BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335H14
Chromosome10 (Build37)
Map Location 46,878,882 - 47,005,445
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041632
Downstream geneLOC668252, LOC100042387, LOC100041663, LOC100042398
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335H14.bB6Ng01-335H14.g
ACCGA120691GA120692
length9811,161
definitionB6Ng01-335H14.b B6Ng01-335H14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,878,882 - 46,879,861)(47,004,281 - 47,005,445)
sequence
gaattcaggtcatcttcaagagaagaaagtccttttaatggctgatccac
ctctcaggtttgccactaagcaatccattcaatgtttatatatatattca
gaatattcaataagtatattctatatcttcaactgaaatgaccacaaaat
cactgtcttgttggttttttaatgctttctaaaataataaacactataaa
gatagttttgtagggaatgatctataaaatatataaagttacattttggc
aagcttgtttccctccatagtaccacagttcagtatatgtctatcatcat
acatactgctggtaagcatgattaaagttcatatacaggtgatttgtgaa
ttttagtgcctttatagaaatgaagctgatataagagatcgagcaatgtt
atcagaagaaactttttataggcgtattaaaactttgtttcattaaatct
ggggtcttatgctaatttttccagacagattatgatagtttgagtaaaaa
tggctcatatatttacatgaagggtaccactatttgaattgataaggagg
tgtggctttgtcgtaggaagtacactgaggatgggttttgtggtttcaaa
agcccataaaaatcccagagtctctctttcatgtactttttagatctgga
tgtagaattcttagtatttttccccaggaccatatctgccagcatattcc
accttaattacaatgaactaaactgctgaagttgtaaacaagacccaatt
aaatgctttcctttatagagttgtgatgatcttggtatctcttcacacca
acagaacactgactaagacaggaggtggtattgaagagcagaacattgct
ttgataggcctgaccatgctgttttctgagaaattgtgtactttgggact
ttggattaggaaagcagttgaaaaccttaagtgttgcttaatgggcctac
tgttcaaaacataaagacggtggtgctggaa

gaattcccaaacaacacagactattgtcatgactacaggttattctaatg
tttcttgttggttgtaatacaatgctgtatataatgtagacaaatgttct
accagtgaggaatataaaaaatcaatgcctatcaacttttttaaagtgta
caatctaaaggacattaccagaatatataatcaatggctaaatgtagtac
ctaactatttgtgcttaggtatgtcattttaaaaacctgtaataaagaca
gtttatgcatttaataatagctttaaatgaagtttctcttaatttgaaat
ctgtgaaagtcaatttctttgaaagacaattttaatttttataaattagt
aaagattattaaagatatatatttccatcttattttataatttcatcaaa
aattatgaaatatatttagcttaacatgttcttttataaaatcaaatcat
tattacggttttcaacttattaaaaagattctaatgtatcattgcttatg
ttatttttaacaaaaaatataaatctgacgctctgtatgcatatagttca
tgaagagtttttatattgcagcgactattacctctctcttggcttactct
tcagtcctaggacccttcctagatattgaggccacatattatatactaga
gccagacttcaatatgtcctatagaatctcagcctgtgcagttattaccc
agaaagcttattccttatttatctgtatcctcctcttcctaacatcttgt
agtatatccatcccttgcctgtgtcttgaactggtacttcctggacccta
actttactaaaattattgacataatatggcagtaacaagagaaaggttta
tctagctataactgctagagactatacaatgtatagcctcattagtacat
cattatggcttaggatacattagtggcacaaatgaatctagtaagagact
agacataacattggcattccatagtacttatcaaacttttcaacatgcca
gctcctccagggttcggcactatgcattaaaatgatcaagacaaaacaga
tcagcatacttatatctcagtacttgggaggtgagcagaattgatcttct
tgttgaacttggagtataggctgtctggaagagaaaaattccaggccaag
gtagattactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_46878882_46879861
seq2: B6Ng01-335H14.b_50_1029

seq1  GAATTCAGGTCATCTTCAAGAGAAGAAAGTCCTTTTAATGGCTGATCCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTCATCTTCAAGAGAAGAAAGTCCTTTTAATGGCTGATCCAC  50

seq1  CTCTCAGGTTTGCCACTAAGCAATCCATTCAATGTTTATATATATATTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGGTTTGCCACTAAGCAATCCATTCAATGTTTATATATATATTCA  100

seq1  GAATATTCAATAAGTATATTCTATATCTTCAACTGAAATGACCACAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTCAATAAGTATATTCTATATCTTCAACTGAAATGACCACAAAAT  150

seq1  CACTGTCTTGTTGGTTTTTTAATGCTTTCTAAAATAATAAACACTATAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTCTTGTTGGTTTTTTAATGCTTTCTAAAATAATAAACACTATAAA  200

seq1  GATAGTTTTGTAGGGAATGATCTATAAAATATATAAAGTTACATTTTGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTTTTGTAGGGAATGATCTATAAAATATATAAAGTTACATTTTGGC  250

seq1  AAGCTTGTTTCCCTCCATAGTACCACAGTTCAGTATATGTCTATCATCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTGTTTCCCTCCATAGTACCACAGTTCAGTATATGTCTATCATCAT  300

seq1  ACATACTGCTGGTAAGCATGATTAAAGTTCATATACAGGTGATTTGTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTGCTGGTAAGCATGATTAAAGTTCATATACAGGTGATTTGTGAA  350

seq1  TTTTAGTGCCTTTATAGAAATGAAGCTGATATAAGAGATCGAGCAATGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGTGCCTTTATAGAAATGAAGCTGATATAAGAGATCGAGCAATGTT  400

seq1  ATCAGAAGAAACTTTTTATAGGCGTATTAAAACTTTGTTTCATTAAATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAGAAACTTTTTATAGGCGTATTAAAACTTTGTTTCATTAAATCT  450

seq1  GGGGTCTTATGCTAATTTTTCCAGACAGATTATGATAGTTTGAGTAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCTTATGCTAATTTTTCCAGACAGATTATGATAGTTTGAGTAAAAA  500

seq1  TGGCTCATATATTTACATGAAGGGTACCACTATTTGAATTGATAAGGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCATATATTTACATGAAGGGTACCACTATTTGAATTGATAAGGAGG  550

seq1  TGTGGCTTTGTCGTAGGAAGTACACTGAGGATGGGTTTTGTGGTTTCAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTTTGTCGTAGGAAGTACACTGAGGATGGGTTTTGTGGTTTCAAA  600

seq1  AGCCCATAAAAATCCCAGAGTCTCTCTTTCATGTACTTTTTAGATCTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCATAAAAATCCCAGAGTCTCTCTTTCATGTACTTTTTAGATCTGGA  650

seq1  TGTAGAATTCTTAGTATTTTTCCCCAGGACCATATCTGCCAGCATATTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAATTCTTAGTATTTTTCCCCAGGACCATATCTGCCAGCATATTCC  700

seq1  ACCTTAATTACAATGAACTAAACTGCTGAAGTTGTAAACAAGACCCAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTAATTACAATGAACTAAACTGCTGAAGTTGTAAACAAGACCCAATT  750

seq1  AAATGCTTTCCTTTATAGAGTTGTGATGATCTTGGTATCTCTTCACACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTTTCCTTTATAGAGTTGTGATGATCTTGGTATCTCTTCACACCA  800

seq1  ACAGAACACTGACTAAGACAGGAGGTGGTATTGAAGAGCAGAACATTGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAACACTGACTAAGACAGGAGGTGGTATTGAAGAGCAGAACATTGCT  850

seq1  TTGATAGGCCTGACCATGCTGTTTTCTGAGAAATTGTGTACTTTGGGACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAGGCCTGACCATGCTGTTTTCTGAGAAATTGTGTACTTTGGGACT  900

seq1  TTGGATTAGGAAAGCAGTTGAAAACCTTAAGTGTTGCTTAATGGGCCTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTAGGAAAGCAGTTGAAAACCTTAAGTGTTGCTTAATGGGCCTAC  950

seq1  TGTTCAAAACATAAAGACGGTGGTGCTGGA  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAAAACATAAAGACGGTGGTGCTGGA  980


seq1: chr10_47004281_47005445
seq2: B6Ng01-335H14.g_64_1224 (reverse)

seq1  CAGTAATACTACC-TGGCCTGGAA-TTTTCTCTTCAGAACAGGCTATACT  48
      ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||   |||| |||||||
seq2  CAGTAAT-CTACCTTGGCCTGGAATTTTTCTCTTCCAGACAGCCTATACT  49

seq1  -CAAGTTC-ACA--GAGATCAA-TCTGCCTCAACCTCCCAAGTACTGAGA  93
       ||||||| |||   ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTTCAACAAGAAGATCAATTCTG-CTC-ACCTCCCAAGTACTGAGA  97

seq1  TTATAAGTATGCCTGGATCTGTTTTGTCTTTTGATCATTTTTAATGCATA  143
       |||||||||||   |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||
seq2  -TATAAGTATGC--TGATCTGTTTTGTC--TTGATCA-TTTTAATGCATA  141

seq1  GTGCCCGAACCCTGGA-GAGCTGGCATGTTGAAAAGTTTGATAAGTACCT  192
      ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTG-CCGAACCCTGGAGGAGCTGGCATGTTGAAAAGTTTGATAAGTA-CT  189

seq1  ATGGAATGCCAATGTTATGTTCTAGTCTCTTACTAGATTCATTTGTGCCA  242
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATGCCAATGTTATG-TCTAGTCTCTTACTAGATTCATTTGTGCCA  238

seq1  CTAATGTATCCTAAGCCATAATGATGTACTAATGAGGCTATACATTGTAT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTATCCTAAGCCATAATGATGTACTAATGAGGCTATACATTGTAT  288

seq1  AGTCTCTAGCAGTTATAGCTAGATAAACCTTTCTCTTGTTACTGCCATAT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTAGCAGTTATAGCTAGATAAACCTTTCTCTTGTTACTGCCATAT  338

seq1  TATGTCAATAATTTTAGTAAAGTTAGGGTCCAGGAAGTACCAGTTCAAGA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCAATAATTTTAGTAAAGTTAGGGTCCAGGAAGTACCAGTTCAAGA  388

seq1  CACAGGCAAGGGATGGATATACTACAAGATGTTAGGAAGAGGAGGATACA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCAAGGGATGGATATACTACAAGATGTTAGGAAGAGGAGGATACA  438

seq1  GATAAATAAGGAATAAGCTTTCTGGGTAATAACTGCACAGGCTGAGATTC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATAAGGAATAAGCTTTCTGGGTAATAACTGCACAGGCTGAGATTC  488

seq1  TATAGGACATATTGAAGTCTGGCTCTAGTATATAATATGTGGCCTCAATA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGACATATTGAAGTCTGGCTCTAGTATATAATATGTGGCCTCAATA  538

seq1  TCTAGGAAGGGTCCTAGGACTGAAGAGTAAGCCAAGAGAGAGGTAATAGT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGAAGGGTCCTAGGACTGAAGAGTAAGCCAAGAGAGAGGTAATAGT  588

seq1  CGCTGCAATATAAAAACTCTTCATGAACTATATGCATACAGAGCGTCAGA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGCAATATAAAAACTCTTCATGAACTATATGCATACAGAGCGTCAGA  638

seq1  TTTATATTTTTTGTTAAAAATAACATAAGCAATGATACATTAGAATCTTT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATTTTTTGTTAAAAATAACATAAGCAATGATACATTAGAATCTTT  688

seq1  TTAATAAGTTGAAAACCGTAATAATGATTTGATTTTATAAAAGAACATGT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAGTTGAAAACCGTAATAATGATTTGATTTTATAAAAGAACATGT  738

seq1  TAAGCTAAATATATTTCATAATTTTTGATGAAATTATAAAATAAGATGGA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTAAATATATTTCATAATTTTTGATGAAATTATAAAATAAGATGGA  788

seq1  AATATATATCTTTAATAATCTTTACTAATTTATAAAAATTAAAATTGTCT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATATCTTTAATAATCTTTACTAATTTATAAAAATTAAAATTGTCT  838

seq1  TTCAAAGAAATTGACTTTCACAGATTTCAAATTAAGAGAAACTTCATTTA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGAAATTGACTTTCACAGATTTCAAATTAAGAGAAACTTCATTTA  888

seq1  AAGCTATTATTAAATGCATAAACTGTCTTTATTACAGGTTTTTAAAATGA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTATTATTAAATGCATAAACTGTCTTTATTACAGGTTTTTAAAATGA  938

seq1  CATACCTAAGCACAAATAGTTAGGTACTACATTTAGCCATTGATTATATA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCTAAGCACAAATAGTTAGGTACTACATTTAGCCATTGATTATATA  988

seq1  TTCTGGTAATGTCCTTTAGATTGTACACTTTAAAAAAGTTGATAGGCATT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTAATGTCCTTTAGATTGTACACTTTAAAAAAGTTGATAGGCATT  1038

seq1  GATTTTTTATATTCCTCACTGGTAGAACATTTGTCTACATTATATACAGC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTTATATTCCTCACTGGTAGAACATTTGTCTACATTATATACAGC  1088

seq1  ATTGTATTACAACCAACAAGAAACATTAGAATAACCTGTAGTCATGACAA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTATTACAACCAACAAGAAACATTAGAATAACCTGTAGTCATGACAA  1138

seq1  TAGTCTGTGTTGTTTGGGAATTC  1165
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTGTGTTGTTTGGGAATTC  1161


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |