BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335B04
Chromosome10 (Build37)
Map Location 9,835,561 - 9,961,548
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039238
Upstream geneEG666625, LOC666636, E130306M17Rik, LOC666658, LOC620417, Stxbp5
Downstream geneLOC665110, 9130014G24Rik, Rab32, EG382450, Grm1, Shprh
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335B04.bB6Ng01-335B04.g
ACCGA120413GA120414
length1,125929
definitionB6Ng01-335B04.b B6Ng01-335B04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,960,412 - 9,961,548)(9,835,561 - 9,836,489)
sequence
gaattcaggcatggtgtccagaaggtctattctccaagcatgaatcatag
tctcttctctaagtattaattataccatctaagaattaataattctcata
gtactaaaactcatagtataattcacaatccctaagttcagaacaaactt
tctatgaagtggtatttttaccatcaagatctttcctctgtcagaaaata
aatattacttctatttatgcagtgttctagatctgaaaagacacataaat
ttagtcccaagtagccattcatgaaaatcactctacataagagcccggaa
gctctggtccacaatttttcaatgcaactaggcagtgtaattcatatcag
ataggaattgatctatgtacattgtacatttattaattttcaattaattt
gggggacgatggattgatctactgaattgcaaatggtcagtgctgatgga
gtcagttatatctgatgtcatctgtaactttaatctcttgatataacatg
ttgtctgactaatgtattttttttctctccttttctagccaaggtcagca
tgcccattcttgcgaagtggtttctaatcctctaattttctctagtgaac
actgtgaggaactaagtcagacagtaacttgatatattgtgactgtgaag
caataaacaaatcacgagaaaagcagcaattactgttgtgaatttggtat
cagggtagctggtgtaaaatactgttttatgaaaaccagtctaaagaaag
acttgctgtatctgtgttaatccttgaatgaaaatcccttaagatacaaa
atgtgagaggatgctggatcattgcggataatctgaaagtctgatttctt
gaaaggaagggctgactagtaggagtttgtaccgcgtcgttcatgtactc
aacaagaaaggactgatcttgctatccatgcccatgccgggccttggctg
ccataggagacgatgagttcatgcgacttcaagccgttgctaagcaacac
gtgaacaaatggccctactctgtttaaaagcattttaaagattaacttaa
actttactaaaatctttcagtcttctattgttgctatgccatcaatcgtg
ggatacatcctgtaagtgctgggtc

gaattcattctctaaaaatagtacttgtgcagatcttctacctatgaccc
attccaaagtctcccttaattgtatattagttggtgatcacctagatgtg
ctagaaaactgtaatgcattccttgtgaagacttgttagggtttggagta
gctgaccatcaaaatatgggatggatctccctaggaacaggaaatagagc
agattcttattgatgaacatgggagtggaattggaagatgagacaggcat
ctcaaactgtggctgagagggaagagctaatgagaaagggaatacaggga
gggacagctacaaataacagccatcggtggggttgtgtggaagcctctta
gaatagaaacatcctaaaatataaatgtatatgaagatgatataaatata
attaccaagtaagaggagagacagaactccaactgaacatggacatccct
tcttaccaaatgaagcttccagttctggagatatgttacatttaatagag
ttattttcaggggtgcaaatgtccaatggtgataccagaacaactcagga
tattgccaaggcagtggttgctctccacaaactgatgctaaggccccatt
gctgaaggcaccgacagaactcattgaacatggagaattccaactggtgc
ctagaaccttcatacatacctacttcatgactagccttggtggcagtcaa
gtccaggactaaagtacatagatagggaaggtattataattcagaacagt
caatgtgatcattaaagtgcagttccagactcctctaggaaaatgtaaaa
caacaacaacatactattccatgcagataagataacctttgtcttggaca
agtgcctgactagccagatggacacttcctatgcccaggactgcaggctt
aattttggtgcactggaccagacgtggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_9960412_9961548
seq2: B6Ng01-335B04.b_46_1170 (reverse)

seq1  GACCACAGCACTCTACAGAATGTATCCCACGGATTGATGGGCATAGCACC  50
      |||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |
seq2  GACC-CAGCACT-TACAGGATGTATCCCAC-GATTGAT-GGCATAGCAAC  46

seq1  AATAG-AGACTTGAAAGATTTTTTAAGTAAAGTTTTAAAGTTAATTCTTT  99
      ||||| |||| |||||||||||   ||||||||||  ||||||| |||||
seq2  AATAGAAGAC-TGAAAGATTTT---AGTAAAGTTT--AAGTTAA-TCTTT  89

seq1  AAAATGCTTTTAAACAAGAGTAGGGCCATTTGTTCACGTTGTTGCTTAGC  149
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAAATGCTTTTAAAC-AGAGTAGGGCCATTTGTTCACG-TGTTGCTTAGC  137

seq1  AACGGCCTGAAGTCGCATGAACTCATCCTTCTCCTATGGCAGCCAAGGCC  199
      |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
seq2  AACGGCTTGAAGTCGCATGAACTCAT-CGTCTCCTATGGCAGCCAAGGCC  186

seq1  CGGCATGGGCATGGATAGCAAGATCAGTCCTTTCTTGTTGAGTACATGAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCATGGGCATGGATAGCAAGATCAGTCCTTTCTTGTTGAGTACATGAA  236

seq1  CGACGCGGTACAAACTCCTACTAGTCAGCCCTTCC-TTCAAGAAATCAGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CGACGCGGTACAAACTCCTACTAGTCAGCCCTTCCTTTCAAGAAATCAGA  286

seq1  CTTTCAGATTATCCGCAATGATCCAGCATCCTCTCACATTTTGTATCTTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAGATTATCCGCAATGATCCAGCATCCTCTCACATTTTGTATCTTA  336

seq1  AGGGATTTTCATTCAAGGATTAACACAGATACAGCAAGTCTTTCTTTAGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATTTTCATTCAAGGATTAACACAGATACAGCAAGTCTTTCTTTAGA  386

seq1  CTGGTTTTCATAAAACAGTATTTTACACCAGCTACCCTGATACCAAATTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTTCATAAAACAGTATTTTACACCAGCTACCCTGATACCAAATTC  436

seq1  ACAACAGTAATTGCTGCTTTTCTCGTGATTTGTTTATTGCTTCACAGTCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGTAATTGCTGCTTTTCTCGTGATTTGTTTATTGCTTCACAGTCA  486

seq1  CAATATATCAAGTTACTGTCTGACTTAGTTCCTCACAGTGTTCACTAGAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATATCAAGTTACTGTCTGACTTAGTTCCTCACAGTGTTCACTAGAG  536

seq1  AAAATTAGAGGATTAGAAACCACTTCGCAAGAATGGGCATGCTGACCTTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAGAGGATTAGAAACCACTTCGCAAGAATGGGCATGCTGACCTTG  586

seq1  GCTAGAAAAGGAGAGAAAAAAAATACATTAGTCAGACAACATGTTATATC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAAAAGGAGAGAAAAAAAATACATTAGTCAGACAACATGTTATATC  636

seq1  AAGAGATTAAAGTTACAGATGACATCAGATATAACTGACTCCATCAGCAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGATTAAAGTTACAGATGACATCAGATATAACTGACTCCATCAGCAC  686

seq1  TGACCATTTGCAATTCAGTAGATCAATCCATCGTCCCCCAAATTAATTGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATTTGCAATTCAGTAGATCAATCCATCGTCCCCCAAATTAATTGA  736

seq1  AAATTAATAAATGTACAATGTACATAGATCAATTCCTATCTGATATGAAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAATAAATGTACAATGTACATAGATCAATTCCTATCTGATATGAAT  786

seq1  TACACTGCCTAGTTGCATTGAAAAATTGTGGACCAGAGCTTCCGGGCTCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGCCTAGTTGCATTGAAAAATTGTGGACCAGAGCTTCCGGGCTCT  836

seq1  TATGTAGAGTGATTTTCATGAATGGCTACTTGGGACTAAATTTATGTGTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAGAGTGATTTTCATGAATGGCTACTTGGGACTAAATTTATGTGTC  886

seq1  TTTTCAGATCTAGAACACTGCATAAATAGAAGTAATATTTATTTTCTGAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGATCTAGAACACTGCATAAATAGAAGTAATATTTATTTTCTGAC  936

seq1  AGAGGAAAGATCTTGATGGTAAAAATACCACTTCATAGAAAGTTTGTTCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAAGATCTTGATGGTAAAAATACCACTTCATAGAAAGTTTGTTCT  986

seq1  GAACTTAGGGATTGTGAATTATACTATGAGTTTTAGTACTATGAGAATTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTAGGGATTGTGAATTATACTATGAGTTTTAGTACTATGAGAATTA  1036

seq1  TTAATTCTTAGATGGTATAATTAATACTTAGAGAAGAGACTATGATTCAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCTTAGATGGTATAATTAATACTTAGAGAAGAGACTATGATTCAT  1086

seq1  GCTTGGAGAATAGACCTTCTGGACACCATGCCTGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGAGAATAGACCTTCTGGACACCATGCCTGAATTC  1125


seq1: chr10_9835561_9836489
seq2: B6Ng01-335B04.g_67_995

seq1  GAATTCATTCTCTAAAAATAGTACTTGTGCAGATCTTCTACCTATGACCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCTCTAAAAATAGTACTTGTGCAGATCTTCTACCTATGACCC  50

seq1  ATTCCAAAGTCTCCCTTAATTGTATATTAGTTGGTGATCACCTAGATGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAAAGTCTCCCTTAATTGTATATTAGTTGGTGATCACCTAGATGTG  100

seq1  CTAGAAAACTGTAATGCATTCCTTGTGAAGACTTGTTAGGGTTTGGAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAACTGTAATGCATTCCTTGTGAAGACTTGTTAGGGTTTGGAGTA  150

seq1  GCTGACCATCAAAATATGGGATGGATCTCCCTAGGAACAGGAAATAGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACCATCAAAATATGGGATGGATCTCCCTAGGAACAGGAAATAGAGC  200

seq1  AGATTCTTATTGATGAACATGGGAGTGGAATTGGAAGATGAGACAGGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTTATTGATGAACATGGGAGTGGAATTGGAAGATGAGACAGGCAT  250

seq1  CTCAAACTGTGGCTGAGAGGGAAGAGCTAATGAGAAAGGGAATACAGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAACTGTGGCTGAGAGGGAAGAGCTAATGAGAAAGGGAATACAGGGA  300

seq1  GGGACAGCTACAAATAACAGCCATCGGTGGGGTTGTGTGGAAGCCTCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAGCTACAAATAACAGCCATCGGTGGGGTTGTGTGGAAGCCTCTTA  350

seq1  GAATAGAAACATCCTAAAATATAAATGTATATGAAGATGATATAAATATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGAAACATCCTAAAATATAAATGTATATGAAGATGATATAAATATA  400

seq1  ATTACCAAGTAAGAGGAGAGACAGAACTCCAACTGAACATGGACATCCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCAAGTAAGAGGAGAGACAGAACTCCAACTGAACATGGACATCCCT  450

seq1  TCTTACCAAATGAAGCTTCCAGTTCTGGAGATATGTTACATTTAATAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACCAAATGAAGCTTCCAGTTCTGGAGATATGTTACATTTAATAGAG  500

seq1  TTATTTTCAGGGGTGCAAATGTCCAATGGTGATACCAGAACAACTCAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTCAGGGGTGCAAATGTCCAATGGTGATACCAGAACAACTCAGGA  550

seq1  TATTGCCAAGGCAGTGGTTGCTCTCCACAAACTGATGCTAAGGCCCCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCCAAGGCAGTGGTTGCTCTCCACAAACTGATGCTAAGGCCCCATT  600

seq1  GCTGAAGGCACCGACAGAACTCATTGAACATGGAGAATTCCAACTGGTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGGCACCGACAGAACTCATTGAACATGGAGAATTCCAACTGGTGC  650

seq1  CTAGAACCTTCATACATACCTACTTCATGACTAGCCTTGGTGGCAGTCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAACCTTCATACATACCTACTTCATGACTAGCCTTGGTGGCAGTCAA  700

seq1  GTCCAGGACTAAAGTACATAGATAGGGAAGGTATTATAATTCAGAACAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGGACTAAAGTACATAGATAGGGAAGGTATTATAATTCAGAACAGT  750

seq1  CAATGTGATCATTAAAGTGCAGTTTCAGACTCCTCTAGGAAAATGTAAAA  800
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGATCATTAAAGTGCAGTTCCAGACTCCTCTAGGAAAATGTAAAA  800

seq1  CAACAACAACAAACTA-TCCATGCAAGAGAAGATAACCTTTGTCTTGGAC  849
      ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACAACATACTATTCCATGC-AGATAAGATAACCTTTGTCTTGGAC  849

seq1  AAGTGCCTGACTAGCCAGATGGACACTTCTTAATGCCCAGGACTGCAGGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCCTGACTAGCCAGATGGACACTTCCT-ATGCCCAGGACTGCAGGC  898

seq1  TTAATTTT-GTGCACTGGACCAGACGTGGAA  929
      |||||||| |||||||||||||||||||| |
seq2  TTAATTTTGGTGCACTGGACCAGACGTGGGA  929


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |