BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335N21
Chromosome10 (Build37)
Map Location 27,804,029 - 27,922,839
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprk
Upstream geneLama2, LOC100040385, LOC100040961, LOC100040401
Downstream geneE430004N04Rik, 4930519F09Rik, 2310057J18Rik, LOC432447, 6330407J23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335N21.bB6Ng01-335N21.g
ACCGA120960GA120961
length8681,190
definitionB6Ng01-335N21.b B6Ng01-335N21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,921,972 - 27,922,839)(27,804,029 - 27,805,211)
sequence
gaattcaaggctagtttgatctatgtagtgagttcaagaccagtcaaggc
tatatagtaaggttctgtctcaaaattaaaatggaattgtctaagtacaa
ttctctagagttctctgccagtgacccctaaagaacctgttggctcatca
aagttctaggattgtagagatgtagagaattagagacccagagccaaaat
catcttgaggttccttgacagtcttttattaacaatgtctttatatgaaa
cctaccatgatatcatcaattaggtataatatattccttttatcaggtaa
ctgagtccatatgcactaatttatatgaagatacatgctgaagaagtcat
taacctctaagacctgtgccagggaattcctactttgtagtgatcctttc
tggaaatttgtgagaaaaattatttatgctaaaactcttttgaggctagt
gagatagcttaaaatgtgaggatacttgctgctaagactgacaacctgag
ttcaattcagaaatccacatgaaagaacaaaatcagctcccccaaattcc
tattctctctctccttctctgtcaacaaatatgcagagagacagaaagat
agacagatgatactgataaatttcttgatagatgatagatatatgataat
agatggatagataagatagatgacagataaaagatgattgatagatatat
aggtaaataaacagatgatagatagaaagatgataggtagatattagatg
attgatagatatataaatagataaacatggtaaataaagagatagagatg
atagatgattaatagacatataaatagataaatgattaattaatagagat
agatggtagagagatgat

gaattctaggacagtcagggctatgtagtgagaccttggctcacaagagg
aacagagcccaaactgatttagtatttgagtcacatttgctacaacacat
gtatcattttgtttattggtagtttatatagacaaaagatcttctatagt
tatttctgtttgtatccagaattttaaaaataatttaaaacacttttaac
cattaggctttgattactgtaatccaaaatgacaataacatgtagaaatg
gaagaaactgttaggtagttgcttgcttttcaggtatcctgtgagattta
cttaggtctacatgcatctgtataatagaattaacaaacaactaaagtgt
gagtcaagctatggtaaatgattataattgatacatcgaaataaaagctg
ccaactccttagtctttggaaactagtattgaaaactgtgaagtctaggt
aaatctgcctgatttttgatacactcatttctgctatctaactgtgatgc
gtagctgtagaacatggaaattatggagagatgctatcagaaacatttaa
ggtattgggtaatgaataaaatgaggagaagtagcagctgcatgcctagt
cacttgcattcaaatacagtgggtctcaacctgtgagttgaaactctgtg
ggggttgcatatcagatatgcaccttacaattcataacagtagcaaaatt
agagtaatgaaggagcaacaaaataattttgtggttgggggtcatcacaa
catgaagaactgtattaaagggtggcaacattaggaagattgagaactaa
tgttctagtgaaagagttacccagtttcttagtttcacttctgattgtga
taaaacaggctgaccaaacctcctaaagttagataggatgcattggctca
tatagttagaggtgcatctctgcggaggtcaagttgtcaggaacccacag
tagaagaattgggaatacattcatagtcgtggacatcgaattaatataat
acattgctaagagctcagctccgttctcaacatcatacatctatgatctt
tgtctaaggaatagtgccaacctaacagtgttcaagttctcccgtctaag
tgattgtaatccagaataggttcaatagacaaagcctaaggctaactgaa
acttagcttatgcctcacctggagattcttacaaacctgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_27921972_27922839
seq2: B6Ng01-335N21.b_48_915 (reverse)

seq1  ATCATCTCTCTACCATCTATCTCTATTAATTAATCATTTATCTATTTATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTCTCTACCATCTATCTCTATTAATTAATCATTTATCTATTTATA  50

seq1  TGTCTATTAATCATCTATCATCTCTATCTCTTTATTTACCATGTTTATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTATTAATCATCTATCATCTCTATCTCTTTATTTACCATGTTTATCT  100

seq1  ATTTATATATCTATCAATCATCTAATATCTACCTATCATCTTTCTATCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATATATCTATCAATCATCTAATATCTACCTATCATCTTTCTATCTA  150

seq1  TCATCTGTTTATTTACCTATATATCTATCAATCATCTTTTATCTGTCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGTTTATTTACCTATATATCTATCAATCATCTTTTATCTGTCATC  200

seq1  TATCTTATCTATCCATCTATTATCATATATCTATCATCTATCAAGAAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTATCTATCCATCTATTATCATATATCTATCATCTATCAAGAAATT  250

seq1  TATCAGTATCATCTGTCTATCTTTCTGTCTCTCTGCATATTTGTTGACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGTATCATCTGTCTATCTTTCTGTCTCTCTGCATATTTGTTGACAG  300

seq1  AGAAGGAGAGAGAGAATAGGAATTTGGGGGAGCTGATTTTGTTCTTTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAGAGAGAGAATAGGAATTTGGGGGAGCTGATTTTGTTCTTTCAT  350

seq1  GTGGATTTCTGAATTGAACTCAGGTTGTCAGTCTTAGCAGCAAGTATCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATTTCTGAATTGAACTCAGGTTGTCAGTCTTAGCAGCAAGTATCCT  400

seq1  CACATTTTAAGCTATCTCACTAGCCTCAAAAGAGTTTTAGCATAAATAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTTAAGCTATCTCACTAGCCTCAAAAGAGTTTTAGCATAAATAAT  450

seq1  TTTTCTCACAAATTTCCAGAAAGGATCACTACAAAGTAGGAATTCCCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCACAAATTTCCAGAAAGGATCACTACAAAGTAGGAATTCCCTGG  500

seq1  CACAGGTCTTAGAGGTTAATGACTTCTTCAGCATGTATCTTCATATAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGTCTTAGAGGTTAATGACTTCTTCAGCATGTATCTTCATATAAAT  550

seq1  TAGTGCATATGGACTCAGTTACCTGATAAAAGGAATATATTATACCTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCATATGGACTCAGTTACCTGATAAAAGGAATATATTATACCTAAT  600

seq1  TGATGATATCATGGTAGGTTTCATATAAAGACATTGTTAATAAAAGACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATATCATGGTAGGTTTCATATAAAGACATTGTTAATAAAAGACTG  650

seq1  TCAAGGAACCTCAAGATGATTTTGGCTCTGGGTCTCTAATTCTCTACATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGAACCTCAAGATGATTTTGGCTCTGGGTCTCTAATTCTCTACATC  700

seq1  TCTACAATCCTAGAACTTTGATGAGCCAACAGGTTCTTTAGGGGTCACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAATCCTAGAACTTTGATGAGCCAACAGGTTCTTTAGGGGTCACTG  750

seq1  GCAGAGAACTCTAGAGAATTGTACTTAGACAATTCCATTTTAATTTTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAACTCTAGAGAATTGTACTTAGACAATTCCATTTTAATTTTGAG  800

seq1  ACAGAACCTTACTATATAGCCTTGACTGGTCTTGAACTCACTACATAGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAACCTTACTATATAGCCTTGACTGGTCTTGAACTCACTACATAGAT  850

seq1  CAAACTAGCCTTGAATTC  868
      ||||||||||||||||||
seq2  CAAACTAGCCTTGAATTC  868


seq1: chr10_27804029_27805211
seq2: B6Ng01-335N21.g_66_1255

seq1  GAATTCTAGGACAGTCAGGGCTATGTAGTGAGACCTTGGCTCACAAGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGACAGTCAGGGCTATGTAGTGAGACCTTGGCTCACAAGAGG  50

seq1  AACAGAGCCCAAACTGATTTAGTATTTGAGTCACATTTGCTACAACACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGCCCAAACTGATTTAGTATTTGAGTCACATTTGCTACAACACAT  100

seq1  GTATCATTTTGTTTATTGGTAGTTTATATAGACAAAAGATCTTCTATAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCATTTTGTTTATTGGTAGTTTATATAGACAAAAGATCTTCTATAGT  150

seq1  TATTTCTGTTTGTATCCAGAATTTTAAAAATAATTTAAAACACTTTTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTGTTTGTATCCAGAATTTTAAAAATAATTTAAAACACTTTTAAC  200

seq1  CATTAGGCTTTGATTACTGTAATCCAAAATGACAATAACATGTAGAAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGGCTTTGATTACTGTAATCCAAAATGACAATAACATGTAGAAATG  250

seq1  GAAGAAACTGTTAGGTAGTTGCTTGCTTTTCAGGTATCCTGTGAGATTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAACTGTTAGGTAGTTGCTTGCTTTTCAGGTATCCTGTGAGATTTA  300

seq1  CTTAGGTCTACATGCATCTGTATAATAGAATTAACAAACAACTAAAGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGTCTACATGCATCTGTATAATAGAATTAACAAACAACTAAAGTGT  350

seq1  GAGTCAAGCTATGGTAAATGATTATAATTGATACATCGAAATAAAAGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAAGCTATGGTAAATGATTATAATTGATACATCGAAATAAAAGCTG  400

seq1  CCAACTCCTTAGTCTTTGGAAACTAGTATTGAAAACTGTGAAGTCTAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTCCTTAGTCTTTGGAAACTAGTATTGAAAACTGTGAAGTCTAGGT  450

seq1  AAATCTGCCTGATTTTTGATACACTCATTTCTGCTATCTAACTGTGATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGCCTGATTTTTGATACACTCATTTCTGCTATCTAACTGTGATGC  500

seq1  GTAGCTGTAGAACATGGAAATTATGGAGAGATGCTATCAGAAACATTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTGTAGAACATGGAAATTATGGAGAGATGCTATCAGAAACATTTAA  550

seq1  GGTATTGGGTAATGAATAAAATGAGGAGAAGTAGCAGCTGCATGCCTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTGGGTAATGAATAAAATGAGGAGAAGTAGCAGCTGCATGCCTAGT  600

seq1  CACTTGCATTCAAATACAGTGGGTCTCAACCTGTGAGTTGAAACTCTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGCATTCAAATACAGTGGGTCTCAACCTGTGAGTTGAAACTCTGTG  650

seq1  GGGGTTGCATATCAGATATGCACCTTACAATTCATAACAGTAGCAAAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTGCATATCAGATATGCACCTTACAATTCATAACAGTAGCAAAATT  700

seq1  AGAGTAATGAAGGAGCAACAAAATAATTTTGTGGTTGGGGGTCATCACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAATGAAGGAGCAACAAAATAATTTTGTGGTTGGGGGTCATCACAA  750

seq1  CATGAAGAACTGTATTAAAGGGTGGCAACATTAGGAAGATTGAGAACTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGAACTGTATTAAAGGGTGGCAACATTAGGAAGATTGAGAACTAA  800

seq1  TGTTCTAGTGAAAGAGTTACCCAGTTTCTTAGTTTCACTTCTGATTGTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTAGTGAAAGAGTTACCCAGTTTCTTAGTTTCACTTCTGATTGTGA  850

seq1  TAAAACAGGCTGACCAAACCTCCTAAAGTTAGATAGGATGCATTTGGCTC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TAAAACAGGCTGACCAAACCTCCTAAAGTTAGATAGGATGCA-TTGGCTC  899

seq1  ATATAGTTAGAGGTGCATCTCTGCGGAGGTCAAGTTGTCAGGAACCCACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTTAGAGGTGCATCTCTGCGGAGGTCAAGTTGTCAGGAACCCACA  949

seq1  GTAG-AGAA-TGGGAATACATTCATAGTCGTGGACATCGAATTAATAT-A  997
      |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTAGAAGAATTGGGAATACATTCATAGTCGTGGACATCGAATTAATATAA  999

seq1  TACA-TGCTAAGAGCTCAGCTCCCGTCCTCCACAATCATACAATCTATGA  1046
      |||| |||||||||||||||| |||| ||| || ||||||| ||||||||
seq2  TACATTGCTAAGAGCTCAGCT-CCGTTCTCAAC-ATCATAC-ATCTATGA  1046

seq1  TCTTTTGTCTAGGGAATAGTGCCAAC--TACAGTGGTCAAGTTCTCCCTT  1094
      || |||||||| ||||||||||||||   |||||| |||||||||||| |
seq2  TC-TTTGTCTAAGGAATAGTGCCAACCTAACAGTGTTCAAGTTCTCCCGT  1095

seq1  CTAAGTGATTGTAATCAAG-ATA-GTTCTATAGAC-AAGCTTATAGGCTA  1141
      |||||||||||||||| || ||| |||| |||||| |||| || ||||||
seq2  CTAAGTGATTGTAATCCAGAATAGGTTCAATAGACAAAGCCTA-AGGCTA  1144

seq1  ACCTGATC-TAGGTTATGCCTCAC--TGAGATTCTTA-AAACCTGT  1183
      ||   | | ||| |||||||||||   |||||||||| ||||||||
seq2  ACTGAAACTTAGCTTATGCCTCACCTGGAGATTCTTACAAACCTGT  1190


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |