctctgagcttggaacaaaatggagggttccctttaccttcgga
gcttcccctgctctgacattgactggggagtccaacctcccacaccctct
acatgggaaagatcaagtagtccttggcagacctacaaaagttcaacttc
ctcctctgccccttagttgtggctgaaagaatagctcagtggttaagagc
ccataggtcccatagggcttctgtagagggacccagtttcagtttgcagg
acgcacactgggcagctcacatttatctaacttataactccaactctggc
cttcaagggtccctgctctcatatacataaaccaaacacacaagcataca
tgaatgtatgaattaaaaaaatttaaaagtctgtaagggaaagaagacaa
atacagcatattattatgcttatttatgaagactaaaatgtttatctcat
ggaatcatagcatggaaagttattctggagcagcatggagggagagaagg
aggaagaaaggatgcaatctggggtaaaggcatcaaaggacaagaggagt
tcattctgggtgacaatacataaagcaccggcggggcactcctcacggcc
agctatggtatatttcaagatgaccagaagaatgagatcctccaactcag
aacagattaatgtttgaggagatggaagtcttggttaccacctggaacat
ggcatgttttatatagtattaaatattgtagtctctgtgcacaagtctgt
gtttagaaatatataactggttttgggactgtgatggtttgtctgggttg
tcaacttgaccatatgtggaatgaactacaatccagaaatggagagccca
accttggagactggaagtccacatgcctttaattcagattcttgaggctt
ctgctggatatctaaccggtgaagaaggaagagttcatttacttcttagg
ctgcttgccacttacttctccaagaacactttatggagacttcctttctt
caaggactcaagtttataacagaaggaaacagcctgaatatgcagctgct
ggaggcttgacactgcctagattcttgactt
gaattcttgccatctgagtcaatcctgcttcttacaatagatttttcggt
gaccccattggaatttacccagatgtgggaaagaacagtcctgactagta
taacgcatgtgctatggaatgtggagggaatccgaatatttttagattta
ttttttgttcctttccttcgacctgatatttaaatgtgatctaacaagct
cttctctacttattgaccccaaaaggacacaaacatgcacctccatctcc
atgactatgcctaacaacactatttacaaggaacagtggatataataggc
cctgtgtccataaatttctggttgcattagaatgggaagatgtattatga
ctcagccttaataatgaaattactcaattactgatgtgtgcaacaccatg
cttgaatagaatgtatgataataagagggagaagctagtccaaacaaaac
aaaaacaaacaaacaaaaagcctctgctccgaggctcagcgagctatgaa
gaacaggaggaacaatgattttaagagccagagggaatgggtattattaa
ggaaccagtgttttccagattcaacaggtatgacacagatataactcaaa
gagactggggtagcatagacaggttcaaacctgatgagttcctagtgctg
agaaagggaaatagacatgggatttcatcccaaacccagaagcattttgc
aactgatagccactaggaaaaagaaaaattcaaatgtctttaatgatcca
gcattgggtatatcagaacagaactaccctctatgattttgtgtatatgt
ctgtgtgtttttccttcaaatttcttggatttttgtttgtttgttttgtt
atttgtgaatatactgtgagtgtcttcaaacacaccagaagagggcatca
gatcccattacagatggtttgtgagccaccctgtggttgctgggaattga
actcagatctctggaagagcagtgagtgctctaaccactgagccatctct
ccagccccattgtgtcttgttttatagcaggagaaggatatgagtttgtt
gggtgagagatgtgcatagtaagtatggggagatgtcattgatatagtgg
taaaaattcaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_72478507_72479723
seq2: B6Ng01-334H11.b_48_1278

seq1  GAATTCTATAGTTGACAAGGTCAAGTCTGAATGTCATTGTTGATGACTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATAGTTGACAAGGTCAAGTCTGAATGTCATTGTTGATGACTCC  50

seq1  CTCGACATTGGATGATGGCCCTCCCATGCAGGGCCTGGGTTCCATGACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGACATTGGATGATGGCCCTCCCATGCAGGGCCTGGGTTCCATGACTA  100

seq1  AGCTTGTGGAGGAAATCTTGATAATTAAGGGTACAGTCTACCATGGCTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGTGGAGGAAATCTTGATAATTAAGGGTACAGTCTACCATGGCTGG  150

seq1  ATAGCTTCTCTGAGCTTGGAACAAAATGGAGGGTTCCCTTTACCTTCGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTTCTCTGAGCTTGGAACAAAATGGAGGGTTCCCTTTACCTTCGGA  200

seq1  GCTTCCCCTGCTCTGACATTGACTGGGGAGTCCAACCTCCCACACCCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCCTGCTCTGACATTGACTGGGGAGTCCAACCTCCCACACCCTCT  250

seq1  ACATGGGAAAGATCAAGTAGTCCTTGGCAGACCTACAAAAGTTCAACTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGGAAAGATCAAGTAGTCCTTGGCAGACCTACAAAAGTTCAACTTC  300

seq1  CTCCTCTGCCCCTTAGTTGTGGCTGAAAGAATAGCTCAGTGGTTAAGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCTGCCCCTTAGTTGTGGCTGAAAGAATAGCTCAGTGGTTAAGAGC  350

seq1  CCATAGGTCCCATAGGGCTTCTGTAGAGGGACCCAGTTTCAGTTTGCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGGTCCCATAGGGCTTCTGTAGAGGGACCCAGTTTCAGTTTGCAGG  400

seq1  ACGCACACTGGGCAGCTCACATTTATCTAACTTATAACTCCAACTCTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCACACTGGGCAGCTCACATTTATCTAACTTATAACTCCAACTCTGGC  450

seq1  CTTCAAGGGTCCCTGCTCTCATATACATAAACCAAACACACAAGCATACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGGGTCCCTGCTCTCATATACATAAACCAAACACACAAGCATACA  500

seq1  TGAATGTATGAATTAAAAAAAATTAAAAGTCTGTAAGGGAAAGAAGACAA  550
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTATGAATTAAAAAAATTTAAAAGTCTGTAAGGGAAAGAAGACAA  550

seq1  ATACAGCATATTATTATGCTTATTTATGAAGACTAAAATGTTTATCTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGCATATTATTATGCTTATTTATGAAGACTAAAATGTTTATCTCAT  600

seq1  GGAATCATAGCATGGAAAGTTATTCTGGAGCAGCATGGAGGGAGAGAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCATAGCATGGAAAGTTATTCTGGAGCAGCATGGAGGGAGAGAAGG  650

seq1  AGGAAGAAAGGATGCAATCTGGGGTAAAGGCATCAAAGGACAAGAGGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAAAGGATGCAATCTGGGGTAAAGGCATCAAAGGACAAGAGGAGT  700

seq1  TCATTCTGGGTGACAATACATAAAGCACCGGCGGGGCACTCCTCACGGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTGGGTGACAATACATAAAGCACCGGCGGGGCACTCCTCACGGCC  750

seq1  AGCTATGGTATATTTCAAGATGACCAGAAGAATGAGATCCTCCAACTCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATGGTATATTTCAAGATGACCAGAAGAATGAGATCCTCCAACTCAG  800

seq1  AACAGATTAATGTTTGAGGAGATGGAAGTCTTGGTTACCACCTGGAACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATTAATGTTTGAGGAGATGGAAGTCTTGGTTACCACCTGGAACAT  850

seq1  GGCATGTTTTATATAGTATTAAATATTGTAGTCTCTGTGCACAAGTCTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTTTTATATAGTATTAAATATTGTAGTCTCTGTGCACAAGTCTGT  900

seq1  GTTTAGAAATATATAACTGGTTTTGGGACTGTGATGGTTTGTCTGGGTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGAAATATATAACTGGTTTTGGGACTGTGATGGTTTGTCTGGGTTG  950

seq1  TCAACTTGACCATATGTGGAATGAACTACAATCCAGAAATGGAGAGCCCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTTGACCATATGTGGAATGAACTACAATCCAGAAATGGAGAGCCCA  1000

seq1  ACCTT-GAGACTGGAAGT-CACATGCCTTTAATCCAGA-TCTTGAGGCTT  1047
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  ACCTTGGAGACTGGAAGTCCACATGCCTTTAATTCAGATTCTTGAGGCTT  1050

seq1  CTGCTGGATATCT-ACCGTGGAAGAAGGAAGAGTTCA-TTAC-TCTTAGC  1094
      ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||| |||||| 
seq2  CTGCTGGATATCTAACCGGTGAAGAAGGAAGAGTTCATTTACTTCTTAGG  1100

seq1  CTGCTTG-CACTTAC-TCTCC-AGAACATTTATTGGAGCCTAC--TTCTT  1139
      ||||||| ||||||| ||||| |||||| ||  ||||| || |  |||||
seq2  CTGCTTGCCACTTACTTCTCCAAGAACACTTTATGGAGACTTCCTTTCTT  1150

seq1  C-AGGACTCCAGTTTAT-ACAGAAG--ACCAGCTGAAATAGCCAGCCTGC  1185
      | ||||||| ||||||| |||||||  | ||||   ||||  ||| ||||
seq2  CAAGGACTCAAGTTTATAACAGAAGGAAACAGCCTGAATATGCAG-CTGC  1199

seq1  T-GAGGCTGAGCAACTG-CTAGATTCTTGGACTT  1217
      | ||||||  |  |||| |||||||||| |||||
seq2  TGGAGGCT-TGACACTGCCTAGATTCTT-GACTT  1231

seq1: chr10_72658301_72659426
seq2: B6Ng01-334H11.g_68_1179 (reverse)

seq1  TTTGAATTTTTTACAACTTATATCAATTACATTCTTCCCCATACCTACTA  50
      |||||| ||||||| || ||||||||| ||||   ||||||||| |||||
seq2  TTTGAA-TTTTTACCAC-TATATCAATGACAT--CTCCCCATACTTACTA  46

seq1  TGCACCAATCTTCTCACCCAACAAACTTCATATTCTTTCTCCTGCTTATA  100
      |||||  ||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||| 
seq2  TGCAC--ATC-TCTCACCCAACAAAC-TCATA-TCCTTCTCCTGC-TAT-  89

seq1  AAAACAAGACACAATGGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCAC  150
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAAACAAGACACAAT-GGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTT-AGAGCAC  137

seq1  TCACTGCTCTTCCAGAGATCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACAGGGTG  200
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCTCTTCCAGAGAT-CTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACAGGGTG  186

seq1  GCTCACAAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACAAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTTTG  236

seq1  AAGACACTCACAGTATATTCACAAATAACAAAACAAACAAACAAAAATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACTCACAGTATATTCACAAATAACAAAACAAACAAACAAAAATCC  286

seq1  AAGAAATTTGAAGGAAAAACACACAGACATATACACAAAATCATAGAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATTTGAAGGAAAAACACACAGACATATACACAAAATCATAGAGGG  336

seq1  TAGTTCTGTTCTGATATACCCAATGCTGGATCATTAAAGACATTTGAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCTGTTCTGATATACCCAATGCTGGATCATTAAAGACATTTGAATT  386

seq1  TTTCTTTTTCCTAGTGGCTATCAGTTGCAAAATGCTTCTGGGTTTGGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTTCCTAGTGGCTATCAGTTGCAAAATGCTTCTGGGTTTGGGAT  436

seq1  GAAATCCCATGTCTATTTCCCTTTCTCAGCACTAGGAACTCATCAGGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCCCATGTCTATTTCCCTTTCTCAGCACTAGGAACTCATCAGGTTT  486

seq1  GAACCTGTCTATGCTACCCCAGTCTCTTTGAGTTATATCTGTGTCATACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTGTCTATGCTACCCCAGTCTCTTTGAGTTATATCTGTGTCATACC  536

seq1  TGTTGAATCTGGAAAACACTGGTTCCTTAATAATACCCATTCCCTCTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAATCTGGAAAACACTGGTTCCTTAATAATACCCATTCCCTCTGGC  586

seq1  TCTTAAAATCATTGTTCCTCCTGTTCTTCATAGCTCGCTGAGCCTCGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAATCATTGTTCCTCCTGTTCTTCATAGCTCGCTGAGCCTCGGAG  636

seq1  CAGAGGCTTTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTTGTTTTGACTAGCTTCTCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CAGAGGCTTTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTTGTTTGGACTAGCTTCTCCC  686

seq1  TCTTATTATCATACATTTTATTCAAGCATGCTGTTGCACACATCAGTAAT  750
      ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTATCATACATTCTATTCAAGCATGGTGTTGCACACATCAGTAAT  736

seq1  TGAGTAATTTCATTATTAAGGCTGAGTCATAATACATCTTCCCATTTTAA  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGAGTAATTTCATTATTAAGGCTGAGTCATAATACATCTTCCCATTCTAA  786

seq1  TGCAACCAGAAATTTATGGACACAGGGACTATTATATCCACTGTTGCTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  TGCAACCAGAAATTTATGGACACAGGGCCTATTATATCCACTGTTCCTTG  836

seq1  TAAATAGTGTTGCTAGGCATAGTCATGGAGATGGAGGTGCATGTTTGTGT  900
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGTGTTGTTAGGCATAGTCATGGAGATGGAGGTGCATGTTTGTGT  886

seq1  CCTTTTGGGGTCAATAAGTAGAGAAGAGCTTGTTAGATCACATTTAAATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTGGGGTCAATAAGTAGAGAAGAGCTTGTTAGATCACATTTAAATA  936

seq1  TCAGGGCGATGGAAAGGAATTAAAAATCTATCTAAAACTCTTTGGATTCC  1000
      ||||| ||| |||||||||  ||||||  |||||||| | || |||||||
seq2  TCAGGTCGAAGGAAAGGAACAAAAAATAAATCTAAAAATATTCGGATTCC  986

seq1  CTCCACATTCCATAGGACATGCGTTCTACTAGACAGGACTGTTCTTTGCC  1050
      ||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||
seq2  CTCCACATTCCATAGCACATGCGTTATACTAGTCAGGACTGTTCTTTCCC  1036

seq1  ACATCTGCTTAAATTCCAATGCTACTACTGAAAAAGCTATTGTAAGAAGC  1100
      |||||||  ||||||||||||     || |||||| ||||||||||||||
seq2  ACATCTGGGTAAATTCCAATGGGGTCACCGAAAAATCTATTGTAAGAAGC  1086

seq1  AGGATTGACTCAGATGGCAAGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTGACTCAGATGGCAAGAATTC  1112